실지거래가액에 의하여 양도소득세 계산한 처분의 적법 여부

신고를 하지 않았거나 실지거래가액을 확인할 수 있는 증빙서류를 함께 제출하지 않았다고 하더라도 취득 및 양도당시의 실지거래가액이 모두 확인되기만 하면 취득가액 및 양도가액 모두 실지거래가액에 의하여 양도차익을 계산하여야 할 것임

결정 내용은 붙임과 같습니다.

1. 원고의 청구를 기각한다. 2. 소송비용은 원고의 부담으로 한다.

1. 성립에 다툼이 없는 갑제1호증(납세고지서), 갑제2호증(심사결정서), 갑제3호증의 2(심판결정서), 갑제4, 5호증(각 등기부등본), 갑제7호증(건축물관리대장), 갑제9호증(경정결정상황통보), 을제1호증의 1(결정결의서), 2(결정내역서), 3(과세자료전), 을제2호증(부동산매매계약서), 을제3호증의 1(협조회신), 2(매수인명단), 3(매수자별불하면적), 을제4호증의 1(경정결의서), 2(조사내용), 3(결정내역서)의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면 원고는 1978. 4. 18. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 대 2903.9평방미터(이하 이사건 토지라 한다)를 ㅇㅇ시로부터 취득하여 1981. 8. 24. 위 지상에 철근 콘크리트 스라브 2층 자동차정비공장 1층 695.21평방미터, 2층 361.59평방미터, 지하실 241.06평방미터, 부속 철근 콘크리트 슬라브 수위실 7.97평방미터(이하 이사건 건물이라 한다)를 신축한 후 이를 각 소유하다가 1987. 4. 3. 이사건 토지 및 건물을 소외 전ㅇㅇ, 김ㅇㅇ에게 대금1,300,000,000원에 양도하고 나서 이에 따른 자산양도차익 예정신고를 하면서 이 사건 토지 및 건물의 취득 및 양도가액을 모두 기준시가에 의하여 계산하여 양도소득세 금 4,122,261원, 방위세 금 824,452원을 자진납부한 사실, 이에 피고는 원고의 위 예정신고 내용을 인정하지 아니하고 이사건 토지의 양도차익을 산정함에 있어서 양도 및 취득가액은 소득세법(1989. 8. 1. 대통령령 제12767호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제23조 제4항 단서 , 제45조 제1항 제1호 단서 , 같은 법 시행령 제170조 제1항 본문 , 같은 조 제4항 제1호 의 각 규정에 의하여 모두 실지거래가액에 의하되 양도가액은 위 시행령 제170조 제2항 에 따라 이 사건 토지 및 건물의 양도대금인 금 1,300,000,000원을 기준으로 이 사건 토(대통령령 제12767호로 개정되기 전)지 및 건물의 각 기준시가에 비례하여 안분계산한 금액으로 하고, 취득가액은 원고가 ㅇㅇ시로부터 매수한 금 56,699,400원으로 하여 이 사건 토지의 양도차익을 결정하고, 이 사건 건물의 양도차익은 양도 및 취득가액을 모두 기준시가로 하여 결정한 후 이를 기초로 세액을 산정하여 양도소득세를 금 441,370,836원으로, 방위세를 금 88,384,093원으로 결정한 다음 위 자진납부세액을 공제하여 1988. 8. 16. 원고에 대하여 차감고지세액으로서 양도소득세 금 437,248,570원, 방위세 금 87,559,640원을 부과고지하였다가 원고의 심판청구에 따른 국세심판소의 1989. 5. 9.자 결정에서 피고가 이사건 건물의 양도당시의 기준시가를 계산함에 있어 이 사건 건물의 총면적 1305.83평방미터의 주용도를 공장, 창고로 보아 기준시가를 산정하였으나 1981. 10. 6. 이 사건 건물 중 지층부분이 식당(106.84평방미터), 지하실(134.21평방미터)로, 1층부분이 점포(180.79평방미터), 사무실(180.79평방미터), 공장(333.62평방미터)으로, 2층 부분이 사무실(241평방미터), 창고(120.59평방미터)로 각 각 용도변경 되었으므로 이에 따라 이사건 건물의 양도 및 취득당시의 각 기준시가를 계산하고, 이 사건 토지의 양도가액도 양도당시의 이 사건 토지의 기준시가 및 이 사건 건물의 위 기준시가에 비례하여 안분한 금액으로 하여 각 양도차익을 결정하여야 한다는 판단을 내리자 피고는 위 국세심판소의 결정에 따라 별지 세액산출표 기재와 같이 세액을 재산정하여(이 사건 토지 및 건물의 양도당시 시행되던 소득세법 제70조 제8항 에 의하여 종합소득세율에 따라 계산한 금액을 양도소득세액으로 함) 양도소득세를 금 413,190,075원으로, 방위세를 금 82,638,014원으로 각 감액경정결정한 다음 위 자진납부세액을 공제하여 1990.2.7.원고에게 차감고지세액으로 양도소득세 금 409,067,810원, 방위세 금 81,813,560원의 경정결정통지를 한 사실(이하 이 사건 과세처분이라 한다.)을 인정할 수 있고 달리 반증이 없다.

2. 피고는 위 처분사유와 적용법조를 들어 이 사건 과세처분이 적법하다고 주장하고, 이에 대하여 원고는 첫째, 피고가 이 사건 1건의 양도소득세를 과세함에 있어서 채택한 양도차익의 계산방법인 어느 한쪽 가액(이사건 토지의 취득가액)은 실지거래가액을, 또 한쪽의 가액(이 사건 토지의 양도가액)은 안분계산가액을, 또 다른 한쪽(이 사건 건물의 양도 및 취득가액)은 기준시가를 적용하여 양도차익을 계산하는 방법은 소득세법령이 규정하지 아니한 과세방식으로서 소득세법령이 허여하는 방법이 아니라 할 것이고, 더구나 원고는 이 사건 토지 및 건물을 토지가액과 건물가액을 구분함이 없이 일괄하여 금 1,300,000,000원에 양도하였던 것이므로 이 사건 토지나 건물의 실지거래가액을 확인할 수가 없어 이 사건 토지의 양도가액은 소득세법 시행령 제115조 제1항 제1호 (다)목 의 규정에 의한 기준시가를 적용할 수 밖에 없고, 달리 안분계산하는 방법은 세법상의 근거규정이 없는 피고의 독자적인 과세방법이라 할 것인 바, 피고가 이사건 토지의 양도가액을 안분계산하는 방식으로 과세하는 근거로 들고 있는 소득세법 시행령 제170조 제2항 은 양도 및 취득가액을 각각 공히 실지거래가액으로 결정할 때 또는 양도 및 취득가액을 각각 공히 기준시가로 결정할 때 현행 양도소득세 과세체계상 양도차익을 자산종류별로 계산할 필요(양도소득특별공제, 양도차손익합산문제, 세율적용문제 등)에 따른 그 계산방법을 정한 규정일 뿐이지 안분계산한 가액을 실지거래가액으로 본다라는 규정이 아님이 명백하므로 이 사건 토지의 양도가액을 안분계산 방식에 의하여 한 이 사건 과세처분은 위법하고, 둘째, 현행 소득세법령에 의하면 자산의 양도차익의 기초가 되는 양도 및 취득가액은 기준시가에 의함을 원칙으로 하고 대통령령이 정하는 예외적인 경우에 한하여 실지거래가액에 의하도록 규정되어 있고, 소득세법 시행령 제170조 제4항 제3호 는 양도자가 법 제95조 또는 법 제100조 의 규정에 의한 신고시 제출한 증빙서류에 의하여 취득 및 양도당시의 실지거래가액을 확인할 수 있는 경우를 실지거래가액에 의할 경우의 하나로 들고 있는 바, 이러한 규정들에 의하면 자산을 양도한 경우에 자산의 양도차익예정신고나 과세표준확정신고를 함에 있어서 실지거래가액을 확인할 수 있는 증빙서류를 제출한 때에는 실지의 양도 및 취득가액에 의하여 양도차익을 산정할 것이나 위와 같은 신고가 없거나 신고가 있더라도 증빙서류의 제출이 없을 때에는 기준시가에 의하여 양도차익을 산정할 것이며, 과세표준확정신고기간이 지난 후에는 실지거래가액이 확인되더라도 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정할 수 없다 할 것이므로 이 사건 토지 및 건물에 대한 양도소득세 과세표준확정신고기간이 경과한 1988.8.16. 이 사건 토지의 양도가액을 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하여 부과한 이 사건 과세처분은 위법하다는 취지의 주장을 한다.

그러므로 먼저 원고의 첫째 주장에 관하여 살펴본다.

소득세법 제23조 제4항 , 제45조 제1항 제1호 의 각 규정에 의하면 자산의 양도차익을 결정함에 기초가 되는 양도 및 취득가액은 기준시가에 의함을 원칙으로 하고 예외적으로 대통령령이 정하는 경우에는 실지거래가액에 의한다고 되어 있고, 대통령령이 정하는 예외적인 경우로서 소득세법 시행령 제170조 제4항 은 국가, 지방자치단체 기타 법인과의 거래에 있어서 양도 또는 취득당시의 실지거래가액이 확인된 경우(제1호), 국세청장이 지역에 따라 정하는 일정 규모이상의 거래 기타 부동산투기의 억제를 위하여 필요하다고 인정되어 국세청장이 지정하는 거래에 있어서 양도 또는 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 있는 경우(제2호), 양도자가 법 제95조 , 또는 법제100조 의 규정에 의한 신고시 제출한 증빙서류에 의하여 취득 및 양도당시의 실지거래가액을 확인할 수 있는 경우(제3호)를 열거하고 있으며, 위 시행령 제170조 제1항 은 법 제23조 제2항 에 규정하는 양도차익을 결정함에 있어서 양도가액 또는 취득가액 중 어느 하나를 실지거래가액에 의하여 결정하는 때에는 다른 하나도 실지거래가액에 의하여 결정하여야 하고 어느 하나를 기준시가에 의하여 결정하는 때에는 다른 하나도 기준시가에 의하여 결정하여야 한다고 규정하고, 소득세법 제23조 제1항 제1호 는 당해년도에 토지 또는 건물의 양도로 인하여 발생한 소득을 양도소득으로 한다고 규정하고, 같은 조 제2항 은 당해자산의 양도로 인하여 발생한 총수입금액에서 제45조 의 규정에 의한 필요경비를 공제한 금액을 양도차익으로 보고 있는 바, 위 규정들을 종합해 보면 토지와 건물은 별개의 자산으로서 이에 대한 양도차익은 구분하여 계산하여야 할 것이고, 토지와 건물을 동시에 양도하여 이에 대한 양도소득세를 산정할 경우 어느 한쪽의 양도 및 취득가액은 실지거래가액에 의하여, 다른 한쪽의 양도 및 취득가액은 기준시가에 의하여 양도차익을 각각 결정하여 그 양도차익에 따른 양도소득세액을 결정할 수 있다 할 것이다.

먼저 이 사건 건물의 경우 소득세법 시행령 제170조 제4항 소정의 어느 경우에 해당하지 아니하므로 양도가액 및 취득가액을 기준시가로 하여 그 양도차익을 결정하여야 하고, 이 사건 토지의 경우 취득가액은 지방자치단체인 서울시와의 거래로 실지거래가액이 확인된 경우이므로 실지거래가액에 의하고, 양도가액은 실지거래가액을 확인할 수 없는 것이 아닌한 실지거래가액에 의하여야 할 것이다.

그런데 앞서 나온 을제2호증(부동산매매계약서)의 기재에 의하면 원고가 이 사건 토지 및 건물을 소외 전ㅇㅇ 외 1인에게 양도하면서 토지와 건물의 가액을 구분하지 아니하고 일괄하여 금 1,300,000,000원에 양도한 사실을 인정할 수 있고 달리 반증이 없으므로 문제는 과연 이 사건 토지의 경우 소득세법 시행령 제170조 제2항 에 의하여 그 양도가액의 실지거래가액이 확인되는 경우에 해당할 것인가 하는데에 있다 할 것이다.

위 시행령 제170조 제2항 은 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가에 의하여 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 이 경우에 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해자산의 가액에 비례하여 안분계산한다고 규정하고 있는 바, 토지와 건물을 함께 양도한 경우에 기준시가에 의하여 양도 및 취득가액을 산정할 때에는 그 기준시가에 의하여 양도 및 취득가액이 자동적으로 결정되므로 토지와 건물의 가액의 구분이 불분명한 경우를 예상하기 어렵고 실지거래가액에 의하여 양도 및 취득가액을 산정할 때 즉 토지와 건물을 함께 취득 또는 양도하여 그 전체의 실지거래가액은 확인이 되나 그 자산별 가액의 내역이 구분되지 아니하는 경우에 있어서 그 내역을 구분하는 방법을 정하고 있는 규정이라 볼 것이고, 따라서 취득 또는 양도당시의 기준시가에 의하여 계산한 가액에 비례하여 안분계산한 금액을 취득 또는 양도당시의 자산별 실지거래가액으로 본다는 취지의 규정으로 해석함이 합리적이라 할 것이므로 위 규정에 의하여 안분계산한 금액을 이 사건 토지의 양도당시의 실지거래가액으로 하여 양도차익을 결정한 이 사건 과세처분에 무슨 잘못이 있다고 할 수 없다 할 것이다(원고가 들고 있는 대법원 1984.10.33.선고, 84누 592판결 은 토지, 「지상의 과수」및 건물 기타 구축물을 구분 특정함이 없이 대단위 과수원을 매매한 경우에 관한 것으로 이 사건에 적절한 판례로 보기 어렵다.).

다음으로 원고의 둘째 주장에 관하여 보기로 한다.

소득세법 제23조 제4항 , 제45조 제1항 제1호 , 같은 법 시행령 제170조 제4항, 제1항 등의 규정내용을 종합하여 고찰하면 자산의 양도차익의 계산의 기초가 되는 양도가액 및 취득가액은 원칙적으로 양도당시 및 취득당시의 기준시가에 의하되 국가, 지방자치단체 기타 법인과의 사이의 실지거래가액이 확인되어 위 시행령 제170조 제4항 제1호 에 해당하는 경우에는 같은 항 제3호에 해당하는지의 여부와는 관계없이 양도자가 소득세법 제95조 (자산양도차익예정신고) 또는 같은 법 제100조 (과세표준확정신고)의 규정에 의한 신고를 하지 않았거나 신고를 하였지만 취득 및 양도당시의 실지거래가액을 확인할 수 있는 증빙서류를 함께 제출하지 않았다고 하더라도 취득 및 양도당시의 실지거래가액이 모두 확인되기만 하면(과세권자의 조사에 의하여 확인될 수도 있고, 납세의무자가 양도소득세부과처분의 취소 등을 청구하는 소송의 사실심 변론종결시까지 제출한 자료에 의하여 확인될 수도 있다.) 위 시행령 제170조 제1항 본문 에 규정된 원칙에 따라서 취득가액 및 양도가액 양쪽 모두 실지거래가액에 의하여 양도차익을 계산하여야 할 것인바, 이 사건 토지의 경우 앞서 본 바와 같이 그 취득에 있어서 원고의 부담으로 하여 주문과 같이 판결한다.

는 지방자치단체인 ㅇㅇ시와의 거래이고, 그 취득 및 양도가액 모두 실지거래가액이 확인된 경우이므로 피고가 이 사건 양도소득세 과세표준확정신고기간이 경과한 1988.8.16.에서야 이 사건 토지의 취득 및 양도당시의 실지거래가액을 조사 확인하여 그 실지거래가액에 의하여 양도차익을 계산하고 이에 따라 양도소득세 등의 세액을 결정하였다고 한들 이에 무슨 잘못이 있다고 할 수 없을 것이다.

3. 그렇다면 이 사건 토지에 관한 양도가액은 이 사건 토지 및 건물의 실지양도대금을 토지・건물의 기준시가에 비례하여 안분계산한 금액으로, 취득가액은 ㅇㅇ시와의 실지거래가액에 의하여, 이 사건 건물에 관한 취득 및 양도가액은 기준시가에 의하여 이 사건 토지 및 건물의 양도차익을 결정하고, 이에 따라 세액을 산정고지한 이 사건 과세처분은 앞서 인용한 증거 및 소득세법령 등에 비추어 적법하다 할 것이므로 그것이 위법하다 하여 그 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 이유없어 이를 기각하고, 소송비용은 패소자인 원고의 부담으로 하여 주문과 같이 판결한다.