OO자유무역지역(구 : 수출자유지역)에서 1973.4.23. 사업자등록을 하고 제조업을 영위하는 청구법인은 일본 OOOOOO OOOOOO 주식회사가 100% 출자(설립자본금 557백만원, 1999.3.31. 및 2002.4.15. 유상증자 각각 1,000백만원 및 2,520백만원)한 외국인투자기업으로, 제조업 소득에 대하여 법인세 감면을 받아 오다가, 2004.12.16. 컨트롤 케이블용 원·부자재 및 금형, 공구류 등 타사제품 수출(이하 “쟁점사업”이라 한다) 소득을 포함하여 2001.11.1.～2002.10.31. 사업연도 123백만원 및 2002.11.1.～2003.10.31. 사업연도 124백만원의 법인세 감면 경정청구를 하였다.

처분청은 2005.2.28. 쟁점사업은 타인의 생산제품을 매입·판매하는 무역업(도·소매업)이므로 그로부터 발생한 소득은 조세특례제한법 제121조의 2(외국인투자에 대한 법인세 등의 감면)의 규정에 의한 감면대상소득에 해당하지 아니한다 하여 위 경정청구에 대한 거부통지를 하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2005.4.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인이 쟁점사업을 감면대상 사업으로 신고하여 OOOO부 OO자유무역지역관리원장으로부터 조세감면을 받을 수 있는 것으로 통지(마수출 OOOOOOOOOO, 1999.4.28. 마수출 OOOOOOOOOO, 2002.4.23.)를 받았으므로 쟁점사업을 외국인투자기업에 대한 감면대상사업으로 볼 수 없다 하여 이 건 경정거부통지한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

OOOO부 OO자유무역관리원에 확인한 바에 의하면, 조세감면결정통지서(마수출OOOOOOOOOO, 2002.4.23.)상 인가사업은 청구법인이 외국인 투자신고시 신청한 사업내용을 신고 수리한 것으로서 조세감면 대상사업과는 무관하다는 것이고, 국세청 예규(투진일 OOOOOOOO, 1976.6.2.)도 타인이 생산한 제품을 단순히 매입·판매하는 도·소매업(무역업)은 조세특례제한법 제121조의 2 제2항 규정에 의한 감면대상에서 제외하고 있어 쟁점사업의 소득이 외국인투자기업에 대한 감면대상 소득이 아니므로 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

외국인투자지역에 입주한 외국인투자기업의 영위 업종이 ‘제조업’이 아닌 타인이 생산한 제품을 단순히 매입·판매하는 ‘도·소매업(무역업)’이라 하여 법인세감면을 배제한 처분의 당부

나. 관련법령

조세특례제한법 제121조의 2(외국인투자에 대한 법인세 등의 감면)

① 다음 각호의 1에 해당하는 사업을 영위하기 위한 외국인투자( 외국인투자촉진법 제2조 제1항 제4호의 규정에 의한 외국인투자를 말한다. 이하 이 장에서 같다)로서 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 외국인투자에 대하여는 제2항 내지 제5항에 규정하는 바에 따라 법인세ㆍ소득세ㆍ취득세ㆍ등록세ㆍ재산세 및 종합토지세를 각각 감면한다.

1. 국내산업의 국제경쟁력강화에 긴요한 산업지원서비스업 및 고도의 기술을 수반하는 사업

2. 외국인투자촉진법 제18조※」※」의 규정에 의한 외국인투자지역에 입주하는 외국인투자기업이 영위하는 사업

※」※」외국인투자촉진법 [제정 1998.9.16 법률 제5559호]

제18조 (외국인투자지역의 지정·개발) ①특별시장·광역시장 및 도지사(이하 "시·도지사"라 한다)는 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 외국인투자를 유치하기 위하여 필요한 경우에는 외국투자가가 투자를 희망하는 지역을 제27조의 규정에 의한 외국인투자위원회의 심의를 거쳐 외국인투자지역(이하 "외국인투자지역"이라 한다)으로 지정할 수 있다. 이 경우 당해 외국인투자지역을 산업입지및개발에관한 법률 제7조의 규정에 의한 지방산업단지(이하 "지방산업단지"라 한다)로 개발하고자 할 때에는 개발계획을 수립하여야 한다

3. 기타 외국인투자유치를 위하여 조세감면이 불가피한 사업으로서 대통령령이 정하는 사업 (1999. 5. 24 신설 ; 정부조직법 부칙)

② 외국인투자촉진법 제2조 제1항 제6호※」※」의 규정에 의한 외국인투자기업(이하 이 장에서 “외국인투자기업”이라 한다)에 대한 법인세 또는 소득세는 제1항의 규정에 의하여 감면대상이 되는 사업을 영위함으로써 발생한 소득에 한하여 감면하되, 당해 사업을 개시한 후 당해 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 당해 사업에서 소득이 발생하지 아니한 때에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)부터 7년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 당해 사업소득에 대한 법인세 또는 소득세 상당액(총산출세액에 제1항 각호의 사업을 영위함으로써 발생한 소득이 총과세표준에서 차지하는 비율을 곱한 금액을 말한다)에 외국인투자비율( 외국인투자촉진법 제5조 제1항의 규정에 의한 외국인투자비율을 말한다. 이하 이 장에서 같다)을 곱한 금액(이하 이 항에서 “감면대상세액”이라 한다)의 전액을, 그 다음 3년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 이 경우 감면대상세액을 산정함에 있어서 외국인투자기업이 감면기간 중에 내국법인(감면기간 중인 외국인투자기업을 제외한다)과 합병하여 당해 합병법인의 외국인투자비율이 감소한 때에는 합병전 외국인투자기업의 외국인투자비율을 적용한다.

※」※」외국인투자촉진법 [제정 1998.9.16 법률 제5559호]

제2조 (정의) ①이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

6. "외국인투자기업"이라 함은 외국투자가가 출자한 기업을 말한다

⑥ 외국투자가 또는 외국인투자기업이 제2항 내지 제5항의 규정에 의한 감면을 받고자 할 때에는당해 외국인투자기업의 사업개시일이 속하는 과세연도의 종료일(증자의 경우에는 외국인투자의 신고가 있은 날부터 2년이 되는 날)까지 재정경제부장관에게 감면신청을 하여야 한다.다만, 제8항의 규정에 의하여 조세감면결정을 받은 사업내용을 변경한 경우 그 변경된 사업에 대한 감면을 받고자 할 때에는 당해 변경사유가 발생한 날부터 2년이 되는 날까지 재정경제부장관에게 조세감면내용 변경신청을 하여야 하며, 이에 따른 조세감면내용 변경결정이 있는 경우 그 변경결정의 내용은 당초 감면기간의 잔여기간에 한하여 적용된다.

⑧재정경제부장관은제6항의 규정에 의한 조세감면신청 또는 조세감면내용 변경신청을 받거나 제7항의 규정에 의한 사전확인신청을 받은 때에는 주무부장관과 협의하여 그 감면ㆍ감면내용변경ㆍ감면대상 해당여부를 결정하고 이를신청인에게 통지하여야 한다. 다만, 제4항 및 제5항의 규정에 의한 취득세ㆍ등록세ㆍ재산세 및 종합토지세의 감면에 대하여는 당해 사업장을 관할하는 지방자치단체의 장과 협의하여야 한다.

⑩외국투자가 또는 외국인투자기업이 제6항의 규정에 의한 감면신청기한이 경과한 후 감면신청을 하여 제8항의 규정에 의하여 감면결정을 받은 경우에는 그 감면신청일이 속하는 과세연도와 그 후의 잔존감면기간에 한하여 제1항 내지 제5항의 규정을 적용한다. 이 경우 외국인투자가 또는 외국인투자기업이 제8항의 규정에 의하여 감면결정을 받기 이전에 이미 납부한 세액이 있는 때에는 당해 세액은 이를 환급하지 아니한다.

조세특례제한법 시행령 제116조의 2(조세감면의 기준 등)

③법 제121조의 2 제1항 제2호의 규정에 의하여법인세ㆍ소득세ㆍ취득세ㆍ등록세ㆍ재산세 및 종합토지세를 감면하는 외국인투자는 외국인투자촉진법 제18조의 규정에 의한 외국인투자지역(이하 이 장에서 “외국인투자지역”이라 한다)안에서 새로이 공장시설을 설치하는 것으로서 다음 각호의 1에 해당하는 것으로 한다.

1. 제조업을 영위하기 위하여 새로이 공장시설을 설치하는 경우로서 다음 각목의 1에 해당하는 경우

가. 외국인투자금액이 미화 1억불 이상인 경우

나. 외국인투자비율이 100분의 50 이상인 외국인투자기업으로서 신규의 상시 고용규모가 1천명 이상인 경우

다. 외국인투자금액이 미화 5천만불 이상이고 당해 외국인투자기업의 신규의 상시 고용규모가 500명 이상인 경우

라. 이미 개발이 완료된 국가산업단지 또는 지방산업단지의 일부 또는 전부를 외국인투자지역으로 지정하는 때에는 외국인투자금액이 미화 3천만불 이상이고 당해 외국인투자기업의 신규의 상시 고용규모가 300명 이상인 경우

2. 외국인투자금액이 미화 3천만불 이상(나목의 경우에는 미화 5천만불 이상)으로서 다음 각목의 1에 해당하는 사업을 영위하기 위한 시설을 새로이 설치하는 경우

가. 관광진흥법시행령 제2조 제2호 가목 및 나목의 규정에 의한 관광호텔업 및 수상관광호텔업

나. 관광진흥법시행령 제2조 제3호 나목의 규정에 의한 종합휴양업으로서 제주도 또는 관광진흥법 제2조 제7호 및 동조 제11호의 규정에 의한 관광단지ㆍ관광특구안의 것

다. 국제회의산업육성에 관한 법률 제2조 제3호의 규정에 의한 국제회의시설

④법률 제5982호 정부조직법 중 개정법률 부칙 제5조 제3항의 규정에 의하여 외국인투자지역으로 보는 종전의 수출자유지역에서 공장시설을 설치하는 경우에는 제3항의 규정에 불구하고법 제121조의 2내지 법 제121조의 7의규정을 적용한다.

외국인투자촉진법 부칙(법률 제5559호, 1998.9.16.)

제3조(다른 법률의 폐지) 외국인투자 및 외자도입에 관한 법률은 이를 폐지한다.

제4조(조세감면에 관한 규정의 적용례) 이 법의 규정에 의한 조세감면은 이 법 시행후 최초로 조세감면신청 또는 조세면제신청을 한 것부터 적용한다. 다만, 이 법 시행전에 종전의 외국인투자 및 외자도입에 관한 법률에 의하여 조세감면신청 또는 조세면제신청을 한 것으로서 이 법 시행일까지 조세감면결정 또는 조세면제결정을 받지 못한 것에 대하여는 이 법 시행일에 조세감면신청 또는 조세면제신청을 한 것으로 보아 이 법을 적용한다.

제6조(수출자유지역에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 수출자유지역설치법에 의하여 설치된 수출자유지역은 이 법에 의한 조세감면 및 임대료감면의 적용에 있어서는 이를 외국인투자지역으로 본다.

자유무역지역의 지정 및 운영에 관한 법률 제55조(권한의 위임·위탁)

②재정경제부장관 또는 주무부장관은 입주기업체가 도입하는 외자에 관하여 외국인투자촉진법에 따른 권한의 일부를 대통령령이 정하는 바에 따라 관리권자에게 위탁할 수 있다.

자유무역지역의 지정 및 운영에 관한 법률 시행령 제40조(권한의 위임·위탁)

①법 제55조제2항의 규정에 의하여재정경제부장관은 자유무역지역에서의 조세특례제한법 제121조의2 및 동법 제121조의4의 규정에 의한 외국인투자에 대한 조세감면신청 및 조세감면변경신청의 접수와 감면·감면내용변경·감면대상 해당 여부의 결정·확인·통지에 관한 권한을관리권자에게 위탁한다.

②관리권자는 제1항의 규정에 의하여 위탁받은 권한에 속하는 사무를 처리한 때에는 그 결과를 재정경제부장관에게 통보하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 조세특례제한법 제121조의 2 제2항의 규정에 따라 조세감면대상이 되는 사업을 영위함으로써 발생한 소득에 대한 법인세를 투자비율에 해당하는 세액 전액 또는 그 100분의 50만큼을 일정기간 동안 감면받을 수 있는 외국인투자기업이고, 1999.3.31. 및 2002.4.15. 추가 외국인투자(유상증자)를 하여 자유무역지역의 지정 및 운영에 관한 법률 시행령 제40조의 규정에 따라 재정경제부장관으로부터 자유무역지역에 입주한 외국인투자기업에 대한 조세감면에 관한 권한을 위탁받은 OOOO부 OO자유무역지역관리원장으로부터 조세감면통지 문서(마수출 OOOOOOOOOO, 1999.4.28. 마수출OOOOOOOOOO, 2002.4.23.)를 받았으며, 그 조세감면통지 문서를 보면 1. 외국인투자내용에 다. 신고된 사업으로 ‘콘트롤 케이블 제조·수출 및 타사 제품수출’로 되어 있고, 재정경제부 문서(경협총괄과 1847, 2004.12.7.)는 조세특례제한법 제121조의 2 및 제121조의 4의 규정에 의하여 조세감면을 받을 수 있는 사업의 범위는 통보받은 조세감면 결정내용상의 사업에 한정되는 것으로 하고 있음이 심리자료에 의하여 확인된다.

(2) 청구법인은 관계법령·위 OO자유무역지역관리원장의 조세감면통지 문서 및 위 재정경제부 문서를 근거로 삼아 쟁점사업으로부터 발생한 소득에 대하여도 법인세가 감면되어야 하므로 이를 거부한 처분은 취소되어야 한다는 주장이고, 이에 대하여 처분청은 쟁점사업은 타인의 생산제품을 매입·판매하는 무역업(도·소매업)이므로 그 발생 소득은 조세특례제한법 제121조의 2의 규정에 의한 감면대상이 아니라는 의견이다.

(3) 살피건대, 조세감면에 관한 사항은 조세부과에 관한 사항과 마찬가지로 조세법률주의가 적용되는 것이므로 법률의 근거를 필요로 하고, 따라서 조세감면에 관한 사항을 널리 규율하고 있는 조세특례제한법령의 적용 및 해석에는 조세법률주의 원칙에 따라 보다 엄격한 기준을 요하는 것이며, 외국인투자기업의 조세감면에 관한 사항을 규정하는 조세특례제한법 제121조의 2 제1항은 외국인투자에 대하여 일반적으로 적용되는 조세감면을 규정하면서 그 조세감면의 기준 등을 같은 법 시행령 제116조의 2에 위임하고 있는 바, 이를 위임받은 같은 법 시행령 제116조의 2 제3항은 제조업을 영위하기 위한 일정금액 이상 또는 일정고용 이상의 공장시설을 설치하는 경우 등에 한하여 법인세 등을 감면하도록 외국인투자의 요건을 정하고 있고, 청구법인과 같은 기존 외국인투자기업에 대하여 적용되는 같은 영 제4항은 “--- 외국인투자지역으로 보는 종전의 수출자유지역에서 공장시설을 설치하는 경우에는 제3항의 규정에 불구하고 법 제121조의 2 내지 법 제121조의 7의 규정을 적용한다”라고 규정하고 있어 청구법인의 경우도 “공장시설을 설치하는 경우” 즉, 제조업을 영위하기 위하여 공장시설을 설치하는 경우에 한하여 조세감면이 적용된다고 할 것이며, 위 제4항에서 “제3항의 규정에 불구하고” 조세감면이 되는 것으로 적시한 이유는 기존 외국인투자기업이 제조업을 영위하기 위하여 공장시설을 설치하는 경우에는 같은 영 제3항의 규정에 따른 일정금액 또는 일정고용 이상 이라는 제한을 두지 아니하기 위한 것으로 해석함이 정당한 것으로 보인다.

한편, 행정권한의 위임 및 위탁에 관한 규정 제2조 제2호는 행정권한의 “위탁이라 함은 각종 법률에규정된행정기관의 장의 권한중 일부를 다른 행정기관의 장에게 맡겨 그의 권한과 책임하에 행사하도록 하는 것을 말한다”고 규정하고 있기 때문에 이 건 재정경제부장관으로부터 관할 자유무역지역에 입주한 외국인투자기업에 대한 조세감면에 관한 권한을 위탁받은 OOOO부 OO자유무역지역관리원장은 그 권한위탁의 기초가 되는 조세특례제한법령의 규정 범위내에서 조세감면에 관한 권한을 행사하여야 하는 것이고, 이는 자유무역지역의 지정 및 운영에 관한 법률 시행령 제40조 제1항에서 “--- 재정경제부장관은 자유무역지역에서의 조세특례제한법 제121조의 2 및 동법 제121조의 4의 규정에 의한 외국인투자에 대한 조세감면신청 및 조세감면변경신청의 접수와 감면·감면내용변경·감면대상 해당 여부의 결정·확인·통지에 관한 권한을 관리권자에게 위탁한다”라고 규정한 것을 보아도 명백하게 드러나며, 그렇다면 OOOO부 OO자유무역지역관리원장은 청구법인에 대하여 제조업을 영위하기 위하여 공장시설을 설치하는 경우에 한하여 조세감면이 적용되도록 하였어야 함에도 청구법인이 신고한 대로 쟁점사업인 타사제품 수출로 얻은 소득에 대하여도 조세감면이 되는 것처럼 문서를 시행한 것은 위탁받은 권한의 범위를 일탈한 것이라고 보여진다.

따라서, 이 건 제조업 소득이 아닌 타사제품 수출로 얻은 소득의 경우는 외국인투자기업에 대한 조세감면 대상이 아니라 하여 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.