조심2008중0203 (2008.08.28)

조합원 입주권을 보유하다가 주택을 양도한 경우 1세대1주택 비과세 여부

1주택을 소유한 상태에서 2006.1.1.이후 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 조합원입주권을 보유하다가 주택을 양도한 경우에 1세대1주택 비과세규정을 적용하지 않음

결정 내용은 붙임과 같습니다.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 2007. 10. 16. 원고에 대하여 한 2006년 귀속 양도소득세 39,697,120원(소장 청구취지의 39,697,128원은 위 금액의 오기로 보인다)에 대한 경정거부처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

"가. 원고는 2001. 8.경 ○○시 포○동 518 외 1필지 토지 지상 ○○에코빌아파트 105동 810호(이하이 사건 주택'이라고 한다)를 취득하였다.",나. 한편, ○○시 내○동 630 지상 ○신빌라 등이 위치하고 있는 주택단지에 아파트 10개동 696세대 및 부대복리시설을 신축하는 내용의 재건축정비사업이 추진되어 ○○내손 주택재건축정비사업조합이 설립되었는데, 원고는 2004. 5.경 위 ○신빌라 102동 206호를 취득하여 위 재건축정비사업조합의 조합원 지위를 승계취득하였다.

"다. 위 재건축정비사업은 2005. 5. 16. 사업시행계획이 인가ㆍ고시된 다음, 2006. 6. 29. 관리처분계획이 인가ㆍ고시되었고, 원고는 위 관리처분계획에 따라 분양예정의 대지 및 아파트를 분양받을 권리(이하이 사건 분양권'이라고 한다)를 취득하였다.",라. 원고는 2006. 12.경 이 사건 주택을 양도한 다음, 이를 소득세법 제89조 제2항 소정의 주택과 조합원입주권을 보유하다가 주택을 양도한 경우로 보고 2007. 2. 27. 양도소득과세표준 예정신고를 하면서 이에 따른 양도소득세 39,697,120원을 자진납부하였다.

"마. 그 후 원고는 이 사건 주택의 양도에 대하여 소득세법 제89조 제1항 제3호 소정의 일세대 일주택 비과세 대상에 해당된다고 하면서 2007. 8. 30.경 위 기납부한 양도소득세 39,697,120원의 환급을 구하는 내용의 경정청구를 하였으나, 피고는 2007. 10. 18. 이 사건 분양권은 2006. 1. 1. 이후 도시 및 주거환경정비법(이하도정법'이라고만 한다)에 따른 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 조합원입주권에 해당하므로 이 사건 주택의 양도는 소득세법 제89조 제2항에 의한 양도소득세의 과세대상이라는 이유로 원고의 경정청구를 거부하는 이 사건 처분을 하였다.",[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 4 내지 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

2005. 5. 31. 대통령령 제18850호로 개정되기 전의 소득세법 시행령 제155조 제16항 등에 의하면, 주택재건축정비사업에 있어서 도정법 소정의 사업시행인가일 이후부터는 재건축대상주택이 철거되지 않았더라도 이를 부동산을 취득할 수 있는 권리로 보아 재건축대상주택 외에 소유하고 있던 다른 주택을 양도하더라도 일세대 일주택 비과세 규정이 적용되었고, 위 규정은 2005. 5. 31. 대통령령 제18850호로 개정되어 부동산을 취득할 수 있는 권리로 전환되는 시기가 관리처분계획의 인가일로 변경되었으나, 위 개정된 소득세법 시행령 부칙 제4항에 의하여 개정 전에 사업시행인가를 받은 경우에는 개정 전 법령을 적용하도록 하고 있는바, 이러한 각 규정의 취지를 고려하면, 소득세법 제89조 제2항의 조합원입주권에는 이 사건 분양권과 같이 2005. 5. 31. 전에 사업시행인가를 받아 취득한 분양권은 포함하지 않는다고 보아야 한다.

따라서 원고의 경우에는 일세대 일주택을 보유하다가 이를 양도한 경우에 해당하므로 양도소득세가 비과세되어야 한다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

소득세법 제89조 제1항 제3호, 같은 법 시행령 제154조는 일정한 요건을 구비한 일세대 일주택의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 과세하지 아니한다고 규정하는 한편, 소득세법 제89조 제2항은 그 예외로서 1세대가 주택과 도정법 제48조의 규정에 따른 관리처분계획의 인가로 인하여 입주자로 선정된 지위{도정법에 따른 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)에 한한다. 이하 조합원입주권 이라 한다}를 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 위 양도소득세를 비과세 규정을 적용하지 않는다고 규정하고 있고, 소득세법 부칙(2005. 12. 31. 법률 제7837호) 제12조 제1항은, 위 제89조 제2항의 규정은 2006. 1. 1. 이후 최초로 도정법에 따른 주택재건축사업의 관리처분계획이 인가된 분부터 적용한다고 하고 있다.

그런데, 원고는 이 사건 주택을 보유하고 있던 중 2006. 6. 19. ○○내손 주택재건축정비사업에 대한 관리처분계획의 인가로 인하여 이 사건 분양권을 취득하였고, 이후 이 사건 주택을 양도한 것이므로, 원고는 이 사건 주택과 2006. 1. 1. 이후 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 조합원입주권을 보유하다가 위 주택을 양도한 경우에 해당하고, 따라서 위 주택의 양도에 대해서는 소득세법 제89조 제2항이 적용되어 양도소득세의 과세대상이 된다고 할 것이다.

또한, 2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정된 소득세법은 제89조 제2항 및 부칙 제12조 제1항에 기하여 주택과 2006. 1. 1. 이후 주택재건축정비사업에 대한 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 조합원입주권을 보유하다가 주택을 양도하는 경우에는 일세대 일주택 비과세규정을 적용하지 않도록 하고 있는 것이 분명한 이상, 이 사건에 적용되지도 않는 2005. 5. 31. 대통령령 제18850호로 개정되기 전의 소득세법 시행령 제155조 제16항의 규정을 들어 위 개정된 소득세법 규정을 명문의 내용과 달리 해석할 것도 아니다.

3. 결론

그렇다면, 이 사건 주택의 양도에 대하여 양도소득세 과세대상에 해당한다고 보아 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 적법하므로, 그 처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.