1. 이 사건 소 중 2010년 제1기 부가가치세 610,162,810원(가산세 포함)의 부과처분 중 526,595,300원을...

처분의 경위

원고는 석유 및 석유류 제품 판매업 등을 영위하기 위한 목적으로 1989. 3. 13. 설립된 회사로 충남 예산군 B에 본점을 두고, 충남 예산군 C, D 및 천안시에서 3개의 주유소를 운영하고 있다.

원고는 아래 표 기재와 같이 주식회사 E 등(이하 아래 표 기재 공급자를 지칭할 때에는 ‘주식회사’는 생략한다)으로부터 세금계산서를 교부받아 피고에게 부가가치세를 신고납부하였다.

(단위: 원) 공급자 2010년 제1기 공급가액 2010년 제2기 공급가액 합계 F 402,309,000 1,192,727,000 1,595,036,000 E 1,557,090,910 1,557,090,910 G 630,727,000 630,727,000 H 330,727,000 330,727,000 합 계 2,920,853,910 1,192,727,000 4,113,580,910 대전지방국세청장은 2014. 7. 8.부터 2014. 10. 16.까지 원고에 대한 세무조사(이하 ‘이 사건 세무조사’라 한다)를 실시한 결과 위 표 공급자란 기재의 거래처들이 발행한 세금계산서가 실물거래 없이 교부된 사실과 다른 세금계산서로 보아 해당 매입세액을 매출세액에서 불공제하고, 납부불성실가산세, 세금계산서불성실가산세, 부당과소신고가산세를 적용한 과세자료를 피고에게 통보하였다.

피고는 2014. 12. 8. 원고에게 위 세금계산서에 따른 매입세액을 불공제하여 2010년 제1기 부가가치세 610,162,810원, 2010년 제2기 부가가치세 244,437,520원 합계 854,600,330원(가산세 포함)을 각 경정고지하였다.

원고는 이에 불복하여 2015. 6. 9. 조세심판원장에게 심판청구를 하였는데, 조세심판원장은 2017. 2. 3. ‘원고가 F로부터 매입한 공급가액 합계 1,595,036,000원과 관련한 매입세액을 매출세액에서 공제하는 것으로 하여 그 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다’는 결정을 하였다.

피고는 조세심판원장의 위 결정에 따라 당초 부과처분세액 중 2010년 제1기...