조세특례제한법 제99조의3 제1항 은 ‘대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 신축주택을 취득하여 그 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다’고, 소득세법 제95조 제4항 은 ‘자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만 97 97조 제4항 의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산한다’고 각 규정하고 있고, 한편 감면되는 양도소득금액과 관련하여 조세특례제한법 시행령 제99조의3 제2항 , 제40조 제1항 은 ‘신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 {양도소득 금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가 (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)’에 의하여 계산한 금액을 말한다’고 규정하고 있는바, 위와 같은 제 규정의 형식에 비추어 볼 때 위 규정은 국세기본법 제4조 소정의 “특별한 규정”에 해당하는 것으로 봄이 상당하고, 따라서 초일불산입의 원칙을 규정하고 있는 민법 제157조 와 기간의 말일이 공휴일 등인 경우를 규정하고 있는 민법 제161조 는 그 적용이 배제된다.

원고 (소송대리인 법무법인 대세 담당변호사 김태훈)

역삼세무서장

2011. 7. 19.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 2009. 12. 17. 원고에 대하여 한 양도소득세경정청구거부처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 서울 노원구 월계동 (지번 생략) 다세대주택(이하 ‘이 사건 주택’이라 한다)을 2002. 4. 29. 신축·취득하여 그 중 16세대는 2008. 7. 7.부터 2008. 10. 31.까지 양도하고, 1세대는 2009. 3. 30. 양도하였다.

나. 원고는 2009. 5. 31. 2008년 귀속 양도소득세 확정신고 및 2009년 귀속 양도소득세 예정신고를 하면서, 조세특례제한법 제99조의3 에 따라 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 뺀 양도소득 감면기간 5년의 만료일을 2007. 4. 28.로 보고 2006년 기준시가를 적용하여 양도소득금액을 계산하여 양도소득세를 신고·납부하였다.

다. 그 후 원고는 2009. 11. 6. 양도소득 감면기간의 만료일을 2007. 4. 30.로 보고2007년 기준시가를 적용하여 양도소득금액을 계산하여야 한다고 주장하면서 양도소득세 감액 경정청구를 하였으나, 피고는 2009. 12. 17. 위 경정청구를 거부(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 을 제1 내지 4호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 이 사건 주택을 2002. 4. 29. 신축·취득하였으므로 양도소득세 감면기간 5년의 만료일은 2007. 4. 30.(초일 불산입, 2007. 4. 29.은 일요일로서 그 다음날인 월요일)이 된다. 따라서 감면되는 양도소득금액을 계산함에 있어서는 2007년 기준시가(2007. 4. 30. 고시)를 적용하여야 함에도, 이와 달리 보고 한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

조세특례제한법 제99조의3 제1항 은 ‘대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 신축주택을 취득하여 그 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다’고, 소득세법 제95조 제4항 은 ‘자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만 97조 제4항 의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산한다’고 각 규정하고 있고, 한편 감면되는 양도소득금액과 관련하여 조세특례제한법 시행령 제99조의3 제2항 , 제40조 제1항 은 ‘신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 {양도소득 금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}의 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다’고 규정하고 있는바, 위와 같은 제 규정의 형식에 비추어 볼 때 위 규정은 국세기본법 제4조 소정의 “특별한 규정”에 해당하는 것으로 봄이 상당하고( 대법원 1992. 3. 10. 선고 91누8548 판결 등 참조), 따라서 초일불산입의 원칙을 규정하고 있는 민법 제157조 와 기간의 말일이 공휴일 등인 경우를 규정하고 있는 민법 제161조 는 그 적용이 배제된다고 보아야 할 것이다.

이 사건에서 보건대, 원고의 신축주택 취득일이 2002. 4. 29.이므로 그로부터 5년이 되는 날은 2007. 4. 28.이라 할 것이고, 따라서 이 사건 주택에 대한 양도소득세 감면기간의 만료일은 2007. 4. 28.로서 그 당시 고시된 2006년 기준시가를 적용하여 감면되는 양도소득금액을 계산하여야 할 것이므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.

따라서 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

[별지 관계 법령 생략]

판사 최호식