2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 원고에 대하여 2013. 7. 8. 한 2008년 1기분 부가가치세 58,981,945원의 부과처분, 2014. 1. 21. 한 2008년 2기분 부가가치세 43,944,405원, 2009년 1기분 부가가치세24,289,000원, 2009년 2기분 부가가치세 42,100,327원, 2010년 1기분 부가가치세 25,858,821원의 각 부과처분 및 2014. 1. 16. 한 2011년 1기분 부가가치세 11,943,203원, 2008 사업연도 법인세 13,246,750원, 2009 사업연도 법인세 3,297,994원, 2010 사업연도 법인세 1,553,128원의 각 부과처분을 각 취소한다.

가. 원고는 2004. 4. 29. 소외 BBBBB공사와 ○○지구 택지조성공사(이하 '이 사건 공사'라 한다)에 관한 도급계약을 체결하였다. 이 사건 공사는 아래 표와 같이 구성된 ○○택지개발지구 총 공급면적 648,194㎡에 대하여 토공, 우수공, 오수공, 상수도공, 포장공, 구조물공, 부대공 등을 실시하여 13개 주택단지 건축을 위한 택지를 조성하는 것을 그 내용으로 한다.

총 공급면적 648,194㎡

유상공급면적 334,980㎡

무상공급면적 313,214㎡

국민주택건설용지 238,492㎡

기타 96,488㎡

도로, 특수학교, 복지시설,

하수도, 공원, 녹지 등

313,214㎡

나. 원고는 당초 이 사건 공사용역이 전부 부가가치세 과세대상이라고 보아 부가가치세 및 법인세 신고・납부를 하였으나, 서울특별시에서 이 사건 공사를 포함하여 BBBBB공사가 시행하는 국민주택 건설사업의 부가가치세 납부실태에 관해 검토한 결과, 이 사건 공사용역에 대하여도 국민주택 건설용역에 대하여 부가가치세를 면제하도록 규정한 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호의 적용이 가능하다는 결론을 내리고, 2007. 7. 24. BBBBB공사에 대하여 이 사건 공사용역 중 '국민주택건설용지/유상공급면적'의 비율에 상응하는 부분이 부가가치세 면제대상이라는 전제 아래 이미 납부한 부가가치세에 대한 경정청구 및 이미 계상된 부가가치세에 대한 설계변경 감액조치를 할 것을 명하였으며, 위 검토결과를 수용한 BBBBB공사가 2007. 8. 30.경부터 원고에 대하여 변경계약을 촉구하기에 이르자, 원고 역시 2008년 제1기부터 위와 동일한 기준을 적용하여 부가가치세 및 법인세를 신고・납부하게 되었다.

다. 그러나 서울지방국세청장은 BBBBB공사에 대한 세무조사를 실시한 결과, 원고와 같이 '국민주택건설용지/유상공급면적'이라는 기준을 적용할 경우, 이 사건 공사용역 중 국민주택단지 조성과 직접 관련이 없는 단지 밖 공사 부분까지 모두 부가가치세를 면제받는 결과에 이르게 되므로, 이 사건 공사용역 중 '국민주택건설용지/총 공급면적'의 비율에 상응하는 부분만 부가가치세 면제대상에 해당한다고 보아 원고가 신고・납부할 부가가치세 및 법인세를 경정하여야 한다고 판단하였고, 위와 같은 과세자료를 통보받은 피고는 2013. 7. 8.부터 2014. 1. 21.까지 원고에게 아래 표 '당초부과'란 기재와 같이 부가가치세 및 법인세를 경정・고지하였다.

(단위:원)

처분일자

세목

연도・기분

당초부과

가산세감액

대상금액

2013. 7. 8.

부가가치세

2008.1기

106,205,274

47,223,329

58,981,945

2014. 1. 21.

2008.2기

83,431,157

39,486,752

43,944,405

2009.1기

44,631,272

20,342,272

24,289,000

2009.2기

74,319,465

32,219,138

42,100,327

2010.1기

44,638,851

18,780,030

25,858,821

2014. 1. 16.

부가가치세

2011.1기

18,749,402

6,806,199

11,943,203

법인세

2008년

20,324,899

7,078,149

13,246,750

2009년

4,765,494

1,467,500

3,297,994

2010년

2,102,781

549,653

1,553,128

라. 원고는 위 2013. 7. 8.자 처분에 불복하여 2013. 10. 7. 이의신청을 거쳐 2014. 1. 29. 조세심판원에 심판청구를 하였고, 2014. 5. 19. 가산세 부분에 대하여는 취소 결정을 받았으나, 나머지 심판청구는 기각되었다.

마. 또한, 원고는 위 2014. 1. 21. 및 2014. 1. 16.자 처분에 불복하여 2014. 2. 10. 조세심판원에 심판청구를 하였고, 2014. 7. 9. 위 각 처분 중 가산세 부분은 피고에 의하여 직권 취소되었으나, 2014. 9. 18. 나머지 심판청구 부분은 조세심판원으로부터 기각 결정을 받았다(결국 피고의 종전 처분 중 위 다.항의 표 '대상금액'란 기재 부분만 남게 되었는바, 이를 이하 '이 사건 처분'이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 갑 제2호증의 1 내지 10, 갑 제3 내지 6호증, 갑 제7호증의 1 내지 9, 갑 제8 내지 12호증, 갑 제13호증의 1 내지 3, 을 제4, 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

첫째, 이 사건 공사는 국민주택단지 내에서 이루어진 부분뿐만 아니라, 국민주택단지 밖에서 이루어진 부분이라 하더라도 모두 국민주택의 공급에 부수하여 이루어진 것이고, 그 비용 역시 모두 국민주택 분양원가에 반영된다. 따라서 이 사건 공사용역 중 '국민주택건설용지/유상공급면적'의 비율에 상응하는 부분을 부가가치세 면제대상으로 보아 단지 밖 공사 부분도 면세대상에 포함되도록 하는 것이 조세특례제한법의 입법취지에 부합한다. 그러므로 위와 다른 전제에서 단지 밖 공사 부분을 부가가치세 면제대상에서 제외하기 위해 '국민주택건설용지/총 공급면적'이라는 기준을 적용한 피고의 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

둘째, 서울특별시는 국민주택 건설용역 부가가치세 감면 여부에 대해 검토하는 과정에서 2007. 1. 30. 국세종합상담센터에 질의하여 "국민주택 택지조성용역은 부가가치세 면제대상에 해당한다"는 취지의 회신을 받고, 원고에 대하여 변경계약 등을 요구하게 된 것으로, 위와 같은 국세종합상담센터의 회신은 신뢰의 대상이 되는 과세관청의 공적 견해표명에 해당하므로, 피고가 이에 반하는 처분을 하는 것은 신의성실의 원칙에 반하여 위법하다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령의 기재와 같다.

다. 판단

1) 부가가치세가 면제되는 국민주택 건설용역의 범위

구 조세특례제한법(2011. 12. 31. 법률 제11133호로 개정되기 전의 것) 제106조제1항 제4호의 규정에 의하면 '대통령령으로 정하는 국민주택 및 그 주택의 건설용역'에 대하여는 부가가치세를 면제하도록 되어 있고, 같은 법 시행령 제106조 제4항 제2호에 의하면 위 법률조항에서 말하는 국민주택의 건설용역이라 함은 '건설산업기본법, 전기공사업법, 소방법, 정보통신공사업법, 주택법, 하수도법 및 가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률에 의하여 등록을 한 자가 공급하는 것'을 뜻하므로, 위 각 규정에 의해 부가가치세가 면제되는 것은 국민주택 그 자체의 공급과, 당해 국민주택의 건설에 있어 필수적인 건설용역이나 전기공사용역, 소방용역 등의 관련 건설용역의 공급을 가리키는 것이라고 해석하여야 할 것이다(대법원 1992. 2. 11. 선고 91누7040 판결 참조). 또한, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조).

위 각 법리에 비추어 이 사건을 보건대, 원고와 피고 사이에는 이 사건 공사용역 중 무상공급면적 313,214㎡에 관한 부분(이하 '쟁점 용역'이라 한다)이 부가가치세면제대상이 되는지 여부에 관해 다툼이 있는데, 갑 제10 내지 12호증, 을 제1호증의 1내지 14, 을 제3호증, 을 제6호증의 1, 2의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 쟁점 용역은 주택단지 밖에 위치한 공공지역에서 실시되는 것으로, 국민주택 건설과 상관없이 구 주택법(2011. 9. 16. 법률 제11061호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제23조 제1항에 의하여 주택건설사업을 하는 시행자 내지 지방자치단체가 설치해야 할 의무가 있는 구 주택법 제2조 제10호 소정의 간선시설이거나, 주택건설사업의 시행자가 주택법령 등에 의해 의무적으로 설치하여야 하는 부대시설 및 복리시설에 해당하지 아니하고, 그와 별도로 BBBBB공사가 임의로 국가 등에 기부채납하기로 한 공원, 녹지 등의 사회간접자본시설의 설치 등에 관한 용역인 사실이 인정되는바, 위 인정사실에 의하면 쟁점 용역은 국민주택 그 자체의 공급이나 국민주택 그 자체의 건설용역이 아님은 물론, 주택건설용역에 필수적으로 수반되는 용역이라고 볼 수도 없고, 원고 주장과 같이 쟁점 용역에 투입된 비용이 궁극적으로 국민주택 분양원가에 반영된다는 사정만으로 부가가치세 면제대상이 되는 국민주택 건설용역이나 그에 필수적으로 부수되는 용역의 범위를 확장해석할 수 있는 것도 아니다.

따라서 쟁점 용역은 부가가치세 면제대상의 범위에서 제외됨이 상당하므로, 피고가 이 사건 공사용역 중 '국민주택건설용지/총 공급면적'의 비율에 상응하는 부분에 대하여만 부가가치세가 면제된다고 본 이 사건 처분은 적법하다.

2) 신의성실의 원칙 위배 여부

일반적으로 조세법률관계에 있어서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙을 적용하기 위해서는, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을하여야 하고, 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하여 무엇인가 행위를 하여야 하고, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하는바(대법원 2009. 10. 29. 선고 2007두7741 판결 등 참조), 과세관청의 의사표시가 일반론적인 견해표명에 불과한 경우에는 위 원칙의 적용이 부정된다(대법원2001. 4. 24. 선고 2000두5203 판결 참조).

살피건대, 갑 제3, 4호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 서울특별시 감사담당관이 국세종합상담센터에 질의한 결과, 2007. 1. 31. 아래와 같이 회신 받은 사실은 인정된다.

○ 유사 질의회신 사례 1 (1995. 7. 21.)

건설업법 등에 의하여 면허를 받은 사업자가 국민주택을 건설하는 사업자에게 공급하는 국민주택택지(국민주택에 부수되는 단지 내의 도로・상수도・조경・어린이놀이터・운동시설 등의 택지 포함)조성용역은 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호 및 같은 법 시행령 제106조 제4항의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 것이나, 사업용 건물 등을 신축하기 위한 택지조성용역은 부가가치세가 과세되는 것임

○ 유사 질의회신 사례 2 (1983. 12. 30.)

조세특례제한법 제106조 제1항 제4호에 규정하는 사업자가 공급하는 국민주택 건설용역은 국민주택의 대지조성을 위한 건설용역과 국민주택에 부수되는 부대시설의 건설용역을 포함하는 것이나, 하수종말처리장, 시설녹지, 공원, 도로 등이 부대시설에 해당되는지 여부는 사실판단에 따르는 것임

그러나 국세종합상담센터의 답변은 과세관청의 공식적인 견해표명이 아니라 상담직원의 단순한 상담에 불과하고(대법원 2009. 4. 23. 선고 2007두3107 판결 등 참조), 위 답변내용 역시 국민주택단지 밖에서 이루어진 쟁점 용역의 부가가치세 면제 여부에 대한 구체적인 판단을 담고 있는 것으로 보이지는 아니하므로, 이를 신의성실의 원칙이 적용되기 위한 과세관청의 공적 견해표명이 있었다고 볼 수는 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.