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주문
1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.
이유
1. 처분의 경위
가. 이 사건 주택의 취득과 양도 1) 원고는 2002. 1. 4. 서울 마포구 B 소재 다세대 주택 C호, D호, E호{위 각 주택들은 모두 구 조세특례제한법(2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정되지 전의 것, 이하 같다) 제99조의3 제1항 제1호에서 정한 신축주택에 해당한다.
이하에서 통틀어 ‘이 사건 주택’이라 하고, 그중 일부는 호실 번호로 특정한다
}를 신축취득하여 서울특별시 마포구청장으로부터 사용승인을 받고, 이를 보유하다가 2015. 11. 10. C호 주택을, 2016. 1. 13. D호 주택, E호 주택을 각 F주택재건축정비사업조합에 양도하였다. 2) 이 사건 주택의 2007년도 기준시가는 원고의 이 사건 주택 취득일부터 5년이 되는 날(2007. 1. 4.) 이후인 2007. 4. 30.에 고시되었다.
나. 예정신고(2007년도 기준시가 대입)와 수정신고(2006년도 기준시가 대입) 1) 구 조세특례제한법 제99조의3 제1항은 “거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택 을 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다.”라고 규정하고, 같은 조 제4항은 “제1항의 규정을 적용함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.”라고 규정한다(이하에서 통틀어 ‘모법’이라 한다
). 2) 모법에 따라 양도소득세 과세대상 소득금액에서 공제할 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산방법을 위임받은 구 조세특례제한법 시행령(2016. 2. 5. 대통령령 제26959호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제99조의3 제2항은 " 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은...