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전심사건번호
국세청심사 법인2011-0003 (2011.04.09)
제목
변제할 의무가 없는 채무를 변제한 것으로 보아 상여로 소득금액변동통지한 처분은 적법
요지
원고(개인)이 병원의 운영과정에서 발생된 인출금 계정을 원고(의료법인)을 설립하면서 의료법인의 가수금 계정으로 변경한 후 의료법인이 개인에게 변제한 것은 변제할 의무가 없는 채무를 변제한 것으로 상여로 소득금액변동통지한 처분은 적법하며, 개인이 2004년 양도로 인하여 양도소득금액이 있었음에도 확정신고하지 않은 것으로 양도 당시의 기준시가에 의하여야 함
사건
2011구합1462 소득금액변동통지처분취소 등
원고
의료법인 AAA재단 외1명
피고
청주세무서장
변론종결
2011. 12. 29.
판결선고
2012. 1. 19.
주문
1. 원고들의 청구를 모두 기각한다.
2. 소송비용은 원고들이 부담한다.
청구취지
피고가, 2010. 10. 1. 원고 의료법인 AAA재단에게 소득자를 원고 최BB으로 한 2006 사업 연도 소득금액 648，923，514원, 2007 사업 연도 소득금액 434，000，000원, 2008 사업연도 소득금액 74，859，695원의 각 소득금액변동통지를 모두 취소하고, 2010. 10. 5. 원고 최BB에게 한 2004년분 양도소득세 559，983，090원의 부과처분을 취소한다.
이유
1. 처분의 경위
가. 원고 의료법인 AAA재단(다음부터 '원고 의료법인'이라고 한다)은 의료기관을 설치 운영하기 위하여 2004. 9. 9. 설립된 의료법인이고, 원고 최BB은 2002. 3. 5.부터 2004. 9. 8.까지 'AAA병원'이라는 상호로 병원을 운영하다가 원고 의료법인을 설립한 후 현재까지 원고 의료법인의 대표자로 근무하고 있다.
나. 피고는 2010. 7. 13.부터 2010. 7. 30.까지 원고 의료법인을 세무조사하였는데，① 원고 최BB이 원고 의료법인을 설립할 당시 'AAA병원' 운영과정에서 발생된 인출금 계정을 원고 의료법인을 설립하면서 원고 의료법인의 가수금 계정으로 변경하였고, 원고 의료법인이 원고 최BB에게 위 가수금 중 2006년 648，923，514원, 2007년 434，000，000 원, 2008년 74，859，695원을 각 변제한 사실，② 그리고 원고 최BB이 자신의 주식회사 QQ은행(다음부터 'QQ은행'이라고 한다)에 대한 4，403，269，520원의 채무를 원고 의료 법인이 인수하는 것을 조건으로 자신 소유의 청주시 OO동 00-0 대 2，785㎡, 같은 동 00-0 대 3，861㎡(다음부터 '이 사건 토지'라고 한다) 및 그 지상건물 중 1/2 지분을 원고 의료법인에 출연하고, 2004. 12. 2. 위 부동산에 대하여 증여를 원인으로 소유권이전등기를 마쳐준 사실 등을 확인하였다.
다. 이에 피고는，① 원고 의료법인에 대하여는 변제할 의무 없는 채무를 변제한 것으 로 보아 원고 최BB에 대한 위 변제금을 귀속자인 원고 최BB에게 상여로 각 소득처분 한 후 2011. 10. 13. 2006 사업 연도 소득금액 648，923，514원, 2007 사업 연도 소득금액 434，000，000원, 2008 사업연도 소득금액 74，859，695원의 각 소득금액변동통지(다음부터 '이 사건 소득금액변동통지처분'이라고 한다)를 하였고, 2010. 11. 5. 원고 최BB에 대 하여는 원고 최BB이 원고 의료법인에게 한 증여를 부담부증여로 보아 2004년 귀속 양도소득세 559，983，090원을 부과하였다(다음부터 '이 사건 양도소득세 부과처분'이라고 한다).
라. 원고들은 위와 같은 각 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2011. 6. 2. 원고 의료법인의, 2011. 4. 11. 원고 최BB의 위 심판청구가 각 기각되었다.
[인정근거]다툼 없는 사실, 갑 제1호증 내지 갑 제3호증, 을 제1호증 내지 을 제3호 증(각 가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 처분의 적법 여부
가. 원고들의 주장
1) 이 사건 소득금액변동통지처분에 대하여
원고 최BB은 소외 송FF과 'AAA병원'을 공동운영하면서 776，825，766원 을 출자하고, 1，177，087，619원을 투입하여 'AAA병원'에게 합계 1，953，913，385원의 출 자금 및 가수금 반환채권을 가지고 있었다. 원고 최BB은 원고 의료법인을 설립하면 서 'AAA병원'의 사업에 관한 일체의 권리와 의무를 원고 의료법인이 포괄적으로 양수하는 내용의 포괄적 양도 ・ 양수약정서를 작성하고, 이를 원고 의료법인에게 출연함으로써, 원고 의료법인에게 위 출자금 및 가수금채권 중 원고 의료법인에 대한 출자금 150，000，000원을 제외한 1，803，913，385원을 반환받을 권리가 있었다. 원고 최BB은 원고 의료법인 설립 당시 출연재산 목록에 위 출자금 및 가수금 반환채권을 기재하지 않았지만, 위 목록에 이를 기재하지 않는다고 하여 원고 최BB의 원고 의료법인에 대한 채권이 소멸하는 것은 아니다. 따라서 원고 의료법인이 원고 최BB에 대하여 변제할 의무가 없이 이를 변제하였음을 전제로 한 피고의 이 사건 소득금액변동통지처분은 위법하다.
2) 이 사건 양도소득세 부과처분에 대하여
가) 원고 최BB은 2004. 12. 2. 원고 의료법인에게 이 사건 토지 및 그 지상 건물 중 1/2 지분에 대하여 증여를 원인으로 소유권이전등기를 마쳐주었는바, 이 사건 양도소득세처분은 부과제척기간인 5년이 경과한 후 이루어진 것으로서 위법하다.
나) 설령 이 사건 양도소득세처분이 부과제척기간 내에 이루어진 것이라고 하더라도, 위 부동산에 대하여 소유권이전등기가 이루어질 당시에 시행되던 구 소득세법 제96조 제1항 제6호에 따르면 양도자가 양도 당시 및 취득 당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 확정신고기한까지 납세지 관할 세무서장에게 신고하는 경우 실지거래가액 을 양도가액으로 하도록 규정하고 있고, 국세기본법 제45조의3 제1항은 법정신고기한 내에 과세표준선고서를 제출하지 아니한 자로서 세법에 따라 납부하여야 할 세액이 있는 자는 관할 세무서장이 국세의 과세표준과 세액을 결정하여 통지하기 전까지 기한후과세 표준신고서를 제출할 수 있다고 규정하고 있다. 그런데 원고 최BB은 세무조사기간인 2010. 8. 5. 피고에게 실지거래가액을 기준으로 양도소득세를 신고하였으나, 피고는 세무 조사기간 중 신고를 받을 수 없다는 이유로 이를 반려하였는바, 원고 최BB은 피고가 과세표준과 세액을 결정하여 통지하기 전에 실지거래가액을 기준으로 양도소득세를 신고 하였으므로, 이 사건 양도소득세 부과처분 중 실지거래가액에 따른 세액을 초과하는 부분은 위법하므로 취소되어야 한다.
나. 관계 법령
별지 관계 법령 기재와 같다.
다. 인정 사실
1) 원고 최BB은 2002. 9. 25. QQ은행과 사이에 이 사건 토지에 대하여 채무자 송FF(원고 최BB의 처남임), 채권최고액 일본국 엔화 720，000，000엔으로 정한 근저당권설정계약을 맺고, 이 사건 토지 지상에 지하 1층, 지상 5층의 건물(다음부터 '이 사건 건물'이라고 하고, 이 사건 토지와 이 사건 건물을 합하여 '이 사건 부동산'이라고 한다) 을 신축하여 송FF과 각 1/2 지분에 관한 소유권보존등기를 마친 후 2003. 3. 7. 신한은 행과 사이에 이 사건 건물을 위 근저당권의 담보로 추가하는 내용의 근저당권설정계약을 맺었으며, 송FF의 QQ은행에 대한 위 대출금채무를 연대보증하였다.
2) 원고 최BB은 'AAA병원'을 운영하면서 이 사건 건물의 신축대금, 운영비용 등에 사용하기 위하여 금원을 지출하고, 병원의 수익금이 발생하면 이를 회수하였는데, 이를 인출금 계정으로 관리하면서 대차대조표상 자본 항목에 계상하였다. 원고 최BB은 원고 의료법인을 설립하기 전날인 2004. 9. 8. 위 인출금 계정상 금액인 1，157，783，209원 을 가수금 계정으로 대체하여 그 당시의 가수금 계정상의 금액 19，304，410원을 합한 1，177，087，619원(다음부터 '이 사건 금원'이라고 한다)을 'AAA병원'의 대차대조표상 가수금 항목으로 회계처리를 하고, 이를 부채 항목에 계상하였으며, 원고 의료법인을 설립 한 이후 이 사건 금원을 원고 의료법인의 가수금 항목으로 회계처리를 하여 부채 항목에 계상하였다.
3) 원고 최BB은 소외 송GG, 노HH, 김II, 신JJ, 박KK, 박LL와 함께 원고 의료법인을 설립하기로 하여 정관을 작성하고, 2004. 8. 20. 설립발기인 회의를 개최하여 원고 최BB이 이사장으로 선임되었는데, 위 정관의 내용과 위 설립발기인 회의 내용 중 이 사건에 관계된 부분은 아래와 같다.
4) 원고 최BB은 2004. 8. 25. 충청북도지사에게 원고 의료법인의 설립허가신청을 하였고, 충청북도지사는 2004. 9. 3. 원고 최BB에게 원고 의료법인의 설립허가를 하였으며, 원고 의료법인에 대하여 2004. 9. 9. 설립등기가 마쳐졌다. 위 설립허가신청서에 첨부된 서류 중 이 사건에 관계된 부분은 아래와 같다.
5) 원고 최BB, 송FF은 원고 의료법인에 대한 설립등기가 마쳐지기 전날인 2004. 9. 8. 원고 최BB, 송FF을 양도인으로, 원고 의료법인을 양수인으로 하는 포괄적 양도 ・ 양수약정서를 작성하였는데, 그 내용 중 이 사건에 관계된 부분은 아래와 같다.
6) 2004. 10. 11.자 증여를 원인으로 소유권이전등기를 마쳐주었는데, 원고 의료법인은 이 사건 부동산을 취득하면서 'AAA병원'의 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양수받았다는 이유로 취득세와 등록세를 면제받았다.
7) 원고 의료법인은 원고 최BB에게 2006년도에 합계 648，923，514원，2007년도에 합계 434，000，000원, 2008년도에 합계 74，859，695원을 각 지급하였다.
8) 원고 최BB은 이 사건과 관련한 세무조사기간 중인 2010. 8. 5. 피고에게 이 사건 토지 및 이 사건 건물 중 1/2 지분에 관하여 실지거래가액에 따라 양도소득세를 선고하였다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제4호증, 갑 제5호증, 갑 제7호증 내지 갑 제12호증, 을 제4호증 내지 을 제8호증(각 가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지
라. 판단
1) 이 사건 소득금액변동통지처분에 대하여
가) 위 인정 사실에 변론 전체의 취지를 종합하면 다음과 같은 사정을 알 수 있다.
(1) 개인이 어떠한 사업을 영위하면서 별도의 상호로 사업자등록을 하고, 세무회계상의 필요에 따라서 계정을 달리하여 입출금을 관리한다고 하여 그 개인과 별도의 권리능력을 갖추는 법인이나 단체가 성립된다고 볼 수 없다. 따라서 개인이 그 사업에 필요한 금원을 지출한다고 하여 개인 자신에 대하여 어떠한 반환청구권을 가진다고 볼 수 없고, 이는 일단 성립한 채권과 채무가 동일한 주체에 귀속되어 민법 제507조 본문 에서 정한 혼동의 법리에 따라 소멸하는 것이 아니라 채권 자체가 성립하였다고 볼 수
없다. 그리고 개인이 사업을 영위하면서 지출한 비용, 얻은 수익 등에 대하여 별도의 계정을 만들어 회계처리를 하고 대차대조표 등의 재무제표를 작성하는 것은, 일정 시점에 서 그 사업과 관련한 개인의 재정상태를 일람하게 하여서 채권자들로 하여금 책임재산 내역을 알기 쉽게 함과 동시에 개인이 사업과 관련하여 얻은 소득을 파악하여 이에 기초 한 세금을 내기 위한 것일 뿐이다. 따라서 위와 같이 개인이 영위하는 사업과 관련하여 계정을 달리하여 회계처리를 한다고 하더라도 원고들의 주장처럼 그 개인에게 채무를 부 담하는 또 다른 별도의 상대방이 존재하는 것은 아니다.
(2) 한편 가수금이란, 실제 현금의 수입은 있었지만, 거래의 내용이 불분명 하거나 거래가 완전히 종결되지 않아 계정과목이나 금액이 미확정인 경우에, 현금의 수입을 일시적으로 처리하는 계정과목을 말하는데, 이와 같은 계정은 일시적 성격을 갖는 계정과목이기 때문에, 늦어도 결산기 말까지는 그 내역을 명확히 조사하여 확정된 계정과목으로 대체시켜야 한다. 그런데 이 사건에서, 원고 최BB은 'AAA병원'을 운영하면 서 병원 운영과 관련하여 지출하고 병원 수익금으로 회수한 금원을 인출금 계정으로 관리하면서 대차대조표상 자본 항목에 계상하였다가 원고 의료법인을 설립하기 전날인 2004. 9. 8. 위 인출금 계정상 금액인 1，157，783，209원을 가수금 계정으로 대체하여 그 당 시의 가수금 계정상의 금액을 합한 이 사건 금원을 가수금 항목으로 회계처리를 하고, 이 를 부채 항목에 계상하였던 바, 위 금원은 실질적으로 자본으로서 대차대조표의 자본 항목에 기재되어 있어야 할 것이지만, 원고 최BB이 원고 의료법인의 설립등기 직전에 의 도적으로 이 사건 금원을 부채 항목에 기재하여 회계처리를 잘못한 것에 불과한 것으로 서 대차대조표상 가수금 항목에 이 사건 금원이 계상되어 있다고 하여 이로써 곧바로 부채, 즉 채무의 존재가 인정되는 것은 아니다.
(3) 원고 최BB, 소외 송FF과 원고 의료법인 사이의 포괄적 양도 ・ 양수 약정서 의하면, 원고 의료법인이 2004. 9. 8. 기준으로 원고 최BB의 'AAA병원' 운영 과 관련하여 장부상 대차대조표, 손익계산서에 의한 자산, 부채 총액 등 일체의 권리와 의무를 포괄적으로 양수하기로 정하였고, 이에 따라 원고 의료법인이 이 사건 부동산을 취득하면서 그 취득세와 등록세를 면제받은 사실은 앞에서 인정한 바와 같다. 그러나 위에서 살펴본 바와 같이, 원고 최BB의 'AAA병원'에 대한 이 사건 금원의 반환청구권 이 성립하지도 않았으므로, 이 사건 금원의 반환청구권은 위 포괄적 양도 ・ 양수의 대상에 포함되지도 않는 것이다.
(4) 또한, 구 의료법(2007.4.11. 법률 제8366호로 개정되기 전의 것) 제41 조, 제44조, 동법 시행령(2007.9.28.대통령령 제20292호로 개정되기 전의 것) 제17조, 동법 시행규칙(2005.10.17.보건복지부령 제333호로 개정되기 전의 것) 제34조에 의하면, 의료법인을 설립하려는 자는 정관, 재산목록 및 기부신청서 등의 서류를 첨부하여 그 법인의 주된 사무소의 소재지를 관할하는 시 • 도지사의 허가를 받아야 하고, 의료법인에 대하여 의료법에 규정된 것 외에는 민법 중 재단법인 규정을 준용한다고 각 규정하고 있다. 한편 현행 민법뿐만 아니라 다른 법령상으로도 재단법인 등 비영리법인의 설립허가 에 관한 구체적인 기준이 정하여져 있지 않으므로, 원고 의료법인과 같은 비영리법인의 설립허가를 할 것인지 여부는 주무관청의 정책적 판단에 따른 재량에 맡겨져 있다고 할 것이다(대법원 1996. 9. 10. 선고 95누18437 판결 등 참조). 그런데 이 사건에서 원고 의료법인에 대한 정관에는 이 사건 부동산을 원고 의료법인의 기본재산으로, 기본재산 이외의 나머지 재산을 보통재산으로 분류하였고, 원고 최BB이 충청북도지사에게 원고 의료법인에 대한 설립허가를 신청하면서 첨부한 출연재산목록에는 기본재산으로 이 사건 부동산이, 보통재산으로 예금, 차량, 의료장비만이 기재되어 있고, 재산의 기부신청서에 는 원고 최BB의 QQ은행에 대한 기존 대출금채무만 기재되어 있었고 이 사건 금원은 채무로 기재되어 있지 않았던바, 충청북도지사는 이러한 출연재산목록을 토대로 원고 의료법인의 장래 사업규모나 사업내용의 적정성 등을 심사하여 이를 허가하였던 것이므로, 가사 원고들의 주장처럼 'AAA병원'의 원고 최BB에 대한 이 사건 금원의 반환채무가 존재한다고 가정하더라도 이를 원고 의료법인에 출연하였다고 보기도 어렵다.
(5) 더욱이 이 사건과 같이 개인사업자가 별도의 계정으로 회계처리를 하면서 사업 영위에 필요한 적극재산의 취득에 소요된 자금 등을 채무로 계상하였다가 재단법인을 설립과정에서 적극재산만을 출연재산목록에 올려 관할 행정청으로부터 인허가를 받아서 재단법인을 설립하고, 이후 재단법인으로 하여금 출연자에게 그 채무를 변제 하도록 하는 것을 허용한다면 재단법인의 운영 기반이 되는 출연 자산을 다시 출연자에게 고스란히 되돌려주게 되는 결과가 되는바, 이는 재단법인의 건전한 재정상태를 훼손하는 것으로서 심히 부당하다고 할 것이다.
나) 위에서 살펴본 사정들을 종합하여 보면, 원고 최BB이 AAA병원을 운영하면서 출자금 및 운영비로 이 사건 금원을 입금하고 계정을 달리하여 회계처리를 하였다고 하더라도 이는 자신의 사업에 지출된 비용으로서 그 권리나 의무의 귀속주체가 동일하여 별도의 채권, 채무관계가 성립된다고 할 수 없으므로 원고가 주장하는 바와 같이 'AAA병원'이 원고 최BB에게 이 사건 금원에 대한 반환채무를 부담한다고 볼 수 없다. 또한, 가사 원고들의 주장처럼 AAA병원이 이 사건 금원의 반환채무를 부담한다고 하더라도 원고 최BB이 원고 의료법인을 설립하면서 이를 출연하였다고도 볼 수 없으므로, 원고들의 주장은 어느 모로 보나 이유 없다. 따라서 결국 원고 의료법인은 원고 최BB에게 이 사건 금원을 변제할 의무가 없었음에도 2006년도에 합계 648，923，514원, 2007년도에 합계 434，000，000원, 2008년도에 합계 74，859，695원을 각 지급하였다고 할 것이므로, 이를 전제로 한 피고의 이 사건 소득금액변동통지처분은 적법하다.
2) 이 사건 양도소득세 부과처분에 대하여
가) 부과제척기간이 경과하였다는 주장에 대하여
(1) 구 국세기본법(2006.12.30.법률 제8139호로 개정되기 전의 것) 제26 조의2 제1항 제2호, 동법 시행령(2007.2.28.대통령령 제19893호로 개정되기 전의 것) 제12조의3 제l항, 제1호에 의하면, 납세자가 법정신고기한 내에 과세표준신고서를 제출 하지 아니한 경우의 부과제척기간은 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간이라고 규정하고 있고, 과세표준과 세액을 신고하는 국세는 당해 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한의 다음날이 국세부과제척기간의 기산일인 국세를 부과 할 수 있는 날이라고 규정하고 있다.
(2) 위 관계 법령의 내용에 비추어 이 사건에서 살피건대, 원고 최BB이 2004. 12. 2. 원고 의료법인에게 이 사건 토지 및 이 사건 건물 중 1/2 지분에 대하여 증여를 원인으로 소유권이전등기를 마쳐주었음에도 법정신고기한인 2005. 5. 31.까지 피고에게 과세표준신고서를 제출하지 않은 사실은 앞에서 인정한 바와 같다. 따라서 이 사건 양도소득세의 부과제척기간은 7년이라고 할 것이고, 이는 법정신고기한의 다음 날인 2005. 6. 1.부터 진행된다고 할 것인데, 이 사건 양도소득세 부과처분은 위 기산일로부터 7년 이내인 2010. 10. 5. 이루어진 사실도 앞에서 인정한 바와 같으므로 원고 최BB의 이 부분 주장은 이유 없다.
나) 실지거래가액을 기준으로 산정되어야 한다는 주장에 대하여 (1) 관련 법령의 검토
(가) 구 소득세법(2005.12.31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것) 제 96조 제1항 제6호, 제110조 제1항, 제2항에 의하면, 부동산의 양도로 인한 소득은 당해 부동산의 양도 당시의 기준시가에 의하되, 다만, 양도자가 양도 당시 및 취득 당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 당해 연도의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지 납세지 관할 세무서장에게 신고하는 경우 양도자와 양수자 간에 실제로 거래한 가액에 의하며, 당해 연도의 양도소득금액이 있는 거주자가 당해 연도의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31 일까지 납세지 관할 세무서장에게 양도소득과세표준을 신고하는 것을 확정신고라고 규정하고 있다.
(나) 한편 국세기본법 제45조의3 제1항은 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 자는 관할 세무서장이 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정하여 통지하기 전까지 기한후과세표준신고서를 제출할 수 있다고 규정하고 있는바, 이는 무신고에 따른 가산세부담을 줄일 기회를 부여함으로써 납세자의 편의를 도모하기 위한 규정이다.
(2) 판단
(가) 위 관계 법령의 내용과 취지에 비추어 이 사건에서 살피건대, 원고 최BB은 2004. 12. 2. 이 사건 토지 및 이 사건 건물 중 1/2 지분에 대한 양도로 인하여 양도소득금액이 있었음에도 확정신고기한인 2005. 5. 31.까지 피고에게 그 양도소득과세 표준을 신고하지 않은 사실은 앞에서 인정한 바와 같으므로, 이 사건 토지 및 이 사건 건물 중 1/2 지분의 양도로 인한 소득은 양도 당시의 기준시가에 의하여야 한다.
(나) 원고 최BB은 국세기본법 제45조의3 규정에 따른 기한 후 신고를 하였으므로 실지거래가액을 기준으로 이 사건 토지 및 이 사건 건물 중 1/2 지분에 대한 양도소득금액을 산정하여야 한다고 주장하나, 위 규정에 따른 기한 후 신고는 무신고에 따른 가산세부담을 줄일 기회를 부여함으로써 납세자의 편의를 도모하기 위한 것이고, 구 소득세법 제110조 제1항, 제2항은 당해연도의 양도소득금액이 있는 거주자가 당해연도의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지 납세지 관할 세무서장에게 양도소득과세표준 을 신고하는 것을 확정신고라고 규정하고 있는바, 국세기본법 제45조의3 규정에 따른 기 한 후 신고를 하였다고 하여 구 소득세법 제110조 제1항, 제2항에 따른 확정신고기한을 지킨 것이라고 볼 수는 없다.
(다) 따라서 원고 최BB의 이 부분 주장도 이유 없다.
3. 결론
그렇다면 원고들의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.