1세택 1주택으로 의제되는 조합원입주권의 장기보유특별공제 적용대상 범위

개정 소득세법은 대법원 판결 이후 장기보유특별공제가 적용되는 양도차익의 범위를 관리처분계획인가전으로 제한하되 1조합원 입주권자의 경우 높은 공제율을 적용받도록 조정하였는바 법문에 따른 이 사건 처분에는 위법이 없음

소득세법 제95조양도소득금액

2017구단8181양도소득세부과처분취소

정**

동안*세무서장

2017. 8. 29.

2017. 9. 26.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2016. 3. 11. 원고에 대하여 한 2013년 귀속 양도소득세 57,217,100원의 부과처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

⑴ 원고와 정**(원고의 부친)은 1987. 12. 30. 서울 서초구 반포동 2-1 신반포아파트 를 취득(각 1/2 공유지분)하였다. 위 신반포아파트에 관하여 신반포1차주택재건축정비사업조합이 설립되어 주택재건축정비사업이 진행되어 2010. 8. 24. 관리처분계획이 인가됨으로써 원고와 정**의 위 아파트 소유권은 조합원입주권(각 공유지분 1/2)으로 변환되었다.

⑵ 원고와 정**은 2013. 5. 31. 임**에게 위 조합원입주권(각 공유지분 1/2)을 15억 5,000만 원에 양도하였다.

⑶ 원고와 정**은 2013. 7. 30. 각자 지분의 조합원입주권 양도차익 중 관리처분계획인가 전 양도차익에 대해서만 장기보유특별공제를 적용하여 각각 2013년 귀속 양도

소득세 66,799,121원을 신고・납부하였다.

⑷ 정**은 2014. 3. 10. 피고에게, 1세대 1주택의 9억 원 초과 고가주택으로 의제되는 위 조합원입주권은 관리처분계획인가일 전 양도차익에 대해서만 장기보유특별공제가 적용되는 것이 아니라 전체 양도차익에 대하여 장기보유특별공제가 적용되어야한다고 주장하면서, 2013년 양도소득세 57,235,280원을 환급해 달라는 내용의 경정청구를 하였다.

⑸ 피고는 2014. 5. 22. 위 경정청구를 받아들여 정**에게 2013년 귀속 양도소득세 57,235,280원을 환급하였다.

⑹ 그런데 부산지방국세청장이 2015. 7.경 피고에 대한 종합감사를 실시하여 '관리처

분계획인가일 이후의 양도차익에 대해서는 장기보유특별공제가 적용되지 아니한다'고

지적하자, 피고는 2016. 3. 11. 정**(2014. 12. 말경 사망)의 단독 상속인인 원고에 대하여 관리처분계획인가 후 양도차익에 대한 장기보유특별공제액을 부인하여 2013년귀속 양도소득세 57,217,100원을 경정・부과하는 '이 사건 처분'을 하였다.

⑺ 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2016. 4. 20. 조세심판원에 심판청구를 제기하였

는데, 조세심판원에서 위 심판청구에 대한 결정을 하지 아니하자, 2017. 8. 1. 이 사건소를 제기하였다1)2).

인정근거 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 10호증, 을 제1 내지 4호증, 변론 전체의

취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

⑴ 구 소득세법(2015. 12. 15. 법률 제13558호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제95

조 제1항, 제2항 본문 및 제89조 제2항은 주택재건축사업 또는 주택재개발사업을 시행

하는 정비사업조합의 조합원이 도시 및 주거환경정비법 제48조에 따른 관리처분계획의

인가로 인하여 취득한 조합원입주권을 양도하는 경우 그 자산의 양도차익에 보유기간

별로 최대 100분의 30의 공제율을 곱하여 계산한 금액을 장기보유특별공제액으로 하

여 이를 양도차익에서 공제하도록 규정하면서, 제95조 제2항 본문 중 세 번째 괄호(이

하 '이 사건 괄호 규정'이라고 한다)에서 그 자산의 양도차익을 '도시 및 주거환경정비법 제48조에 따른 관리처분계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익'으로 한정하고 있다. 그리고 제95조 제2항 단서에서는 대통령령으로 정하는 1세대 1주택에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 보유기간별로 최대 100분의 80의 공제율을 적용하도록 규정하고 있다.

2013. 1. 1. 법률 제11611호로 개정되기 전의 소득세법 제95조 제2항은 1세대 1주택에 해당하는지에 따라 장기보유특별공제율을 본문과 단서에서 다르게 규정하였을뿐, 자산 양도차익의 범위에 대해서는 1세대 1주택인 경우와 그렇지 아니한 경우를 따로 구분하지 않았고, 이러한 조문의 기본 구조는 위 조항이 개정되면서 장기보유특별공제 대상에 조합원입주권이 추가되고 이 사건 괄호 규정이 신설된 이후에도 동일하다.

또한 장기보유특별공제는 물가상승에 따른 명목소득의 상승도 포함되어 있는 양도소득에 대하여 물가상승분을 공제하여 주기 위하여 마련된 제도라는 점에 비추어 볼 때, 입법자는 이 사건 괄호 규정의 신설 당시 조합원입주권에 대하여는 양도차익 중재개발ㆍ재건축에 따른 개발이익을 장기보유특별공제 대상에서 제외하기 위하여 그 적용대상이 되는 양도차익의 범위를 관리처분계획인가 전으로 한정한 것으로 보이고, 이는 1세대 1주택으로 의제되는 조합원입주권이라고 하여 달리 볼 수 없다.

이러한 관련 규정의 문언 및 체계, 개정 연혁과 취지를 종합하여 보면, 조합원입주권이 구 소득세법 시행령(2015. 12. 28. 대통령령 제26763호로 개정되기 전의 것) 제155조 제17항에 따라 제154조 제1항 소정의 1세대 1주택으로 의제되고 9억 원을 초과하는 고가주택에 해당하는 경우, 장기보유특별공제의 대상은 이 사건 괄호 규정에 따라 조합원입주권의 양도차익 중 '관리처분계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익'으로 한정되는 것이지, 그 단서 소정의 공제율이 적용된다고 하여, 장기보유특별공제의대상이 '1세대 1주택이 아닌 경우'와 달리 조합원입주권의 전체 양도차익으로까지 확대 되는 것은 아니라고 봄이 타당하다(대법원 2017. 10. 26. 선고 2017두52504 판결 참조).

⑵ 원고는, 위 조합원입주권의 양도소득에 대하여는 구 소득세법 제95조 제2항 단서

를 적용하여 '관리처분계획인가 전 양도차익'은 물론 '관리처분계획인가 후 양도차익'에대하여도 위 단서의 공제율(표2)을 적용하여 장기보유특별공제액을 공제하여야 함에도불구하고, 피고가 구 소득세법 제95조 제2항 본문을 적용하여 '관리처분계획인가 전 양도차익'에 대하여만 위 본문의 공제율(표1)을 적용하여 장기보유특별공제액을 공제하고말았으니, 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다고 주장한다.

그러나 앞서 살펴본 바와 같이, 위 조합원입주권이 1세대 주택으로 의제되더라도 장기보유특별공제의 대상은 구 소득세법 제95조 제2항 본문에 따라 '관리처분계획인가전 양도차익'에 대하여만 위 본문의 공제율(표1)을 적용하여 장기보유특별공제액을 공제하여야 하는 것이므로, 이와 다른 법률적 견해를 취한 원고의 주장은 이유 없다.

3. 결론

따라서 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각한다.