1. 피고가 2011. 8. 3. 원고에게 한 2006 사업연도 법인세 333,008,054원의 부과처분 중 307,486,950원을...

처분의 경위

다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1, 2호증, 을 제1 내지 4호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 보태어 보면, 이를 인정할 수 있다.

원고는 1998. 11. 3. 삼성코닝 주식회사(이하 ‘삼성코닝’이라 한다)에서 생산공정 및 설비의 사후관리를 담당하던 엔지니어링 부분이 분사되어 설립된 회사로, 2002. 7. 29.부터 수도권정비계획법상 수도권 지역인 수원시 영통구 신동 472(이하 ‘이전전 본사’라 한다)에서 엔지니어링 관련 사업을 영위하다가 2006. 9.경 수도권정비계획법상 수도권 지역이 아닌 천안시 입장면 가산리 360-3(이하 ‘이전본사’라 한다)으로 본사를 이전하였다.

구 조세특례제한법(2007. 12. 31. 법률 제8827호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법’이라 한다) 제63조의2는 수도권 외의 지역으로 본사를 이전한 법인에 대하여 소정의 법인세를 감면하도록 규정하고 있는데, 원고는 2006 사업연도부터 2010 사업연도까지 법인세를 신고ㆍ납부하면서 위와 같이 이전본사를 수도권 외의 지역으로 이전하였음을 이유로 구 조세특례제한법 제63조의2 제2항 제2호 가, 나목을 적용하여 ‘당해 과세연도의 과세표준에서 토지ㆍ건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도차익을 차감한 금액’과 ‘당해 과세연도 이전본사 근무인원이 이전 후에 받는 급여총액이 법인 전체인원이 받는 연간급여총액에서 차지하는 비율’을 곱하여 산출한 금액에 상당하는 소득에 대한 법인세를 감면받았다.

대전지방국세청장은 2011. 5. 23.부터 2011. 6. 15.까지 원고에 대한 세무조사를 실시한 결과, 원고가 구 조세특례제한법 제63조의2에서 규정한 법인세 감면액을 계산함에...