2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 2/3는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지

피고가 201X. X. X. 원고에 대하여 한 증여세 0,000,000,000원의 부과처분을 취소한다.

가. 원고는 199X. XX. XX. CCCDDDDD(이하'DDDDD'라고 한다)로부터 000억 원을 출연 받아 설립된 비영리 재단법인으로서 200X. X. XX. 이사회 결의로 해산하고, 청산절차를 거쳐 200X. X. XX. 청산종결 등기를 마쳤다.

나. 원고는 200X. X. XX.경 기본재산에 속하였던 서울 YY구 EE동 XXXX 외 X필지 및 위 지상 건물(이하'EE동 부동산'이라 한다)을 매각하여 그 매각대금 약 000억 원을 주무관청인 서울시의 허가를 받아 기본재산으로 편입한 다음, 서울시의 허가 없이 기본재산인 위 금원으로 아래 <표> 기재와 같이, ① 200X. X. XX. FF인터내셔날 주식회사(이하'FF'이라 한다)로부터 GG서비스 주식회사(이하'GG서비스'라고 한다)의 주식 000,000주에 관한 신주인수권(이하'이 사건 신주인수권'이라 한다)을 000억 원(1주당 00,000원)에 취득한 후 200X. XX. X. 00억 원(1주당 행사가액 00,000원)을 들여 이 사건 신주인수권을 행사하여 GG서비스 발행주식 000,000주를 취득하였고, ② 200X. XX. XX. FF으로부터 GG서비스 발행주식 000,000주를 00억 원(1주당 00,000원)에 취득함으로써 GG서비스 발행주식 합계 000,000주(발행주식 총수 0,000,000주 가운데 약 00.2%, 이하'이 사건 주식'이라 한다)를 합계 000억 원에 취득하였다가 200X년XX월경 DDDDD에 이 사건 주식을 000억 0,000만 원에 양도하였다.

<표> 원고의 이 사건 주식 취득 내역

일자

취득내역

주식수(주)

1주당 가액(원)

취득가액(원)

200X.X.XX.

이 사건 신주인수권 취득

(000,000)

00,000

00,000,000,000

200X.XX.X.

이 사건 신주인수권 행사

000,000

00,000

0,000,000,000

200X.XX.XX.

구주 취득

000,000

00,000

0,000,000,000

합 계

000,000

00,000,000,000

다. 원고는 200X. X. XX.경 청산과정에서 잔여재산에 대한 모든 권리의무를 재단법인 DDDHHH(이하'DDDHHH'라고 한다)에 양도하였는데, DDDHHH의 이사장이자 원고 등 유관기관의 경영ㆍ인사ㆍ자금에 관한 지배권을 실질적으로 행사하던 III는 원고가 위와 같이 이 사건 주식을 취득함에 따라 구 상속세 및 증여세법(2012. 12. 18. 법률 제6780호로 개정되기 전의 것, 이하'구 상속세및증여세법'이라 한다) 제48조 제2항 제2호에 근거하여 GG서비스 발행주식 총수 5%를 초과하는 주식의 취득금액 000억 원 상당에 대하여 00억 원 이상의 증여세가 부과될 수 있다는 내부의 보고를 받고, JJ회계법인의 세무팀 이사 KKK 등에게 세무조사 관련 용역을 위임하였다.

라. KKK 등은 이 사건 주식을 취득한 주체가 원고가 아닌 DDDDD라고 주장하면 위 증여세 납세의무가 발생하지 않을 수 있다는 점에 착안하여, DDDDD가 200X. XX. X. 원고에게 GG서비스 주식대금으로 지급한 000억 0,000만 원을 DDDDD가 원고에게 변제한 대여금채무 원리금이라고 주장하는 방법을 III에게 보고하였고, III가 이를 승인하였다. 이에 따라 III, KKK 등은 사실과 다른 금전소비대차 약정서, 지출결의서, 장로회의록, 계정별원장, 이자금액계산서 등을 위ㆍ변조 또는 허위작성하여 국세청 담당자에게 제출하였다.

마. LL지방국세청장은 200X년경 이루어진 원고에 대한 세무조사(이하'제1차 세무조사'라고 한다)과정에서 위와 같이 제출된 허위의 서류들을 믿고 이 사건 주식의 취득 주체가 원고가 아닌 DDDDD라는 원고 측의 주장을 받아들여, 200X년 X월경 원고에게, ① 원고가 DDDDD에 000억 0,000만 원을 대여하였고 이후 DDDDD가 원고에게 위 대여원금 및 연 6% 상당의 이자 00억 0,000만 원 합계 000억 0,000만 원을 변제한 것이라고 인정하되, 다만 적정이자는 연 9%라고 보아 위 대여금 000억 0,000만 원에 적정이자율과 기지급된 이자의 차율을 곱한 금액을 과세가액으로 하여 산정한 증여세 0,000,000,000원, ② 원고가 부담한 이 사건 신주인수권에 대한 주식전환대금 00억 원을 원고가 DDDDD에 증여한 것으로 보아 산정한 증여세 000,000,000원을 각 부과하는 등으로 구 상속세및증여세법 제48조 제3항 및 법인세법 제52조 제1항에 따라 200X년 증여분 증여세 합계 0,000,000,000원(가산세 포함) 및 200X 사업연도 법인세 000,000,000원, 200X 사업연도 법인세 000,000,000원 합계 0,000,000,000원(가산세 포함)을 각 결정ㆍ고지하였고(이하'선행처분'이라 한다), 원고에 대한 제2차 납세의무자로서 DDDHHH가 200X. X. XX. 위 증여세 및 법인세 합계 0,000,000,000원(= 증여세 0,000,000,000원 + 법인세 0,000,000,000원)을 납부하였다.

바. 이후 20XX. XX. X. III, KKK, MMM 등은 위와 같은 허위의 금전소비대차약정서 작성 등의 사기 기타 부정한 행위를 통하여 원고에게 구 상속세및증여세법 제48조 제2항 제2호에 따라 부과되었어야 할 증여세 중 00억 0,000만 원에 관하여 DDDHHH가 원고의 제2차 납세의무자로서 부담하는 조세를 포탈하였다는 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(조세)죄의 범죄사실로 기소되었다(이하'관련 형사사건'이라 한다). 관련 형사사건의 1심에서는 원고가 주무관청의 허가 없이 이 사건 주식을 취득하였더라도 구 상속세및증여세법 제48조 제2항 제2호에서의'내국법인의 주식등 취득'이 법률상 유효할 필요는 없다는 이유로 위 과세요건이 충족된다고 보아 III 등에게 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(조세)죄에 관하여 유죄가 선고되었으나[LLVV지방법원 20XX. X. XX. 선고 20XX고합XXXX, 20XX고합XXX(병합) 판결], 항소심에서는 구 상속세및증여세법 제48조 제2항 제2호의 과세요건이 충족되기 위해서는 원고가 이 사건 주식을'법률상 유효하게 취득할 것'이 요구된다는 이유로 III 등에게 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(조세)죄에 관하여 무죄가 선고되었고(LL고등법원 20XX. X. XX. 선고 20XX노XXX 판결), 이에 검사가 상고하였으나, 대법원은 항소심의 판단이 정당하다고 보아 검사의 상고를 기각하여 위 판결이 확정되었다(대법원 20XX. X. XX. 선고 20XX도XXXXX 판결).

사. LL지방국세청장은 관련 형사사건의 항소심 판결이 선고된 후 검사가 상고하여 상고심 계속 중이던 20XX. X. XX.부터 20XX. X. XX.까지 이 사건 주식취득에 관한 원고의 자금출처 등을 조사하고(이하'제2차 세무조사'라고 한다), 원고가 이 사건 주식을 직접 취득한 것으로 보아 구 상속세및증여세법 제48조 제2항 제2호에 따라 아래와 같이 원고가 내국법인인 GG서비스의 의결권 있는 발행주식총수의 100분의 5를 초과하는 주식을 취득한 금액을 증여재산가액으로 산정하여 피고에게 과세자료를 통보하였다.

○ 200X. XX. X. 증여분

- 증여재산가액:[000,000주-(0,000,000×5%)]×00,000원=0,000,000,000원

○ 200X. XX. XX. 증여분

- 증여재산가액:000,000주×00,000원=0,000,000,000원

아. 이에 따라 피고는 선행처분을 직권취소하고 20XX. X. X. 원고에게 증여세 0,000,000,000원(= 200X. XX. X. 증여분 증여세 0,000,000,000원 + 200X. XX. XX. 증여분 증여세 0,000,000,000원)을 부과결정하되, 선행처분에 관한 기납부세액 0,000,000,000원 중 0,000,000,000원을 200X. XX. X. 증여분 증여세 결정세액 0,000,000,000원에 충당하고, 나머지 기납부세액 0,000,000,000원은 200X. XX. XX. 증여분 증여세 결정세액 0,000,000,000원에서 차감한 후, 나머지 0,000,000,000원을 고지세액으로 기재하여 원고에게 200X년 XX월 귀속 증여세부과처분을 하였다(이하 기납부세액 공제 전 결정세액을 기준으로 증여세 0,000,000,000원의 부과결정을'이 사건 처분'이라 한다).

자. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2017. 3. 9. 기각되었다.

차. 피고는 이 사건 소송 계속 중 201X. X. XX. 제출한 답변서에서 구 상속세및증여세법 제48조 제2항 제4호(출연받은 재산을 매각하고 그 매각대금을 공익목적사업 외에 사용한 경우)를 예비적 처분사유로 추가하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증 내지 제8호증, 을 제1, 2, 3호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 피고의 본안전 항변에 관한 판단

가. 피고의 주장

원고는 201X. XX. XX. 조세심판원에 제출한 심판청구서의 청구취지 란에'피고가 201X. X. X. 원고에게 과세한 증여세 0,000,000,000원을 취소한다'라고 기재하였고, 이 사건 소 제기 시에도 청구취지에 증여세 0,000,000,000원의 취소를 구하였다가, 201X. X. XX.에서야 증여세 0,000,000,000원의 취소를 구하는 것으로 청구취지를 변경하였으므로, 그 중 0,000,000,000원에 관하여만 적법한 전심절차를 거친 것으로 보아야 하고, 나머지 0,000,000,000원의 취소를 구하는 부분은 전심절차를 거치지 아니하였거나 제소기간을 도과한 경우에 해당하므로 각하되어야 한다.

나. 판단

납세고지를 함에 있어 세액을 결정하고 납세고지서에 자진납부세액을 공제한다는 취지를 기재하여 그 나머지 세액만을 고지한 경우, 그 부과처분은 결정세액 총액을 확정한 처분으로 보아야 하고 그 나머지 세액만의 부과처분이라고 할 수 없다(대법원 1999. 12. 10. 선고 99다44526 판결 참조).

갑 제5호증의 1 내지 3, 을 제1호증의 각 기재에 의하면, 이 사건 처분의 결정세액은 본래 증여세 0,000,000,000원(= 200X. XX. X. 증여분 증여세 0,000,000,000원 + 200X. XX. XX. 증여분 증여세 0,000,000,000원)이지만, 피고는 그 중 DDDHHH가 200X. X. XX. 기납부한 세액 0,000,000,000원을 공제한 나머지 0,000,000,000원을 고지세액으로 기재하여 이 사건 처분을 한 사실이 인정된다.

위 인정사실에 의하면, 원고가 조세심판청구를 하면서 이 사건 처분세액을 고지세액인 0,000,000,000원으로 특정한 것이나 이 사건 소송에서 이 사건 처분세액을 결정세액인 0,000,000,000원으로 특정한 것은 모두 이 사건 처분세액을 특정하는 방법을 달리한 것에 불과하고, 그 취지는 결정세액 0,000,000,000원 전부를 다투는 것임이 분명하므로, 원고는 이 사건 처분의 결정세액 0,000,000,000원 전액에 관하여 전심절차를 거쳐 이 사건 소를 제기한 것으로 볼 수 있다.

따라서 원고가 고지세액인 0,000,000,000원에 관하여만 전심절차를 거친 것으로 보아야 한다는 피고의 본안전 항변은 받아들이지 않는다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) LL지방국세청장은 200X년경 원고에 대하여 200X. X. X.부터 200X. XX. XX.까지를 대상기간으로 하여 증여세에 관한 세무조사를 실시하였는데, 201X년경 재차 같은 기간 같은 세목에 대하여 제2차 세무조사를 실시하였고, 제2차 세무조사 결과에 근거하여 피고가 이 사건 처분을 하였다. 그런데 제2차 세무조사 당시는 원고에 대하여 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(조세)죄의 범죄사실에 대하여 항소심에서 무죄가 선고된 이후로서 예외적으로 재조사가 허용되는'조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우'라고 할 수 없다. 따라서 이 사건 처분은 구 국세기본법(2016. 12. 20. 법률 제14382호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조의4 제2항에 위반한 위법한 중복세무조사에 근거하여 이루어진 것이므로, 이 사건 처분에는 중대한 절차적 하자가 존재하여 위법하다.

2) 원고는 기본재산에 해당하는 예금으로 이 사건 주식을 취득하면서 주무관청의 허가를 받지 아니하였으므로, 이 사건 주식취득은 법률상 무효이다. 따라서 구 상속세및증여세법 제48조 제2항 제2호에서 규정하는'주식의 취득'이라는 과세요건이 충족되지 아니하므로, 피고가 주위적으로 주장하는 이 사건 처분사유는 위법하다.

3) 피고는 이 사건 소송 계속 중 예비적으로 구 상속세및증여세법 제48조 제2항 제4호(출연받은 재산을 매각하고 그 매각대금을 공익목적사업 외에 사용한 경우)를 처분사유로 추가한다고 주장하였는데, 이는 당초의 처분사유와 기본적 사실관계의 동일성이 인정되지 않는다. 설령 그와 같은 처분사유의 추가가 가능하다고 하더라도, 이 사건 주식취득이 법적으로 무효인 이상 구 상속세및증여세법 제48조 제2항 제4호에서 규정하는'매각대금의 사용'이라는 과세요건 역시 충족되지 아니하므로, 위 예비적 처분사유도 위법하다. 또한 구 상속세및증여세법 제48조 제2항 제4호의 과세요건이 충족된다고 하더라도, 원고가 200X. X. XX. FF으로부터 이 사건 신주인수권을 취득하면서 지급한 000억 원에 관하여는 15년의 부과제척기간이 도과하였으므로 과세할 수 없다(원고의 부과제척기간 도과 주장은 변론종결 이후에 참고서면을 통해서 이루어진 것이나, 부과제척기간의 도과 여부는 법원이 직권으로도 판단할 수 있으므로, 결론에 차이가 없다).

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 제2차 세무조사가 위법한 중복세무조사에 해당하는지 여부

구 국세기본법 제81조의4 제1항, 제2항 규정 등과 그 취지에 비추어 볼 때, 구 국세기본법 제81조의4 제2항에서 재조사가 예외적으로 허용되는 경우의 하나로 규정하고 있는'조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우'라 함은 조세탈루사실에 대한 개연성이 객관성과 합리성 있는 자료에 의하여 상당한 정도로 인정되는 경우를 말한다(대법원 2012. 11. 29. 선고 2010두19294 판결 등 참조).

앞서 살핀 것과 같이 LL지방국세청장은 200X년경 원고에 대한 제1차 세무조사를 실시하였을 당시 III, KKK 등이 공모하여 위ㆍ변조 또는 허위작성하여 제출한 금전소비대차 약정서, 지출결의서, 장로회의록, 계정별원장 등을 믿고 이 사건 주식을 취득한 주체가 원고가 아닌 DDDDD라고 보아 선행처분을 하였다가, 이후 관련 형사사건의 1심과 항소심에서'사실은 이 사건 주식을 취득한 주체가 원고였음에도 불구하고 III, KKK 등이 공모하여 이 사건 주식의 취득 주체가 DDDDD인 것처럼 위ㆍ변조 또는 허위작성한 금전소비대차 약정서, 지출결의서, 장로회의록, 계정별원장 등을 제1차 세무조사과정에서 제출하였다'는 사실관계가 인정되자, 원고가 이 사건 주식의 취득 주체인지 여부를 확인하기 위하여 제2차 세무조사를 실시하게 되었다.

위 인정사실에 의하면, LL지방국세청장이 201X년경에 한 제2차 세무조사는 제1차 세무조사에서 진실한 것으로 전제되었던 금전소비대차 약정서, 지출결의서, 장로회의록, 계정별원장 등이 위ㆍ변조 또는 허위작성된 것으로 밝혀지는 등 원고의 증여세 탈루 혐의가 인정되어 시행된 것으로 볼 수 있다. 한편 관련 형사사건에서 III 등에 대한 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(조세)죄의 범죄사실이 무죄로 판단되었다고 하더라도, 이는 원고의 이 사건 주식 취득행위가 구 상속세및증여세법 제48조 제2항 제2호의 과세요건을 충족하지 못한다는 법적 평가에 해당할 뿐 그와 같은 행위가 어떠한 과세요건도 충족하지 못한다고 판단된 것은 아니므로, 관련 형사사건에서 원고에 대한 증여세를 탈루하기 위하여 행하여진 사실관계가 밝혀졌고, 그러한 행위가 구 상속세및증여세법에서 공익법인이 출연받은 재산에 관하여 증여세를 부과하도록 규정하고 있는 다른 과세요건 중 하나를 충족시킬 가능성이 존재하였던 이상 이는 구 국세기본법 제81조의4 제2항 제1호에서 정한"조세탈루의 혐의를 인정할 명백한 자료가 있는 경우"로 볼 수 있다. 따라서 이 사건 처분이 구 국세기본법 제81조의4 제2항을 위반하여 위법하게 이루어진 중복세무조사에 근거한 것이라는 원고의 주장은 이유 없다.

2) 구 상속세및증여세법 제48조 제2항 제2호의 과세요건 충족 여부

가) 구 상속세및증여세법 제48조는 제1항 본문에서 공익법인 등이 출연받은 재산의 가액은 증여세 과세가액에 산입하지 아니한다고 규정하는 한편, 제2항에서'세무서장 등은 제1항의 규정에 의하여 재산을 출연받은 공익법인 등이 다음 제1호 내지 제4호 및 제5호의 1에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 가액을 공익법인 등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과한다'고 규정하면서 제2호 본문에서'출연받은 재산을 내국법인의 주식등을 취득하는 데 사용하는 경우로서 그 취득하는 주식등과 취득 당시 당해 공익법인등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식, 당해 내국법인과 특수관계에 있는 출연자가 당해 공익법인등 외의 다른 공익법인등에 출연한 동일한 내국법인의 주식등을 합한 것이 당해 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수등의 100분의 5를 초과하는 경우'를 들고 있고, 구 상속세및증여세법 시행령(2001. 12. 31. 대통령령 제17459호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제40조 제1항 제2호는 법 제48조 제2항 제2호의 규정에 해당하게 되는 경우에는 그 초과부분을 취득하는 데 사용한 재산의 가액을 제48조 제2항 본문에서 대통령령이 정하는 가액 으로 규정하고 있다.

한편 재단법인의 기본재산의 처분은 정관변경을 요하는 것이므로 주무관청의 허가가 없으면 그 처분행위는 물권계약으로 무효일 뿐 아니라 채권계약으로서도 무효이며, 원인이 된 행위가 부존재하거나 무효인 경우라면 그로 인한 재산 이전의 효력이 처음부터 발생하지 아니한다(대법원 2005. 6. 10. 선고 2003도5631 판결 참조).

나) 앞서 인정한 사실과 구 상속세및증여세법 제48조 제1, 2항의 규정내용 및 입법취지 등을 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 헌법 제38조, 제59조에서 정한 조세법률주의의 원칙에 따라 과세요건은 엄격하게 해석하여야 하고 합리적인 이유 없이 그 의미를 확장하여서는 아니되는 점, ② 구 상속세및증여세법 제48조 제2항 제2호의 문언상 "그 취득하는 주식등과 다음 각목의 1의 주식등을 합한 것이 당해 내국법인의 의결권있는 발행주식총수등의 100분의 5를 초과하는 경우"를 과세요건으로 규정하고 있는데, 그 입법취지는 공익법인이 출연재산에 대하여 증여세를 면제받는 점을 이용하여 계열회사 주식보유를 통해 사실상의 지주회사로 운영되는 것을 방지하려는 것이므로, 이는 법률적으로 유효한 주식취득을 전제로 하는 것으로 보이는 점, ③ 구 상속세및증여세법 제48조 제2항 제1호, 제4호는 공익법인이 출연받은 재산 또는 출연받은 재산의 매각대금을'공익목적사업 외에 사용'하거나'출연받은 날로부터 3년 이내에 직접 공익목적사업에 사용하지 아니하는 경우'에 출연받은 재산에 대하여 증여세를 부과하도록 하고 있으므로, 공익법인의 주식취득 행위에 공익사업의 목적이 없다고 인정될 경우 위 규정을 적용하여 증여세를 과세할 수 있을 것인 점 등을 종합하여 보면, 구 상속세및증여세법 제48조 제2항 제2호의 과세요건이 충족되기 위해서는 원고가 출연받은 재산으로 내국법인의 의결권 있는 주식을'유효'하게 취득하였어야 한다.

따라서 원고가 EE동 건물을 처분하여 얻은 기본재산인 예금으로 이 사건 주식을 취득하면서 주무관청의 허가를 받지 않은 이상, 원고의 이 사건 주식 취득행위는 법률상 무효이고, 구 상속세및증여세법 제48조 제2항 제2호의 과세요건이 충족되지 아니한다.

이에 대하여 피고는 원고의 이 사건 주식취득이 무효라고 하더라도, 원고가 DDDDD에 이 사건 주식을 매도하여 경제적 이득을 취하였고, 사실상 원상회복도 불가능하여 그 이익이 원고에게 확정적으로 귀속된 이상 실질과세원칙에 따라 증여세가 부과될 수 있다고 주장하나, 앞서 살핀 것과 같이 구 상속세및증여세법 제48조 제2항 제2호에 따라 원고에게 증여세를 부과하기 위해서 이 사건 주식취득이 법률적으로 유효하여야 한다고 보는 이상, 그와 반대되는 입장에서 원고가 이 사건 주식을'실질적으로'취득하였다는 이유로 위 규정을 적용할 수 있다는 피고의 주장은 받아들일 수 없다.

이 사건 처분에 관한 주위적 처분사유가 존재하지 않는다는 원고의 주장은 이유 있다.

3) 구 상속세및증여세법 제48조 제2항 제4호의 과세요건 충족 여부

가) 처분사유의 추가ㆍ변경 가부

과세처분취소소송의 소송물은 과세관청이 결정한 세액의 객관적 존부이므로, 과세관청으로서는 소송 도중 사실심 변론종결 시까지 당해 처분에서 인정한 과세표준 또는 세액의 정당성을 뒷받침할 수 있는 새로운 자료를 제출하거나 처분의 동일성이유지되는 범위 내에서 그 사유를 교환ㆍ변경할 수 있고, 반드시 처분 당시의 자료만에 의하여 처분의 적법 여부를 판단하여야 하거나 처분 당시의 처분사유만을 주장할 수 있는 것은 아니다(대법원 2011. 1. 27. 선고 2009두1617 판결 등 참조).

이 사건 처분에 관한 주위적 처분사유와 이 사건 소송 계속 중 예비적으로 추가된 처분사유는 모두'원고가 기본재산인 EE동 부동산을 매각한 금원으로 200X. X. XX. 이 사건 신주인수권을 인수한 후 이를 행사하여 주식으로 전환하고, 200X. XX. XX. GG서비스의 주식 00만 주를 매수하였다'는 하나의 객관적 사실관계에 대하여 과세요건의 구성과 법적 평가만을 달리할 뿐 과세원인이 되는 기초사실 내지 납세의무자ㆍ세목ㆍ과세기간으로 구성되는 과세단위를 달리하는 것은 아니므로, 피고의 예비적 처분사유 추가는 처분의 동일성이유지되는 범위 내에서 이루어진 것으로서 허용된다.

나) 출연받은 재산의 매각대금을 공익목적사업 외에 사용한 경우인지 여부

(1) 구 상속세및증여세법 제48조 제2항 제4호는 재산을 출연받은 공익법인이 출연받은 재산을 매각하고 그 매각대금을 공익목적사업 외에 사용하거나 매각한 날부터 3년이 경과한 날까지 대통령령이 정하는 바에 따라 공익목적사업에 사용하지 아니한 경우 대통령령이 정하는 가액을 공익법인등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과한다고 규정하고, 구 상속세및증여세법 시행령 제40조 제1항 제3호는"재정경제부령에 의한 출연재산의 평가가액 × (공익목적사업 외에 사용한 금액 ÷ 같은 영 제38조 제4항의 규정에 의한 매각대금)"을 법 제48조 제2항 본문의"대통령령이 정하는 가액"으로 본다고 규정하고, 구 상속세및증여세법 시행규칙(2002. 12. 31. 재정경제부령 제288호로 일부개정되기 전의 것) 제13조 제1항 제2호는'법 제48조 제2항 제4호의 규정에 해당하는 경우에는 "매각금액"을 재정경제부령에 의한 출연재산의 평가가액으로 한다'고 규정하고 있다(이 사건의 경우"재정경제부령에 의한 출연재산의 평가가액"과"구 상속세및증여세법 시행령 제38조 제4항의 규정에 의한 매각대금"모두 EE동 부동산의 매각대금으로 동일하므로, 결국 구 상속세및증여세법 제48조 제2항 본문의"대통령령이 정하는 가액"은"공익목적사업 외에 사용한 금액"으로서 이 사건 주식 취득가액이 된다).

"구 상속세및증여세법 제48조가 규정하는 공익법인 등이 출연받은 재산에 대한 증여세 과세가액 불산입제도의 입법 취지는 공익사업을 앞세우고 변칙적인 재산출연행위를 하여 탈세나 부의 증식수단으로 악용하는 것을 방지하기 위하여 공익법인 등에 출연된 재산에 대하여는 공익법인 등이 해당 재산이나 그 운용소득을 출연목적에 사용할 것을 조건으로 증여세 과세가액에 정책적으로 산입하지 아니하는 데 있다. 그리고 구 상속세및증여세법 제48조 제2항 제1, 4호에서공익법인이 출연받은 재산이나 그 매각대금을 공익목적사업 외에 사용하거나 출연받은 날 또는 매각한 날부터 3년이 경과한 날까지 대통령령이 정하는 바에 따라 공익목적사업에 사용하지 아니한 경우' 대통령령이 정하는 가액에 증여세를 부과하는 것은 위와 같은 입법 취지를 관철하기 위함이므로, 공익법인이 재산을 출연받은 날 또는 출연받은 재산을 매각한 날부터 3년이 경과하기 전이라도 그 매각대금을 직접 공익목적사업 등에 사용할 수 없는 것으로 확정된 때에는 특별한 사정이 없는 한 구 상속세및증여세법 제48조 제2항 제4호를 적용하여 증여세를 과세할 수 있다고 봄이 타당하다(대법원 2013. 6. 27. 선고 2011두12580 판결의 취지 참조).",(2) 갑 제8호증의 1 내지 3, 을 제2호증, 제4호증 내지 제13호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(가) 원고의 정관은'기독교문화의 도덕성 회복운동과 선교활동'을 목적으로 하고,'세미나 개최 등을 통한 선교활동, 영산기독문화상 대상자 선발 및 시상 등'의 사업을 한다고 정하고 있다.

(나) III의 아들 OOO은 199X. XX. X. GG서비스의 신주인수권 00만 주를 1주당 00원에 매입한 후 자신의 자금난을 타개하기 위하여 위 신주인수권을 DDDDD의 유관기관인 PPPPPP 주식회사(이하'PPPPPP'라고 한다)에 부당한 고가인 1주당 00,000원에 매도하였다가, PPPPPP 관련 노조가 문제를 제기하자 200X. XX. XX. 자본금 0억 원의 영세한 업체인 FF 명의로 위 신주인수권 00만 주를 1주당 00,000원 합계 000억 원에 외상으로 매수하도록 하였다.

(다) OOO은 자신이 원고의 이사장의 직위에 있음을 기화로, 200X. X. XX. 원고의 기본재산인 EE동 부동산을 000억 원에 매도하고 주무관청의 허가를 받아 위 매각대금 약 000억 원을 원고의 기본재산으로 편입하였다. 이후 OOO은 원고로 하여금 기본재산에 편입된 위 금원으로 FF으로부터 200X. X. XX. GG서비스 주식 00만 주에 관한 이 사건 신주인수권을, 200X. XX. XX. GG서비스 주식 00만 주를 각 매수하게 하여 결국 원고가 이 사건 주식 00만 주를 합계 000억 원에 취득하도록 하고, 200X. X. XX. 및 200X. XX. XX. 각 QQ은행 특정금전신탁 계좌를 개설한 후 각 개설일에 위 신주인수권 및 주식 인수대금으로 합계 000억 0,000만 원을 위 QQ은행 계좌를 거쳐 FF 명의 계좌로 송금하였다. FF은 위와 같이 지급받은 주식대금 중 000억 0,000만 원을 PPPPPP에 대한 외상 매매대금으로 지급하여 변제하였다.

(라) III, OOO은 이 사건 주식취득일 무렵 원고가 기본재산 중 000억 원 상당을 관할관청의 승인 없이 이 사건 주식 00만 주 매수대금으로 사용하였고, 원고의 나머지 기본재산 00억 원도 아무런 담보 없이 OOO이 지배하고 있던 투자회사인 RRR 주식회사에 대여하여 미회수하고 있는 상태임을 고려하여, 원고를 청산하면서 원고가 보유하던 이 사건 주식 00만 주 및 회수가능성이 없는 RRR 주식회사에 대한 00억 원의 대여금 채권을 DDDDD에 넘기고, 그 대신 DDDDD로부터 위 교회 소유의 서울 WWW구 SSS동 00 UUUU빌딩 제지하0층 제비000호, 제지하0층 제비000호(이하'TT아트홀'이라 한다) 및 현금을 지급받은 다음, 원고의 청산 후 그 잔여재산을 III가 이사장으로 있던 DDDHHH로 증여하는 방법을 계획하였다.

(마) III, OOO은 200X년 XX월 하순경 이 사건 주식의 적정가액이 주당 00,000원이었음에도 주당 00,000원에 DDDDD에 매도하는 등으로 위 계획을 실행하였고, 원고는 TT아트홀 취득에 관한 기본재산 변동내역을 주무관청에 신고하고 승인을 받아 200X. X. X. 해산등기를 마치고, 200X. X. XX. TT아트홀의 소유권 등 잔여재산을 DDDHHH에 증여하는 내용의 잔여재산 처분 허가를 받은 후 200X. X. XX. DDDHHH 앞으로 TT아트홀의 소유권이전등기를 마치고 200X. X. XX. 원고의 청산등기를 완료하였다.

(3) 앞서 인정한 사실에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 원고의 이사장이던 OOO은 자신의 개인적인 이익을 추구하는 과정에서 PPPPPP, FF, 원고로 하여금 순차적으로 이 사건 주식을 시가보다 훨씬 비싼 가격에 취득하도록 하였는바, 그 취득경위 및 거래의 목적 등에 비추어 원고가 기본재산을 이 사건 주식 매수에 사용한 것은 공익목적사업을 위한 것이 아님이 분명하였던 점, ② III, OOO은 원고가 위법하게 이 사건 주식을 매수한 사실을 은폐하기 위하여 관련 서류를 조작하는 한편, 원고의 손실을 DDDDD에 전가한 후 원고를 청산시키는 일련의 후속조치까지 계획하여 실행에 옮겼고, 그에 따라 이 사건 주식취득 이후 원고의 청산에 이르기까지의 과정이 약 2년 만에 신속하게 모두 이루어졌으므로 그 원상회복은 기대하기 어려운 상황이었던 점, ③ 원고의 이사장 OOO 및 실질적 지배권을 행사하던 III 등이 공모하여 원고가 공익목적 없이 이 사건 주식 매수에 기본재산을 사용한 사실을 은폐하고 원고의 청산절차로 나아감으로써 위와 같은 사실은 이 사건 주식 취득일로부터 10년 이상 지난 시점에 III, OOO 등에 대한 형사절차가 진행되면서 비로소 밝혀지게 된 점, ④ 공익법인을 내국법인에 대한 지배수단으로 악용하는 현상을 막기 위한 특별규정의 성격을 띠는 구 상속세및증여세법 제48조 제2항 제2호와 달리 구 상속세및증여세법 제2항 제1, 4호는 공익법인이 출연받은 재산이 공익목적사업 외로 사용되는 것을 막기 위한 일반조항이므로 이때의'사용'은 다양한 형식의 사용행위를 널리 포함하는 개념으로 볼 수 있는 점, ⑤ 구 상속세및증여세법 제2항 제4호 후단은 공익법인이 출연받은 재산을 매각한 날부터 3년이 경과한 날까지 공익목적사업에 사용하지 아니한 경우에도 증여세를 부과하도록 규정하고 있는 점에 비추어 보더라도, 전단에서 규정하고 있는'사용'은 법률상 유효한지 여부와 무관하게 그 사용행위가 확정적으로 이루어져 원상회복이 불가능한 상태이면 충분하다고 볼 수 있는 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 주식취득이 주무관청의 허가를 받지 아니하여 법률적으로 무효라고 하더라도, 원고의 기본재산이던 EE동 부동산 매각대금은 이 사건 주식취득에 확정적으로 사용되었다고 할 것이므로, 이 사건 주식취득에 사용된 합계 000억 원은 그 사용일 무렵 공익목적사업 외에 사용된 것으로 볼 수 있다.

따라서 원고의 이 사건 주식 취득행위는'출연받은 재산의 매각대금을 공익목적사업 외에 사용한 경우'로서 구 상속세및증여세법 제48조 제2항 제4호의 과세요건을 충족한다.

다) 제척기간 도과 여부 및 정당한 세액의 계산

국세기본법 제26조의2 제1항 제4호 단서에 의하면, 납세자가 부정행위로 상속세ㆍ증여세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 상속세ㆍ증여세를 부과할 수 있는 날부터 15년이 경과한 후에는 이를 부과할 수 없다. 이와 같은 국세부과의 제척기간이 경과한 후에 이루어진 부과처분은 무효이다(대법원 2009. 5. 28. 선고 2007두24364 판결 등 참조).

앞서 살핀 것과 같이 III 등은 사실과 다른 금전소비대차 약정서, 지출결의서, 장로회의록 등을 위ㆍ변조 또는 허위작성하여 이를 국세청 담당자에게 제출하는 부정한 방법으로 원고의 기본재산 매각대금으로 이 사건 주식을 취득한 사실을 은폐하여 증여세를 포탈하였고, 구 상속세및증여세법 제48조 제2항은 세무서장등은 재산을 출연받은 공익법인등이 제1호 내지 제4호 및 제5호의 1에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 가액을 공익법인등이 증여받은 것으로 보아"즉시"증여세를 부과한다고 규정하고 있는바, 이 사건 처분사유를 구 상속세및증여세법 제48조 제2항 제4호로 볼 경우 피고는 원고가 이 사건 신주인수권 및 주식을 취득하기 위하여 EE동 부동산 매매대금을"사용"한 날 즉시 증여세를 부과할 수 있으므로, 그 날이 부과제척기간의 기산일이 된다. 그런데, 원고가 이 사건 신주인수권의 취득을 위하여 FF에게 000억 원을 지급하여 사용한 날은 200X. X. XX.이므로, 이 사건 처분일인 20XX. X. X.은 위 부과제척기간의 기산일인 사용일로부터 국세기본법 제26조의2 제1항 제4호에 따른 부과제척기간 15년이 도과한 이후이다.

따라서 이 사건 처분 가운데 원고가 이 사건 신주인수권 인수대금으로 000억 원을 사용한 부분에 관하여 증여세가 부과된 부분은 무효이고, 이 경우 정당한 세액은 원고가 200X. XX. X. 이 사건 신주인수권 행사를 위하여 사용한 00억 원 및 200X. XX. XX. 이 사건 주식 취득을 위하여 사용한 00억 원의 합계 000억 원에 관하여 부과되어야 할 증여세 합계 0,000,000,000원이다(원고와 피고의 각 2018. 7. 18.자 참고서면 참조).

4) 소결론

결국 이 사건 처분은 정당한 세액 0,000,000,000원의 범위 내에서 적법하고, 위 인정범위를 초과하는 부분은 부과제척기간이 도과한 후 이루어진 것으로서 그 하자가 중대ㆍ명백하여 당연무효인데(대법원 2015. 7. 9. 선고 2013두16975 판결 참조), 원고로서는 이 사건 처분의 무효선언을 구하는 의미에서 취소를 구할 법률상 이익이 있으므로(대법원 1998. 11. 27. 선고 97누2337 판결 참조), 이 사건 처분 중 0.000.000.000원을 초과하는 부분은 취소되어야 한다.

4. 결론

그렇다면 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.