1. 피고가 2014. 4. 24. 원고에 대하여 한 2009 사업연도 귀속 법인세 3,942,329,120원의 부과처분 중 2...

1. 처분의 경위

가. 자동차 부품 제조ㆍ판매업, 섬유 제조ㆍ가공업 등을 목적사업으로 하는 원고는 2007. 9. 1. 원고의 사업 중 원단 판매 부문과 원단 가공 부문을 물적분할하여 비상장법인인 코오롱하이텍스 주식회사(이하 ‘하이텍스’라고 한다)를 설립하였고, 이때 원고가 보유하고 있던 계열회사이자 주권상장법인인 FNC코오롱 주식회사(이하 ‘FNC코오롱‘이라고 한다) 주식 2,800,000주(이하 ’이 사건 주식‘이라고 한다)를 하이텍스에 이전하였다.

나. 주식회사 코오롱(이하 ‘코오롱’이라고 한다)의 100% 자회사인 코오롱패션머티리얼 주식회사(이하 'KFM'이라고 한다)는 2008. 8. 3. 특수관계법인이자 비상장법인인 하이텍스를 흡수합병하면서 평가기준일을 2008. 5. 31.로 하여 KFM 및 하이텍스의 주식을 6,533원 및 4,570원으로 각 평가하여 합병비율을 1:0.6995255로 산정하였다.

다. 한편 KFM과 하이텍스는 합병 당시 이 사건 주식의 가치를 구 상속세 및 증여세법(2008. 12. 26. 법률 제9269호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제63조에 따라 평가기준일 이전ㆍ이후 각 2월간에 공표된 매일의 한국거래소 최종시세가액의 평균액에 최대주주 등에 대한 할증평가 100분의 30을 가산하여 22,941원으로 평가하였다. 라.

중부지방국세청은 KFM에 대한 주식변동조사 결과 KFM이 하이텍스를 합병하면서 피합병법인인 하이텍스가 보유하고 있는 이 사건 주식을 평가기준일의 한국거래소 최종시세가액으로 평가하지 아니하고 구 상속세 및 증여세법에 따라 평가함으로써 하이텍스의 합병비율이 과다하게 산정되었고 이를 통하여 특수관계법인이자 피합병법인의 주주인 원고에게 4,833,000,000원의 이익을 분여하였다고 판단하고 이를 피고에게 통보하였다.

마. 피고는...