2. 원고의 항소를 기각한다.

3. 소송총비용 중 3/5은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

피고가 2013. 11. 25. 및 2014. 1. 10. 원고에 대하여 한 별지 1 처분목록 기재 각

부가가치세 본세 및 가산세 부과처분을 모두 취소한다.

2. 항소취지

가. 원고 : 제1심 판결 중 원고 패소부분을 취소한다. 피고가 2013. 11. 25. 및 2014.

1. 10. 원고에 대하여 한 별지 1 처분목록 기재 각 부가가치세 본세 부과처분을 모두

취소한다.

나. 피고 : 제1심 판결 중 피고 패소부분을 취소하고, 그 취소부분에 해당하는 원고

의 청구를 기각한다.

나. 서울특별시는 AA공사가 시행하는 국민주택 건설용역사업에 대한 부가가치세 납부실태 및 개선방안을 검토한 결과, 한 사업지구 내에서 국민주택과 국민주택규모 초과 공동주택을 함께 건설하는 경우 '전체 건설용역에 대한 부가가치세 중 총 유상공급 면적에서 국민주택 건설용지 면적이 차지하는 비율에 상응하는 부가가치세는 면제된다고 보아, AA공사에 아직 부가가치세 상당액이 지급되지 않은 국민주택 건설사업과 관련하여서는 시공사와의 설계변경을 통해 공사대금 감액조치를 취하라고 지시하였다.

다. AA공사는 이에 따라 이 사건 공사와 관련하여 전체 공동주택 건설부지 중 국민주택규모를 초과하는 건설부지 비율(48.62%)에 상응하는 공사대금만 부가가치세 부과대상에 해당하고, 국민주택 건설부지 비율(51.38%)에 상응하는 공사대금은 부가가치세 면제대상에 해당한다고 보아 원고에게 위 국민주택규모를 초과하는 건설부지비율에 상응하는 공사대금에 대한 부가가치세 1,186,830,677원2)을 포함한 공사대금26,397,000,000원을 지급하였고, 원고는 위 1,186,830,677원을 2008년 제2기부터 2012년 제1기까지의 부가가치세로 신고・납부하였다.

라. 서울지방국세청장은 AA공사에 대하여 법인사업자 통합조사를 실시한 결과 원고가 AA공사에 공급한 용역은 그 전체가 국민주택 건설용역과 관련이 없으므로 부가가치세가 면제되는 국민주택 건설용역에 해당하지 않는다고 보고 관련 과세자료를 피고에게 통보하였고, 피고는 2013. 11. 25. 및 2014. 1. 10. 원고에게 별지 1처분목록 기재와 같이 2008년 제2기부터 2012년 제1기까지의 부가가치세(가산세 포함)를 경정・고지(이하 '이 사건 처분'이라 한다)하였다.

마. 원고가 이에 불복하여 2014. 2. 17. 이의신청을 하였으나, 2014. 4. 2. 기각결정을 받았고, 다시 2014. 6. 9. 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2015. 2. 25. 기각결정을 하였다.

2. 이 사건 처분 중 가산세 부분에 대한 직권판단

행정처분이 취소되면 그 처분은 효력을 상실하여 더 이상 존재하지 않는 것이고, 존재하지 않는 행정처분을 대상으로 한 취소소송은 소의 이익이 없어 부적법하다(대법원2010. 4. 29. 선고 2009두16879 판결 등 참조).

기록에 의하면, 피고가 당심 소송계속 중인 2016. 8. 9.경 제1심 판결의 취지에 따라제1심 판결 중 피고 패소부분에 해당하는 가산세 부분을 직권취소하여 감액경정한 후이를 원고에게 통지한 사실이 인정되는바, 피고가 이 사건 처분 중 가산세 부분을 직권취소한 이상 그 부분에 대한 원고의 소는 이미 소멸하고 없는 처분에 대한 것으로서부적법하게 되었다.

3. 이 사건 처분 중 본세 부분의 적법 여부에 대한 판단

가. 원고의 주장

1) 이 사건 공사는 국민주택을 건설하기에 앞서 먼저 공급되어야 하는 반드시 필요한 용역이므로, 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호, 같은 법 시행령 제106조 제4항 제2호가 정한 부가가치세 면제대상인 '국민주택 건설용역'에 해당한다.

2) 이 사건 공사는 부가가치세법령상 주된 거래인 국민주택 건설용역의 공급에 필수적으로 부수하여 제공되는 용역 또는 주된 사업인 국민주택 건설용역사업과 관련하여 일시적으로 공급되는 용역에 해당하므로, 부가가치세 면제대상에 해당한다.

다. 판단

1) 이 사건 공사가 국민주택 건설용역에 해당하는지 여부

가) 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호는 '대통령령으로 정하는 국민주택과 그 주택의 건설용역에 대하여는 부가가치세를 면제한다.'고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제106조 제4항 제1호, 제2호는 위 '대통령령으로 정하는 국민주택 및 그 주택의 건설용역'이란 '주택법에 따른 국민주택 규모 이하의 주택 및 건설산업기본법, 전기공사업법, 소방법, 정보통신공사업법, 주택법, 하수도법, 가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률에 의하여 등록을 한 자가 공급하는 국민주택 규모 이하의 주택의 건설용역'을 말한다고 규정하고 있으므로, 위 법령에 의해 부가가치세가 면제되는 것은 국민주택 그 자체의 공급과 그 국민주택의 건설에 있어 필수적인 건설용역이나 전기공사용역, 소방용역 등의 관련 건설용역의 공급을 가리키는 것이라고 해석하여야 한다(대법원 1992. 2. 11. 선고 91누7040 판결 등 참조).

나) 앞서 든 증거 및 을 제6호증의 기재와 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 위와 같은 법리에 비추어 보면, 이 사건 공사는 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호에 의하여 부가가치세가 면제되는 국민주택 건설용역에 해당한다고 볼 수 없다.

(1) 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다고 할 것인바(대법원 1998. 3. 27. 선고 97누20090 판결, 대법원 2012. 3. 15. 선고 2011두14524 판결 등 참조), 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호, 같은 법 시행령 제106조 제4항 제1호, 제2호에서 부가가치세의 면제대상을 '국민주택 건설을 위한 용역'이나 '국민주택 건설과 관련된 용역'이 아닌 '국민주택의 건설용역'으로 규정하고 있는 점에 비추어 이는 국민주택 자체의 건설용역만을 의미한다고보아야 하고, 이 사건 공사와 같이 국민주택 등의 건설에 앞서 독자적으로 진행된 단지조성공사까지 이에 포함되는 것으로 볼 수는 없다.

(2) AA공사는 택지조성사업과 주택건설사업을 구별하여 시행하면서 담당부서를 별도로 두고 있고, 이 사건 사업지구에 관하여도 단지조성공사 도급계약은 원고 및 주식회사 OO과 체결한 반면 국민주택 건설공사 도급계약은 다른 업체와 체결하였다.

(3) 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호의 입법취지가 국민주택의 수요자인 서민들에게 보다 저렴한 가격으로 주택을 공급받을 수 있도록 지원하는데 있다고 하더라도, 이는 국민주택 자체의 건설용역에 대하여 부가가치세를 면제하는 방법을 통해서도 상당부분 달성될 수 있는 것인바, 입법자가 그 적용범위를 무조건 확대하여 국민주택의 건설과 관련 있는 모든 용역에 대해 부가가치세를 면제하고자 하는 의도에서 위와 같은 규정을 입법하였다고 보이지는 아니한다.

다) 따라서 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

2) 이 사건 공사가 국민주택 건설용역의 부수용역인지 여부

가) 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제1조 제4항은 '주된 거래인 재화 또는 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다.'고 규정하고 있고, 같은 법 제12조 제3항은 '부가가치세가 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다.'고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령(2013. 6. 28. 대통령령 제24638호로 개정되기 전의 것) 제3조에서는 '구 부가가치세법 제1조 제4항의 규정에 의하여 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 보는 재화 또는 용역'으로 '당해 대가가 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급대가에 통상적으로 포함되어 공급되는 재화 또는 용역(제1호)', '거래의 관행으로 보아 통상적으로 주된 거래인 재화또는 용역의 공급에 부수하여 공급되는 것으로 인정되는 재화 또는 용역(제2호)', '주된 사업과 관련하여 우발적 또는 일시적으로 공급되는 재화 또는 용역(제3호)'을 규정하고 있다.

나) 앞서 본 조세법규의 엄격해석의 원칙에 비추어 볼 때, 구 부가가치세법 제12조 제3항의 규정에 따라 부가가치세가 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급으로서 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 보는 것의 범위는 부가가치세가 면세되는 주된 재화 또는 용역을 공급하면서 그에 필수적으로 부수되는 어느 재화 또는 용역을 공급하는 사업자 자신의 거래로만 국한하여야 하고(대법원 2001. 3. 15. 선고 2000두7131 전원합의체 판결 등 참조), 이는 조세특례제한법으로 면세되는 재화 또는 용역의 경우에도 마찬가지라고 보아야 한다.

다) 이 사건 공사가 국민주택 건설용역에 해당하지 아니함은 앞서 본 바와 같고, 갑 제2, 3, 12호증(가지번호 포함)의 각 기재 및 영상과 변론 전체의 취지에 의하면, 원고는 이 사건 사업지구에서 이 사건 공사만을 수행하였을 뿐이며, 국민주택 건설공사는 원고가 아닌 다른 시공사들이 이를 수행한 것으로 보이므로, 국민주택 건설공사라는 주된 용역의 공급자가 아닌 원고가 독립적으로 AA공사에 공급한 이 사건 공사는 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호에 의하여 부가가치세가 면제되는 부수용역이라고 볼 수 없다.

라) 따라서 원고의 이 부분 주장도 받아들일 수 없다.

3) 소결론

그러므로 이 사건 처분 중 본세 부분은 적법하고, 이에 반하는 원고의 주장은 모두 받아들일 수 없다(원고는 예비적으로 적어도 이 사건 공사 전체 면적에서 국민주택 건설부지 면적이 차지하는 비율에 해당하는 부분에 대하여는 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호에 따라 부가가치세가 면제되어야 한다고 주장하나, 위와 같이 원고가 수행한 이 사건 공사 전체가 국민주택 건설용역에 해당하지 아니하여 부가가치세 부과대상에 해당한다고 보는 이상, 이 사건 공사 중 일부에 대하여 부가가치세가 면제되어야 한다는 취지의 원고의 위 주장 역시 받아들일 수 없다).

4. 결론

그렇다면 이 사건 처분 중 가산세 부분의 취소를 구하는 원고의 소는 부적법하여 이를 각하하고, 이 사건 처분 중 본세 부분의 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 일부 결론을 달리하여 부당하므로, 제1심 판결 중 피고 패소부분을 취소하고, 그 취소부분에 해당하는 원고의 소를 각하하며, 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.