1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2012. 3. 15. 화성시 B에서 ‘C’라는 상호로 욕실자재, 석재 도소매업을 운영하는 사업자이다.

원고는 주식회사 D(이하 ‘이 사건 매입처’라 한다)으로부터 2014년 제1기 5,498,181원, 2014년 제2기 27,272,727원, 2015년 제1기 37,559,090원 합계 70,329,998원의 매입세금계산서 4건을 수취하여 해당 과세기간에 대한 매입세액을 공제하고 부가가치세를 신고하였다.

나. 중부지방국세청은 2016. 11. 7.부터 2017. 1. 1.까지 이 사건 매입처의 2014년 1기부터 2015년 2기까지의 부가가치세에 대하여 세무조사를 실시한 결과, 이 사건 매입처가 원고를 포함한 105개 사업자에게 약 60억 원의 가공세금계산서를 교부한 것을 확인하고, 원고가 이 사건 매입처로부터 수취한 70,329,998원이 가공세금계산서에 해당한다는 점에 관한 과세자료를 피고에게 통보하였다.

다. 피고는 통보받은 자료에 따라 원고가 이 사건 매입처로부터 수취한 세금계산서에 대하여 공제받은 매입세액을 불공제하여, 2017. 11. 1. 원고에게 2014년 1기 부가가치세 1,011,460원, 2014년 2기 부가가치세 5,165,474원, 2015년 1기 부가가치세 6,353,685원을 경정ㆍ고지하였다. 라.

원고는 2018. 1. 18. 피고에게 이의신청을 하였는데, 2014년 제1기 매입 전부, 2014년 제2기 매입 중 17,989,091원이 실물 거래로 인정되어 2018. 4. 6. 2014년 제1기 부가가치세 결정은 취소되고, 2014년 제2기 부가가치세는 3,407,134원 감액하는 것으로 재경정되었다.

그러나 2014년 제2기 매입 중 9,283,636원, 2015년 제1기 매입 31,998,500원 합계 46,842,726원에 해당하는 세금계산서(이하 이를 합하여 ‘이 사건 세금계산서’이라 한다)는 실물 거래로 인정받지 못하였다

[이하 감액된 2014년 제2기 부가가치세 부과처분 1,758,340원(= 5,165,474원 - 3,407...