관세환급금의 추징을 후발적 경정청구 사유로 볼 수 있는지 여부

관세환급금의 추징 결정으로 인하여 당초 소득으로 신고되었던 관세환급금이 후발적으로 국가에 귀속되었는 바, 이 사건 추징은 국세기본법 제45조의2 제2항 제2호의 '소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정이 있을 때'와 유사하다

국세기본법 제45조의 2

2015구합22938

〇〇〇

〇〇세무서장

2015. 12. 22.

2016.2.2.

1. 이 사건 소 중 2009년 및 2010년 귀속 종합소득세 경정거부처분 취소청구 부분을각 각하한다.

2. 피고가 2014. 9. 3. 원고에게 한 2011년 귀속 종합소득세 경정거부처분 중40,061,566원을 초과하는 부분을 취소한다.

3. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

4. 소송비용 중 1/2은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2014. 9. 3. 원고에게 한 2009년 내지 2011년 귀속 종합소득세 경정청구에 대한 거부처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 안경테 수출업체인 'AAA'을 1990. 9. 15.부터 2011. 9. 30. 폐업할 때까지 운영하였던 개인사업자로서, 2009년부터 2011년까지「수출용 원재료에 대한관세 등 환급에 관한 특례법」에 따라 관세 합계 183,925,220원(= 2009년분 51,652,120원 + 2010년분 57,695,990원 + 2011년분 74,577,110원)을 각 환급받았으며, 위 환급금을 각 과세기간의 총 수입금액에 산입하여 종합소득세를 신고하였다.

나. 부산세관장은 2014년 관세조사 실시 결과, 원고가 수출물품의 생산자에 해당하지 않음에도 관세를 부당하게 환급받은 사실을 확인하고 2014. 6. 19. 원고에게 관세합계 248,494,810원(= 2009년분 50,518,360원 + 2010년분 90,788,030원 + 2011년분107,188,420원, 가.항의 각 환급금을 초과하는 금액이 각 가산세로 포함되어 있다)을추징고지(이하 '이 사건 추징'이라 한다)하였으며, 원고는 2014. 7. 7. 이를 모두 납부하였다.

다. 원고는 2014. 7. 11. 피고에게 이 사건 추징금 248,494,810원을 2011년의 필요경

비로 산입하여 종합소득세 63,423,412원의 환급을 구하는 취지의 경정청구(이하 '이 사건 경정청구'라 한다)를 하였으나, 피고는 2014. 9. 3. 필요경비의 귀속연도는 그 경비가 확정된 날이 속하는 과세기간이라는 이유로 원고의 경정청구를 거부하는 통지를 하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

라. 원고는 이에 불복하여 2014. 11. 25. 심판청구를 하면서, 2009년부터 2011년까지각 과세기간의 총 수입금액에서 해당 관세환급금을 공제하는 방법으로 종합소득세 경정이 이루어져야 한다고 주장하였으나, 조세심판원은 2015. 5. 11. 이 사건 추징금은추징일이 속하는 과세기간의 필요경비로 산입함이 타당하다는 이유로 원고의 청구를 기각하였다.

인정근거다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증(가지번호 포함, 이하 같다), 제9호증의

각 기재, 변론 전체의 취지

2. 본안전 항변에 관한 판단

가. 당사자들의 주장 요지

1) 피고의 주장

원고가 2014. 7. 11. 피고에게 2011년 귀속 종합소득세에 대한 경정청구를 하였을 뿐, 2009년 및 2010년 귀속 종합소득세에 대하여는 경정청구를 하지 않았으므로, 이 사건 처분에 2009년 및 2010년 귀속 종합소득세 경정청구에 대한 거부처분이 포함 된다고 볼 수 없다. 따라서, 이 사건 소 중 2009년 및 2010년 귀속 종합소득세 경정거부처분 취소청구 부분은 취소를 구하는 대상이 되는 처분이 존재하지 않으므로 부적법하다.

2) 원고의 주장

원고는 관세환급금의 추징이 있는 경우 그것이 확정된 과세연도의 필요경비로 처리하여 온 피고의 관행에 따라, 이 사건 추징금을 원고의 폐업일이 속하는 2011년의 필요경비로 산입하여 경정청구를 한 것에 불과하고, 그 실질은 이 사건 추징과 관련된 2009년부터 2011년까지의 종합소득세의 경정을 모두 구한 것으로 보아야 할 뿐만 아니라, 피고로서는 원고가 주장하는 위법사유나 환급방식에 구애됨이 없이 이 사건 추징과 관련이 있는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 정당한 과세표준 및 세액을 초과하는지 여부에 대하여 조사・확인할 의무가 있으므로, 이를 간과한 피고의이 사건 처분에는 2009년 및 2010년 귀속 종합소득세에 대한 경정거부처분이 포함되어 있다고 보아야 한다.

3) 판단

감액경정청구를 받은 과세관청으로서는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 객관적으로 정당한 과세표준 및 세액을 초과하는지 여부에 대하여 조사, 확인할 의무가 있다 할 것이므로, 통상의 과세처분 취소소송에서와 마찬가지로 감액경정청구에 대한 거부처분 취소소송 역시 그 거부처분의 실체적・절차적 위법 사유를 취소 원인으로 하는 것으로서 그 심판의 대상은 과세표준신고서에기재된 과세표준 및 세액의 객관적인 존부라 할 것이다(대법원 2004. 8. 16. 선고 2002두9261 판결 등 참조). 한편, 소득세는 매년 1. 1.부터 12. 31.까지 1년분의 소득금액에대하여 과세하는 이른바 '기간과세'이므로, 매년마다 그 과세기간이 종료하는 12. 31.에 개별적・독립적인 납세의무가 성립된다고 보아야 한다.

이 사건에 관하여 보건대, 갑 제3호증의 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면,원고가 2014. 7. 11. 피고에게 2011년 귀속 종합소득세 등 과세표준확정신고 및 납부 계산서를 제출하면서, 이 사건 추징금을 2011년 귀속 필요경비로 산입하여 종합소득세를 다시 결정해달라는 경정청구를 하였고, 이 사건 추징금을 해당 연도별로 구분하거나 이를 구분할 수 있는 자료도 제출하지 않은 사실을 인정할 수 있는바, 위 인정사실에 의하면, 원고의 이 사건 경정청구는 2011년 귀속 종합소득세만을 대상으로 한 것으로 봄이 상당하므로, 피고로서는 2011년 귀속 과세표준 및 세액의 정당성에 대하여 조사・확인할 의무가 있을 뿐, 이와 과세기간을 달리하는 2009년 및 2010년 귀속 과세표준 및 세액의 정당성에 대하여 조사・확인할 의무를 인정할 수 없어 피고의 이 사건 처분에 2011년과 과세기간을 달리하는 2009년 및 2010년 귀속 종합소득세 경정청구에 대한 거부가 포함되어 있다고 보기 어렵다. 나아가 원고가 조세심판청구를 제기하면서 2009년 내지 2011년 귀속 종합소득세를 각 경정해달라고 주장하였다 하더라도, 그로 인하여 원고의 이 사건 경정청구가 2009년, 2010년 및 2011년 귀속 종합소득세의 경정청구로 변경이 허용된다고 보기 어려울 뿐만 아니라 조세심판청구의 기각 결정에 2009년 및 2010년 귀속 종합소득세 경정청구에 대한 거부처분이 존재하는 것으로 볼 수도 없다[뒤에서 보는 바와 같이 이 사건 경정청구는 구 국세기본법(2015. 12. 15. 법률 제13552호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 국세기본법'이라 한다) 제45조의2 제2항 및 같은 법 시행령 제25조의2 소정의 후발적 사유에 따른 경정청구로서, 그 사유가 발생한 날로부터 2개월 이내에 경정을 청구하여야 하는데, 원고의 2009년 및 2010년 종합소득세 경정청구 주장은 이 사건 추징일인 2014. 6. 19.로부터 2개월이 경과하였음이 역수상 명백한 2014. 11. 25. 제기된 조세심판청구절차에서 이루어져 그 청구기간이 경과하였음은 기록상 명백하다]. 그렇다면, 이 사건 소 중 2009년 및 2010년 귀속 종합소득세 경정청구 취소청구 부분은 취소를 구하는 대상이 되는 처분이 존재하지 아니하므로 부적법하다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 이 사건 추징은 구 국세기본법 제45조의2 제2항 및 같은 법 시행령 제25조의2소정의 후발적 경정사유에 해당하므로, 이 사건 추징금 중 환급금 상당액은 각 과세기간의 총 수입금액에서 공제되어야 할 항목일 뿐, 필요경비라고 볼 수 없다. 따라서 피고로서는 2009년부터 2011년까지의 각 과세기간의 총 수입금액을 경정하는 방법으로과세표준 및 세액 경정을 하여야 한다.

2) 가사 이 사건 추징금 중 환급금 상당액을 필요경비로 보더라도, 이 사건 추징이 후발적 경정사유에 해당하는 이상, 관세환급이 이루어진 각 과세연도의 경정사유로 삼아야 한다.

3) 피고 주장과 같이 이 사건 추징금 중 환급금 상당액이 2014년의 필요경비라고 보더라도, 소득세법 기본통칙 39-0…5의 취지 및 실질과세원칙 등을 고려하여 원고가 폐업한 2011년의 필요경비로 보아 2011년 귀속 과세표준 및 세액의 경정이 이루어져야 한다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 이 사건 추징이 후발적 경정사유에 해당하는지에 관하여

가) 구 국세기본법 제45조의2 제2항은 '과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다'고 규정하면서, 제2호에서 '소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때'를, 제5호에서 '제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때'를 각 후발적 경정청구사유로 규정하고 있다. 그리고 구 국세기본법 제45조의2 제2항 제5호의 위임을받아 '대통령령으로 정하는 사유'를 구체적으로 규정하고 있는 국세기본법 시행령 제25조의2는 제1호에서 '최초의 신고・결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우'를 해당 사유로 규정하고 있다. 이와 같이 구 국세기본법이 후발적 경정청구제도를 둔 취지는 납세의무 성립후 일정한 후발적 사유 발생으로 말미암아 과세표준 및 세액의 산정 기초에 변동이 생긴 경우 납세자로 하여금 그 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리구제를 확대하려는 데 있다(대법원 2011. 7. 28. 선고 2009두22379 판결 등 참조).

나) 위 법리 및 법령의 규정에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 인정한 사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하면, 이 사건 추징 중 2011년 환급분 74,577,110원의 추징으로 인하여 피고의 원고에 대한 당초 2011년 귀속 종합소득세 부과처분에는 구 국세기본법 제45조의2 제2항 제5호, 국세기본법 시행령 제25조의2 제1호에 따른 후발적 경정사유가 존재한다고 봄이 상당하고, 나머지 2009년 및 2010년 각 환급분의 추징은 앞서 경정청구 및 그 거부처분의 존재가 인정되지 아니한 2009년 및 2010년 귀속 종합소득세의 경정사유가 될 수 있음은 별론으로 하고, 2011년 귀속 종합소득세의 경정청구 사유로 볼 수 없으며, 나머지 각 해당연도의 가산세 부분은 당초 총수입금액에 계상되지 않았을 뿐만 아니라, 총수입금액에 대응하는 필요경비로 인정되지도 아니하므로 경정사유가 존재한다고 볼 수 없다.

① 부산세관의 이 사건 추징 결정으로 인하여, 당초 원고의 소득으로 신고되었던 2011년분 관세환급금이 후발적으로 국가에게 귀속되었는바, 이 사건 추징은 국세기본법 제45조의2 제2항 제2호의 '소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정이 있을 때'와 유사하다고 볼 수 있다.

② 원고가 2011년경 부산세관으로부터 환급받은 관세 74,577,110원을 총 수입금액에 합산하여 종합소득세를 신고하였는바, 위와 같은 과세관청의 관세환급 결정은 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분'으로 볼 수 있고, 그 후 부산세관이 2014. 6. 19. 이 사건 추징을 한것은 그러한 '관청의 허가나 그 밖의 처분'이 취소된 경우에 해당한다고 보아야 한다.

③ 원고가 2011년분 관세환급금을 추징당하여 이를 납부한 이상, 실질과세의 원칙상 그 관세환급금이 총수입금액에 합산됨에 따라 증가된 소득에 대응하는 종합소득세는 원고에게 환급하는 것이 상당하다.

2) 피고의 주장에 관하여

피고는, 원고가 먼저 이 사건 추징금이 2011년의 필요경비에 해당함을 전제로 이 사건 경정청구를 하였고, 이 사건 추징금의 귀속연도는 그 확정일이 속하는 2014년으로 보아야 하므로, 이 사건 처분은 적법하다는 취지로 주장한다. 살피건대, 과세표준 및 세액의 인정이 위법이라고 내세우는 개개의 위법사유는 자기의 청구가 정당하다고 주장하는 공격방어방법에 불과한 것이므로, 감액경정청구를 함에 있어 개개의 위법사유에 대하여 모두 주장하여야 하는 것은 아니고, 감액경정청구 당시 주장하지 아니하였던 사항도 그 거부처분 취소소송에서 새로 주장할 수 있다할 것인바(앞서 본 대법원 2002두9261 판결), 갑 제3호증의 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 이 사건 경정청구서에 경정청구이유를 '관세환급금 추징에 따른 소득금액 변동'이라고 기재하고, 추징금 납부 영수증 및 명세서를 증빙자료로서 첨부한 사실을 인정할 수 있고, 위 인정사실에 의하면, 원고는 이 사건 추징에 따른 후발적 경정청구로서 이 사건 경정청구를 하였다고 봄이 상당하다. 따라서, 원고는 이 사건 소송에서 경정청구 당시 주장과 달리 관세환급분을 필요경비가 아닌 수입금액의 경정으로 주장할 수 있고, 피고로서는 앞서 본 바와 같이 당해 과세기간의 정당한 과세표준 및 세액에 대하여 조사・확인할 의무가 있으므로, 원고가 이 사건 추징금을 필요경비로 지목하였는지 여부와 관계없이 이 사건 추징이 후

발적 경정사유에 해당하는지 여부에 관하여 판단하였어야 할 것인바, 이와 다른 전제에 선 피고의 주장은 이유 없다.

3) 정당세액

따라서 원고가 이 사건 추징일인 2014. 6. 19.로부터 2개월 이내인 2014. 7. 11.에 한 이 사건 경정청구는 2011년 관세환급금에 상당하는 추징액 74,577,110원의 범위 내에서는 국세기본법 제45조의2 제2항 소정의 후발적 경정청구로서 적법하다 할 것이므로, 당초 원고가 신고한 2011년 귀속 종합소득금액 300,717,724원에서 위74,577,110원은 감액되어야 할 것인바, 이에 따라 2011년 귀속 종합소득세를 다시 계산하면 다음과 같다.

4) 소결론

그렇다면, 원고의 2011년 귀속 종합소득세액은 33,426,685원에서 10,064,839원으로 23,361,846원이 감액되어야 할 것인바, 이 사건 처분 중 40,061,566원(= 당초 원고가 경정청구한 63,423,412원 - 경정대상세액 23,361,846원)을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

4. 결론

그렇다면, 이 사건 소 중 2009년 및 2010년 귀속 종합소득세 경정거부처분 취소청구부분은 부적법하여 이를 각하하고, 원고의 이 사건 처분에 대한 취소청구 부분은 위인정범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.