조심2008서0836 (2008.09.26)

분양권 양도와 관련하여 기 납부한 부가세를 양도소득세에서 공제할 수 있는지 여부

부가가치세는 사업목적과 상관없이 자산의 양도에 관하여 부과되는 양도소득세와는 과세요건과 과세표준 및 세율이 달라 상호간에 공제를 하는 것은 불가능하다고 할 것이며, 이 사건 분양권의 양도와 관련하여 사업소득으로 보아 부가가치세 신고, 납부를 하였다면, 이는 환급 등의 대상이 될 뿐임

결정 내용은 붙임과 같습니다.

소득세법 제96조 (양도가액)

소득세법 제100조 (양도차익의 산정)

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고의 부담으로 한다.

피고가2007. 9. 1. 원고에대하여한2006년귀속양도소득세106,535,018원의부과처분중35,890,909원을초과하는부분을취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2005. 12.경 소외 주식회사 ◯◯공영으로부터 신축 중이던 서울 ◯☆☆ ◯◯동 1280-6 ◯◯뉴타운 ◯◯단지 내 제상가동 제108호 내지 112호의 분양권(이하, 이 사건 분양권이라 한다)을 12억 원에 취득하였다가, 2006. 1. 20. 소외 허☆☆에게 14억 3,000만 원에 양도하였으나, 이를 사업소득으로 보아 양도소득세 신고, 납부를 하 지 않았다(대신에 원고는 위 분양권의 양도와 관련하여 2006. 8. 9. 2006년 l기분 부가가치세 24,710,360원을 확정 신고, 납부하였다).

나. 원고는 2006. 8. 22. 소외 허☆☆로부터 완공된 제상가동 제108호 내지 112호 (이하, 이 사건 상가라 한다)를 15억 원에 다시 취득하고, 같은 날 그 중 제112호(이하, 이 사건 부동산이라 한다)를 소외 김○만에게 3억 2,500만 원에 양도한 후, 그 취득가액을 4억원으로 하여 양도차손 75,000,000원이 발생한 것으로 2006년 귀속 양도소득세 예정신고를 하였다.

다. 피고는 2007. 6. 20. 성동세무서장으로부터 정기 감사 결과에 따른 양도소득세 결정 내용을 통보받고, 2007. 9. 1. 이 사건 분양권의 양도가액을 14억 3,000만 원, 취득가액을 12억 원으로 적용하여 산출한 104,402,170원의 양도소득세와, 이 사건 부동산의 양도가액을 3억 2,500만 원, 취득가액을 이 사건 상가의 기준시가 합계액에서이 사건 부동산의 기준시가가 차지하는 비율을 기준으로 안분계산 한 296,535,000원으로 적용하여 산출한 12,509,490원의 양도소득세 등 합계 116,911,660원을 원고에게 2006 년도 귀속 양도소득세로 부과하였다(이하, 이 사건 처분이라 한다).

라. 이에 대하여 원고는 2008. 4. 8. 조세심판원에 심판청구를 제기하였고, 2008. 9. 26. 이 사건 부동산의 취, 등록세를 필요경비로 추가 공제하라는 취지의 결정이 있자, 피고는 2008. 10. 9. 10,376,653원을 감액하는 내용의 양도소득세 감액경정 처분을 하였다(위 감액경정처분으로 인하여 2006년 귀속양도소득세는 106,535,018원으로 감액되었다).

마. 이에 대하여 원고는 2008. 2. 12. 이 사건 처분의 취소를 구하는 이 사건 소송을 제기 하였다.

바. 그 후, 피고는 2009. 6. 1. 이 사건 분양권의 양도와 관련하여 원고가 기 납부한 2006년 1기분 부가가치세 24,710,360원을 필요경비에서 배제하여 16,303,890원을 증액 하는 내용의 양도소득세 증액경정 처분을 하였다(이하, 이 사건 증액경정 처분이라 한다).

[인정근거] 다툼없는사실,갑제1 내지3호증(가지번호포함),을제1호증의1 내

지3의각기재,변론전체의취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고가 2005. 12.경 이 사건 분양권을 소외 주식회사 ◯◯공영으로부터 12억 원에 취득하여 2006. 1. 20. 허☆☆에게 14억 3,000만 원에 양도함으로써 2억 3,000만 원 상 당의 양도차익이 발생한 사실은 맞으나, 그 후 완공된 이 사건 상가를 2006. 8. 22. 허 시구로부터 다시 취득하면서 위 상가 중 이 사건 부동산을 4억 원에 취득하고, 2006. 8. 22. 3억 2,500만 원에 양도하여 75,000,000원의 양도차손이 발생하였고, 그 이외에 위 부동산의 취, 등록세로 18,400,000원을 지출하였으므로, 위 각 양도와 관련된 양도 소득세 과세표준은 일응 113,600,000원(230,000,000원 - 75,000,000원 - 18,400,000원) 이 되고, 여기에 1년 미만 보유의 경우에 적용되는 세율 50%를 적용하면 양도소득세 는 56,800,000원으로 산정되며, 여기에서 다시 이 사건 분양권의 취득, 양도 과정에서 신고, 납부한 부가가치세 20,909,091원을 공제하면, 실제 납부할 2006년도 귀속 양도소득세는 35,809,909원(56,800,000원 - 20,909,091원)에 불과하다. 따라서 이 사건 처분 중 35,809,909원을 초과한 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

나. 판단

(1) 이사건부동산의실지취득가액이4억원인지여부

(가) 구 소득세법(2006. 12. 30. 법률 제8144호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제96조 제1항에 의하면, '토지 및 건물 등을 포함한 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의하되, 다만, 제 94조 제1항 제2호 가목의 규정에 의한 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도와 취득 후 l년 이내의 부동산을 양도하는 경우 등에는 실지 거래가액을 기준으로 양도가액을 산정한다.'고 규정하고, 그와 아울러 동법 제100조 제1항은 위와 같이 양도가액을 실지 거래가액에 의해 산정할 경우 그 취득가액도 실지거래가액에 의해 산정하도록 규정하고 있다.

따라서 원고가 2005. 12.경 이 사건 분양권을 취득하여 2006. 1. 20. 양도하고, 2006. 8. 22. 허☆☆로부터 완공된 이 사건 상가를 다시 취득한 후 같은 날 위 상가 중 이 사건 부동산을 양도하였으므로, 원고는 이 사건 분양권 및 이 사건 부동산을 포함 한 이 사건 상가의 양도와 관련하여 실지 양도가액과 실지 취득가액을 기준으로 양도 차익을 산정하여 양도소득세를 납부하여야 한다.

(나) 그러므로원고가주장하는바와같이완공된이사건상가를2006. 8. 22.

허☆☆로부터 15억 원에 다시 취득하면서 그 중 이 사건 부동산을 4억 원에 취득하였 는지 여부에 관하여 살피건대, 갑 제4호증의 기재에 의하면, 원고가 2006. 8. 22. 허○구로부터 완공된 이 사건 상가를 합계 15억 원에 취득하기로 하는 매매계약을 체결하면서 당일 대금 전액을 지급받기로 하는 내용의 매매계약서가 작성되어 있고, 위 매매 계약서 별지 목록1 제5항 우측에는 이 사건 부동산의 매매가액의 표시로 보이는 '4억 원'이, 같은 목록 제1 내지 제4항 우측에는 각 나머지 상가들의 매매가액의 표시로 보이는 '2억 7,500만 원'이 각 수기로 표시되어 있는 사실을 인정할 수 있으나, 다른 한 편, 을 제2 내지 6호증(가지번호 포함)의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정 되는 다음과 같은 사정, 즉, 원고는 이 사건 부동산은 공급면적(전용면적 + 공용면적) 이 52.3㎡로서 나머지 상가들(l08호 내지 111호)과 전용면적이 같거나 오히려 조금 작 고, 완공 후 최초 고시된 2007. 1. 1.자 평방미터당 기준시가도 6,806,000원으로서 이 사건 상가 중에서 제일 적음에도, 원고가 주장하는 이 사건 부동산의 매매가액이 4억 원으로서 나머지 상가들의 매매가액이라는 2억 7,500만 원보다 현저히 높은 점, 원고 가 이 사건 부동산의 취득가액이 4억 원이라는 근거로 제시하는 2006. 8. 22.자 매매계 서(갑 제4호증)에도 인쇄체로 이 사건 부동산을 포함한 상가 전체를 매매대상으로 하여 15억 원에 일괄하여 매매계약이 이루어 진 것으로 기재되어 있고, 원고가 주장하는 4억 원은 별지 목록1에 수기로 가필된 것으로서 정정인의 날인도 없는 점, 이 사건 부동산의 취득, 양도가 같은 날 이루어졌음에도 75,000,000원의 손실을 감수한다는 것 은 이례적 인 점, 원고에게 이 사건 분양권을 양도할 당시 포괄하여 매매대금을 정하였다는 취지의 매도인 허☆☆의 확인서(을 제3호증)가 있다는 점 등에 비추어 보면, 원고 제출의 위 갑 제4호증(매매계약서)의 기재는 쉽사리 믿기 어렵고, 갑 제6호증의 1 내지 3, 갑 제7호증의 1, 2, 갑 제10호증의 각 기재만으로는 위와 같은 원고 주장의 실 지 취득가액을 인정하기에 부족하며, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

(다) 그런데, 구 소득세법 제100조 제2항, 소득세법 시행령(2006. 9. 22. 대통령령 제19687호로 개정되기 전의 것) 제166조 제4항, 부가가치세법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19892호로 개정되기 전의 것) 제48조의2 제4항 단서 및 같은 항 제1호에 의 하면, 구 소득세법 제100조 제2항에 의하여 실지 거래가액에 의한 양도차익(양도가액, 취득가액)을 산정함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가 가치세법 시행령 제48조의2 제4항 단서 및 같은 항 제l호의 규정에 따라 양도계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산 하도록 규정하고 있으므로, 이 사건에서와 같이 완공된 이 사건 상가를 15억 원에 포괄적으로 취득하는 경우 그에 포함된 이 사건 부동산의 취득가액은 위 상가의 기준시가 합계액에서 이 사건 부동산 의 기준시가가 차지하는 비율에 의하여 안분계산 한 금액을 기준으로 산정하여야 할

것이다.

(라) 따라서원고의이부분주장은이유없다.

(2) 이 사건 분양권 양도와 관련하여 기 납부한 부가가치세 24,710,000원을 양도소득세에서 공제할 수 있는지 여부

(가) 나아가, 원고가 이 사건 분양권을 양도한 후 그 양도차익 230,000,000원에 관하여 세금계산서를 발행하고 가산세를 포함하여 부가가치세 24,710,000원(부가가치세 20,909,000원 + 가산세 3,801,000원)을 신고, 납부하였으므로, 위 부가가치세 상당액을 양도소득세 기 납부세액으로 공제하여 달라는 주장에 대하여 살피건대, 원고가 2005. 12.경 소외 주식회사 ◯◯공영으로부터 신축 중이던 이 사건 분양권을 12억 원 에 취득하여, 2006. 1. 20. 허☆☆에게 14억 3,000만 원에 양도한 후, 이를 사업소득으로 보아 2006. 8. 9. 2006년 1기분 부가가치세 24,710,360원을 신고, 납부한 사실은 앞서 제1항에서 살펴 본 바와 같으나, 한편, 부가가치세와 양도소득세는 같은 국세로서 재화의 공급 내지 자산의 양도와 관련되어 있기는 하지만, 부가가치세는 사업자가 사 업상 재화나 용역을 공급하는 경우 등에 부과되는 세금으로서 그러한 사업목적과 상관없이 자산의 양도에 관하여 부과되는 양도소득세와는 과세요건과 과세표준 및 세율이 달라 상호간에 공제를 하는 것은 불가능하다고 할 것이다{원고가 이 사건 분양권의 양 도와 관련하여 양도소득세를 신고, 납부할 것을 사업소득으로 보아 부가가치세 신고, 납부를 하였다면, 이는 환급 등의 대상이 될 뿐이고, 실제 을 제7 내지 9호증(가지번호 포함)의 각 기재에 의하면, 피고는 2009. 6. 16.자로 원고가 기 신고, 납부한 2006년 1 기분 부가가치세 24,710,360원이 환급 대상이나 기 체납한 양도소득세가 있으므로 위 환급 세액에 가산금 3,242,090원을 합한 금액을 위와 같이 원고가 체납한 양도소득세 에 충당한 사실을 인정할 수 있다}.

(나) 따라서원고의이부분주장도이유없다.

(3) 그러므로,이와결론을같이한피고의이사건처분은적법하다.

3. 결 론

그렇다면,원고의이사건청구는이유없으므로,이를기각하기로하여,주문과같

이 판결한다.