2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 1996. 4. 10. 남양주시 답 (이하 '이 사건 토지'라고 한다)을 취득하였고, 2009. 10. 30. 이 사건 토지를 양도하였다.

나. 원고는 2009. 11. 30. 피고에게 이 사건 토지에 대한 양도소득세 과세표준 예정신고를 하면서 위 토지를 8년 이상 자경하였다는 이유로 구 조세특례제한법(2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것) 제69조에 따른 양도소득세 감면신청을 하였다.

다. 피고는 원고가 이 사건 토지를 8년 이상 직접 경작하지 아니한 것으로 보아 원고의 양도소득세 감면신청을 부인하고, 이 사건 토지를 구 소득세법(2009. 7. 31. 법률 제9785호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제104조의3에서 규정하는 비사업용 토지로 보아 2011. 8. 1. 원고에게 2009년 귀속 양도소득세 308,218,940원을 경정・고지하였다(이하 '이 사건 처분'이라고 한다).

인정근거다툼없는 사실, 을 제1 내지 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 소 중 장기보유특별공제 적용청구 부분의 적법 여부

직권으로 이 사건 소 중 장기보유특별공제 적용청구 부분의 적법 여부에 관하여 본다. 행정소송법 제3조, 제4조는 행정청의 부작위에 대한 의무이행소송을 행정소송으로 규정하고 있지 아니하므로 현행법상 행정청의 부작위에 대한 의무이행소송은 허용되지 않고 있는바(대법원 1992. 2. 1. 선고 91누4126 판결, 대법원 1989. 9. 12. 선고 87누868 판결 등 참조), 이 사건 소 중 장기보유특별공제 적용청구 부분은 법률상 허용되지 아니하는 의무이행판결을 구하는 소송에 해당하므로 부적법하다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

증거에 의하면 원고가 최소한 6년 이상 이 사건 토지를 자경한 사실이 인정됨에도, 피고는 이 사건 토지를 구 소득세법 제104조의3 제1항 제1호에서 규정하는 비사업용 토지로 보고 구 소득세법 제95조에서 규정하는 장기보유특별공제의 적용을 배제하여 이 사건 처분을 하였는바, 이 사건 처분은 그 하자가 중대・명백하므로 무효이다.

나. 판단

과세처분의 취소소송은 과세처분의 실체적, 절차적 위법을 그 취소원인으로 하는 것으로서 그 심리의 대상은 과세관청의 과세처분에 의하여 인정된 조세채무인 과세표준 및 세액의 객관적 존부, 즉 당해 과세처분의 적부가 심리의 대상이 되는 것이며, 과세처분의 취소청구를 기각하는 판결이 확정되면 그 처분이 적법하다는 점에 관하여 기판력이 생기고 그 후 원고가 이를 무효라 하여 무효확인을 소구할 수 없는 것이어서 과세처분의 취소소송에서 청구가 기각된 확정판결의 기판력은 그 과세처분의 무효확인을 구하는 소송에도 미친다(대법원 2003. 5. 16. 선고 2002두3669 판결 등 참조).

그리고 과세처분이 당연 무효라고 하기 위하여는 그 처분에 위법사유가 있다는 것만으로는 부족하고 그 하자가 중요한 법규에 위반한 것이고 객관적으로 명백한 것이어야 하며, 하자가 중대하고도 명백한 것인가의 여부를 판별함에 있어서는 당해 과세처분의 근거가 되는 법규의 목적, 의미, 기능 등을 목적론적으로 고찰함과 동시에 구체적 사안 자체의 특수성에 관하여도 합리적으로 고찰함을 요한다 할 것인바, 과세대상이 되는 법률관계나 사실관계가 전혀 없는 사람에게 한 과세처분은 그 하자가 중대하고도 명백하다고 할 것이나 과세대상이 되지 아니하는 어떤 법률관계나 사실관계에 대하여 이를 과세대상이 되는 것으로 오인할 만한 객관적인 사정이 있는 경우에 그것이 과세대상이 되는지의 여부가 그 사실관계를 정확히 조사하여야 비로소 밝혀질 수 있는 경우라면 그 하자가 중대한 경우라도 외관상 명백하다고 할 수 없어 위와 같이 과세요건 사실을 오인한 위법의 과세처분을 당연 무효라고는 볼 수 없다고 할 것이다(대법원 1990. 11. 27. 선고 90다카10862 판결 등 참조).

위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 살피건대, 을 제1 내지 5호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 의정부지방법원 2011구단3140호로 이 사건 처분의 취소를 구하는 소를 제기하였으나 2012. 8. 13. 위 법원으로부터 청구기각 판결을 선고 받았고, 이에 항소와 상고를 각 제기하였으나(서울고등법원 2012누26649호, 대법원2013두16821호) 모두 기각되어, 2013. 12. 18. 위 청구기각 판결이 확정된 사실, 그 후 원고가 의정부지방법원 2015구단5274호로 이 사건 처분의 무효확인을 구하는 소를 제기하였으나 2015. 9. 9. 위 법원으로부터 청구기각 판결을 선고받았고, 이에 항소를 제기하였으나(서울고등법원 2015누60022호) 2016. 9. 8. 기각되어, 2016. 9. 27. 위 청구기각 판결이 확정된 사실이 인정되는바, 위 인정사실에 의하면, 위 각 확정판결의 기판력은 이 사건 소송에도 미친다고 할 것이므로, 원고는 그 주장과 같은 사유를 들어 이 사건 처분의 당연 무효를 주장할 수 없다.

뿐만 아니라, 구 소득세법 제95조 제1항은 양도소득금액을 양도가액에서 필요경비와 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다고 규정하면서, 같은 조 제2항은 제104조의3에 따른 비사업용 토지를 장기보유특별공제의 대상에서 제외하고 있고, 구 소득세법 제104조의3 제1항 제1호, 구 소득세법 시행령(2009. 12. 31. 대통령령 제21934호로 개정되기 전의 것) 제168조의6 제1호는 농지의 경우 그 소유기간이 5년 이상인 경우에는 '양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간(가목)', '양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간(나목)' 및 '토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간(다목)' 동안 소유자가 농지 소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지를 비사업용 토지로 규정하고 있는바, 설령 원고의 주장과 같이 이 사건 토지가 구 소득세법 제95조에서 규정하는 장기보유특별공제의 대상임에도 불구하고 피고가 이를 간과한 채 양도소득세를 부과하는 이 사건 처분을 하였다고 하더라도, 위와 같은 사정은 관련된 사실관계를 정확히 조사하여야 비로소 밝혀질 수 있는 사유라고 봄이 타당하므로, 원고가 주장하는 사유는 이 사건 처분의 취소사유가 될 수 있을 뿐 당연 무효사유로 보기는 어렵다고 할 것이다. 따라서 원고의 주장은 어느 모로 보나 이유 없다.

4. 결론

그렇다면 이 사건 소 중 장기보유특별공제 적용청구 부분은 부적법하여 각하하고, 나머지 청구는 이유 없으므로 기각한다.