대전지방법원 2016. 10. 27. 선고 2015구합105369 판결

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대전지방법원 2016. 10. 27. 선고 2015구합105369 판결

국세청 유권해석 등 가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유에 해당됨[국승]

제목

국세청 유권해석 등 가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유에 해당됨

요지

이 사건 용역 공급가액을 무엇을 기준으로 산정하고 그 공급시기는 언제로 보아야 하는지 등에 대하여 계약당사자 뿐만 아니라 각 과세관청이 상이한 의견을 표명하였던 점 등으로 볼 때 가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유가 인정됨

사건

대전지방법원 2015구합105369 부가가치세경정거부처분취소

원고

00공사

피고

00세무서장

변론종결

2016.07.21.

판결선고

2016.10.27.

주문

1. 피고가 2012. 8. 13. 원고에 대하여 한 2009년 제1기 부가가치세 가산세

000원에 대한 감액경정청구 거부처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

이유

1. 인정사실

가. 원고와 000000공단 간 고속0000 사용계약 등의 체결

1) 원고는 00여객 및 화물운송사업 등을 목적으로 0000공사법에 의거하여 2004. 12. 31. 설립된 법인이다. 원고는 2008. 1. 28. 000000공단(이하 '00공단'이라 한다)과 00산업발전기본법 제38조에 근거하여 00공단으로부터 고속00 00의 유지보수 업무를 수탁받는 내용의 '고속0000의 유지보수 및 위・수탁계약'(이하'이 사건 00유지보수 계약'이라 한다)을 체결하였고, 2008. 5. 9.에는 00산업발전기본법 제31조에 근거하여 고속00 00 중 00공단이 관리하는 00 등의 00 사용에 관한 '고속00 00 등 사용계약'(이하 '이 사건 00사용계약'이라 한다)을 체결하였다.

2) 이 사건 00사용계약의 주요 내용은 다음과 같다.

-생략-

나. 00공단의 2008년도 1기분 세금계산서 발행 및 수정신고

1) 00공단은 2008. 6. 30.경 2008년도 1기(2008. 3. 31. ~ 2008. 6. 30.)의 00등사용료로서 이 사건 00사용계약서 제9조 제1항에 따라 상계처리될 수 있는 고속00

유지보수비 상당액 000백만 원을 해당 과세기간 동안의 00등 제공용역의 대가로 보아 이를 공급가액으로 하는 세금계산서를 원고에게 발급하였고, 원고는 위 세금계산서상 매입세액을 공제하는 것으로 하여 2008년 1기분 부가가치세 신고를 완료하였다.

2) 00지방국세청장은 2008년 8월경 00공단에 대하여 2008년도 1기분 00등 제공용역의 공급가액은 00등 사용료에서 우선 상계되는 고속00 유지보수비 상당액 000백만 원이 아니라 고속00관리권구간 예상영업수입의 31퍼센트인 000백만 원이 타당하다는 이유로 수정신고하도록 안내하였다. 이에 따라 00공단은 2008. 9. 12. 2008년도 1기분 00등 제공용역의 공급가액을 90,794백만 원으로 증액하여 당초 신고분과의 공급가액 차액 000백만 원(= 000백만 원 - 000백만 원)을 증액하는 수정신고를 하고 원고에게 위 차액을 지급하여줄 것을 청구하였다. 아울러 00공단은 위와 같은 00지방국세청장의 수정신고 안내 내용이 타당한지에 대하여 국세청장에게 서면으로 질의하였다.

3) 원고는 2008. 9. 19. 00공단에게 위 공급가액 차액인 000백만 원과 그에 대한 부가가치세 00백 만원의 합계인 000백만 원을 지급하였고, 그와 관련한 매입세액에 대한 경정청구는 하지 아니하였다.

다. 2008년도 2기분 부가가치세 신고

1) 00공단은 2008년도 2기분 부가가치세 신고와 관련하여 2008년도 00등 제공용역의 공급가액을 유지보수비 상당액이 아니라 고속00관리권구간 예상영업수입의 31퍼센트로 보는 것이 타당하다는 00지방국세청장의 수정신고 안내내용을 참작하여 유지보수비 상당액이 아닌 해당 기간 동안의 예상영업수익의 31퍼센트인 000백만 원(예정신고분: 000백만 원, 확정신고분: 000백만 원)을 00등의 제공에 따른 공급가액으로 기재한 세금계산서를 원고에게 발급하고 그 공급가액 등에 상당하는 대가를 원고로부터 수령하였다. 원고는 위와 같이 00공단으로부터 발급받은 세금계산서를 토대로 2008년 2기분 부가가치세 신고를 완료하였다.

라. 00공단의 2008년도 1기분 부가가치세 신고분 중 공급가액 감축

1) 00청장은, 00공단이 00등 제공용역의 공급가액에 관하여 00지방국세청장의 수정신고 안내 내용이 타당한지에 관한 질의에 대해, 2008. 11. 28. "2008년도 고속00 00등 사용료 산정기준방침이 확정되지 아니하여 우선 전년도 지급기준에 의하여 지급하고, 00등 사용기준 방침이 확정되면 정산하기로 한 경우, 당해 00 등의 사용 용역의 공급시기는 부가가치세법 시행령 제22조 제2호의 규정에 의하여 사용료의 각 부분을 받기로 한 때입니다. 이 경우 추후 확정된 00사용기준방침에 의하여 사용료 금액을 정산함에 따라 추가 또는 차감되는 금액이 발생한 때에는 같은 법 시행령 제59조 제3호 규정에 의하여 증감사유가 발생한 날을 작성일자로 하여 추가되는 금액은 검은색 글씨로 쓰고 차감되는 금액은 붉은색 글씨로 쓰거나 부(마이너스)의 표시를 하여 수정세금계산서를 교부하는 것입니다"라고 회신하였다(갑 제4호증).

2) 00공단은 위 00청장의 회신을 근거로 제시하면서 2008. 12. 10. 피고에게 당초 00지방국세청장의 안내에 따라 수정신고한 2008년도 1기분 부가가치세 신고와 관련한 공급가액 000백만 원 및 부가가치세 00백만 원을 감축하여 달라는 감액 경정청구를 하였고, 피고는 2009. 1. 23. 위 감액경정청구를 받아들여 감액경정처분을 하고, 감액된 부분을 00공단에 환급하였다.

마. 2009년도 1기분 부가가치세 예정신고

1) 00공단은 2009년도 1기분 부가가치세 예정신고기간(2009. 2. 17.)에 2008년도1, 2기에 00제공과 관련하여 발급한 세금계산서상 공급가액 0000백만 원[=000백만 원(2008년도 1기, 유지보수비 기준) + 000백만 원(2008년도 2기, 예상영업수입의 31퍼센트 기준)]과 2008년도 확정영업수입의 31퍼센트인 0000백만 원과 위 0000백만원과의 차액인 000백만 원을 2008년도 과세기간의 공급가액 정산금으로 하여, 해당금액을 공급가액으로 하는 세금계산서를 원고에게 발급하였고, 원고는 위와 같이 발급받은 세금계산서를 토대로 2009년도 1기 부가가치세 예정신고를 완료하였다.

바. 2008년도 2기분 부가가치세 등 00원 부과처분

1) 피고는 2010. 1. 12. 00청장에게 00공단의 00등 제공용역의 공급시기와 공급가액에 관한 과세기준 자문을 신청하였는데, 이에 대하여 00청장은 2010. 3. 30."고속00 00사용료는 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에 해당하므로 2008년도의 경우 '2008년도 고속00 00등 사용계약서'에 따라 실제 영업수익의 31퍼센트를 확정하는 때로 보아야 하는 것이나, 위 공급시기가 도래하기 전에 00사용용역에 대한 대가를 받고 그 받은 대가에 대하여 세금계산서를 발급하는 때를 공급시기로 봄'이라고 회신하였다.

2) 이후 피고는 2010. 8. 27. 00청장의 위 해석을 근거로 00공단이 2008년도 2기분 예정신고기간 동안 발행한 세금계산서(공급가액 000백만원) 중 000백만 원(=000백만 원 - 000백만 원) 상당 부분은 용역의 공급시기 전에 발행된 선 세금계산서로서 세금계산서 교부일로부터 7일 이내에 대가를 수수하지 않아 선 세금계산서 특례를 적용받을 수 없는 사실과 다른 세금계산서라고 보아 원고에 대하여 위 세금계산서상 매입세액 중 위 000백만 원과 관련된 부분을 불공제하여 부가가치세 및 그에 대한 가산세 합계 00백만 원에 대한 부과처분을 하였다.

사. 2008년도 2기분 부가가치세 등 00백만 원 부과처분의 취소

원고는 2010. 11. 24. 위 2010. 8. 27.자 부가가치세 등 부과처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 2012. 1. 16. 아래와 같은 이유로 해당부가가치세 부과처분이 위법하다고 결정하였다.

- 심판 결정문 생략 -

아. 원고의 2008년도 1기분 부가가치세에 대한 경정청구 및 2009년도 1기 부가가치세 예정분에 대한 부가가치세 수정신고

1) 피고는 2012. 2. 8. 위 조세심판원 결정을 근거로 2008년 1기 00등 제공용역에따른 각 공급시기별 공급가액을 영업수입의 31퍼센트로 보아야 한다고 하면서, 원고에 대하여 2012. 2. 29.까지 부가가치세 수정신고를 할 것을 안내하는 공문을 발송하였다.

2) 이에 따라 원고는 00공단으로부터 2008년도 1기분 및 2009년도 제1기 예정분의 00등 제공용역에 관한 수정세금계산서를 각 교부받고, 2012. 3. 19. 2008년도 1기분 부가가치세 00백만 원에 대한 감액경정청구(감액경정청구의 내용은 00공단이 원고에게 제공한 용역은 예상영업수입의 31퍼센트인 000백만 원이므로, 원고가 00공단에게 지급한 용역대금 중 000백만 원에 해당하는 매입세액인 00백만 원을 공제 받고자 한다는 것이다)를 함과 동시에 2009년 1기 예정신고분 부가가치세 00백만 원에 대한 증액 수정신고(그 내용은 원고가 2008년도 제1기분에서 공제받아야 할 00백만 원을 2009년도 제1기분에서 매입세액으로 공제받았으므로, 2008년도 제1기분에서 공제받은 00백만 원을 납부하고자 한다는 것이다)를 하였다.

자. 피고의 가산세 부과처분 및 경정거부처분

1) 피고는 2012. 5. 18. 2008년 1기분 부가가치세와 관련하여 경정청구 기한이 경과하였지만 2009년 1기 부가가치세 예정 수정신고와 공급시기만 다를 뿐 명백하게 과다신고납부되었으므로 부과제척기간 내 직권경정이 가능한 것으로 판단하여 본세 00백만 원을 직권으로 환급결정하였으나, 경정청구 기한 도과 후 직권으로 환급결정하는 경우 국세환급금은 지급대상이 아니라고 보아 환급가산금을 지급하지 않았다.

2) 피고는 2012. 5. 23. 원고에게 2009년 제1기 예정 부가가치세 수정신고와 관련하

여 가산세 00원(위 가산세 내역은 ① 납부・환급 불성실 가산세 00원 + ② 세금계산서 합계표 제출불성실 가산세 0원 + ③ 과소・초과환급신고 가산세 0원이다)을 포함한 부가가치세 00원을 고지하였다. 이에 따라 원고는 2012. 7. 24. 피고에 대하여 2009년 제1기 부가가치세 수정신고분에 대하여 원고가 공급시기에 관하여 언급하고 있는 조세심판원 결정내용을 잘못 인지하고 수정신고하였고, 이는 당초 수정신고의 대상이 아닌 사안에 대한 수정신고이므로 당초 수정신고 내용에 대한 감액경정을 구하는 경정청구를 하였으나, 피고는 2012. 8. 13. 원고의 수정신고 내용은 정당하여 당해 과세표준과 세액을 경정하여야할 이유가 없다고 하면서 경정청구를 거부하는 처분을 하였다(이하 피고가 가산세에 관한 감액경정청구를 거부한 것을 '이 사건 처분'이라고 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 10호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의

취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 관련법령

별지 기재와 같다.

나. 판단

위 인정사실 및 앞서 든 각 증거에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음 각 사정에 비추어 보면, 00공단이 이 사건 00사용계약에 따라 원고에게 제공한 00 등 사용용역(이하 '이 사건 용역'이라 한다)의 공급가액이 어떤 기준으로 산정되어야 하는지에 대한 과세관청 간 견해가 일치되지 않았던 상황에서 원고가 유지보수비를 기준으로 2008년도 1기분 부가가치세를 신고한 것은 정당한 세액으로 부가가치세를 신고하여야 할 의무를 위반한 경우에 해당한다고 보기 어려울 뿐만 아니라, 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 할 것이므로, 피고의 가산세 부과처분은 위법하고, 이에 따라 가산세에 관한 감액경정청구 거부처분도 위법하여 취소되어야 한다.

1) 원고는 이 사건 소송 도중 청구취지 및 원인변경신청을 통하여 피고의 본세 부과처분에 대하여는 다투지 않고 가산세 감액경정청구 거부처분에 대하여만 다투는 것으로 청구취지를 감축하였으므로, 이 사건의 쟁점은 가산세에 관한 감액경정청구 거부처분의 위법 여부이다.

국세기본법 제48조 제1항은 "정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다"고 규정하고 있는데, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의, 과실은 고려되지 않는 반면, 이와 같은 제재는 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법의 해석상 의의(疑義)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 말미암아 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는이를 과할 수 없다(대법원 1993. 11. 23.선고 93누15939 판결, 대법원 1997. 5. 16. 선고 95누14602 판결, 대법원 2011. 2. 10. 선고 2008두2330 판결 등 참조).

2) 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 그 공급을 받는 자로부터 부가가치세를 징수하여야 하고[구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것, 이하 '부가가치세법'이라 한다) 제15조], 이 경우 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 매출세액에서 매입세액을 공제한 금액이다(부가가치세법 제17조 제1항). 이와 같이 부가가치세법은 이른바 전단계 세액공제제도를 채택하고 있으므로 부가가치세 납세의무자는 자신의 거래상대방에게 매입세액을 지급하였거나 지급할 의무가 있어야 그 매입세액을 자신이 납부할 매출세액에서 공제받을 수 있다. 즉 전단계 세액공제방식은 최종소비자에 이르기 전의 각 거래단계에서 재화 또는 용역을 공급하는 사업자가 그 공급을 받는 사업자로부터 매출세액을 징수하여 국가에 납부하고, 그 세액을 징수당한 사업자는 이를 국가로부터 매입세액으로 공제・환급받는 과정을 통하여 그 세액의 부담을 다음 단계의 사업자에게 차례로 전가하여 궁극적으로 최종소비자에게 이를 부담시키는 것을 근간으로 하는 것이다(대법원 1999. 11. 12. 선고 99다33984 판결, 대법원 2011. 7. 14. 선고 2010두8201 판결 등). 이 사건에서 이 사건 00사용계약과 관련한 이 사건 용역의 공급자는 00공단이고 그 용역을 공급받는 자는 원고이므로, 00공단이 이 사건 00사용계약과 관련하여 원고로부터 지급받은 00사용료는 00공단에게는 매출액이 됨과 동시에 원고에게는 매입액이 된다. 이처럼 전단계 세액공제방식을 채택하고 있는 현행 부가가치세법 하에서 공급자의 매출액과 공급을 받는 자의 매입액이 상호연계되어 있는 이상, 매출자인 00공단에 대한 00지방국세청장과 00청장 등 과세관청의 수정신고 권유나 질의회신 및 피고의 감액경정처분은 매입자인 원고가 신고해야 할 부가가치세액과도 직접적으로 연결되어 있다.

3) 앞서 살펴본 바와 같이, 00지방국세청장은 2008년 8월경 00공단에 대하여 이 사건 00사용계약과 관련한 이 사건 용역의 공급가액이 고속00관리권구간 예상영업수입의 31퍼센트에 해당하는 금액이라고 보는 것이 타당하다는 이유로 수정신고를 하도록 권고하였던 점, 한편 00청장은 2008. 11. 28. 00공단의 질의에 대하여 "2008년도 고속00 00등 사용료 산정기준방침이 확정되지 아니하여 전년도 지급기준에 의하여 지급하고 00 등 사용기준 방침이 확정되면 정산하기로 한 경우, 당해 00 등 사용용역의 공급시기는 사용료의 각 부분을 받기로 한 때"라고 회신(이하 위와 같은 00청장의 회신내용을 '00청장의 회신'이라고 한다)한 점, 그런데 00공단은 위와 같은 00청장의 회신 내용을 '이 사건 00사용계약과 관련된 2008년 1기분 00등 제공용역의 공급가액을 고속00관리권구간 예상영업수입의 31퍼센트가 아니라 00 사용료에서 우선 상계되는 고속00 유지보수비 상당액으로 보아야 한다'는 취지로 해석하였고, 그러한 해석을 전제로 2008. 12. 10. 2008년 1기분 부가가치세 신고와 관련한 공급가액 및 부가가치세를 감축하여 줄 것을 내용으로 하는 감액경정청구를 하였던 점, 그에 대하여 피고는 2009. 1. 23. 그러한 감액경정청구를 그대로 받아들여 2008년도 1기분 공급가액을 유지보수비를 기준으로 하는 감액경정처분을 하였고, 감액된 금액을 환급하여 준 점, 이는 피고 역시 00청장의 회신 내용을 00공단과 동일하게(이 사건 용역의 공급가액 기준을 고속00 유지보수비 상당액으로 보는 내용으로) 해석한다는 전제하에 이루어진 것으로 이해되는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 00사용계약에 따라 00공단이 제공하는 이 사건 용역의 공급가액이 원고의 매입액 확정으로 그대로 연결되는 관계에 있는 이상, 원고가 당초에 이 사건 용역과 관련한 2008년 1기분 매입세액을 고속00 유지보수비 상당액을 기준으로 하여 신고한 것을 두고 단순한 법률의 부지나 오해 등과 같이 원고의 탓으로 돌릴 만한 사정이 있다고 할 수 없다.

4) 원고는 2008년 1기분 부가가치세 매입세액 신고와 관련하여, 00공단으로부터 제공받은 이 사건 용역에 대하여 유지보수비를 기준으로 공급가액을 산정한 후 2008.3. 31.과 2008. 6. 30. 00공단에게 사용료를 지급하고 이에 관한 세금계산서를 발급 받았는데, 이후 00지방국세청장이 2008. 8.경 각 대가의 수수시기 및 금액과 관계없이 영업수입의 31퍼센트를 기준으로 하여 공급가액을 산정해야 한다는 의견을 표명함으로써 2008. 9. 19 00공단에게 유지보수비를 기준으로 지급하였던 금액과의 차액인 000백만 원과 그에 대한 부가가치세 00백만 원을 합한 000백만 원을 지급하였다. 만약 원고가 처음부터 2008년도 1기분 부가가치세를 유지보수비 기준이 아니라 영업수입의 31퍼센트 기준으로 산정하였다면 매입세액으로 공제받을 수 있는 금액이 증가함으로써 2008년도 납부할 부가가치세가 감소하였을 것임에도 원고는 이하에서 보는 바와 같이 각 단계마다 과세관청의 의견을 따라 00공단에게 차액을 추가지급하거나 그에 따른 부가가치세 신고를 하였다.

5) 피고는 원고가 2008년도 1기분 부가가치세는 공급가액을 유지보수비 기준으로 산정하여 신고한 반면, 2008년도 2기분 부가가치세는 공급가액을 예정영업수입의 31퍼센트를 기준으로 신고하는 등 신고내용이 일관되지 않으므로 가산세 부과를 다투는 원고의 주장은 이유 없다는 취지의 주장도 한다.

살피건대, 이 사건 처분은 피고가 2012. 2. 8. 원고에게 2012. 1. 16.자 조세심판원 결정을 근거로 "2008년도 1기분" 부가가치세 신고와 관련하여 공급가액을 영업수익의31퍼센트를 기준으로 보아야 한다는 취지로 부가가치세 수정신고를 할 것을 안내하는 공문을 발송하고, 이에 따라 원고가 2012. 3. 19. 2008년도 1기분 부가가치세에 대한 감액경정청구를 함과 동시에 2009년도 1기 예정신고분 부가가치세 증액 수정신고를 한 후 2009년도 1기 부가가치세 수정신고내용에 대한 감액경정을 구하는 청구를 피고가 거부한 것을 그 내용으로 한다. 그러므로 이 사건 처분의 적법성 여부는 2008년도 1기분 부가가치세 신고내용과 관련이 있을 뿐 2008년도 2기분 부가가치세 신고내용과는 직접적인 관련이 없다. 더욱이 원고가 2008년도 2기분 부가가치세 신고와 관련하여 예정영업수입의 31퍼센트를 공급가액의 기준으로 한 것은 아래에서 살펴보는 바와 같이 00지방국세청장의 권고에 의한 것이었으므로 원고의 2008년도 1기분과 2기분 부가가치세신고 공급가액 기준이 상이한 점에 대하여 원고에게 정당한 사유가 인정될 뿐 원고를 탓할 사정은 존재하지 않는다.

6) 2008년도 1기분 부가가치세 신고와 관련하여 00공단이유지보수비 상당액을 해당 과세기간 동안의 이 사건 용역의 대가로 보아 이를 공급가액으로 하는 세금계산서를 원고에게 발급한 사실, 이후 00지방국세청장이 00공단에 대하여 2008년도 1기분 공급가액은 유지보수비가 아닌 영업수입의 31퍼센트를 기준으로 하는 것이 타당하다는 의견을 밝힘에 따라 00공단이 2008. 9. 영업수입의 31퍼센트를 기준으로 하여 신고누락된 2008년도 1기분 공급가액을 수정신고하면서 원고에게도 수정증액된 공급가액에 부가가치세를 포함한 금액을 추가로 지급해 달라고 청구한 사실, 이와 동시에 00공단은 위와 같은 00지방국세청장의 수정신고 안내 내용이 타당한지에 대해 00청장에게 서면으로 질의한 사실, 이에 대한 00청장의 회신이 있었고 그 내용에 대해 00공단은 이 사건 용역의 공급가액을 유지보수비 상당액으로 산정해야 한다는 취지로 해석하였으며, 그러한 해석을 전제로 피고에게 2008년도 1기분 용역의 공급가액을 유지보수비 상당액을 기준으로 감축하여 달라는 내용의 감액경정청구를 하여 그대로 감액경정처분이 이루어진 사실은 앞서 본 바와 같다. 원고는 00공단에 대하여 영업수입의 31퍼센트를 기준으로 한 2008년도 1기분 00사용료를 추가로 지급하였으나, 이와 관련하여 종래 유지보수비를 기준으로 하여 신고된 매입세액을 영업수익의 31퍼센트를 기준으로 증액해 달라는 취지의 매입세액 경정청구는 하지 않았기 때문에, 원고로서는 00청장의 회신 후에 이루어진 00공단에 대한 감액경정처분 이후에도 재차 경정청구를 할 필요는 없는 상황이었다(당초 원고가 신고한 2008년도 1기분 부가가치세 매입세액은 이미 유지보수비를 기준으로 산정되어 있었고, 2008. 9. 19. 00공단에게 공급가액 차액 000백만 원을 추가지급하고도 그와 관련한 매입세액에 대한 경정청구를 하지 않았기 때문이다).

7) 00공단은 2008. 9. 30. 2008년도 2기분 부가가치세와 관련하여 00지방국세청장의 견해에 따라 영업수입의 31퍼센트를 기준으로 하여 원고에게 이 사건 용역에 대한 사용료를 청구하고 세금계산서를 발급하였으며, 이에 따라 원고는 위와 같이 발급받은 세금계산서를 토대로 매입세액을 공제하여 부가가치세 신고를 마쳤다(00공단과 원고가 2008년도 2기분 부가가치세 신고를 할 시점에는 영업수익의 31퍼센트를 기준으로 공급가액을 산정해야 한다는 00지방국세청장의 의견만 있었을 뿐 2008. 11. 28.자 00청장의 회신은 아직 없었다). 즉 원고는 00공단이 원고에게 발행한 세금계산서에 2008년도 2기분 0000 사용료가 영업수입의 31퍼센트를 기준으로 계산되어 있었기에 해당금액을 지급하고 이를 부가가치세 매입세액으로 신고한 것이므로, 이로 인하여 결과적으로 이 사건 00사용계약 공급가액이 2008년 1기분의 경우에는 유지보수비를 기준으로 산정되고, 2008년도 2기분의 경우에는 영업수입의 31퍼센트를 기준으로 산정되는 차이가 발생하였다고 할지라도 이는 원고가 각 시점에 제시된 공급가액 산정기준에 관한 과세관청의 의견(혹은 그 의견에 대한 피고의 해석)을 따른 것으로서 위에서 살펴본 각 분기별 부가가치세 신고 경위를 살펴볼 때 그러한 차이가 발생할 점에 관하여 원고를 탓할 수 없는 정당한 이유가 있다.

8) 한편 피고는 이 사건 처분의 근거로 2012. 1. 16.자 조세심판원 결정(갑 제5호증)내용을 들고 있다. 그런데 위 결정의 핵심쟁점은 원고의 2008년도 2기분 부가가치세중 원고가 00공단으로부터 2008. 9. 30. 발급받은 세금계산서 중 발급받을 당시 받은대가를 초과하는 부분이 공급시기 전에 발행된 사실과 다른 세금계산서로서 매입세액에서 공제되어서는 안 되는지 여부에 관한 것인데, 조세심판원은 이를 판단함에 있어이 사건 용역의 공급시기와 관련하여 구 부가가치세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령제22043호로 개정되기 전의 것) 제22조 제2호(완성도기준지급・중간지급・장기할부 또는

기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때)를 적용해야 하는지, 아니면 용역제공완료 당시 공급가액이 확정되지 않는 용역으로서 제22조 제3호(역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때)에 해당하는지를 검토하였다. 조세심판원은 이 사건 00사용계약의 해석상 영업수입 31퍼센트 기준에 따를 경우 실제 2008년도 정산 후 총영업수익의 31퍼센트에 해당하는 금액인 182,161백만 원 가운데 2009. 2. 17. 정산된 금액은 불과 1,457백만 원으로서 전체 금액 대비 0.8%에 불과하므로, 이 사건 용역은 용역제공완료 당시 사실상 공급가액이 거의 확정되는 것으로 보아 구 부가가치세법 시행령 제22조 제2호에 따라 원고가 00공단으로부터 세금계산서를 발급받은 2008. 9. 30.이이 사건 용역의 공급시기가 되므로 위 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 볼 수 없다고 판단하였다. 한편 피고는 위와 같은 조세심판원의 결정 취지를 이 사건 용역에 따른 각 공급시기별 공급가액을 영업수익의 31퍼센트로 보아야 한다는 것으로 해석하면서 그러한 판단에 기초하여 직권으로 피고에게 2008년도 1기분 부가가치세 본세 일부를 환급해 주었고, 2009년도 1기 예정분 부가가치세와 관련하여서는 2008년도 1기분에서 환급된 만큼 부가가치세를 증액하고 이에 관한 가산세 29억 원 상당을 부과하였다.

그러나 위 조세심판원 결정은 이 사건 용역의 공급시기를 언제로 확정할지와 관련하여 원고가 발급받은 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서인지 여부를 쟁점으로 하는 것일 뿐 피고의 해석처럼 이 사건 용역의 공급가액이 어떠한 경우에도 영업수익의 31퍼센트를 기준으로 산정되어야 한다는 취지라고 단정할 수 없으므로, 위와 같은 해석에 기초한 피고의 가산세 부과처분이 가산세 부과의 요건을 갖추었다고 보기도 어렵다.

9) 또한 가산세 감면요건인 '정당한 사유'란 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 할 만한 사정이 있을 때, 즉 납세의무자에게 책임을 물을 만한 기대가 능성이 없을 경우 인정되고, 구체적으로는 가산세 제도의 취지를 중심으로 제반사정을 고려하여 이익형량적 관점에서 개별적인 판단을 해야 할 것이다. 원고와 00공단 사이에 체결된 이 사건 00사용계약에 따르면 이 사건 용역의 사용료는 구간 영업수입의 31퍼센트를 기준으로 산정하게 되어 있고, 정확한 영업수입 액수는 2008. 12. 31.까지의 모든 비용이 정산되어야 확정될 수 있는데, 이 사건 00사용계약에서는 이 사건 용역의 공급자인 00공단 역시 원고에게 이 사건 00유지보수 계약에 따른 고속00 유지보수비를 지급해야 하는 점을 고려하여 필요한 경우 00 등 사용료를 00공단이 원고에게 지급해야 하는 고속00 유지보수비와 상계처리할 수 있도록 규정하고 있다(이 사건 00사용계약 제9조). 이에 따라 2008년도 1기분의 이 사건 용역 공급가액을 무엇을 기준으로 산정하고 그 공급시기는 언제로 보아야 하는지 등에 대하여 계약당사자 뿐만 아니라 00지방국세청장, 00청장, 조세심판원 등 각 과세관청이 상이한 의견을 표명하였던 점, 결과적으로 피고 역시 00청장의 회신내용을 00공단과 동일하게 이 사건 용역의 공급가액을 유지보수비 상당액으로 보아야 한다는 전제 하에 00공단의 감액경정청구를 받아들였던 점 등 이 사건 처분시까지 진행되어 온 위와 같은 일련의 상황을 종합하여 볼 때, 원고가 공급자인 00공단과 동일하게 2008년도 1기분에 해당하는 이 사건 용역의 공급가액을 00 유지보수비 상당액으로 부가가치세를 신고한 것에 대하여, 원고에게 가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유가 인정된다고 할 것이다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.