1. 피고가 원고에 대하여 한,

가. 2014. 3. 26.자 2008 사업연도 법인세 1,009,932,420원, 농어촌특별세...

1. 처분의 경위

가. 원고는 2009. 12. 31. 주식회사 코오롱(이하 ‘코오롱’이라 한다)으로부터 인적분할되어 설립된 회사로, 2011. 5. 1. 캠브리지코오롱 주식회사(이하 ‘캠브리지코오롱’이라 한다)를 흡수합병하였는데, 캠브리지코오롱은 2008. 4. 1. 기준 코오롱하이텍스 주식회사(이하 ’하이텍스‘라 한다)의 49% 지분을 소유한 최대주주였는바, 위 흡수합병으로 인하여 원고가 하이텍스의 최대주주가 되었다.

나. 코오롱의 100% 자회사인 코오롱패션머티리얼 주식회사(이하 ‘KFM'이라 한다)는 2008. 8. 3. 특수관계법인이자 비상장법인인 하이텍스를 흡수합병하면서, 평가기준일을 2008. 5. 31.로 하여 KFM 및 하이텍스의 주식을 6,533원 및 4,570원으로 각 평가하고, 1:0.6995255로 합병비율을 산정하였다.

다. 한편, 하이텍스는 계열회사이자 주권상장법인인 FNC코오롱 주식회사(이하 ‘FNC코오롱’이라 한다)가 발행한 보통주식 2,800,000주(이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)를 보유하고 있었는데, 합병 당시 이 사건 주식의 가치를 구 상속세 및 증여세법(2008. 12. 26. 법률 제9269호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제63조에 따라 평가기준일 이전이후 각 2월간에 공표된 매일의 한국거래소 최종시세가액의 평균액에 최대주주 등에 대한 할증평가 100분의 30을 가산하여 22,941원으로 평가하였다. 라.

중부지방국세청장은 KFM 및 FNC코오롱에 대한 주식변동조사를 실시한 결과, 코오롱이 대주주로 있는 KFM이 특수관계법인인 하이텍스를 합병하면서 이 사건 주식을 ‘평가기준일의 한국거래소 최종시세가액’으로 평가하지 아니하고 구 상속세 및 증여세법에 따라 평가함으로써 피합병법인인 하이텍스의 합병비율이 과다하게 산정되었고, 이를 통해 특수관계법인이자...