실지로 취득하였다는 가액에 대한 입증책임은 원고에게 있고 취득가액이 불분명한 경우 환산가액에 의한 취득가액은 적법함

실지로 취득한 가액에 대하여 원고에게 입증책임이 있고 취득가액이 불분명한 경우 소득세법 제97조 제1항 제1호 나목에 따라 환산가액에 의한 취득가액을 인정한 것은 적법함

소득세법 제97조 제2항

2017구합7887

&&&

AA세무서장

2018.7. 19.

2018.10.11.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2017. 3. 2.1) 원고에게 한 양도소득세 1,408,296,770원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 아래 표 기재와 같이 ○○ ○○구 ○○동 616-** 잡종지 6,476.25㎡의3/4 지분, 같은 동 1452 잡종지 4,065㎡, 같은 동 1452-2 잡종지 1,661㎡(이하 통틀어 '이 사건 토지'라고 하고, 각 토지는 지번으로만 특정한다)를 취득하여 소유하였다.

소유권

변동일

1979.10.31

1987.12.31

1994.09.02

2016.01.21

매매대상

1452,1452-2,616-93

1452, 1452-2

616-93

양도시

원고지분

매도

매수

매도

매수

매도

매수

616-93

(8,635㎡)

최**

원고(1/2)

유○○(1/2)

유○○

조**(1/4)

유○○

원고(1/4)

75%

조** 25%

1452

(4,065㎡)

원고(1/2)

유○○(1/2)

유○○

원고(1/2)

100%

1452-2

(1,661㎡)

원고(1/2)

유○○(1/2)

유○○

원고(1/2)

100%

나. 원고는 이 사건 토지 중 1452-2 토지 지상에 있는 건물 2개동(농기구 수리소 및 세차장, 각 연면적 330㎡)(이하 이 사건 토지 및 위 건물을 통틀어 '이 사건 부동산'이라 한다)을 2007. 2. 10. 매매로 취득하여 2007. 3. 12. 소유권이전등기를 마쳤다.

다. 원고는 2016. 1. 21. 이 사건 부동산을 주식회사 부흥에 17,457,330,000원에 양도하면서, 취득가액을 4,376,922,217원, 필요경비를 909,744,114원으로 계산하여 피고에게 양도소득세 3,179,154,270원을 신고ㆍ납부하였다.

라. ○○지방국세청장은 2016. 9. 26.부터 2016. 10. 14.까지 피고에 대한 종합감사를 실시하여 원고가 양도소득세 신고 시 이 사건 토지의 취득가액에 대한 증빙을 제출하지 않았다는 이유로 이 사건 토지의 취득 당시 실지거래가액을 확인할 수 없다고 보아취득가액을 환산가액으로 하여 양도소득세를 재산정하라고 지적하였다.

마. 이에 따라 피고는 이 사건 토지에 관한 양도소득에서 공제되어야 할 필요경비를'환산가액으로 계산한 취득가액 1,023,182,692원' 및 '구 소득세법(2016. 12. 20. 법률제14389호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제97조 제2항 제2호 본문, 구 소득세법 시행령(2017. 2. 3. 대통령령 제27829호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제163조 제6항에서 규정하는 개산공제액 12,748,841원'의 합계 1,035,931,533원으로 결정하여 2017.3. 7. 원고에게 2016년 귀속 양도소득세 1,408,296,770원(가산세 포함)을 추가로 증액하여 경정ㆍ고지하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

바. 원고는 이에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2017. 9. 8. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증 내지 제4호증, 을 제1, 2호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 2006. 12. 30. 법률 제8144호로 개정된 소득세법은 원칙적으로 실지거래가액에따라 양도가액과 취득가액을 산정하도록 하면서, 실지거래가액을 확인하기 어려운 경우 추계가액(매매사례가액, 감정가액, 환산가액)을 적용하되, 예외적으로 일정한 경우기준시가에 따르도록 정하고 있다. 원고는 ① 1979. 10. 24. **사료를 운영하는 최**으로부터 약 15억 원의 미수금 대신 이 사건 토지의 각 1/2 지분을 대물변제 받았고,② 1987. 8. 16.에 1452, 1452-2 토지의 나머지 각 1/2 지분을 합계 26억 원(3.3㎡당 약 300만 원)에 매수하였으며, ③ 1994. 8. 31. 유○○으로부터 616-93 토지의 1/4지분을 합계 23억 원(3.3㎡당 약 350만 원)에 매수하였는바, 이 사건 토지의 실제 취득가액은 위 각 취득가액을 합산한 64억 원이다. 다만 원고는 2007년경 이 사건 토지 지상에 주차장을 설치하고 주차장 사업을 위하여 장부를 작성하면서, 사업용 토지로 인정받으려면 그 사업에 따른 수입금액이 토지가액의 3% 이상이어야 한다는 세무대리인의 조언에 따라, 이 사건 토지의 장부가액을 2007년 당시 기준시가를 반영하여 환산한 금액인 4,376,922,217원으로 계상하였기 때문에 위 장부상의 금액을 취득가액으로 하여 양도소득세를 신고 납부하였던 것이다. 따라서 피고가 이 사건 처분 시 취득가액으로 인정한 1,023,182,602원은 실거래가에 비하여 지나치게 적은 금액이고, 적어도 이사건 토지 중 1994. 9. 2. 취득한 616-93 토지의 1/4 지분에 관하여는 유○○에게 대금을 지급한 금융자료가 존재하므로, 그 실지거래가액으로 취득가액이 인정되어야 한다. 따라서 이 사건 처분은 이 사건 토지의 취득가액을 과소하게 인정함으로써 양도차익을 과다하게 산정하였으므로 위법하다.

2) 소득세법 부칙<법률 제4803호, 1994. 12. 22.> 제8조에 따르면 1984. 12. 31.이전에 취득한 토지의 의제취득일은 1985. 1. 1.이 되므로, 피고는 이 사건 토지 중 원고가 1979. 10. 31. 취득한 토지지분에 관하여, 취득일의 취득가액은 환산가액으로 계산하고, 그 가액에 의제취득일 전날까지의 보유기간에 생산자물가상승률을 곱하여 계산한 금액을 합산한 금액을 위 토지의 취득가액으로 산정하였다. 그런데 구 소득세법제97조 제2항 제1호에서 규정하는 '실지거래가액'에는 같은 호 나목에 따라 환산가액도 포함되므로, 결국 위 토지에 관하여는 구 소득세법 제97조 제2항 제1호 나목을 적용하여 위 취득가액에 같은 조 제1항 제2호, 제3호에서 규정하는 기타 필요경비(자본적지출액, 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것)를 더한 금액을 양도가액에서 공제하여야 함에도 피고는 그러하지 않았으므로 이 사건 처분은 위법하다. 즉 원고는 이사건 토지 지상의 기존 건물을 철거하고, 주차장을 설치하는 과정에서 주차장 공사비313,680,484원, 세차장 및 농기구 수리소 공사비 201,015,561원, 개발부담금423,636,630원, 중개수수료 180,000,000원, 이행강제금 10,740,000원, 건물철거 및 토지인도 사건 처리비용 1,297,400원, 측량비용 등 기타비용 34,649,410원 합계1,165,019,485원을 필요경비로 지출하였는바, 피고가 주장하는 환산가액을 이 사건 토지의 취득가액으로 인정하더라도, 피고가 주장하는 개산공제액 12,748,841원 대신 원고가실제 지출한 것으로 인정되는 1,165,019,485원(최소한 피고가 인정하는 개발부담금과 중개수수료 합계 603,636,630원)이 기타 필요경비로서 양도가액에서 공제되어야 한다.

3) 설령 이 사건 토지의 필요경비를 계산함에 있어서 구 소득세법 제97조 제2항 제1호 나목이 아닌 같은 항 제2호가 적용되어야 한다고 하더라도, 제2호는 취득가액을 실지거래가액이 아닌 추계가액이나 기준시가에 의하는 경우의 필요경비는 '취득가액 +자산별로 대통령령이 정하는 금액'으로 정하고 있고, 그 위임을 받은 구 소득세법 시행령 제163조 제6항 제1호부터 제4호까지에서 자산별로 그 취득 당시 기준시가에 일정한 비율을 곱한 금액(개산공제액)을 정하고 있는바, 이는 자본적지출액이나 양도비 등의 실제 지출 여부를 묻지 않고 일정한 기준에 의한 개산공제액을 필요경비로 공제할 수 있도록 하는 규정이다. 그런데 2010. 12. 27. 법률 제10408호로 신설된 소득세법 제97조 제2항 제2호 단서에서는 취득가액을 환산가액으로 하는 경우에도 실제 지출된 필요경비가 개산공제액보다 더 큰 경우에는 실제 지출된 필요경비를 선택할 수 있도록 하는 취지로 개정되었으므로, 이러한 경우 원고는 환산취득가액에 실제 지출한 필요경비를 더한 금액을 필요경비로 공제받을 수 있다. 즉 개산공제액은 기타 필요경비에 대응하는 비용일 뿐, 취득가액까지 포함하는 개념은 아니므로, 구 소득세법 제97조 제2항 제2호 단서가 적용될 경우 환산가액(취득가액)과 기타 필요경비의 합계가 필요경비로서 양도가액에서 공제되어야 한다.

결국 구 소득세법 제97조 제2항 제2호가 적용되는 경우에도 원고가 실제로 지출한 기타 필요경비 1,165,019,485원이 이 사건 부동산의 환산취득가액(1,023,182,602원)과구 소득세법 시행령 제163조 제6항에 따라 계산한 금액(12,748,841원)의 합계보다 크므로, 실제 지출한 기타 필요경비와 환산취득가액의 합계 2,188,202,087원(= 1,165,019,485원 + 1,023,182,602원)이 양도차익 계산 시 필요경비로서 공제되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 원고가 이 사건 토지를 취득한 시기별로 이 사건 토지의 개별공시지가와 원고가 취득가액으로 주장하는 실지거래가액 및 피고가 경정한 환산취득가액은 각각 아래표 기재와 같다.

2) 원고는 이 사건 처분 이전인 2016. 12. 28.경 ○○지방국세청에 과세전적부심사를 청구하였고, 과세전적부심사 과정에서 원고와 같은 날 최**으로부터 이 사건 토지

의 1/2 지분을 취득하였던 유○○의 명의로 작성된 다음과 같은 내용의 2016. 3. 14.자 확인서를 제출하였다. 위 확인서의 내용은 인쇄되어 있었고, 우측 하단의 확인자란에는 유○○의 이름과 주민번호, 주소가 자필로 기재되어 있는데, 당시 유○○이 84세의 고령이었음에도 불구하고 위 필체는 고령자가 쓴 것으로는 보이지 않는다.

본인은 이 사건 토지를 평당 75만 원씩 1979년 10월 31일부로 매입하였습니다. 두 필지 전체 면적 14,879㎡/4,501평을 원고와 본인이 1/2인 7,439.5㎡/2,250.5평씩 각각 매입하였습니다. 1452 토지의 본인 지분 3,069.5㎡/929평을 1987. 12. 31. 원고에게 평당300만 원씩에 매도하였고, 또한, 1994. 9. 2.에 616-93 토지를 본인과 조**에게 매도할 것을 요청하였으나, 조**는 개인 사정상 매도하지 않고 등기를 하였고, 본인 지분2,185㎡/661평을 원고에게 평당 350만 원에 매매하였음을 확인합니다.

3) 과세전적부심사 과정에서의 심리담당자가 유금종의 배우자와 통화하였을 때 유○○의 배우자는 '유○○은 뇌경색으로 입원 중으로 인지능력이 전혀 없는 상태이고, 본인은 아는 바가 없으나, 원고가 2016년 초 방문하여 확인서를 수령해간 것이 기억난다.'고 답변하였다. 한편 최**은 위 담당자와의 통화에서 '**사료를 운영하면서 원고가 운영하던 ○○사료상사와 거래했던 것은 사실이지만, 이 사건 토지를 대물변제로 취득했다는 원고의 주장은 사실이 아니고, 양수도 거래를 하였다'고 답변하였으나, 그 거래가액에 대하여는 답변을 하지 않았으며, 조**는 위 담당자와의 통화에서'616-93 토지의 1/4 지분의 취득가액은 세월이 오래 지나 기억이 나지 않는다.'고 답변하고, 또한 당시 투자금액이 1억 원을 초과하였는지 여부를 묻는 질문에는 '당시 1억 원이면 매우 큰 금액이었고, 또한 세월이 오래 지나 계약서 및 금융거래내역도 없어 세무대리인의 권유대로 취득가액을 환산가액인 5,400만 원으로 신고하였다'고 답변하였다.

4) 원고 명의의 ○○은행 계좌에서는 1993. 11. 2. 100만 원이 현금으로, 1993.11. 3. 대체출금으로 969,740,505원이, 수표인출로 600,000,000원이 각 출금된 내역이 있고, 유○○ 명의의 **은행 계좌에는 1993. 11. 2. 972,917,921원이 대체입금 되었고,○○ 명의의 ##투자금융 어음보관 계좌에는 1993. 11. 3. 1,013,100,307원이 어음 입금된 내역이 존재하지만 그 거래상대방은 알 수 없다.

5) 이 사건 토지는 원고가 이 사건 토지를 마지막으로 매수한 1994. 9. 2.로부터 7년 이상 경과한 2002. 1. 4. 건설교통부 고시 제2001-364호 및 2007. 1. 24. @@시 고시 제2007-54호로 개발제한구역에서 해제되었다.

6) 국세통합전산망에 의하면, 이 사건 토지의 전 소유자인 최**과 유○○의 양도소득세 신고내역은 확인되지 않고, 조**는 2016. 1. 21. 이 사건 토지 가운데 616-93 토지의 1/4 지분(2,159㎡)을 주식회사 부흥에 양도한 후, 양도가액을2,742,670,000원으로, 취득가액을 환산가액 54,219,671원(㎡당 25,116원, 평당 83,032원)으로 신고하였다.

7) 원고는 이 사건 토지에 관하여 최초 양도소득세를 신고할 당시에, 주차장 공사비 306,107,484원, 개발부담금 423,636,630원, 중개수수료 180,000,000원의 합계909,744,114원을 필요경비로 신고하였다. 원고가 이 사건 소송과정에서 주장하는 합계1,165,019,485원의 지출내역 중 개발부담금 423,636,630원, 중개수수료 180,000,000원 합계 603,636,630원에 관하여는 영수증 등의 객관적인 증빙이 존재하지만, 세차장 및 농기구 수리소 공사비 201,015,561원, 건물철거 및 토지인도 사건 처리비용 1,297,400원, 측량비용 등 기타비용 34,649,410원에 관하여는 영수증이나 계약서가 아닌 세부내역서 정도의 자료만 존재하고, 이행강제금 10,740,000원 중 일부 금액에 관하여 제출된 납부영수증에는 과세대상이 이 사건 토지 지상의 건물로, 납부자가 류○○로 기재되어 있다. 다만 원고가 주장하는 주차장 공사비 313,680,484원 중 약 2억 8,500만 원상당의 금액에 관하여는 공사비 세부내역서 기재 일자 및 금액과 어느 정도 일치하는 통장인출내역이 존재한다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2호증 내지 제15호증, 을 제3호증 내지 제5호증

(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 원고가 주장하는 이 사건 토지의 실제 취득가액을 인정할 수 있는지 여부 과세처분의 적법성에 대한 입증책임은 과세관청에 있으므로 과세소득확정의 기초가 되는 필요경비도 원칙적으로 과세관청이 그 증명책임을 부담한다. 그러나 필요경비의 공제는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐만 아니라 필요경비의 기초가 되는 사실관계는 대부분 납세의무자의 지배영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증케 하는 것이 합리적인 경우에는 입증의 필요는 납세의무자에게 돌아간다.

(대법원 1992. 7. 28. 선고 91누10909 판결, 대법원 2004. 9. 23. 선고 2002두1588 판결 등).

앞서 인정한 사실에 의하면, 원고가 주장하는 이 사건 토지의 평당 취득가액은 그 당시의 이 사건 토지의 평당 공시지가에 비하여 적게는 9배에서부터 많게는 87배에 이르는 과도한 금액이므로, 위와 같은 객관적인 사정에도 불구하고 원고가 실제로 위와같은 금액으로 이 사건 토지를 취득하였다는 특별한 사정은 원고에게 그 입증책임이 있다고 봄이 타당하다. 그런데 원고가 이 사건 토지를 그 주장과 같은 금액으로 취득하였다거나 당시 발생한 특수한 상황으로 인하여 원고 주장의 가격이 시가였다는 사실을 인정할 수 있는 객관적인 증거는 존재하지 아니하고, 오히려 앞서 인정한 사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 1979. 10. 31. 이 사건 토지의 1/2 지분을 최**으로부터 대물변제조로 평당 75만 원에 취득하였다는 주장에 관하여는 원고에게 이 사건 토지를 대물변제조로 소유권을 이전한 것이 아니라는 최**의 반대진술이 존재하는 점, ② 유○○으로부터 1987. 12. 31.에 1452, 1452-2 토지의 1/2 지분을 평당300만 원에, 1994. 9. 2.에 616-93 토지의 1/4 지분을 평당 350만 원에 취득하였다는 사실에 부합하는 듯한 유○○ 작성의 사실확인서는 그 작성시기와 형식, 필체, 유○○의 나이와 건강상태 등에 비추어 그 내용의 신빙성을 인정하기 어려운 점, ③ 원고가 1994. 9. 2. 유○○으로부터 616-93 토지의 1/4 지분을 취득하면서 대금을 지급한 내역이라고 주장하는 금융자료는 위 토지의 취득시기 및 지급금액과 서로 일치하지 아니하므로, 위 토지의 취득대금을 지급한 내역이라고 보기 어려운 점, ④ 원고가 이 사건 토지를 마지막으로 취득한 날로부터도 7년 이상 경과한 후에야 이 사건 토지가 개발제한구역에서 해제된 점, ⑤ 616-93 토지의 1/4 지분을 1987. 12. 31. 취득하였다가 2016. 1. 21. 매도한 조**의 경우에도 위 토지지분의 취득가액을 평당 83,032원 정도의 환산가액으로 신고하였던 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 토지의 실제 취득가액에 관한 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

따라서 피고가 이 사건 처분을 하면서 이 사건 토지의 취득가액이 불분명한 경우라고 보아 구 소득세법 제97조 제1항 제1호 나목에 따라 환산가액에 의한 취득가액을 인정한 것은 적법하고, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2) 구 소득세법 제97조 제2항 제1호 나목의 적용 가부

구 소득세법 제97조 제1항은 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 취득가액(제1호), 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것(제2호), 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것(제3호)로 한다고 규정하고 있다. 이에 대하여 같은 조 제2항은 제1호에서는 '취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비'에관하여 규정하면서 실지거래가액에 대통령령으로 정하는 자본적지출액 및 양도비를 더하도록 규정하고, 제2호 본문에서는 '그 밖의 경우의 필요경비'에 관하여 규정하면서 기준시가, 매매사례가액, 감정가액, 환산가액에 자산별로 대통령령이 정하는 금액을 더한 금액을 필요경비로 한다고 규정하고 있다. 이때 제2항 제1호는 실지거래가액과 관련하여 가목에서 '제97조 제1항 제1호 가목 본문의 실지거래가액'을, 나목에서 '환산가액에 의하여 취득 당시의 실지거래가액을 계산하는 경우로서 법률 제4803호 부칙 제8조에 따라 취득한 것으로 보는 날 전에 취득한 자산의 취득가액을 취득 당시의 실지거래가액과 그 가액에 취득일부터 의제취득일의 전날까지의 보유기간의 생산자물가상승률을 곱하여 계산한 금액을 합산한 가액에 의하는 경우에는 그 합산한 가액'을 규정하고 있는바, 나목의 경우에도 법률 제4803호 부칙 제8조에 따라 1984. 12. 31. 이전에취득한 것을 1985. 1. 1.에 취득한 것으로 의제하기 때문에 실제취득일과 1985. 1. 1.사이의 생산자물가상승률을 반영하기 위하여 환산가액에 의하게 된 것일 뿐, 그 기초 되는 금액은 취득 당시의 실지거래가액임이 분명하다.

따라서 이 사건 토지 중 1984. 12. 31. 이전에 취득한 것으로서 1985. 1. 1.에 취득한 것으로 의제되는 1979. 10. 31.자로 취득한 토지지분의 경우에도, 그 실지거래가액을 알 수 없는 이상, 취득 당시의 실지거래가액을 기초로 하는 구 소득세법 제97조 제2항 제1호 나목이 적용된다고 볼 수는 없다. 결국 원고의 이 부분 주장은 이유 없다

(나아가 원고는 구 소득세법 제100조 제1항의 규정을 들어 '실지거래가액'이 '매매사가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액'을 모두 포함하는 의미라고도 주장하나, 구 소득세법 제97조제1항 제1호 가, 나목과 제2항 제1호, 제2호는 '실지거래가액'과 '매매사례가액, 감정가액, 환산가액'을 분명하게 구분하여 규정하고 있으므로, 원고의 위 주장도 받아들이지 않는다).

3) 구 소득세법 제97조 제2항 제2호 단서의 해석 및 그 적용 가부

구 소득세법 제97조 제2항 제2호 본문은 자산의 취득 당시 실지거래가액을 확인할 수 없어 취득가액을 추계하여야 하는 경우에는 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(이하'매매사례가액 등'이라 한다)에 의하여 산정하도록 하면서, 취득가액은 납세의무자가 제로 지출한 비용인지 여부가 확인되지 아니하였음에도 필요경비로 공제하는 것임을 감안하여 자본적 지출액이나 양도비 등의 기타 비용도 실제 지출 여부를 묻지 않고 자산별로 취득 당시 기준시가에 일정한 비율을 곱한 금액(개산공제액)을 필요경비로 공제할 수 있도록 하는 것이 합리적이라는 견지에서 구체적인 금액을 대통령령으로 정하도록 위임하고 있다. 따라서 실지거래가액을 자산의 양도가액으로 하여 양도차익을 산정하면서 양도가액에서 공제하는 필요경비 중 하나인 취득가액을 자산 취득 당시의 매매사례가액 등에 의하는 경우에는 납세의무자가 구 소득세법 제97조 제1항 제2호, 제호에서 정한 자본적 지출액이나 양도비 등의 비용을 실제로 지출하였다고 하더라도 원clr적으로 개산공제액 외에 이를 필요경비로 공제할 수 없다(대법원 2015. 10. 15. 선고2011두24286 판결 참조).

한편 2010. 10. 27. 법률 제10408호로 신설된 소득세법 제97조 제2항 제2호 단서는제97조 제1항 제1호 나목에 따라 취득가액을 환산가액으로 하는 경우로서 제1항 제1호 나목에 따른 환산가액과 본문 중 대통령령으로 정하는 금액의 합계액'(가목)이 '제97조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 금액의 합계액'(나목)보다 적은 경우에는 나목의 금액을 필요경비로 할 수 있다고 규정하고 있다.

위 규정의 내용은 그 문언 상 나목의 금액이 가목의 금액보다 큰 경우, 예외적으로'나목의 금액'을 필요경비로 할 수 있다는 것이고, 앞서 살핀 구 소득세법 제97조 제2항 제2호 본문의 규정취지에 비추어 보더라도 위 단서규정은 가목에서 규정한 금액과 나목에서 규정한 금액 중 어느 것을 필요경비로 할 것인지를 선택할 수 있도록 한 것뿐이라고 해석함이 타당하며, 원고의 주장과 같이 위 단서규정에 해당할 경우 '가목에 규정된 항목 중 환산가액에다가 나목에 규정된 금액을 더한 금액'을 필요경비로 한다는 의미라고 이해되지는 아니한다. 즉 2010. 10. 27. 신설된 위 단서부분의 규정취지는 객관적으로 지출사실이 확인되는 기타 필요경비(자본적지출액, 양도비 등)가 다액이어서 환산가액으로 계산한 취득가액과 개산공제액의 합계보다도 클 경우 납세자의 선택에 따라 필요경비를 [환산가액 + 개산공제액] 대신 [자본적지출액 + 양도비]로 계산이 가능하도록 납세자에게 선택권을 부여하려는 것이고, 국세청이 발간한 '2016년 양도소득세 실무해설'에서도 위와 같은 취지로 위 규정을 해석하고 있다.

한편 원고가 기타 필요경비로 지출하였다고 주장하는 금액 합계 1,165,019,485원이 피고가 필요경비로 인정한 환산가액에 따른 취득가액 1,023,183,692원과 개산공제액12,748,841원의 합계 1,035,931,534원보다 많으므로, 만약 원고가 주장하는 기타 필요경비 지출사실이 모두 인정된다면, 위 1,165,019,485원이 구 소득세법 제97조 제2항 제2호 단서에 따라 '양도가액에서 공제할 필요경비 총액'으로 인정될 수는 있을 것이다.

그러나 위 1,165,019,485원 중 피고가 기타 필요경비로 지출되었음을 다투지 아니하여 개발부담금 423,636,630원, 중개수수료 180,000,000원의 합계 603,636,630원에 관하여만 '이 사건 토지의 소유권 확보 및 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의 등을 위하여 실제로 지출한 비용'이라는 점에 관한 객관적이고 분명한 증거가 존재함은 앞서 살핀 것과 같고, 여기에 설령 주차장 공사비 313,680,484원 중 원고의 주장과 어느 정도 일치하는 통장인출내역이 존재하는 2억 8,500만 원 상당의 금액 역시 기타 필요경비로 지출된 것으로 인정하는 경우를 가정하여 보더라도, 그 합계금액인 999,636,630원(=603,636,630원 + 2억 8,500만 원)만으로는 피고가 이 사건 처분을 하면서 인정한 '환산가액에 의한 취득가액과 개산공제액의 합계' 1,035,931,534원에 미치지 못한다. 결국이 사건 토지에 관하여 지출된 필요경비의 경우 구 소득세법 제97조 제2항 제2호 단서 나목의 금액이 같은 단서 가목의 금액보다 크다는 사실이 인정되지 아니하므로, 이 사건은 위 단서규정이 적용되는 경우에도 해당하지 아니한다. 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

4) 소결론

따라서 피고가 이 사건 처분을 하면서 구 소득세법 제97조 제2항 제2호 본문을 적용하여 환산가액으로 계산한 이 사건 토지의 취득가액에 개산공제액을 더한 금액을 필요경비로 인정한 것은 적법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

1)갑 제1호증의 기재에 의하여 이와 같이 특정한다.