상고를 기각한다.

상고비용은 피고가 부담한다.

상고이유를 판단한다.

구 지방세특례제한법(2015. 12. 29. 법률 제13637호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)제81조 제2항(이하 ‘이 사건 조항’이라 한다)은 공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법(이하 ‘혁신도시법’이라 한다) 제2조 제2호에 따른 “이전공공 기관의 법인등기에 대하여는 2015. 12. 31.까지 등록면허세를 면제한다”라고 규정하고 있다.

이 사건 조항은 국가균형발전 특별법 제18조의 규정에 따른 공공기관 지방이전 시책등에 따라 수도권에서 수도권이 아닌 지역으로 이전하는 공공기관에 대하여 지방세 감면의 혜택을 부여함으로써 공공기관의 지방이전을 촉진하는 등의 목적으로 마련된 세제지원 방안 중의 하나이다

(혁신도시법 제1조, 제48조 제1항). 법인등기에 따른 등록면허세 세율은 영리법인의 자본증가 또는 출자증가에 대하여는 ‘납입한 금액 또는 현금 외의 출가가액의 1천분의 4’로 정하여져 있는 반면, 본점 또는 주사무소 이전에 대하여는 ‘건당 112,500원’으로 정하여져 있는 등 법인등기의 사유에 따라 분명한 차이가 있는데(지방세법 제28조 제1항 제6호), 이 사건 조항은 이전공공기관의 법인등기의 사유를 묻지 않고 전부 등록면허세의 면제대상으로 삼고 있다.

이는 지방세특례제한법이 시행되기 전 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부개정되기 전의 것) 제274조의2에서 등록세가 면제되는 이전공공기관의 법인등기를 ‘그 이전에 따른 법인등기’로 제한하여 규정하고 있는 것이나, 이전공공기관에 대한 취득세 및 재산세 감면에 관하여 규정하고 있는 구 지방세특례제한법 제81조 제1항이 그 감면 대상을 이전공공기관이 ‘이전할 목적으로 취득하는 부동산’에 한정하고...