1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

처분의 경위

원고는 2011. 9. 9. B 등과 공동으로 주택신축판매업을 영위하던 성남시 분당구 C 외 토지 1필지(이하 ‘이 사건 토지’라 하고, 이 사건 토지 중 원고의 지분을 ‘이 사건 지분’이라 한다)를 양도하고, 2011. 11. 28.자로 이 사건 토지 양도차익에 대하여 양도소득세 신고 후 2012. 5. 25.부터 2012. 8. 22.까지 5회에 걸쳐 2011년 귀속 양도소득세 합계 2,051,113,140원을 신고ㆍ납부(이하 ‘이 사건 과세처분’이라 한다)하였다.

원고의 공동사업자인 B은 이 사건 토지의 양도로 인한 소득을 사업소득으로 신고하였음에도 불구하고 처분청이 양도소득세를 과세하자 조세심판원에 그 과세처분의 취소를 구하여 2015. 7. 14. 이 사건 토지의 양도로 인한 소득은 사업소득으로 보는 것이 타당하다는 결정을 받았다.

원고는 B에 대한 위 결정이 있은 후 이를 근거로 2016. 1. 5. 이 사건 토지의 처분으로 발생한 소득은 사업소득으로 보는 것이 타당하고 양도소득으로 신고ㆍ납부한 것은 잘못이므로 국세기본법 제45조의2 및 같은 법 시행령 제25조의3에 따라 양도소득세 부과처분을 취소해 달라는 취지의 경정청구를 하였다

(갑 제3호증). 분당세무서장은 2016. 2. 23. 원고의 경정청구를 인용하고 원고가 신고ㆍ납부한 양도소득세 중 848,666,378원을 종합소득세로 충당한 후 나머지 금액에 대하여 환급가산금 기산일을 국세기본법 제52조 및 같은 법 시행령 제43조의3 제1항 제5호에 따라 경정청구일의 다음날인 2016. 1. 5.로 하여 계산한 환급금 1,163,792,040원을 지급하는 결정(이하 ‘이 사건 환급결정’이라 한다)을 하였다.

원고는 이 사건 환급결정에 따른 환급가산금의 기산일이 경정청구 다음날이 아니라 당초 국세를 납부한 날이 되어야 한다고 주장하면서...