조심-2012-서-1382(2012.08.16)

부당행위계산 부인 규정 적용시 후순위차입금이자율의 시가의 적정 여부

법인세법 시행령 제89조 제3항은 특수관계자 사이의 일반적인 자금 대여의 경우를 산정한 것으로 보이므로 모든 특수관계자 사이의 자금 대여에 획일적으로 적용하기 어렵고, 후순위차입금 이자율 20%는 시가보다 높은 이자율로 볼 수 없음

2013구합5036 법인세부과처분취소

주식회사 AA프라웨이

서초세무서장

2013. 10. 30.

2013. 11. 29.

1. 피고가 2011. 11. 23. 원고에게 한 2009 사업연도 법인세 557,798,539원(가산세 포

함), 2010 사업연도 법인세 618,419,440원(가산세 포함)의 각 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다(2010 사업연도 법인세 618,367,040원은 오기이다).

1. 처분의 경위

가. 원고는 1998. 9. 9. 00산터널 민간투자사업의 건설과 운영을 목적으로 '사회간접자본시설에 대한 민간투자법'(이하 '민간투자법'이라 한다)에 따라 설립된 법인이다.

나. 감사원은 2010. 9. 15.부터 2010. 11. 5.까지 최소운영수입보장 방식의 민간투자

사업에 대한 사후관리실태를 감사하고, 국세청에 민간투자사업자들의 후순위차입금 이

자율의 적정 여부 조사를 요구하였다.

다. 이에 따라 피고는 2011. 7.경 원고에 대하여 2009 사업연도 및 2010 사업연도

후순위차입금 이자산정의 적정 여부를 조사하고, "원고가 2009. 1. 16. 주주들로부터

266억 원을 차용하면서 약정이자 20%를 지급한 것은 경제적 합리성을 결여한 특수거

래자간 거래이다."고 판단하였다. 피고는 2011. 11. 23. 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제

10423호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제52조를 적용하여 2009 사업연도 및 2010

사업연도의 후순위차입금 이자비용 중 당좌대출이자율 8.5% 초과 금액(2009 사업연도:

2,933,287,671원, 2010 사업연도: 3,059,000,000원)을 각 손금부인하고, 원고에게 2009사업연도 법인세 761,786,630원(가산세 포함), 2010 사업연도 법인세 812,755,450원(가산세 포함)을 부과하였다(피고는 당초 2009 사업연도 법인세 774,669,050원, 2010사업연도 법인세 816,319,560원을 각 부과하였으나, 가산세 부분이 재산정됨에 따라 위와 같이 법인세를 재부과하였다).

라. 이에 불복하여 원고는 2012. 2. 17. 심판청구를 하였는데, 2012. 8. 16. 조세심판원으로부터 후순위차입금 약정이자 " 20%가 법인세법 제52조에 따른 부당행위계산부인대상인지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 경정하라."는 결정을 받았다.

마. 원고는 재조사 과정에서 기준이자율 7.65% 내지 8.5%, 만기프리미엄(후순위차입

금이 선순위차입금에 비하여 차입기간이 더 장기이므로 발생하는 위험) 1.26%, 후순위

위험 프리미엄(후순위차입금의 지급순위의 열외로 인해 발생하는 위험) 1.62%, 선순위

차입금과다 프리미엄(다른 민간투자사업보다 선순위차입금이 후순위차입금에 비해 다

액으로, 후순위이자 지급에 앞서 지급되어야 할 선순위이자 및 원금이 커지게 되어 발

생하는 위험) 1.22%, 최소운영수익보장율 감소 프리미엄(최소수익보장율이 79%로 감소

함에 따른 위험) 2.59%, 통행료수익환수 프리미엄(다른 민간투자사업보다 통행료수익환수조항이 엄격하게 규정되어 있는 데에 따른 위험) 5.66%를 주장하였다. 그러나 피고는 2012. 11. 19. 기준이자율 7.65%(후순위차입 당시 기존 차입금의 고정이자율), 만기프리미엄 1.26%, 후순위위험 프리미엄 1.62%, 선순위차입금과다 프리미엄 0.82%만을인정하여 11.35%를 적정 이자율로 결정하고, 2009 사업연도 법인세 203,988,094원, 2010 사업연도 법인세 194,336,012원을 감액하였다 이하 감액되고 남은 2009 사업연도 법인세 557,798,539원(가산세 포함), 2010 사업연도 법인세 618,419,440원(가산세 포함)의 각 부과처분을 '이 사건 처분'이라 한다 ..

[인정근거] 다툼없는 사실, 갑 제9, 10, 11호증(가지번호 포함), 을 제1, 2, 8, 17호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 법인세법 제52조 제1항의 부당행위계산부인 규정을 적용하기 위해서는, 당해 거래행위가 특수관계자간에 이루어지고 , 당해 거래행위의 가격 등이 시가에 비하여 높거나 낮아야 하며, 당해 거래행위가 건전한 사회통념에 비추어 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 거래행위로 조세의 부담을 부당히 감소시켜야 한다.

(2) 그러나 00산터널 관리・운영사업은 도로와 터널 공사라는 대규모 사회기반시설을 지어야 하므로 1997년부터 2003년까지 총 민간사업비 1,401억 원이라는 막대한 초기비용이 투자되는 반면, 회수기간이 2004년부터 2033년까지로 30년에 달하고 운영비용도 막대한 점, oo산터널 사업은 oo산터널 및 도로의 준공과 동시에 시설의 소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되고 사업시행자에게 일정 기간의 시설관리운영권을 인정하는 이른바 BTO(Build Transfer Operate) 방식이므로, 사업시행자가 투자비용 미회수 및 운영위험을 부담하는 점, 서울특별시의 최소운영수입보장은 투자수익이 아니라 이용료 수입 일부를 보전해 주는 것에 불과하고 서울특별시의 재정상태에 비추어 투자위험은 여전히 존재하는 점, 후순위차입금은 선순위차입금에 비하여 변제요건이 엄격히 제한되고, 대출시로부터 15년 후 선순위차입금이 모두 상환된 경우에만 원금상환이 가능하며, 인적・물적 담보가 제공되지 않거나 매우 불충분하게 제공되는 등 선순위차입금과 본질적인 차이가 있으므로, 선순위차입금의 이자율에 일정한 이자율을 가산하는 방식으로는 적정 이자율을 산정할 수 없는 점, 시중은행으로부터도 11.35%의 이율로 후순위차입금과 동일한 조건으로 동일한 액수를 대출받을 수 없는 점, 후순위차입금의 적정 이자율에 관하여 zz회계법인은 12.9% ~ 20.2%, yy회계법인은 17.79% ~ 22.63%로 산정한 점, 후순위차입금 이자율은 민간투자사업의 특수성을 고려하여 주무관청과의 협의에 따라 정해지므로, 이를 함부로 부인할 수 없는 점 등을 고려할 때, 11.35%는 적정 이자율로 볼 수 없다.

(3) 또한 경제적 합리성 여부의 판단은 거래 전체를 기준으로 하여 판단하여야 하는데, 민간투자사업기본계획상 건설이 완료되어 운영이 개시되면 자금재조달을 통하여 출자자의 지분을 줄이고 차입금을 늘리는 것을 허용하고 있는 점, 원고는 266억 원을 감자하고 같은 금액을 후순위차입금으로 전환하였으므로, 주주들의 지분투자 및 후순위대출을 하나의 자금투자방법으로 보아 적정 이자율을 검토하여야 하는 점, 원고의 주주들이 후순위대출로 전체 사업운영기간 동안 얻게 되는 수익률이 8.03%에도 미치지 못하는 점, 서울특별시가 실무협상을 거쳐 후순위차입금 약정이자율 20%를 제시하였고, 서울특별시의 승인을 거쳐 후순위차입금 약정이자율 20%를 확정한 점, 주무관청과 사업시행자는 자금재조달에 따른 이익을 공유하여야 하는데, 서울특별시는 원고의자금재조달에 따라 최소운영수입보장 기준을 85%에서 79%로 낮춤으로써 약 511억 원의 재정부담을 줄이는 이익을 얻게 된 점, 자금재조달 과정에서 자금 중 일부를 후순위로 차입함으로써 선순위차입금의 이자율이 낮아지는 효과가 발생한 점 등을 고려할 때, 약정이자율 20%는 경제적 합리성이 있다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 인정사실

(1) 실시협약 및 변경협약의 체결

(가) 00산터널건설 민자유치시설사업 실시협약의 체결

원고는 1998. 5. 19. 서울특별시와 아래와 같이 00산터널건설 민자유치시설사업 실시협약을 체결하였다. 원고는 oo산터널 건설공사를 완료하고 00특별시에 기부채납한 후, 2004. 1. 6.부터 00산터널 운영을 시작하였다.

제1조(목적)

① 본 협약은 사회간접자본시설에 대한 민간자본유치촉진법(이하 '민자유치촉진법'이라 한다), 동 시행령, 민자유치기본계획 및 00산터널건설 민자유치시설사업기본계획에 따라 00산터널건설 민자유치시설사업을 시행함에 있어, 00산터널건설 민자유치시설사업에 대하여 사업시행자를 지정하고, 동 사업의 시행에 관하여 00특별시와 사업시행자간에 합의된 사항을 규정함을 목적으로한다.

제3조(사업시행자의 지정)

00특별시는 민자유치촉진법, 동 시행령, 시설사업기본계획 및 본 협약에 따라 본 협약의 체결과 동시에 00산개발 주식회사를 본 사업에 대한 사업시행자로 지정하고, 운영개시일로부터 사업시행자에게 본 사업에 대한 관리운영권을 설정・부여한다.

제4조(사업시행자의 자격 및 권한과 권리)

① 00특별시는 민자유치촉진법, 동 시행령, 시설사업기본계획 및 본 협약 제3조에 규정된 관리운영권에 의거하여 본 사업시행자에게 다음 각 호의 행위를 할 수 있는 자격 및 권한과 권리를 설정・부여한다.

1. 실시계획 및 본 협약에 따른 본 도로 및 그 유지・보수, 관리・운영을 위한시설의 설계 및 건설

2. 제1호에 규정된 본 도로의 건설을 위한 본 도로 부지의 무상사용

3. 제1호에 따라 건설된 본 도로의 민자유치촉진법 및 동법 시행령에 따른 무상사용

4. 관리운영권에 의한 본 도로의 유지・보수, 관리・운영과 통행료의 부과, 징수

제5조(사업시행자의 의무)

② 사업시행자는 본 협약에 달리 규정하나 경우를 제외하고, 본 사업을 본 협약에 따라 자신의 위험

과 비용으로 수행함을 원칙으로 한다. 단서 생략

제6조(소유권의귀속 및 관리운영권의 종료)

① 본 도로 및 교통부속시설의 소유권은 준공과 동시에 민자유치촉진법, 동 시행령, 시설사업기본계

획 및 본 협약에 따라 서울특별시에 귀속된다.

② 사업시행자는 제31조에서 정한 본 도로의 운영기간 및 제37조에서 정하나, 무상사용기간의 종료

와 동시에 본 협약에 따른 본 도로에 관한 관리운영권을 서울특별시에 이양하여야 한다.

제7조(출자자 등의 변경)

① 사업시행자 지정 후 사업시행자에 대하여 5% 이상의 지분율을 가진 출자자가 변경되거나 또는 그 출자자가 가지는 사업시행자에 대한 지분율이 변경될 경우, 사업시행자 및 당해 출자자는 이에 대하여 00특별시장의 사전승인을 받아야 한다.

제31조(운영기간)

운영기간은 사업시행자에게 관리운영권이 존속하는 기간으로서 본 협약에 따라 연장 또는 단축되지

아니하는 한, 무상사용기간과 동일한 것으로 보며, 사업시행자는 그 기간 동안 제4조 제1항 제4호에

의한 관리운영권을 보유한다.

제37조(무상사용기간)

① 제4조 제1항 제3호에 의한 무상사용기간은 사업시행자에게 본 도로를 무상으로 사용・수익할 수

있는 권한을 부여하는 기간으로서, 민자유치촉진법 등 관련 규정과 본 협약에서 달리 규정한 경우를 제외하고는, 운영개시일로부터 30년간으로 한다.

제39조(통행료의 징수)

① 사업시행자는 본 협약에 따라 운영기간 동안 본 도로구간을 통행하는 차량들로부터 통행료를 징수한다.

제44조(재정지원)

00특별시장은 법인의 해산을 방지하기 위하여 불가피한 경우와 사용료를 적정 수준으로 유지하기 위하여 불가피한 경우에는 민자유치촉진법, 동 시행령이 정하는 바에 따라 예산의 범위 내에서 재정지원을 할 수 있다.

제49조(협약종료의 일반적 사유와 그 효과)

① 본 협약은 제50조에 의하여 중도해지되지 아니하는 한, 무상사용기간의 만료에 의하여 종료되고 그 경우 사업시행자의 관리운영권은 소멸한다.

제54조(자금의 차입)

① 00특별시는 사업시행자의 본 사업 수행에 있어 국내은행을 주간사 은행으로 하는 대주단과 본 사업시행자간에 체결될 자금차입계약에 따라 자금차입이 이루어진다는 사실과, 동 자금차입이 본사업의 원활한 수행과 성공에 불가결한 요소라는 사실을 확인한다.

(나) 00산터널 민간투자사업 변경협약의 체결

원고는 2003. 4. 18. 및 2005. 3. 2. 서울특별시와 아래와 같은 내용을 포함한 00산터널 민간투자사업 변경협약을 체결하였다.

<2003. 4. 18.자 변경협약>

제43조(통행료수입 보장 및 환수)

② 00특별시는 민간투자법, 민간투자법 시행령 및 민간투자사업기본계획 등에 따라 매 사업연도의 실제통행료 수입이 추정통행료 수입의 90%에 미달하거나 110%를 초과하는 경우 그 부족분을 보장하거나 그 초과분을 환수한다.

<2005. 3. 2.자 변경협약>

제43조(통행료수입 보장 및 환수)

② 00특별시는 민간투자법, 민간투자법 시행령 및 민간투자사업기본계획 등에 따라 어느 운영연도7. 1.(초기연도는 운영개시일)부터 익 운영연도 6. 30.(최종연도는 운영기간 종료일)까지의 기간 동안 발생한 실제통행료 수입이 동 기간 동안의 추정통행료 수입의 85%에 미달한 경우 그 부족분을 보장하거나, 동 기간 동안의 실제통행료 수입이 동 기간 동안의 추정통행료 수입의90%를 초과하는 경우 아래와 같이 그 초과분을 환수한다.

1. ~ 4. 각 호 생략.

제60조의2(자금재조달 및/또는 자본구조의 변경)

① 사업시행자의 자금재조달 및/또는 자본구조의 변경으로 인하여 사업시행자에게 발생하는 이익이본 협약 제43조 제2항에 따라 00특별시가 사업시행자에게 보장하는 추정통행료 수입 보장기준의 인하 폭인 5%를 초과하는 경우, 00특별시와 사업시행자는 그 초과분에 대한 이익을 각 50%씩 공유하기로 한다.

② 자금재조달 및/또는 자본구조의 변경에 따른 이익의 산정 및 절차 등은 2004년도 민간투자사업기본계획 및 향후 발표되는 세부지침을 따르되, 그 절차는 협약 당사자간 협의하여 조정할 수 있다.

(2) 주주의 변경

한국000 주식회사, xx건설 주식회사, ss건설 주식회사, qq개발 주식회사, tt건설 주식회사, ii토건 주식회사, vv건설기계산업 주식회사는 2005.11. 22. AA한국인프라투융자회사(이하 'AA'라 한다), 대한@@@회, 한국###에 원고의 주식을 양도하고, 실시협약 및 변경협약 제7조 제1항에 따라 출자자 변경에 관한 00특별시의 승인을 받았다. 이에 따라 AA(36%), 00특별시도시개발공사(이하 'BB공사'라 한다)(25%), 대한@@@회(24%), 한국###공제회(15%)는 원고의 주주가 되었다.

(3) 자금재조달 협의 및 변경협약의 체결

(가) 민간투자법 제7조에 따라 기획재정부가 고시하는 민간투자사업기본계획에 의하면, 민간투자사업시행자가 자금재조달을 시행하기 위해서는 아래와 같은 절차를 거쳐야 한다.

① 사업시행자는 주무관청에 자금재조달과 관련된 기본계획과 금융약정 서류(자금재조달 이전에 체결했던 모든 대출약정서 및 부속서류 일체), 자금재조달계획서(자금재조달 추진 일정 및 진행경과, 구조, 금융조건, 출자자의 기대수익 증가분 산정방법 및 결과, 주무관청과 사업시행자의 이익공유 방법 등이 포함되어야 한다)를 제출한다.

② 주무관청은 자금재조달계획서의 형식적 요건 구비 여부, 주무관청 정책 부합 여부를 판단한 뒤 한국개발연구원 공공투자관리센터에 재무모델 작성, 공유이익 산정, 공유이익 사용방법의 적정성 등 자금재조달계획서에 대한 실질적인 검토를 의뢰한다.

③ 주무관청과 사업시행자는 자금재조달 계획 전반에 관한 협의를 진행한 뒤 필요한 경우 민간투자사업심의위원회의 심의를 거쳐 변경협약을 체결한다. 이 과정에서 사업시행자는 최종적인 자금재조달 내용에 대해 주무관청의 동의를 받아야 하고, 주무관청에 자금재조달 이익 판단을 위해 필요한 자료를 제출하여야 한다.

④ 사업시행자는 변경협약 체결 즉시 금융약정을 체결하고, 그 결과를 주무관청에 서면통지한다.

(나) 원고는 2006. 12. 9. 00특별시에 아래와 같이 자본금을 할증감자하고, 기존의 선순위차입금을 조기 상환하며, 선순위차입금과 후순위차입금을 새롭게 차용하는 내용의 자금재조달 기본계획안을 제출하였다

자금재조달 전(총 1,672억 원)

자금재조달 후(총 1,791억 원)

○자본금: 532억 원(32%)

○선순위차입금: 1,053억 원(63%)

○정부미지급금: 87억 원(5%)

○자본금: 266억 원(12%)

○선순위차입금: 1,559억 원(72%)

○후순위차입금: 266억 원(12%)

- 후순위차입금 이자율: 12%

○정부미지급금: 87억 원

(다) 00특별시는 2007. 7. 3. 한국NN연구원 공공투자관리센터에 자금재조달시 민간투자사업을 운영 중인 경우 관리운영권 잔액의 10% 이상을 운영하도록 되어있는 자기자본의 의미에 관하여 질의하였고, 2008. 1. 7. "민간투자사업에 있어 자기자본은 회계원칙상 자기자본인 자본총계(자본금, 자본잉여금, 이익잉여금 및 자본조정)로 보는 것이 타당하나 건설기간 및 운영 , 초기단계에서 결손금의 지속적인 발생으로 민간투자기본계획상 자기자본비율 준수가 어려울 수 있는 특수한 상황에서는 주무관청의 판단에 따라 실질납입자본금(자본금에 주식발행초과금을 가산하고 주식할인발행차금을 차감하며 감자차익・손익을 가감하는 등 자본거래항목을 가감한 후의 자본금)도 고려할수 있다. 다만 이 경우 출자자에게 차입금에 대한 연대보증을 하게 하고, 유상감자 규모가 과다할 경우 이를 낮춰야 한다."는 회신을 받았다.

(라) 원고는 2008. 9. 1.부터 2008. 12. 12.까지 서울특별시와 아래와 같이 자금 재조달에 관한 실무협상을 하고, 서울특별시로부터 자금재조달 기본계획안을 승인받았다.

문서명

내용

당초

실무협상 결과

서울특별시의 2008. 9. 1.자

자금재조달 협상결과에 대한 동의 여부 확인요청

○할증비율 190%

○가중평균 자본비용 미반영

○최소운영수입보장율

85% → 79.8%

○후순위 이자율 12%

○할증비율 100%

○가중평균 자본비용 효과 반영

○최소운영수입보장율

85%→ 79%

○후순위 이자율 20%

○최소운영수입보장율 감소 효과

적용시점을 2007. 7. 1.로 소급

○공유이익 담보조항 추가: 향후

실제통행료 수입이 추정통행료

수입의 79% 이상에서 85% 미

만인 구간에 대해서는 제세공과

금을 제외한 해당 통행료 수입

분을 서울특별시에 현금 납입

원고의 2008. 9. 19.자

사업시행자 확인사항

○최소수입보장비율: 85% → 79%

○선순위차입금 이자율: CD91일물+1.5%(7.15%)

○후순위차입금 이자율: 전 기간 고정금리 20%

○할증감자비율 100%

원고의 2008. 10. 1.자

자금재조달 실무협상 결과 확인사항 통보

○최소운영수입보장율 축소 조정 적용시기는 2007. 10. 1.로 소급

○향후 실제통행료 수입이 동기간 추정통행료 수입의 79% 초과 85%

이하인 경우 제세공과금 제외한 서울특별시 이익공유분을 보장

원고의 2008. 12. 1.자

자금재조달 협상결과 최종 확인 요청

○대주단과 2008. 12. 10.을 기한으로 하는 자금인출조건을 협의

서울특별시의 2008. 12. 5.자

oo산터널 자금재조달 협상 관련 의견 통보

○최소운영수입 보장기준 적용 조정

- 2007. 10. 1. ~ 2023. 12. 31.: 79%

- 2024. 1. 1. ~ 2033. 12. 31.: 78%

원고의 2008. 12. 10.자

oo산터널 자금재조달 협상 관련 의견 통보

회신

○2008. 12. 18.까지 변경협약 체결을 전제로 동의

(마) 서울특별시는 ff회계법인에 ootksxjsjf 민간투자사업 자금재조달 타당성 검토를 의뢰하여 2008. 9. 30. 아래의 내용이 포함된 검토보고서를 받았다.

○. 물가상승률 3%, 최소운영수입보장비율 79%, 선순위차입금 이자율 7.15%, 후순위차입금 이자율20%로 가정하였을 때, 자금재조달 공유이익 중 29.82%가 사업시행자에게, 70.18%가 정부에 귀속된다.

○자금재조달에 따른 최소운영수입보장 수준 축소(85%에서 79%로 인하됨)에 따른 주무관청의 재정부담이 완화된다. 또한 축소된 최소운영수입보장 수준을 2007. 10. 1.부터 소급적용함에 따라 당해 연도의 재정부담(연평균 23억 원, 26년간 약 599억 원 절감)이 완화된다.

○관계법령의 개정, 교통량 증진대책과 이용자의 편익 증진 및 민원해소에 필수적인 전자지불제 등의 필수적인 추가시설이 주무관청의 재정보조 없이 도입된다.

○사업의 안전성 보강을 위하여 유상할증감자에 따른 차입금에 대하여 출자자의 연대보증을 하도록하였고, 유상감자 규모도 당초 190% 할증에서 100% 할증으로 낮췄다. 사업시행자의 현금흐름 및차입금 상환가능성을 검토한 결과 자금재조달 후 사업의 안전성은 확보될 수 있을 것으로 보인다

(바) 원고는 2008. 12. 18. 서울특별시와 아래와 같이 ootksxjsjf 민간투자사업 변경협약을 체결하였다.(이하 '2008. 12. 18.자 변경협약'이라 한다.)

제43조(통행료수입 보장 및 환수)

② 서울특별시는 민간투자법, 동 시행령 및 민간투자사업기본계획 등에 따라 어느 운영연도 7. 1.(초기연도는 운영개시일)부터 익 운영연도 6. 30.(최종연도는 운영기간 종료일)까지의 기간 동안 발생한 실제통행료 수입이 동 기간 동안의 추정통행료 수입의 79%(단 2024. 1. 1.부터 운영기간 종료시까지는 78%)에 미달한 경우 그 부족분을 보장하거나, 실제통행료 수입이 추정통행료 수입의90%를 초과하는 경우 아래와 같이 그 초과분을 환수한다.

1. 어느 운영연도 7. 1.(초기연도는 운영개시일)부터 익 운영언도 6. 30.(최종연도는 운영기간 종료일)까지의 기간 동안 발생한 실제통행료 수입이 동 기간 동안의 추정통행료 수입의 90%를 초과하고 97% 이하일 경우 그 초과분의 40%

2. 어느 운영연도 7. 1.(초기연도는 운영개시일)부터 익 운영연도 6. 30.(최종연도는 운영기간 종료일)까지의 기간 동안 발생한 실제통행료 수입이 동 기간 동안의 추정통행료 수입의 97%를 초과하고 103% 이하일 경우 위 1호에서 산정한 금액 및 97% 초과금액의 60%의 합계액

3. 어느 운영연도 7. 1.(초기연도는 운영개시일)부터 익 운영연도 6. 30.(최종연도는 운영기간 종료일)까지의 기간 동안 발생한 실제통행료 수입이 동 기간 동안의 추정통행료 수입의 103%를 초과하고 110% 이하일 경우 위 2호에서 산정한 금액 및 103% 초과금액의 80%의 합계액

4. 어느 운영연도 7. 1.(초기연도는 운영개시일)부터 익 운영연도 6. 30.(최종연도는 운영기간 종료일)까지의 기간 동안 발생한 실제통행료 수입이 동 기간 동안의 추정통행료 수입의 110%를 초과할 경우 위 3호에서 산정한 금액 및 110% 초과금액의 전부

③ 서울특별시는 제2항의 규정에 의한 통행료수입 부족이 발생하는 경우 본 협약이 정한 방법 및 절차 등에 따라 통행료 또는 무상사용기간 조정이나 재정지원을 병행 검토하여 사업시행자의 운영자금 부족을 해소하기로 한다.

④ 제2항에 의한 통행료수입의 초과분에 대하여는 서울특별시로 환수하는 것을 원칙으로 하되, 당사자들이 인정하는 경우 그에 갈음하여 다음의 각 호의 방법으로 처리할 수 있다.

1. 본 협약에 따라 서울특별시가 사업시행자에게 지급하여야 할 금액으로서 이행기가 도래한 금액에충당

2. 통행료 수준을 적정 수준으로 유지 또는 인하할 필요가 있는 경우 통행료 인하 또는 무상사용기간 단축

⑧ 본 조에 따른 통행료수입 보장 및 환수기준은 2007. 10. 1. 이후에 발생한 통행료수입부터 적용하기로 한다.

(4) 원고의 자금재조달

(가) 선순위차입금의 조달

원고는 2008. 12. 12. 주식회사 ee은행, w라이프생명보험 주식회사, dd생명보험 주식회사, rr생명보험 주식회사와 아래와 같이 선순위 대출약정을 체결하였다.

차주는 oo산터널 민간투자사업의 주무관청인 서울특별시와 기존차입금 상환과 차주의 자본구조 변경을 위하여 협의 중에 있고, 그 결과를 반영하여 변경협약을 체결할 예정이다.

이에 따라 차주는 기존차입금의 사환, 감자대금의 지급 및 일시적 자금 부족분의 조달 등에 필요한자금을 조달하기 위하여 대주들로부터 원금 총액 122,300,000,000원을 초과하지 않는 범위 내에서차입하고자 하는바, 대주들은 이 약정서에서 정한 조건으로 차주에게 여신을 제공하고자 한다.

제1조 정의

제1항 정의

"기준금리"라 함은 장기A-1대출금, 장기B대출금 및 신용공여대출금에 적용될 이자율을 결정하기 위한 기준이 되는 금리로서 해당 대출금의 이자율결정일 직전 1 영업일 전부터 3 영업일 전까지의 기간(양일을 모두 포함함) 동안 한국증권업협회가 공표하는 원화표시 양도성예금증서 3개월물(91일)의 최종호가수익률을 단순산술평균(소수점 셋째자리에서 반올림)하여 계산한 이자율을 말한다.

제2조 대출약정

제5항 후순위대출약정과의 관계

후순위대출대주들은, 후순위금융서류상 (가) 후순위대출대주가 가지는 차주에 대한 일체의 권리와 (나) 차주가 후순위대출대주에게 부담하는 일체의 의무는, 금융서류상 (가) 대주들 또는 선순위담보권자들 및 차순위담보자가 가지는 차주에 대한 당해 시점까지 지급기일이 도래한 대출원리금에 관한 일체의 권리와 (나) 차주가 대주들 또는 선순위담보권자들 및 차순위담보자에게 부담하는 당해 시점까지 지급기일이 도래한 대출원리금에 관한 일체의 의무 각각에 대하여 이 약정서에 기술된 바와 같이 후순위적 지위에 있으며, 후순위대출약정서에 다른 후순위 피담보채무는 이 약정서에서 정한 조건이 충족된 경우에 한하여 후순위금융서류에서 정한 조건에 따라 지급되거나 상환되도록 하여야 한다. 또한 대다수 대주 다만, 아래 (다)는 대주 전원 u의 사전 서면동의가 없는 한, (가) 차주는 후순위대출금을 조기에 상환할 수 없으며(다만, 본건 감자의 효력이 상실되어 차주가 후순위대출대주에게 조기 상환하는 경우는 제외함), (나) 차주 또는 후순위대출대주는 후순위대출약정금을 취소할 수 없고, (다)후순위대출대주는 후순위대출약정서상 기한의 이익 상실사유가 발생하더라도 이 약정서에 의하여 대주들이 기한의 이익 상실 선언을 하지 않는 한 차주에 대하여 기한의 이익 상실을 선언할 수 없다.

제4조 담보

제1항 관리운영권에 대한 근저당권

차주는 선순위담보권자 및 차순위담보권자와 서식 다의 내용과 형식으로 근저당권설정계약을 체결하고, 근저당권설정계약에 따라 관리운영권에 대하여, 선순위담보권자에게 1순위 근저당권이, 차순위담보권자에게는 2순위 근저당권이 설정될 수 있도록 필요한 모든 절차 및 기타 의무를 이행하고, 근저당권 설정 즉시 주무관청으로부터 관리운영권 등록원부 등본을 교부받아 이를 대리은행에게 제출하여 야 한다.

제2항 주식에 대한 근질권

차주는, 출자자로 하여금 선순위담보권자 및 차순위담보권자와, 서식 사의 내용과 형식으로, 선순위담보권자를 1순위 근질권자로, 차순위담보권자를 2순위 근질권자로 하는, 주식근질권설정계약을 체결하고, 주식근질권설정계약에서 정하는 바에 따라 근질권 설정에 필요한 모든 절차 기타 의무를 이행하도록 하여야 한다. 이하 생략.

제3항 예금계좌에 대한 근질권

차주는 선순위담보권자 및 차순위담보권자와 서식 라의 내용과 형식으로 선순위담보권자를 1순위 근질권자로, 차순위담보권자를 2순위 근질권자로 하는 예금근질권설정계약을 체결하고, 예금근질권설정계약에서 정하는 바에 따라 근질권 설정에 필요한 모든 절차 기타 의무를 이행하여야 한다.

제4항 보험계약상의 권리에 대한 근질권 설정

차주는 선순위담보권자 및 차순위담보권자와 서식 마의 내용과 형식으로 선수위담보권자를 1순위 근질권자로 차순위담보권자를 순위 근질권자로 하는 보험근질권설정계약을 , 2 체결하고, 보험근질권설정계약에 따라 근질권 설정에 필요한 모든 절차 및 기타 의무를 이행하여야 한다.

제5항 실시협약, 감자대금 및 주식소각 금 반환청구권에 관한 양도담보

차주는 선순위담보권자 및 차순위담보권자와 서식 바 및 서식 바-1의 내용과 형식으로(단, 서식 바-1에 따른 양도담보계약은 선순위담보권자 및 차순위담보권자를 모두 1순위 양수인으로 함) 각 양도담보계약을 체결하고, 각 양도담보계약에 따라 양도담보 설정에 필요한 모든 절차 및 기타 의무를 이행하여야 한다.

제6항 보증약정서에 따른 보증

차주는 장기B대출원리금을 보증하는 내용의 보증약정서를 장기B대출차주, 보증은행 및 2차보증기관과 서식 아의 내용과 형식으로 체결하고 이를 대리은행에게 제출하도록 하여야 한다.

제5조 이자

제3항 이자율과 계산

1. 장기A-1대출금에 적용되는 이자율은 매 해당 이자율 결정일의 장기A-1대출금에 적용되는 기준금리에 2.1%를 더한 이자율로 한다.

2. 장기A-2대출금에 적용될 이자율은 연 7.65%로 한다.

3. 장기B대출금에 적용되는 이자율은 매 해당 이자율 결정일의 장기B대출금에 적용되는 기준금리에1.9%를 더한 이자율로 한다.

4. 신용공여대출금에 적용되는 이자율은 매 해당 이자율 결정일의 신용공여대출금에 적용되는 기준금리에 2.45%를 더한 이자율로 한다.

제6조 상환

제1항 장기대출금의 상환

1. 차주는 각 장기대출금의 최초상환일로부터 11년 동안 각 장기대출금 최초상환일, 이후 도래하는 각 장기대출금의 매 이자지급일에 부록3 분할상환비율표에 정한 바에 따라 총 44회에 걸쳐 각 장기대출금을 균등분할하여 상환하여야 하며, 각 장기대출금 최종상환일까지 해당 장기대출금 전액이 상환되도록 하여야 한다.

제2항 신용공여대출금의 상환

차주는 신용공여대출금의 각 인출금별로 당해 인출금의 인출일로부터 2년이 되는 날까지 전액 상환하여야 한다. 다만, 신용공여대출금의 각 인출금의 상환기일 이전에 장기대출금 최종상환일이 도래하는 경우, 차주는 장기대출금 최종상환일까지 신용공여대출금을 전액 상환하여야 한다.

제14조 소극적 준수사항

차주는 대출금 전액이 상환될 때까지 다음의 사항을 준수하여야 한다.

제6항 지급의 제한

2. 차주는 다음의 조건이 모두 충족되거나 대리은행의 사전 서면동의가 없는 한, 후순위대출금 또는 후순위조건 차입금에 대한 이자를 지급할 수 없다 {단 후순위대출약정서 제5조 제2항 (가)의 (2)에 의한 경우는 제외}

가. 부채상환적립계좌에 후순위대출금 또는 후순위조건 차입금에 대한 이자지급일로부터 9개월 이내에 상환되어야 할 장기대출원리금 및 서울특별시 대여금의 합계액이 전액 적립되고 유지될 것

나. 본 호에 따라 후순위대출금의 이자 또는 후순위조건 대출금의 이자가 지급된 후에도 가목에 따른조건이 충족될 수 있을 것

다. 해당 이자지급일 직전 분기를 포함한 이전 연속 4분기의 누적부채상환비율이 1.2 이상일 것

라. 단순부채상환비율이 1.0 이상일 것

마. 신용공여대출원리금의 미상환 잔액이 없을 것

바. 지급기일이 도래한 장기대출원리금이 모두 상환되었을 것

사. 기한의 이익 상실사유가 발생하여 존속하고 있지 아니할 것

3. 차주는 다음의 조건이 모두 충족되지 않는 한 후순위대출금 또는 후순위조건으로 차입한 차입금의원금을 상환할 수 없다 {단 후순위대출약정서 제5조 제2항 (가)의 (2)에 의한 경우는 제외}

가. 대출원리금 및 서울특별시 대여금이 전액 상환 완료되었을 것

나. 위 2호의 조건이 충족되었을 것

다. 후순위대출금의 미지급이자가 없을 것

4. 차주는 다음의 조건이 모두 충족되거나 대리은행의 사전 서면동의가 없는 한 출자자에 대한 이익배당을 할 수 없다.

가. 후순위대출금 및 후순위조건 차입금의 미지급이자가 없을 것

나. 위 2호의 조건이 충족되었을 것

(나) 후순위차입금의 조달

원고는 2008. 12. 30. 주주들과 아래와 같이 후순위 대출약정을 체결하였다.

차주는 oo산터널 민간투자사업에 관하여 실시협약에 따라 동 사업에 필요한 자금을 조달하기 위하여 원금 총액이 115,000,000,000원을 초과하지 않는 범위 내에서 대출을 받기 위하여 2001. 7. 주식회사 dd은행, dd생명보험 주식회사와 115,000,000,000원 oo산터널 민간투자사업 프로젝트금융대출약정서를 체결하였다.한편 차주는 차주의 자본에 대한 감자를 행하고 후순위대주들을 포함한 차주의 출자자들에게 이 건 감자에 따른 소각주식에 대하여 감자대가를 지급할 예정이고,

이 건 감자에 필요한 자금 및 기존차입금에 대한 상환 자금을 조달할 목적으로 122,300,000,000원을 초과하지 않는 범위 내에서 대출을 받기 위하여 2008. 12. 12. 주식회사 dd은행, 메트라이프생명보험 주식회사, 알리안츠생명보험 주식회사, 삼성생명보험 주식회사(이하 '선순위대주들')와 122,300,000,000원 oo산터널 민간투자시설사업 대출약정서 (이하 '선순위대출약정(서)')를 체결하였다.

차주는 이 건 사업의 운영에 필요한 자금을 조달하기 위하여 후순위대주들에게 원금 총액이 26,600,000,000원(이하 '총약정금')을 초과하지 않는 범위 내에서 대출을 하여 줄 것을 요청하였고, 후순위대주들은 대출을 하기로 하였다.

제1조 정의

제1항 정의

"'고정금리'는 후순위대출금에 적용되는 이자율로서 연 20%의 이자율을 말한다.",'상환기일'은 이 약정에 따른 인출일로부터 15년이 경과한 날 이후 3년 동안 도래하는 매 이자지급일로서 부록 , Ⅱ의 상환계획표상 각 상환기일을 말한다. 이하 생략.

제4항 후순위조건

이 약정상의 제규정에도 불구하고, 후순위관련계약서상 후순위대주들이 가지는 차주에 대한 일체의 권리와 차주가 후순위대주에게 부담하는 일체의 의무는, 선순위금융관련계약상 선순위대주들이 가지는 차주에 대한 일체의 권리와 차주가 선순위대주들에게 부담하는 일체의 의무 각각에 대하여 이 약정에 기술된 바와 같이 후순위적 지위에 있다. 차주는 선순위대출약정서에서 정한 후순위대출원리금의 지급조건이 충족된 경우에 한하여 이 약정이 정하는 바에 따라 후순위대출원리금을 상환할 수 있

으며, 후순위대주들은 선순위채무가 전액 상환된 경우에 한하여, 후순위담보게약에 따른 후순위담보를 실행할 수 있다.또한 선순위대출약정서 제2조 제5항에 따른 대다수 대주들의 사전동의가 없는 한 차주는 선순위채무가 전액 상환되기 이전에 후순위대출금을 조기에 상환할 수 없으며, 후순위대출약정서상 기한의 이익 상실사유가 발생하더라도 선순위대출약정서에 의하여 선순위대주들이 기한의 이익 상실 선언을 하지 않는 한, 선순위대출약정서 제2조 제5항에 따른 선순위대주 전원의 동의 없이 차주에 대하여 기한의 이익 상실을 선언할 수 없다. 단서 생략.

제4조 이자 및 수수료

제1항 이자의 상환 및 이자율

(가) 차주는 인출일로부터 그 인출한 금액이 전액 상환될 때까지 고정금리로 계산한 이자를 각 이자지급일에 후불로 지급한다. 다만 동 이자는 선순위대출약정서 제14조 제6항 제2호에 정한 조건을 충족하는 경우에 한하여, 선순위대출약정서 제13조 제6항 제3호에 정한 운영계좌의 인출순위에 따라 지급된다.

(나) 차주가 (가)호에 따라 산정된 이자지급일에 지급하여야 할 이자를 지급할 수 없는 경우에는, 해당 이자는 선순위대출약정서 제14조 제6항 제2호의 조건을 충족하고, 선순위대출약정서 제13조 제6항 제3호에서 정한 운영계좌의 인출순위에 따라 운영계좌로부터 인출할 수 있는 금원이 동 운영계좌에 예치되는 시점까지 그 지급이 연기된다. 단, 해당 이자지급일에 지급되지 아니하고 지급이 연기된 이자에 대하여는 본조 제2항이 적용되는 경우를 제외하고 이 약정에 따른 이자율에 의한 이자가 발생한다.

제2항 연체이자

제5조 상환 및 조기상환

제1항 상환

차주는 후순위대출금을 인출일로부터 기산하여 15년이 경과하는 날까지 거치하고, 거치기간 만료 후3년 동안의 기간에 걸쳐 매 이자지급일에 선순위대출약정서 제14조 제6항 제3호의 조건이 충족되는 경우 후순위대출금을 분할 상환하기로 하되, 구체적인 상환일정은 부록Ⅱ에 기재된 상환일정표에 따르기로 한다. 이하 생략

제2항 기한전 상환

(가) 차주의 요청에 의한 기한전 상환

(1) 기한전 상환방식

위 제1항에도 불구하고, 차주는 선순위채무를 전액 상환한 경우에 과반수 후순위대주들의 동의를 전제로 후순위대출금의 전부 또는 일부를 각 이자지급일에 한하여 기한전 상환할 수 있다.

제6조 후순위담보

제1항 후순위담보계약

차주는 후순위피담보채무를 담보하기 위하여, 인출예정일로부터 5 영업일 전까지 해당 담보별로 선순위대출약정서에 따른 선순위대주들의 담보권의 다음 순위로 후순위근저당권설정계약, 후순위예금근질권설정계약, 후순위보험근질권설정계약 및 후순위양도담보계약을 체결하고, 동 계약서들을 후순위대주들을 위하여 후순위대리은행 앞으로 교부하여야 한다. 이하 생략.

제11조 소극적 준수사항

제6항 제한된 지급

(가) 차주는 이 약정 또는 선순위대출약정서에서 달리 정하지 아니하는 한 선순위대출약정서 제14조 제6항 제2호의 제조건이 충족되지 아니하는 한 이 약정에 의한 후순위대출금에 대한 이자 지급을 할 수 없으며, 선순위대출약정서에 정하여진 제조건이 충족되지 않는 한 주주에 대한 배당을할 수 없다.

(나) 차주는 후순위대출금에 대한 미지급이자가 존재하는 경우 차주의 주주들에 대하여 배당을 할 수 없다.

(5) 자본금 유상감자 및 자금 차입

원고는 2009. 1. 16. 자금재조달계획(할증비율 100%)에 따라 전체 자본금 532억원 중 1/2에 해당하는 266억 원을 유상할증감자하고, 주주들로부터 아래와 같이 총 266억 원을 차입하는 것으로 정리하였다(결국 자본금 중 266억 원을 반환하고, 할증비율 100%에 해당하는 266억 원을 후순위차입금으로 정리한 것이다.)

후순위대주

후순위차입금(원)

ooo

9,576,000,000

ee공사

6,650,000,000

대한민국uuu

6,384,000,000

한국ww공제회

3,990,000,000

합계

26,600,000,000

(6) 기타

(가) 원고의 2007 사업연도부터 2010 사업연도까지의 영업수익 등은 아래와 같다.

자금재조달 이전

자금재조달 이후

사업연도

2007

2008

2009

2010

2011

2012

영업수익

21,632,475,693

21,553,076,235

21,306,892,476

21,593,112,807

21,015,401,069

19,878,626,116

영업비용

9,967,673,895

11,573,486,367

10,042,458,660

9,515,212,673

9,287,764,725

9,517,055,109

이자비용

7,076,120,676

7,584,842,587

11,780,170,180

11,841,111,580

12,331,655,783

12,228,942,458

당기순이익

5,230,329,405

3,265,239,219

167,192,224

772,150,513

-2,423,194,314

-870,061,578

(나) 감사원의 2011. 5. 감사결과 처분요구서 중 민간투자사업시행자의 주주차입금 현황, 4개 민간투자사업의 차입금 미회수 위험분석 내용은 아래와 같다.

<민간투자사업시행자의 주주차입금 현황>

사업명(사업시행자)

후순위차입금 이자율

1

인천국제공항고속도로(신***이웨이 주식회사)

연 13.9%

2

oo산 터널(원고)

연 20%

3

dd산 터널(dd 산터널 주식회사)

연 20%

4

문학터널(xx개발 주식회사)

연 13.1%

5

천안논산고속도로(천안ee고속도로 주식회사)

연 6%1) ˜ 20%

6

대구부산고속도로(qq고속도로 주식회사)

12% ˜ 40%

7

광주제2순환도로 1구간(zz 주식회사)

10%

8

범물안심간도로(대구동부kk 주식회사)

17%

9

미시령동서관통도로(pp 주식회사)

연 7%2) ˜ 65%

10

목포신외항1-1(tt 주식회사)

연 7.5%3) ˜ 27.4%

11

목포신외항1-2(RR 주식회사)

8.5%4) ˜ 11%

12

일산대교(ww 주식회사)

6%5) ˜ 20%

1), 2), 3), 4), 5) 연 10% 미만의 이자율은 차입 초기의 단기간에만 적용된다.

<4개 민간투자사업의 차입금 미회수 위험분석>(단위: 억 원)

사업명

최소운영수입

보장기준1)

해지시

지급금2)

장기

차입금3)

차입금

상환일정

1

인천국제공항고속도로

20년간 90% → 80%

보장종료: 2020년

14,028

6,008

-선순위(3,864억원): 2014년 상환완료

-후순위(2,144억원): 2015~2017년 상환완료

2

oo 산터널

(원고)

30년간 85% → 79%

보장종료: 2034년

1,751

1,389

-선순위(1,123억원): 2012~2023년 분할상환

-후순위(266억원): 2023~2026년 분할상환

3

수정산터널

25년간 90%

보장종료: 2027년

516

768

-선순위(575억원): 2018년 상환완료

-후순위(193억원): 2018년 만기일시상환

4

문학터널

20년간 90%

보장종료: 2022년

657

269

-선순위(269억원): 2019년 상환완료

1) 운영개시일부터 최소운영수입이 보장되는 기간, 보장종료시점, 보장비율, 자본구조변경으로 보장비율이 변경된 경우는 변경 전후의 보장비율을 함께 표시

2) 운영기간 중 사업시행자 귀책으로 실시협약이 해지되는 경우, 실시협약 약정에서 산정한 방식에 따라 계산한 2010년 말 시점의 해지시 지급금

3) 2009년 감사보고서 상의 장기차입금 잔액으로 금융기관 등으로부터의 선순위차입금 및 주주로부터의 후순위차입금 포함

(다) 원고는 2009. 8.경 zz회계법인으로부터 '후순위차입금 이자율에 대한 이전가격 검토보고서'를 받았다. zz회계법인은 '국제조세조정에 관한법률' 시행령 제5조, 제6조 제1항의 정상가격 산출방법을 차용하여 회사채 및 자산유동화증권을 비교 대상 거래로 선정하고 , 채권형태가 일반채권 이외인 회사채, 보증 및 담보부 회사채, 유동화 자산이 출자증권인 유동화증권, 발행형태가 사모인 유동화증권 등을 제외한 뒤, 발행형태 차이, 이자지급순위, 만기 등에 대한 차이 조정을 거쳐 후순위차입금의 적정 이자율 범위를 12.9%부터 20.2%까지로 산정하였다.

원고는 2012. 9.경 yy회계법인으로부터 '후순위차입금 이자율 시가 평가결과'를 받았다. yy회계법인은 유동화증권거래를 비교 대상 거래로 선정하고, 공모유동화증권, 기초자산이 사채거래가 아닌 유동화증권 등을 제외하여, 지급순위, 만기등의 차이 조정을 거쳐 후순위차입금 적정 이자율 범위를 17.79%부터 22.63%까지로산정하였다.

[인정근거] 갑 제1 내지 7, 10, 12, 13, 14, 18 내지 23호증(가지번호 포함), 을 제5, 10, 12, 14, 17호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

"(1) 법인세법 제52조 제1항은 "내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계자와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산('부당행위계산')에 관계없이그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다."고, 제2항은 "부당행위계산부인은 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격'인 '시가'를 기준으로 한다."고 각 규정하고 있다. 그리고 동 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22577호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제88조 제1항 제7호는 '금전 기타 자산 또는 용역을 시가보다 높은 이율・요율이나 임차료로 차용하거나 제공받은 경우'를 부당행위계산의 한 유형으로 규정하고, 제89조 제항은 기획재정부령으로 정하는 당좌대출이자율 3 ' 또는 가중평균차입이자율'을 금전의 대여 또는 차용시의 시가로 규정하고 있다.",한편 법인세법 제52조에 정한 부당행위계산부인이란 법인이 특수관계에 있는자와의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 법인세법 시행령 제88조 제1항 각 호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이다. 경제적 합리성 유무에 관한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지 여부에 따라 판단하되, 비특수관계자 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 한다(대법원 2010. 5. 13. 선고 2007두14978 판결 참조). 그리고 부당행위계산부인의 적용기준이 되는 '시가'에 대한 주장・증명책임은 과세관청에 있다(대법원 2013. 9. 27. 선고 2013두10335 판결 참조).

(2) 위와 같이, 원고는 자금재조달 이후 할증감자로 자본금이 감소하고, 이자비용 증가로 2012년 현재 당기순손실이 발생한 점, 원고의 주주들은 후순위차입금의 이자를 지급받음으로써 사실상 투자수익을 회수하게 되는 점 등은 인정된다.

그러나 아래와 같은 사정들을 종합하면, 후순위차입금 이자율 20%가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 것이라고 단정할 수 없으므로, 이를 전제로 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

① 이자율의 산정 방법 : 이자율은 위험을 상정하지 않은 이자율에 만기프리미엄과 위험프리미엄을 가산하여 결정하는 것이 일반적인데, 만기프리미엄은 만기가 길수록 채권가치의 변동 가능성이 크므로 이에 대한 보상으로 더 높은 수익률을 요구하는 것을, 위험프리미엄은 채무자 신용도나 채권의 약정조건 등에 기인한 불확실성에 대해 추가적인 수익률을 요구하는 것을 의미한다. 위험프리미엄에는 채무불이행위험(채무자가 이자와 원금을 약정대로 지급하지 못할 위험), 유동성위험(채권을 적절한 가격으로 단시일 내에 매각할 수 없는 위험), 이자율위험(예상치 못한 이자율의 변동에 따른 자산 가치 변동의 위험) 등이 있다. 그런데 후순위차입금과 선순위차입금은 원리금 상환 및 담보 제공 순위의 차이가 있는 외에는 동일한 유형의 자금차용 거래이고, 후순위차입금의 상환 조건 등이 선순위차입금에 비하여 열위에 있다는 이유로 이자율이 높은 것이므로, 그 이자율의 산정 역시 선순위차입금의 이자율 등을 기준으로 여러 프리미엄을 가산하는 방식으로 산정함이 합리적이다(피고는 자금재조달 이전 기존차입금의 고정이자율을 기준이자율로 삼았는바, 선순위차입금의 이자율이 변동이자율인 점 등을 고려할 때 기존차입금의 이자율을 기준으로 삼은 것이 위법하다고 볼 수 없다).

② 자금재조달의 적법성: 민간투자기본계획은 사업의 안정적인 추진을 담보하기 위해 민간투자시설 건설기간 중 사업시행자의 자기자본비율을 일정 이상 유지하도록 규정하고 있는바, 사업시행자는 민간투자시설이 완공되면 신규투자자를 유치하여 기존 출자자의 지분을 매수하게 함과 동시에 자본금을 감자하고, 이를 대체하는 후순위차입금을 조달함으로써 자본구조를 변경하는 것이 일반적이다. 이 과정에서 후순위차입금은 금융기관으로부터 조달하는 선순위차입금보다 상환 시기나 담보제공에서 열위가 되어, 선순위차입금의 원리금 상환 전에는 배당도 할 수 없으므로, 후순위차입금의 대주가 되는 출자자들의 투자를 유도하기 위하여 후순위차입금의 이자율을 높이게 된다(이사건에서도 후순위 대출약정 제11조 제6항에 의하면, 선순위 대출약정 제14조 제6항 제2호의 각 요건의 충족 또는 대리은행의 사전 서면 동의가 없는 한 후순위차입금에 대한 이자를 지급할 수 없고, 후순위차입금에 대한 미지급이자가 존재하는 경우 주주들에게 배당할 수 없다). 이처럼 투자자들이 투자수익을 회수하기가 어려운 현실을 반영하여 투자금에 대한 수익을 조기에 회수할 수 있도록 하는 방편으로 후순위차입을 허용하는 이상, 원고의 자금재조달 이후 자본금이 감소하고 당기순손실이 발생하였다는 사정만으로 후순위차입금의 이자율이 경제적 합리성을 상실하였다고 볼 수 없다.

③ 후순위차입금의 지위: 선순위 대출약정서 제2조 제5항, 제4조, 제14조 제6항,후순위 대출약정서 제1조 제4항, 제11조 제6항의 규정을 종합하면, 후순위차입금의 대주들은 선순위차입금의 상환 등 일정 요건이 충족되지 않는 한 이자를 지급받을 수 없고, 선순위차입금의 가중평균 만기는 8.5년인 반면 후순위차입금의 가중평균 만기는16.5년으로 2배에 가까우며, 후순위대출약정상 기한 이익 상실사유가 발생하더라도 선순위차입금 대주들이 기한의 이익 상실 선언 또는 전원의 동의가 없는 한 기한 이익 상실 선언을 할 수 없는 등 후순위차입금의 대주들은 원리금 상환시기, 담보 순위 등선순위차입금 대주들이 가지는 일체의 권리에 대하여 불리한 지위에 있다.

④ 비교대상 거래의 적합성: '국제조세조정에 관한 법률' 제4조는 '정상가격'을 기준으로 국외특수관계인과의 국제거래에 대한 과세조정을 하도록 규정하고 있고, 제5조는 정상가격 산출 방법으로 비교가능 제3자 가격방법, 재판매가격방법, 원가가산방법, 이익분할방법, 거래순이익률방법 등을 정하고 있다. 동 시행령 제6조 제1항, 제7항은 정상가격 산출시 납세자의 사업 환경 및 특수관계 거래 분석, 내부 및 외부의 비교가능한 거래에 대한 자료 수입 정상가격 , 산출방법의 선택 및 가격・이윤 또는 거래순이익 산출, 비교가능한 거래의 선정 및 합리적인 차이 조정 등의 분석절차를 통하여야 하고, 자금거래의 정상이자율은 채무액, 채무의 만기, 채무의 보증 여부, 채무자의 신용정도를 고려하여 특수관계인이 아닌 자간의 통상적인 자금거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 이자율을 계산하도록 규정하고 있다. 한편 zz회계법인과 yy회계법인은 '국제조세조정에 관한 법률' 규정에 따라 유동화증권 거래를 비교 대상거래로 선정하고, 발행형태 차이, 이자지급순위, 만기 등에 대한 차이 등의 조정을 거쳐 적정 이자율을 산출하였는데, 그 과정에 비추어 산출 결과는 일응 합리적으로 볼수 있다(다만 비교 대상 거래의 선정시 zz회계법인은 사모 유동화증권 거래를 배제하고, yy회계법인은 공모 유동화증권 거래를 배제하는 등 비교가능거래의 선정 과정의 차이가 있으나, 후순위차입금 이자율 20%를 포함하는 점에서는 차이가 없으므로, 이러한 차이가 합리성을 결여할 정도의 중대한 것이라고 보기 어렵다)

⑤ 프리미엄의 가산: 피고는 만기프리미엄, 후순위위험 프리미엄은 전부, 선순위차입금과다 프리미엄은 일부 인정하였으나, 최소운영수입보장율감소 프리미엄, 통행료수익환수 프리미엄은 인정하지 않았다. 피고는 "인천국제공항고속도로는 최소운영수입보장률이 90%에서 80%로 감소되어 원고와 차이가 있으므로 적용할 수 없다."는 이유로 원고의 최소운영수입보장율 감소 프리미엄 2.59% 주장을 배척하였으나, 원고의 경우 최소운영수입보장률이 85%에서 79%로 6% 감소하여 10% 감소와 큰 차이가 나지않으므로 최소운영수입보장률감소 프리미엄을 전혀 인정하지 않는 것은 타당하지 않다. 또한 피고는 "인천국제공항고속도로의 경우 선순위차입금과 후순위차입금의 이자율 차이가 4.9%에 불과하나, 원고의 경우 그 차이가 12.35%나 된다."는 이유로 통행료수익환수 프리미엄을 부인하였으나 통행료수익환수 , 프리미엄은 '다른 민간투자사업보다 통행료수익 환수조항이 엄격하게 규정되어 있는 데에 따른 위험'을 의미하므로, 단지 선순위차입금과 후순위차입금의 이자율의 차이가 크다는 이유만으로 통행료수익환수 프리미엄을 부인할 근거가 되지 못한다.

⑥ 서울특별시의 승인 등: 원고는 서울특별시와 수차례 실무협상을 거쳐 감자할증비율 100%, 최소운영수입보장율 78 ~ 79%, 후순위차입금 이자율 20%로 합의한뒤, 이를 바탕으로 2008. 12. 18. 변경협약을 체결하였다. 당초 후순위이자율은 12%로제안되었으나, 감자시 할증비율을 당초 190%에서 100%로, 최소운영수입보장율을 85%에서 79.8%로 낮추는 실무협상 과정에서 출자자들의 투자이익 환수를 위해 후순위차 입금 이자율을 20%로 높인 것으로 보인다.

또한 서울특별시는 ee회계법인으로부터 "자금재조달 공유이익 중 70.18%가 정부에, 29.82%가 원고에게 귀속되고, 전자지불제 등 추가시설을 원고의 부담으로 설치하게 됨에 따라 자금재조달에 따른 이익이 공유되는 등 자금재조달이 적정하다."는답변을 받은 점, 서울특별시는 2012. 8. 24. '행정사무조사를 위한 지적사항 및 예상질의 답변서'에서 "투자 수익을 조기에 일부나마 회수할 수 있도록 함으로써 투자자를 유인하기 위해 후순위차입금을 도입하였다. 후순위차입금 이자율 20%는 선순위차입금 대주단과 주주간 협상을 통해 결정된 것으로, 선순위차입금 대주단은 자신들의 원리금 회수에 저해되지 않는 것으로 판단하여 승인하였다. 후순위차입금 이자율을 높게 책정하면 투자자의 수익을 조기에 실현할 수 있어 투자수익률이 상승하고, 서울특별시에서 공유할 수 있는 자금재조달 이익이 상승한다. 서울특별시는 자문회계법인(ee회계법인)의 자문을 거치고 출자자인 맥쿼리로부터 감자로 인한 추가 차입금에 대하여 연대보증을 받는 등의 절차를 거쳤다 ."고 기재한 점 등을 고려할 때, 서울특별시도 자금재조달로 인한 이익을 공유하였다.

⑦ 기획재정부령상 당좌대출이자율: 법인세법 시행령은 부당행위계산이 되지 않기 위한 금전의 대여 또는 차용시의 이자율을 기획재정부령이 정한 당좌대출이자율 또는 가중평균차입이자율로 정하고 있다. 그러나 위 규정은 특수관계자 사이의 일반적인자금대여의 경우를 상정한 것이고, 거래의 다양성 등을 고려할 때 모든 특수관계자 사이의 자금의 대여 또는 차용의 경우에 획일적으로 적용하기는 어렵다.

3. 결론

그렇다면 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.