1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 지방공기업법 및 『서울특별시도시철도공사 설립 및 운영에 관한 조례』에 따라 설립되어 면세사업인 여객운송업과 과세사업인 임대사업, 광고사업 등을 영위하고 있는 법인이다.

나. 원고는 2006년 2기부터 2011년 1기까지 과세사업과 직접 관련이 있는 매입세액과 사업과 관련이 없는 매입세액을 제외한 모든 매입세액을 면세사업과 과세사업의 공통매입세액으로 안분하여 부가가치세를 신고납부하였다.

(단위 : 원) 구분 매입세액 구분 매입세액 전동차량 제작비 2,607,066,024 역사물품 구입비 92,582,497 전동차량 전력비 15,353,663,738 역사시설 교체비 2,320,493,144 전동차량 정비비 5,001,547,311 역사시설 유지보수비 2,223,193,706 전동차량 부품구입비 2,360,973,247 선로설비 유지보수비 1,557,320,196 전동차량 유지보수비 820,919,855 승차권 관련 3,824,788,532 전동차량기지 유지관리비 967,245,683 안내판 관련 295,179,176 합 계 37,434,974,109

다. 피고는 ‘원고가 공통매입세액으로 안분하여 계산한 매입세액 중 전동차량 부품구입비, 선로설비 유지보수비 등 34,227,901,202원(이하 ’이 사건 매입세액‘이라고 한다)은 면세사업과 직접 관련이 있는 매입세액에 해당함에도 공통매입세액으로 안분하여 부가가치세를 신고납부하였다’는 이유로 2011. 10. 4. 원고에 대하여 아래 표와 같이 부가가치세 및 가산세 합계 3,713,071,200원을 경정고지하였다.

(단위 : 원) 구분 부가가치세 가산세 합계 2006년 2기분 240,968,353 147,930,346 388,898,690 원 단위 절사, 이하 같다.

2007년 1기분 144,746,474 81,000,047 225,746,520 2007년 2기분 189,780,313 95,725,146 285,505,450 2008년 1기분 188,014,053 84,568,763 272,582,810 2008년 2기분 299,041,476 118,001,749 417,043,220 2009년 1기분 353,659,417 120,349,227 474,008,640...