1. 피고가 2013. 3. 28. 원고에 대하여 한 2007 사업연도 법인세 1,038,095,855원의 부과처분 중 768,064...

1. 처분의 경위

가. 원고는 2004. 11. 1. 설립된 회사로 서울 강남구 B에 본사를 두고 도매업, 무역업, 광고대행업 등을 영위하다가 2007. 11. 5. 본사를 아산시 C으로 이전하였다

(이하에서는 위와 같이 이전한 본사를 ‘이전본사’라 한다). 나.

원고는 위와 같이 본사를 이전한 후 D, E, F, G을 직원으로 신규 채용하였고, 원고의 2007 사업연도 법인세에 대하여 구 조세특례제한법(2007. 12. 31. 법률 제8827호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법’이라 한다) 제63조의2에 의한 임시특별세액감면 규정을 적용하여 2007 사업연도에 이전본사 근무인원이 이전 후에 받은 급여총액이 원고의 전체인원이 받는 연간급여총액에서 차지하는 비율인 51.1%를 감면비율로 산정하였으며, 이에 따라 피고에게 원고의 2007 사업연도 법인세 1,843,046,768원 중 941,808,050원을 감면받는 것으로 신고하였다가, 누락된 비과세 급여를 산입하여 감면비율을 49.31%로, 감면세액을 908,871,124원으로 수정신고하였다.

다. 중부지방국세청장은 2013. 3.경 원고에 대한 세무조사를 실시하여 원고의 직원들 중 D, E은 원고가 본사이전 후 새로 영위한 사업인 제조업에 종사하였고, G, F, H, I는 이전본사에서 근무하지 않았음을 확인하고, 위 직원들을 이전본사 근무인원에서 제외하여 원고의 2007 사업연도 법인세 감면비율을 재산정하라는 취지의 과세자료를 피고에게 통보하였다. 라.

이에 따라 피고는 2013. 3. 28. 아래 <표1> 기재와 같이 원고의 법인세 감면비율을 재산정하여 원고에게 아래 <표2> 기재와 같이 재산정한 2007 사업연도 법인세 1,038,095,855원(가산세 포함)을 경정고지하였다

(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). <표1> 성 명 입사일 퇴사일 연간급여총액(원) 이전 후 급여총액(원) J 2005...