1. 이 사건 소 중 금원지급청구 부분을 각하한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3....

1. 처분의 경위

가. 원고는 안양시 만안구 B아파트(이하 ‘이 사건 아파트’라고 한다)를 신축분양할 목적으로 설립된 주택조합이다.

나. 원고는 위 사업을 영위하면서 이 사건 아파트의 분양수입금에 대하여 피고에게 부가가치세를 신고납부하였는데, 그 신고를 함에 있어 원고가 C 주식회사(이하 ‘C’이라고 한다)에 2011년 제1기분 과세기간에는 23억의 분양대행 수수료를, 2011년 제2기분 과세기간에는 31억 5,000만 원의 분양대행 수수료를 지급하였음을 이유로 위 수수료에 대한 세액을 매입세액으로 공제하였다.

다. 피고는 원고에 대한 세무조사를 실시한 결과, 원고가 2010. 12. 17. C에 이 사건 아파트 중 미분양된 114세대를 일괄하여 61,984,100,000원에 매도하는 매매계약을 체결하였고, 그에 따라 C이 2011. 2. 23. 위 114세대를 취득하였으나, 이와 달리 원고는 C으로부터 공급가액을 분양대행 수수료 23억 원으로 한 2011. 6. 30.자 세금계산서와 공급가액을 분양대행 수수료 31억 5,000만 원으로 한 2011. 9. 30.자 세금계산서를 수취한 것으로 판단하였다. 라.

이에 피고는 2014. 4. 11. 원고에게 ① 2011년 제1기분 부가가치세에 관하여는 이 사건 아파트 중 국민주택 규모를 초과하는 면적의 아파트에 대한 건물가액을 과세표준으로 하고 위 2011. 6. 30.자 세금계산서에 따른 매입세액을 불공제하여 부가가치세 674,767,420원을 증액경정고지하였고, ② 2011년 제2기분 부가가치세에 관하여는 매출세액을 전액 차감하고 위 2011. 9. 30.자 세금계산서에 따른 매입세액을 불공제하여 부가가치세 환급금을 495,743,413원으로 결정하였다

(이하 2011년 제1기분 부가가치세 증액경정처분을 ‘이 사건 처분’이라 한다). 마.

피고는 이 사건 처분에 따라 증액된 부가가치세 중 522,803...