가. 청구법인은 1956.10.17.부터 현재까지OOO를 본점소재지로 하여 건설업 등을 영위하는 법인사업자로, 2010년～2012년 기간 중 OOO공사로부터 도급받아 OOO 보금자리주택개발 공사용역을 제공하고 총 택지개발공사비를 국민주택부지 면적비율(전체 택지면적에서 국민주택부지 면적이 차지하는 비율)로 안분한 금액을「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제106조 제1항 제4호에 따라 부가가치세 면제대상인 국민주택건설용역 관련 공급가액으로 보아 부가가치세 및 법인세를 신고하였다.

나. 처분청은 청구법인의 부가가치세 신고내용에 대한 조사를 실시한 결과, 총 택지개발공사비 중 토공사 및 현장사무소 설치공사비를 국민주택부지 면적비율로 안분한 금액만 부가가치세 면제대상인 국민주택건설용역 관련 공급가액으로 보고, 그 외 사회기반시설 건설용역(도로·옹벽·교량·방음벽·배수·유수지·하천 및 오수 공사로서, 이하 “쟁점용역”이라 한다)은 국민주택건설용역이 아닌 부가가치세 과세대상으로 보아 2015.4.15. 청구법인에게 부가가치세 2010년 제2기분OOO원, 2011년 제2기분OOO원, 2012년 제1기분OOO원, 2012년 제2기분OOO원 합계OOO 및 2010사업연도 법인세OOO을 각 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2015.7.10. 이의신청을 거쳐 2016.4.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

<주위적 청구 >

(1) OOO단지는 「국민주택건설 등에 관한 특별조치법」제5조에 따라 OOO공사에 의해 개발된 일단의 단지로, 사회기반시설공사는 주택단지 조성에 부수되는 필수용역이므로 전체 면적 중 국민주택규모 이하 주택단지의 면적의 비율만큼 부가가치세 면제대상으로 보아야 한다.

(가) (국민주택단지 조성과 관련된 필수불가결한 용역) OOO 보금자리주택지구는 「국민주택건설 등에 관한 특별조치법」제5조에 따라 OOO공사에 의해 개발된 일단의 단지이며, 주택건설기준 등에 관한 규정에 의거 토공사 외 필수적으로 부수되는 부대시설 및 관련용역(옹벽, 배수공사, 저수공사), 간선시설 및 관련용역(도로, 급수공사, 오수공사) 등으로 구성되었는바, 처분청은 국민주택 부속토지 건설공사에 필수적으로 부수되는 쟁점용역을 국민주택건설용역과 무관하여 부가가치세 과세대상이라고 주장하나 국민주택단지 기본계획과 주택법령 등에 따라 쟁점용역은 국민주택단지에 부수되는 필수용역이므로 전체 단지조성 일괄용역에 국민주택부지 면적비율이 공통으로 제공되는 것이라고 봄이 타당하다. 국민주택 및 그 주택의 건설용역은 국민주택단지 안이나 밖의 위치 우연성으로 판단할 것이 아니라 사회간접시설의 필수적인 부수성과 공사계약의 일괄성 등을 고려하여 과세·면세를 판단하여야 한다.

(나) (세부공사내역의 일괄성) 처분청은 세부공사내역을 기준으로 대지조성 및 도시기반시설공사 관련 토목공사 27종 공정을 구분한 후 개별적으로 판단하였다. OOO 보금자리주택지구의 세부공사내역은 공정관리상 선행공정과 후행공정으로 구분한 것으로 선행공정 및 후행공정을 완료하여야 국민주택단지 기본계획이 요구하는 기능을 갖는 일괄성을 가진다. 청구법인은 일괄 단지조성공사 특성상 토목공사 1(토공사 절토), 토목공사 2(토공사-반출토), 토목공사 3(지장물 철거공사) 등 선행공정을 완료한 후 후속공정인 토목공사 6(배수공사)～토목공사 21(부대시설공사)을 시공하였으며, 국민주택부지조성과 구분가능한 별도의 공정은 토목공사 24(기타공사-가배수로, 공용주차장 등) 뿐이다.

(다) (국민주택단지 부지면적 확정 지연) 청구법인이 OOO단지 공사용역 제공 중에도 국민주택부지와 관련된 지구조성계획이 국민임대주택단지 지구개발에서 보금자리 주택지구로 수시 변경되었고, OOO단지 조성 및 아파트 분양을 시행한 OOO공사가 지구계획변경 및 실질적 과세·면세 구분권한을 가지고 있었다. OOO단지를 일괄 공사한 청구법인은 OOO공사가 제시한 국민주택부지 면적비율에 따라 부가가치세 및 법인세를 신고·납부한 것인바, 이에 따르지 아니할 경우 기성청구도 거의 불가능한 사항이었으며, OOO단지 입찰시 국민주택부지 면적비율 27.9% 기준으로 부가가치세를 신고·납부하였으나, 최종 국민주택건설용지 조성비율은 34.58%로 변경되었다.

<예비적 청구 >

(2) 청구법인은 계약서 및 기성청구 승인권자인 OOO공사가 국민주택부지 면적비율로 면세 적용한 것을 신뢰하여 단지 OOO공사로부터 부가가치세를 징수해 이를 그대로 납부한 것에 불과하며, 부가가치세 미납으로 별도의 이익을 얻는 것도 아니었다. 따라서, 청구법인이 부가가치세 납부를 해태할 의도가 있었다고 보기 어려우므로 이 건 과세처분 중 가산세를 가산한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

<주위적 청구 >

(1) 청구법인은 사회간접시설에 대한 공사가 주택단지 조성에 필수적인 부수용역이므로 전체 공사면적 중 국민주택규모이하 주택단지의 면적비율에 따라 안분하여 과세표준을 계산하는 것이 타당하다고 주장하나,

(가) 조특법 제106조 제1항 제4호는 국민주택 및 그 건설용역을 부가가치세 면세대상으로 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제106조 제4항은 국민주택 건설용역을 규정하고 있는바, 하수관거, 유수지, 도로, 하천 등 사회간접시설 공사에 대하여 면세로 규정한 바 없으며, 다수의 판례(대법원 2003.1.24. 선고 2002두9537 판결 외)에서 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유없이 확장해석 하거나 유추 해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다고 판시하였다. 따라서, 국민주택단지 밖 사회간접시설 관련 건설용역의 제공을 국민주택건설용역에 해당한다는 취지의 청구법인의 주장은 조세의 감면대상을 부당하게 확대 해석함으로써 법리를 오해한 것이며 부가가치세가 면제되는 국민주택건설용역을 엄격히 적용해야 할 것이다.

(나) 또한, 청구법인 주장대로 사회간접시설에 대한 공사가 그 위치를 불문하고 사업지 내 입주자들의 주거생활을 위해 필수불가결한 시설이고 공동으로 이용하는 시설물이므로 모두 주택 부대시설에 포함되며 이를 소형주택 면적비율 만큼을 면세로 보아야 한다면 해당 택지공사 뿐 아니라 해당 택지와 물리적인 경계가 없는 지역의 인접한 도로 및 기타시설도 해당 주택지역과 무관하지 않으며 공동으로 이용하게 된다면 이 또한 부대시설로 보아야 하며 이와 같은 주장이 무한히 확장되는 결과를 초래하게 된다.

(다) 동일한 사안의 심판례에서도 국민주택단지 밖에 위치한 사회간접시설공사용역은 주택건설촉진법령에서 규정하는 국민주택부대시설이나 복리시설에 해당하지 아니하여 국민주택건설용역에 부수하여 공급되어 부가가치세 면제대상으로 보이지 않으므로 청구주장은 받아들이기 어렵다고 한 바 있으며(조심 2012중1433, 2012.8.14.), 국세청에서도 국민주택건설용역이라 함은 국민주택규모의 상시 주거용 건물과 이에 부속되는 토지의 조성 등을 위한 건설용역을 말하는 것이므로 건물에 부속되지 아니하는 교량건설용역은 국민주택건설용역에 해당되지 아니한다고 회신한 바 있다(부가 46015-2645, 1993.11.10.). 따라서, 국민주택단지 밖 사회간접시설 관련 쟁점용역은 조특법 제106조 제1항 제4호의 부가가치세 면제대상에 해당되지 아니한다.

(라) 한편, 청구법인은 「국민주택건설 등에 관한 특별조치법」제5조의 규정에 의하여 개발된 보금자리주택단지이므로 관련공사를 국민주택단지 면세비율에 따라 안분 계산하는 것이 타당하다고 주장하나, 조특법 등 법령에서 보금자리주택단지에 대하여 면세로 정하는 규정을 정한 바 없으므로 청구주장은 이유가 없으며, 청구법인은 당초 부가가치세 신고시 국민주택부지 면적비율 27.9%를 적용하여 신고·납부하였으나, 최종 국민주택부지 면적비율은 34.6%로 매출을 오히려 과다하게 신고하였다고 주장하나, 처분청의 이 건 과세처분은 청구법인의 국민주택부지 면적비율에 따라 계산한 금액을 부인하고 사회간접시설 용지 조성공사에 대하여 전체를 과세되는 용역으로 보아 경정한 것으로, 당초 국민주택부지 면적비율의 변화는 이 건 쟁점과 관련 없는 사항이다.

<예비적 청구 >

(2) 청구법인은 계약서 및 기성청구 승인권자인 OOO공사가 국민주택부지 면적비율로 면세 적용한 것을 신뢰하여 단지 OOO공사로부터 부가가치세를 징수해 이를 그대로 납부한 것에 불과하므로 이는 가산세 감면의 정당한 사유에 해당한다고 주장하나, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 않고, 법령의 부지 또는 오인은 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없는 것이다. 따라서, 과·면세 계산을 적정히 하여 세금계산서를 교부할 의무는 청구법인에게 있는바, 청구법인이 주장하는 사정은 가산세를 면제할 정당한 사유에 해당하지 아니한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① (주위적 청구) 쟁점용역이 부가가치세 면제대상인 국민주택건설용역에 해당하는지 여부

②(예비적 청구) 가산세 감면의 정당한 사유가 있는지 여부

나. 관련 법령 등

(1) 조세특례제한법(2011.1.1. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것)제106조(부가가치세의 면제 등) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다. 이 경우 제1호부터 제3호까지 및 제9호는 2012년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하고, 제4호의2 및 제11호는 2011년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하며, 제8호는 2010년 12월 31일까지 실시협약이 체결된 것에만 적용한다.

4. 대통령령으로 정하는 국민주택 및 그 주택의 건설용역(대통령령으로 정하는 리모델링 용역을 포함한다)

(2) 조세특례제한법 시행령(2011.1.1. 대통령령 제22583호로 개정되기 전의 것) 제106조(부가가치세의 면제 등) ④ 법 제106조 제1항 제4호에서 "대통령령으로 정하는 국민주택 및 그 주택의 건설용역"이란 다음 각 호의 것을 말한다.

1. 제51조의2 제3항에 규정된 규모 이하의 주택

2. 제1호의 규정에 의한 주택의 건설용역으로서 「건설산업기본법」·「전기공사업법」·「소방법」·「정보통신공사업법」·「주택법」·「하수도법」 및 「가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률」에 의하여 등록을 한 자가 공급하는 것

3. 제1호의 규정에 의한 주택의 설계용역으로서 「건축사법」, 「전력기술관리법」,「소방시설공사업법」,「기술사법」및「엔지니어링 기술진흥법」에 따라 등록 또는 신고를 한 자가 공급하는 것

(3) 조세특례제한법 기본통칙 106-0…1【국민주택부대시설의 부가가치세 면제】국민주택에 해당하는 집단주택의 부대설비 및 복리시설을 주택공급과 별도로 공급하는 경우에는 부가가치세를 면제하지 아니하나 동 설비시설을 주택의 공급에 부수하여 공급하고 그 대가를 주택의 분양가격에 포함하여 받는 경우에는 동 부가가치세를 면제한다.

(4) 국세기본법제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 부가가치세 조사종결보고서(2015년 2월)에 의하면, 다음과 같은 내용이 나타난다.

1) (청구법인의 신고내용) 청구법인은 각 회 기성청구시 청구대상 금액 중 OOO공사의 공사입찰 공고시 택지조성공사 면적 중 국민주택규모 이하 주택단지 면적의 비율에 따라 구분하여 면세 수입금액으로 신고하고 나머지 금액을 과세매출로 신고하였다.

2) (처분청의 조사내용) OOO 보금자리주택지구에 대한 기성청구내역서 및 기성청구 건별 세부공사시행내역을 검토한 결과, 직접공사비 세부항목 30개 중 토공사에 해당하는 절토, 토사반입, 성토, 지장물 철거공사 비용과 현장사무소 운영비용은 국민주택규모 이하 주택단지의 조성에 직접 관련되므로 면세비율에 따라 구분하여 매출 과세표준을 계산하는 것이 타당하며, 위 토공사 등 이외의 배수관로, 배수관거, 유수지, 하천, 교량, 방음벽 등 공사는 주택단지 밖의 토지에 대하여 설치한 사회간접시설공사로서 주택단지 내부에 인입되기 이전단계까지만 공사하므로 국민주택규모 이하 주택의 공급에 직접 부수된다고 볼 수 없다.

3)처분청의 이 건 과세기간별 과세표준 재계산내역은 아래 <표1>과 같다.

<표1> 과세기간별 과세표준 재계산내역

(나) 국토교통부 OOO 보금자리주택지구 지정변경 및 지구계획변경 승인고시(제2013-931호, 2014.1.2.)에 의하면, OOO 보금자리주택지구 토지이용계획은 아래 <표2>와 같이 나타난다.

<표2> OOO 보금자리주택지구 토지이용계획

(다) 청구법인은 쟁점용역 내에 국민주택단지가 포함되어 있어 전체 공급면적(757,334.4㎡)에서 국민주택면적 이하 공급면적[261,868㎡(34.6%)]에 해당하는 금액을 안분하여 각 기성별로 세금계산서와 계산서를 OOO공사에 교부하였으나, 처분청은 면세 공급가액에 대하여 모두 과세 공급가액으로 보아 2010년 제2기～2012년 제2기 부가가치세 합계OOO원 및 2010사업연도 법인세OOO원을 각 경정·고지하였다.

(라) 청구법인은 쟁점용역이 부가가치세 면세대상이고 가산세 감면사유에 해당한다는 청구주장에 대한 증빙으로 주택단지 내 조성용역 설명서 및 단지 기본계획서, 국민주택단지 기반시설 부가가치세 면세비율 산정 승소사례(OOO지방법원 2012구합14874 판결), 쟁점용역 입찰내역서 및 세부공사내역, 기성청구 승인서, 가산세 부과취소 관련 판례(OOO법원 2014구합74855 판결) 등을 제출하였다.

(2) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다.

(가) 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석 하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한 것(대법원 2003.1.24. 선고 2002두9537 판결, 같은 뜻임)이며, 조특법 제106조 제1항 제4호는 대통령령으로 정하는 국민주택 및 그 주택의 건설용역에 대하여 부가가치세를 면제한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제51조의2 제3항, 제106조 제4항 제1호 및 제2호는 대통령령이 정하는 국민주택 및 그 주택의 건설용역이라 함은 「주택법」에 따른 국민주택 규모 이하의 주택 및 그 주택의 건설용역으로서 「건설산업기본법」·「전기공사업법」·「소방법」·「정보통신공사업법」·「주택법」 및 「오수·분뇨 및 축산폐수의 처리에 관한 법률」에 의하여 등록을 한 자가 공급하는 것이라고 규정하고 있는바, 여기서 부가가치세가 면제되는 것은 국민주택 그 자체의 공급과 국민주택의 건물 건설공사, 부속토지 건설공사 및 주택건설에 있어 필수적으로 부수되는 전기공사, 소방공사 등 용역의 공급을 가리키는 것이라고 한정적으로 해석하여야 할 것(대법원 1992.2.11. 선고 91누7040 판결, 같은 뜻임)이다.

(나) 또한, 주택단지 밖의 토지조성공사와 기타시설공사는 국민주택 그 자체의 공급이나 국민주택의 건설용역이 아닐 뿐 아니라 국민주택 건설에 필수적으로 부수되는 건설용역이라고 볼 수도 없으므로 조특법 제106조 제1항 제4호에 따라 면세되는 용역에 해당하지 아니한다 할 것(조심 2012중1433, 2012.8.14., 같은 뜻임)인바, 처분청이 주택단지 밖의 사회기반시설공사에 해당하는 쟁점용역의 공사비를 부가가치세 과세대상으로 보아 부가가치세와 법인세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(3) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다.

(가) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하는 반면, 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니라거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 볼 만한 사정이 있을 때 등 그 의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에 한하여 이를 부과할 수 없다 할 것(대법원 1997.8.22. 선고 95누15404 판결, 같은 뜻임)인바,

(나) 청구법인이 조특법 제106조 제1항 제4호에서 면세대상으로 규정한 국민주택 건설용역에 해당하지 아니하는 건설용역까지 면세인 것으로 보고 계산서를 교부하고 부가가치세 및 법인세를 신고함에 있어 청구법인이 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니라거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 볼 만한 사정이 있는 등 그 의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있었다고 보기 어려우므로 처분청이 청구법인에게 가산세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.