1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위 ⑴ 원고와 B(원고의 부친)은 1987. 12. 30. 서울 서초구 C아파트 8동 502호를 취득(각 1/2 공유지분)하였다.

위 C아파트에 관하여 C주택재건축정비사업조합이 설립되어 주택재건축정비사업이 진행되어 2010. 8. 24. 관리처분계획이 인가됨으로써 원고와 B의 위 아파트 소유권은 조합원입주권(각 공유지분 1/2)으로 변환되었다.

⑵ 원고와 B은 2013. 5. 31. D에게 위 조합원입주권(각 공유지분 1/2)을 15억 5,000만 원에 양도하였다.

⑶ 원고와 B은 2013. 7. 30. 각자 지분의 조합원입주권 양도차익 중 관리처분계획인가 전 양도차익에 대해서만 장기보유특별공제를 적용하여 각각 2013년 귀속 양도소득세 66,799,121원을 신고납부하였다.

⑷ B은 2014. 3. 10. 피고에게, 1세대 1주택의 9억 원 초과 고가주택으로 의제되는 위 조합원입주권은 관리처분계획인가일 전 양도차익에 대해서만 장기보유특별공제가 적용되는 것이 아니라 전체 양도차익에 대하여 장기보유특별공제가 적용되어야 한다고 주장하면서, 2013년 양도소득세 57,235,280원을 환급해 달라는 내용의 경정청구를 하였다.

⑸ 피고는 2014. 5. 22. 위 경정청구를 받아들여 B에게 2013년 귀속 양도소득세 57,235,280원을 환급하였다.

⑹ 그런데 부산지방국세청장이 2015. 7.경 피고에 대한 종합감사를 실시하여 ‘관리처분계획인가일 이후의 양도차익에 대해서는 장기보유특별공제가 적용되지 아니한다’고 지적하자, 피고는 2016. 3. 11. B(2014. 12. 말경 사망)의 단독 상속인인 원고에 대하여 관리처분계획인가 후 양도차익에 대한 장기보유특별공제액을 부인하여 2013년 귀속 양도소득세 57,217,100원을 경정부과하는 ‘이 사건 처분’을 하였다.

⑺ 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2016. 4. 20. 조세심판원에 심판청구를...