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주문
1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.
이유
1. 기초사실
가. 당사자들의 관계 1) 원고는 2004. 1. 10.경 수출입 화물의 집하, 하역, 분류, 보관, 통관 등 화물터미널 사업, 보세운송사업 등을 목적으로 44개 중소 국내 물류기업 등이 출자하여 설립한 법인으로, 인천 중구 운서동 일원에 있는 인천국제공항 자유무역지역 공항물류단지(이하 ‘이 사건 공항물류단지’라 한다
)에서 항공화물 창고시설을 건설하여 물류업을 영위하고 있다. 2) 피고는 인천국제공항의 관리ㆍ운영 및 그에 따른 관련 사업을 하면서 이 사건 공항물류단지 내 토지의 소유자이다.
나. 임대차계약의 체결 등 1) 원고는 2004. 3. 18.경 피고와 이 사건 공항물류단지의 소유자인 피고로부터 이 사건 공항물류단지 중 79,071㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다
)를 2054. 3. 30.까지 임차하기로 하는 내용의 인천국제공항 자유무역지역 사업시행에 관한 실시협약을 체결하였다(이하 ‘이 사건 실시협약’이라 한다
). 2) 이 사건 임대차계약 이후 원고는 약 295억 원을 투자하여 이 사건 토지 지상에 연면적 49,260㎡ 규모의 항공화물 창고시설을 건설하였으며, 2006. 4. 11.경부터 현재까지 이를 운영하고 있다.
3) 원고는 피고에게 임대차계약 체결 이후 현재까지 매 분기별로 임대료를 납부하여 왔다. 다. 인센티브 제도의 도입 등 1) 국토교통부(당시는 국토해양부) 장관은 2011. 6. 22.경 인천국제공항 배후 물류단지의 활성화를 위하여 물류단지에 투자하는 기업에 대한 인센티브를 강화하는 토지임대료 인센티브 정책(이하 ‘이 사건 인센티브 제도’라 한다)을 발표하였고, 그 주요 내용은 아래와그 동안 외국기업에게만 적용해 오던 투자금액에 따른 토지 임대료 감면을 아래 표와 같이 국내기업에게까지 확대하고, 외국에서 물품을 수입해...