서울행정법원 2009구합57351 부가가치세부과처분취소

○○ 주식회사

서울세관장

2010. 7. 7.

1. 원고의 청구를 각 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 원고에 대하여 한 ｢별지 1 처분내역｣ 경정세액란 기재 부가가치세 부과처분(가산세포함)을 각 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2001. 11. 20. 일본 법인인 ○○(이하, ‘판매자’라고 한다)의 100% 출자로 설립된 회사로, 판매자로부터 노트북 컴퓨터, 컴퓨터 부품(이하, 이들을 통틀어 ‘이 사건 물품’이라고 한다)을 독점 수입하여 국내에 판매하거나 판매된 물품에 대한 수리 등 서비스업무를 수행하고 있다.

나. 피고는 2007. 10. 1.부터 2007. 10. 5.까지 원고에 대한 실지조사를 한 후, 원고와 판매자는 관세법 시행령(2008. 2. 22. 대통령령 제20624호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)제23조 소정의 특수관계에 있고 그 특수관계가 이 사건 물품의 수입거래가격에 영향을 미쳤다고 보아 관세법(2007. 12. 31. 법률 제8833호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제30조제3항 제4호에 따라 수입신고된 가격을 부인하고, 관세법 제35조를 적용하여 원고의 회계기간별 매출액 등의 자료를 근거로 한 매출액에 ｢별지 2 이윤 및 일반경비의 비율｣ 당초인정비율란 기재 비율을 적용하여 과세가격을 결정한 다음, 2008. 6. 13. ｢별지 1 처분내역｣ 당초세액란 기재와 같은 부가가치세(가산세 포함) 부과처분을 하였다가 인정비율 산정과정에서 일부 비교 대상업체의 회계연도 적용과 관련하여 오류가 있었음을 발견하고 ｢별지 2 이윤 및 일반경비의 비율｣ 최종인정비율란 기재와 같이 비율을 조정한 후 이를 기초로 2008. 10. 7. ｢별지 1 처분내역｣ 경정세액란 기재와 같은 감액 및 증액경정처분을 하였다(다만 2007년도의 경우 원고가 인정비율 인정신청을 하지 아니하여 기준비율에 따라과세가격이 결정된 관계로 경정대상에서 제외되었다. 이하, 이들을 통틀어 ‘이 사건 처분’이라고 한다).

다. 원고는 2008. 9. 4. 조세심판원에 이 사건 처분에 대한 심판청구를 하였으나 조세심판원은 2009. 11. 4. 원고의 심판청구를 기각하는 결정을 하였다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 청구원인의 요지

원고는 아래와 같은 사유로 이 사건 처분이 위법하다고 주장한다.

1) 피고는 원고와 판매자 사이에 특수관계가 존재한다는 것뿐만 아니라 그 특수관계가 이사건 물품의 수입거래가격에 영향을 미쳤다는 점까지 입증하여야 함에도 이를 하지 아니하였다.

2) 피고가 과세가격을 결정함에 있어 기준으로 삼은 이윤 및 일반경비의 인정비율이 합리적이고 타당성 있게 산정되었다고 볼 수 없다.

3) 이 사건 처분 중 가산세 부분은 부가가치세법상 원고에게 이 사건 물품과 같은 수입재화에 대한 부가가치세 신고․납부의무에 관한 근거규정이 존재하지 아니함에도 그 불이행을이유로 부과되었다는 점에서 위법하고, 가사 그렇지 아니하더라도 원고로서는 피고가 과세가격 결정시 적용한 이윤 및 일반경비의 인정비율을 예측할 수 없었다는 점에서 의무불이행에 정당한 사유가 있다.

나. 관련법령

<기재생략>다. 원고의 위 가.의 1)항 기재 주장에 대하여살피건대, 관세법 제30조 제3항 제4호를 적용하기 위하여는 구매자와 판매자 간에 특수관계가 있다는 사실 외에도 그 특수관계에 의하여 거래가격이 영향을 받았다는 점까지 과세관청이 증명하여야 하는 것(대법원 2009. 5. 28. 선고 2007두9303 판결 참조)은 원고의주장과 같으나, 을 제1호증의 2, 제3호증의 1 내지 4의 각 기재와 변론 전체의 취지를 종합하면,원고가 경쟁물품의 국내 판매가격 등 시장동향 뿐만 아니라 매출액수익률(ROS, 법인세 차감전 순이익을 매출총액으로 나눈 비율)을 2%로 유지하기 위한 제반 비용등을 파악하여 6개월 단위로 판매자에게 통보하면 판매자는 이를 고려하여 이 사건 물품의 가격을 결정하고 원고는 판매자가 결정한 가격대로 위 물품을 수입하고 있는 사실,그런데 이 사건 물품에 관한 국내시장은 급속히 변동하기 때문에 6개월에 한 번씩 정한국내 판매가격을 유지하면 시장경쟁력을 상실할 수 있으므로, 원고는 국내 거래처에 판매한 상품에 대하여 재고 보상, 채널마진 보상 등의 명목으로 국내 판매가격을 인하․보상하여 주고 이에 따라 매출액수익률을 2%로 유지하기 어려운 경우에는 수시로 판매자에게 국내 판매가격 인하 내용을 통보하여 판매자로부터 향후 수입되는 이 사건 물품의 가격을 인하․조정 받고 있는 사실을 인정할 수 있는바, 위 인정사실에 의하면, 원고와 판매자간의 이사건 물품거래는 특수관계자가 아니면 이루어질 수 없는 것으로서 위 물품의 가격은 정상적인 무역경로를 통하여 완전한 경쟁적 조건 아래서 판매되거나 판매를 위하여 제의될 때의 가격이라고 볼 수 없으므로(관세 및 무역에 관한 일반협정 제7조 제2항 나호 참조), 관세법 제30조 제3항 제4호에 의하여 특수관계가 위 물품의 거래가격에 영향을 미친 경우에해당하다고 봄이 상당하다.

따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

라. 원고의 위 가.의 2)항 기재 주장에 대하여1) 살피건대, 행정소송에 있어서 특별한 사정이 있는 경우를 제외하면 당해 행정처분의 적법성에 관하여는 당해 처분청이 이를 주장․입증하여야 하나, 행정처분의 위법을 들어 그1)기준비율의 100분의 120취소를 청구함에 있어서는 직권조사사항을 제외하고는 그 위법된 구체적인 사실을 원고가먼저 주장하여야 하는바(대법원 1996. 6. 25. 선고 96누570 판결 등 참조), 원고는 소장에서 ‘피고가 과세가격을 결정함에 있어 기준으로 삼은 이윤 및 일반 경비의 인정비율을 어떻게 산정하였는지 알 수 없다’라고만 주장하다가 피고가 이윤 및 일반경비의 인정비율 산정과정에 관한 답변서를 제출하자 ‘피고가 관련 자료를 제출하지 아니하여 인정비율을 산정시 비교대상후보업체 등이 적법하게 선정되었는지 확인할 수 없다’라고 주장하였으나,피고가 이윤 및 일반경비의 인정신청에 대한 검토 보고서(을 제8호증의 1, 2)를 제출한 후로는 더 이상 구체적인 위법사유를 주장하지 아니하였는바, 이와 같은 사실관계에서라면원고가 이 부분에 관한 위법된 구체적인 사실에 대한 주장을 다하였다고 불 수 없다.

2) 가사 이와 달리 보더라도 갑 제3호증, 을 제4호증의 1, 2, 제5 내지 7호증, 제8호증의1, 2, 제9 내지 11호증의 각 기재에 별론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 아래와같은 사실 및 사정을 종합하여 보면, 피고가 이 사건 처분의 기초로 삼은 이윤 및 인정비율의 산정에 있어 어떠한 위법을 저질렀다고 보기 어렵다.

가) 피고는 원고에 대한 세무조사를 마친 후 관세법 제34조에 따라 과세가격을 결정하기위하여 2007. 10. 18. 원고에게 이와 관련된 자료를 제출할 것을 요청하였으나 원고는2007. 12. 31. 이 사건 물품의 국내판매시 구매자에게 재고보상을 지급한 사실이 있고 이를 최초 판매가격에서 적절히 공제할 수 없다는 이유로 피고가 제안한 관세법 제34조에따른 과세가격 결정을 부인하고 관세법 제35조에 따라 원고의 손익계산서상 매출총이익률과 한도비율1)과의 차이를 원고의 매출액에 곱하여 산정한 누락 과표를 과세대상 수입 건에 안분하여 배분하는 방식으로 누락세액을 산출할 것을 제안하였고, 피고는 이를 수락하였다.

나) 한편, 원고는 2008. 2. 15. 수입물품 과세가격 결정에 관한 고시 제4-5조 제2항에따라 관세평가분류원장에게 사전상담 신청을 하였고, 상담 결과 이윤 및 일반경비 인정신청 업무처리에 관한 내규(관세평가분류원 내규 제10-01-0887호, 2008. 1. 7. 이하, ‘내규’라고 한다)에 따라 이 사건 물품은 관세․통계통합품목분류표 제8471호에 분류되는 자동자료처리기계이고, 위 물품에 연계되는 한국표준산업분류표상 업종코드는 컴퓨터 및 패키지소프트웨어 도매업 및 컴퓨터 제조업에 해당하므로 관세․통계통합품목분류표 제8471호에분류되는 물품을 수입하는 업체별 수입실적을 연도별로 추출한 후 외부감사대상법인을 선정하여 연도별 비교대상후보업체 명단을 제공받기로 합의하였다.

다) 원고는 위 명단을 받아 검토한 후 2008. 4. 8. 관세법 시행규칙(2007. 12. 31. 부령제0596호로 개정되기 전의 것) 제6조 제2항에 따라 관세평가분류원에 이윤 및 일반경비의인정신청을 하였는데, 내규 제3조에 따라 관세․통계통합품목분류표 제8471호에 분류되는물품을 수입한 상위 100개 업체 중 컴퓨터 및 패키지소프트웨어 도매업 및 컴퓨터 제조업에 속하는 상위 30개 이내의 외부감사대상법인을 비교대상후보업체로 선정한 후 내규 제4조에 따라 비교대상업체를 선정함에 있어 이 사건 물품은 노트북 컴퓨터인데 반해 일부 비교대상후보업체는 중대형 컴퓨터, 슈퍼컴퓨터, 워크스테이션 등 노트북 컴퓨터와 유사성을인정하기 어려운 물품을 수입한다는 이유로 이들을 제외한 결과, 별지 2 ｢이윤 및 일반경비의 비율｣ 신청비율란 기재와 같이 이윤 및 일반경비의 비율을 산정하였다.

라) 원고로부터 인정비율 신청을 받은 관세평가분류원은 2008. 4. 30. 원고와 사이에,원고가 위 다)항과 같이 일부 비교대상후보업체를 제외한 것은 법령상 근거가 없는 것이고, 원고와 같이 컴퓨터 완제품만 수입․판매하는 도매업체는 존재하지 않기 때문에 컴퓨터및 패키지소프트웨어 도매업 및 컴퓨터 제조업에 속하는 물품을 수입하여 판매하는 도매업체 중에서 비교대상업체를 선정하기로 최종적으로 합의하였다.

마) 이후 관세평가분류원은 원고와의 위 합의내용을 바탕으로 하여(다만, 원고가 비교대상업체에 포함시킨 업체 중 특수관계에 있는 업체는 내규 제5조에 따라 제외하였다) 별지2 ｢이윤 및 일반경비의 비율｣ 당초인정비율란 기재와 같이 인정비율을 산정하였고, 피고는2008. 6. 13. 이를 기초로 부가가치세(가산세 포함) 부과처분을 하였다가 비교대상업체의귀속 회계연도를 잘못 적용한 오류가 발견되어 별지 2 ｢이윤 및 일반경비의 비율｣ 최종인정비율란 기재와 같이 인정비율이 수정되자 그에 맞추어 이 사건 처분을 하였다.

3) 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

마. 원고의 위 가.의 3)항 기재 주장에 대하여1) 살피건대, 수입재화에 대한 부가가치세 역시 신고납세방식의 조세로서 국세기본법(2007. 12. 31. 법률 제8830호로 개정되기 전의 것) 제21조 제1항 제7호 단서, 제22조 제1항, 같은 법 시행령(2008. 2. 22. 대통령령 제20622호로 개정되기 전의 것) 제10조의2의규정에 따라 세관장에게 과세표준과 세액을 신고하는 때 그 납세의무가 확정되는 것인 점을 고려하면 부가가치세법이 아래와 같이 개정되기 전이라고 하여 수입재화에 대한 신고․납부의무에 관한 근거규정이 존재하지 아니하였다고 볼 수 없다.

부가가치세법이 2008. 12. 26. 법률 제9268호로 개정되면서 제19조의2(재화를 수입하는납세의무자가 관세법에 따라 관세를 신고․납부하는 경우에는 재화의 수입에 대한 부가가치세를 신고․납부하여야 한다)를 신설하고, 부칙 제1항에서 위 개정규정은 2009. 1. 1.부터적용한다고 규정하고 있는 것은 원고의 주장과 같으나, 내국세나 그 가산세 등의 부과․징수․환급․결손처분 등을 함에 있어서 절차적인 사항에 관해서는 관세법 제4조 제1항에 따라관세법의 규정을 우선 적용하여야 하고, 부과대상이나 세액 산정을 위한 실체적 과세요건에 관해서는 부가가치세법 등 개별 세법에 정한 가산세 관련 규정이 적용되어야 하는데(대법원 2006. 3. 9. 선고 2005두10125 판결 등 참조), 신고․납부의무의 경우 본세에 있어서는 절차적 사항에 해당한다고 볼 여지가 있는 반면 가산세에 있어서는 실체적 과세요건에해당한다고 볼 여지가 있어, 납세의무자로서는 부가가치세법 제18조, 제19조 소정의 기간에 신고․납부를 하여야 하는지 아니면 관세법 제4조 제1항, 제9조, 제38조에 따라 수입신고시 함께 신고․납부를 하여야 하는지 의문이 있을 수 있으므로 이를 해소하기 위하여 부가가치세법 제19조의2가 신설된 것일 뿐 수입재화에 대한 신고․납부의무에 관한 근거규정을 새롭게 두고자 한 것이 아니다.

2) 나아가 세법상 가산세는 개별 세법이 과세의 적정을 기하기 위하여 정한 의무의 이행을확보할 목적으로 이들 의무를 해태하였을 때 그에 대하여 가하여지는 일종의 행정벌적인성격을 가지는 제재이므로 그 의무를 해태함에 있어 정당한 사유가 있는 경우에는 가산세를 부과할 수 없다고 할 것이나(대법원 1991. 11. 26. 선고 91누5341 판결 등 참조), 이사건의 경우 피고가 이 사건 처분시 적용한 이윤 및 일반경비의 인정비율은 가산세의 세액결정에만 관련된 것이고, 가산세의 부과여부는 당초 원고가 이 사건 물품을 수입함에 있어신고한 과세가격이 적정한 것인지 여부에 달려 있다고 할 것인바, 위에서 본 바와 같은 원고와 판매자와의 관계 및 원고가 이 사건 물품의 수입가격을 결정하게 된 경위 등에 비추어 보면, 원고의 과소신고․납부에 의무해태를 탓하기 어려운 정당한 사유가 있다고 보기어렵다.

3) 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 이 사건 처분은 적법하다고 할 것이므로 그 취소를 구하는 원고의 청구는 모두이유 없어 이를 각 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.