서울행정법원 2013구합55789(2014.05.16)

법인세법 시행규칙 제46조의2 제1항 제5호에서 건설에 착공한 주체는 그 토지의 소유자로 한정된다고 보기 어려움

지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 토지'에서 건설에 착공한 주체는 그 토지의 소유자로 한정된다고 보기 어려움

법인세법 시행규칙 제46조의2 제1항 제5호

2014누54389 법인세부과처분취소

주식회사 AAA홀딩스

강남세무서장

국승

2015.03.05

2015.03.26

1. 제1심 판결을 취소한다.

2. 피고가 20XX. X. X. 원고에게 한 20XX 사업연도 법인세 ○,○○○,○○○,○○○원의 부과처분을 취소한다.

3. 소송 총비용은 피고가 부담한다.

1. 처분의 경위

이 부분에 관하여 이 법원이 설시할 이유는 제1심 판결의 이유 중 해당 부분(제2쪽 제3행부터 제7쪽 제10행까지, '1. 처분의 경위' 부분) 기재와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 피고는 이 사건 대지가 신탁등기일인 20XX. 1. 31. 이전되었음을 전제로 이 사건 처분을 하였다. 그러나 원고는 소유권이전등기일인 20XX. 4. 3. 이전에는 계속하여 이 사건 대지에 관한 관리 수익권을 행사하였고, 원고 명의로 건축허가가 이루어졌으며, 부동산처분신탁계약은 매수인의 매매대금 조달 편의를 위해 체결하였던 것으로서 세법상 신탁계약에 의한 등기는 양도로 보지 않고 있는 점 등을 고려하면, 이 사건 대지의 양도일은 구 법인세법 시행령(2008. 4. 3. 대통령령 제20763호로 개정되기 전의 것. 이하 같다) 제68조 제1항 제3호에서 정한 소유권이전등기일인 20XX. 4. 3.이므로 이를 기준으로 판단하여야 한다.

(2) 피고는 이 사건 대지에서 실제로 건설공사에 착공한 날은 20XX. 7. 14.이라고 주장하나, 실제 착공일은 20XX. 3. 13.이다.

(3) 구 법인세법 시행규칙(2009. 3. 30. 기획재정부령 제66호로 개정되기 전의 것.이하 같다) 제46조의2 제1항 제5호에서 비사업용 토지에서 제외하는 경우로 들고 있는 '지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 토지'에 있어서, 건설공사 착공을 하는 주체는 토지의 소유자로 한정되지 않는데도, 비사업용 토지로 보지 않기 위해서는 토지의 소유자가 착공하여야만 하는 것을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 인정사실

이 부분에 관하여 이 법원이 설시할 이유는 다음과 같이 추가하는 외에는 제1심 판결의 이유 중 해당 부분(제9쪽 제11행부터 제11쪽 제10행까지, '2. 다. 인정사실' 부분)기재와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

<추가하는 부분>

○ 제1심 판결 제11쪽 제8행 이하에 다음의 내용을 추가한다.

(3) 착공시기를 알 수 있는 사정

(가) 원고와 건설공사 도급계약을 체결한 BB기업 주식회사(이하 'BB기업'이라고 한다)는 20XX. 3. 11.부터 이 사건 대지에서 현장부지 정리작업 등을 개시하였고, 20XX. 3. 30.에는 진입로 타설, 20XX. 4. 1.에는 천공장비 작업, 20XX. 4. 2. 및 4. 3.에는 토사반출, SIDE FILE 이음작업, 가이드빔 설치 등의 공사를 진행하였다.

(나) 이 사건 대지의 매수인인 CCCC피에프브이 주식회사는 신문사와의 인터뷰에서 기공식 개최 이전에 20XX. 3.부터 이 사건 대지에서 토목공사가 진행중이었다는 점, 이 사건 대지 위에 '○○○○○○'를 건설하기 위하여 20XX. 3.경 착공에 들어갔다는 점, 20XX. 3. 터파기공사에 들어갔다는 점 등을 밝히고 있다.

(다) 시공사인 BB기업은 20XX. 3.경 △△구청에 비산먼지 등 발생사업 신고를 하였는데 20XX. 3. 10.부터 20XX. 12. 31.까지를 비산먼지 집중발생시기로 적시하고, 이 사건 대지 주변에 6m 높이의 방진벽을 설치하였다.

(라) 이 사건 대지에 도심형 디지털 ○○○○○○를 건설하는 것과 관련하여 20XX. 7. 14. 기공식이 열렸다.

○ 제1심 판결 제11쪽 제9행 "갑 21호증" 다음에 다음의 내용을 추가한다.

갑 31호증 내지 갑 35호증, 을 8호증

라. 판단

(1) 이 사건 대지의 양도일이 언제인지 여부

(가) 지방세법 제29조 제1항 제1호는 취득세는 취득세 과세물건을 취득하는 때에 그 납세의무가 성립한다고 규정하고, 제105조 제2항은 부동산의 취득에 있어서는 민법 등 관계 법령의 규정에 의한 등기 등을 이행하지 아니한 경우라도 사실상으로 취득한 때에는 취득한 것으로 본다고 규정하고 있으며, 여기에서 사실상의 취득이라 함은 일반적으로 등기와 같은 소유권 취득의 형식적 요건을 갖추지는 못하였으나 대금의 지급과 같은 소유권 취득의 실질적 요건을 갖춘 경우를 말하는데, 매매의 경우에 있어서는 사회통념상 대금의 거의 전부가 지급되었다고 볼 만한 정도의 대금지급이 이행되었음을 뜻한다고 보아야 하고, 이와 같이 대금의 거의 전부가 지급되었다고 볼 수 있는지 여부는 개별적・구체적 사안에 따라 미지급 잔금의 액수와 그것이 전체 대금에서 차지하는 비율, 미지급 잔금이 남게 된 경위 등 제반 사정을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다(대법원 2010. 10. 14. 선고 2008두8147 판결 참조). 이 사건 처분은 원고가 이 사건 대지를 매도하고 양도차익을 얻었음을 전제로 하므로 위와 같은 법리는 이 사건에도 그대로 적용될 수 있다.

(나) 앞서 인정한 사실에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정에 위 법리를 종합하여 보면, 이 사건 대지의 양도일은 20XX. 4. 3.로 봄이 상당하다.

① 이 사건 대지에 관한 관리: 원고는 20XX. 3.경까지 주식회사 □□□과 시스템경비계약을 체결하여 외부인의 출입통제 등 경비활동을 하도록 하고, 20XX. 3. 31.까지의 전화사용요금을 납부한 점, 오○○과 양○○는 "20XX. 3. 말경까지 이 사건 대지에 관한 현장관리를 하다가 매수인 측 직원에게 현장출입문 열쇠를 인계하였다."고 진술하고 있는 점 등을 고려할 때, 원고는 20XX. 3. 말경까지 이 사건 대지에 관한 관리를 하고 있었던 것으로 보인다.

② 부동산처분신탁계약(을종처분신탁)의 성격: 부동산처분신탁은 부동산의 처분을 목적으로 수탁자에게 소유권을 이전하고 수탁자가 그 부동산을 처분하여 수익자에게 정산하여 주는 신탁이다. 즉, 대형・고가의 부동산으로서 매수자가 제한되어 있는 부동산, 권리관계가 복잡하여 처분방법이나 절차에 어려움이 있는 부동산, 잔금 정산까지 장기간이 소요되어 소유권관리에 안전을 요하는 부동산 등을 전문성과 공신력을 갖춘 수탁자에게 그 처분을 목적으로 소유권을 이전하고 수탁자로 하여금 그 부동산을 처분하게 하는 신탁이다. 부동산처분신탁 역시 수탁자가 신탁부동산의 물건관리행위의 전부를 하다가 처분하는 '갑종처분신탁'과 신탁부동산의 명의관리만을 하다가 처분하는 '을종처분신탁'으로 나누어진다. 이 사건 부동산처분신탁계약은 원고가 계속하여 관리수익을 하고, 그 명의관리만 수탁자가 시행하는 을종처분신탁인 점, 특약사항 제6조에 매매대금 완납 시 CC 또는 DDDDD이 지정하는 제3자에게 소유권이전 서류를 교부하도록 되어 있고, 제13조 제1항에 원고는 잔금완납 이전까지 수익권자인 DDDDD보다 선순위로 수익권을 가지도록 규정하고 있는 점, 매수인은 부동산처분신탁계약을 이용하여 △△△종합금융으로부터 중도금을 조달하거나 잔금지급확약서를 발급받아 원고에게 교부한 점, 특약사항 제9조(신탁부동산의 처분)는 매매대금 완납을 조건으로 하고 있는 점, 특약사항 제10조의 규정(제세공과금의 부담)은 매수인의 잔금지금 지연으로 인한 20XX. 1. 31.자 재약정으로 인한 비용부담 주체를 정한 것으로 볼 수 있는 점, 세법상 신탁계약에 의한 양도는 양도로 보고 있지 아니하고 있는 점 등을 고려할 때, 이 사건 부동산처분신탁계약에 의하여 △△△△신탁에게 이 사건 대지에 관한 소유권이전등기가 경료되었다고 하더라도, 원고는 이 사건 대지에 관한 사용 수익권을 행사하고 있었다고 봄이 상당하다.

③ 매매잔금의 존재: 이 사건 대지에 관한 총 매매대금은 ○○○억 원이고, 잔금은 ○억 원이므로, 잔금은 전체 매매대금 중 약 3.28% 정도이다. 잔금 ○억 원은 비록 전체 매매대금에서 차지하는 비중은 그리 크지 않으나 객관적으로 매우 큰 금액이므로 잔금 ○억 원이 지급되지 않았다면 사회통념상 대금의 거의 전부가 지급되었다고 볼 만한 정도의 대금지급이 이행되었다고 보기는 어렵다. 위 잔금 ○억 원은 20XX. 4. 3. 지급되었다.

④ 건축허가 등의 명의: 원고는 20XX. 1. 31. 싸이와 매매계약을 체결하면서 매매계약서 제5조 제2항에 이 사건 대지에 관한 인허가 서류 및 착공신고서를 원고 명의로 하기로 하였다. 이는 통상 잔금을 지급하기 전이라도 인허가나 착공 등 건축행위를 할 수 있도록 매수인에게 편의를 제공하는 한편, 매매잔금 지급을 담보하기 위해 건축허가 등 명의를 원고 앞으로 한 것으로 보이므로(만일 매수인이 매매잔금을 지급하지 아니하고 타에 건축허가 등 명의를 변경하여 준다면, 원고에게 손해가 발생할 가능성이 높다), 원고는 매매잔금을 받기 전까지 이 사건 대지를 계속 관리하겠다는 의사를 명백히 한 것으로 볼 수 있다.

(2) 이 사건 대지에서의 착공일이 언제인지 여부

앞서 인정한 사실에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정 즉, 원고는 20XX. 3. 13. △△구청에 착공신고서를 제출한 점, BB기업은 20XX. 3. 11.경부터 20XX. 4. 3. 까지 사이에 이 사건 대지에서 현장부지 정지작업, 진입로 타설, 토사반출, SIDE FILE 이음작업, 가이드빔 설치 등의 공사를 진행하였으며 △△구청에 20XX. 3. 11.자로 비산먼지 등 발생사업 신고를 한 점, 여러 신문기사에서도 이 사건 대지에서 20XX. 3. 경부터 토목공사나 터파기공사가 진행된 것으로 보도된 점 등에 비추어 보면, 늦어도 20XX. 4. 3. 이전에 이 사건 대지에서 건설공사 착공이 있었다고 보아야 할 것이다. 설령 위와 같은 사정만으로 이 사건 대지에서의 건설공사 착공일이 언제인지 불분명하다고 하더라도, 구 법인세법 시행규칙 제46조의2 제1항 제5호에 의하면, 착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 하도록 규정되어 있고, 원고가 착공신고서를 제출한 날은 20XX. 3. 13.이므로 이 사건 대지의 소유권이전등기일인 20XX. 4. 3. 이전에 이 사건 대지에서 착공이 있었다고 추정된다(피고는 20XX. 7. 14. 기공식이 열린 것을 근거로 이 사건 대지에서 실제 건설공사 착공이 있었던 날은 20XX. 7. 14.이라고 주장하나, 여러 신문기사에서 그 이전에 실제 토목공사나 터파기공사 등이 있었다고 보도된 점, 기공식이 반드시 착공일에 맞추어 열리는 것은 아니라고 할 수 있는 점 등에 비추어 보면, 기공식이 열렸다는 이유만으로 20XX. 7. 14. 이 사건 대지에서 실제 건설공사 착공이 있었다고 단정하기 어렵다).

(3) 착공의 주체가 소유자로 한정되는지 여부

(가) 조세나 부담금에 관한 법률의 해석에 관하여, 그 부과요건이거나 감면요건을 막론하고 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다(대법원 2007. 10. 26. 선고 2007두9884 판결 등 참조).

(나) 다음과 같은 사정에 위 법리를 종합하여 보면, 구 법인세법 시행규칙 제46조의2 제1항 제5호의 '지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 토지'에서 건설에 착공한 주체는 그 토지의 소유자로 한정된다고 보기 어렵다.

① 구 법인세법 시행규칙 제46조의2 제1항 제5호에는 '건설에 착공하는 주체'에 관하여 명확하게 규정되어 있지 않다. 따라서 위 규정을 해석함에 있어서 확장해석하거나 유추해석하여 '건설에 착공하는 주체'를 그 토지의 소유자로 한정해서 해석하기 위해서는 합리적인 이유가 있어야 할 것이나, 위와 같이 해석할 합리적인 이유를 찾기 어렵다.

② 구 법인세법(2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것) 제55조의2의 '토지등 양도소득에 대한 법인세 과세제도'는 2001. 12. 31. 종전의 특별부가세제도가 폐지되면서 신설된 제도로서, 법인이 일정한 토지 및 건물을 양도하는 경우 각 사업연도소득에 관한 법인세 외에 추가로 법인세를 과세하는 제도이다. 당초 부동산 가격이 급등하는 특정지역에 적용되었다가, 이후 다주택 소유의 경우로 확대되었고, 비사업용 토지 양도에 관하여는 2005. 12. 31. 법 개정을 통하여 신설되어 2007. 1. 1. 최초로 양도하는 분부터 적용하게 되었다.

비사업용 토지를 양도하여 얻은 양도차익에 관하여 별도의 법인세를 부과하는 제도의 입법 취지는 '토지를 생산적인 용도로 사용하지 않고 재산증식의 수단으로 이용하는 것을 방지하기 위함'에 있다. 따라서 어느 토지를 양도한 경우에 그 토지가 '생산적인 용도로 사용되고 있는 경우'에는 예외 규정을 두어 비사업용 토지가 아님을 전제로 과세를 하지 않는 것으로 보아야 한다. 즉, 어느 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 경우에는 그 착공의 주체가 그 토지의 소유자인지 관계없이 그 토지가 '생산적인 용도로 사용되고 있는 경우'에 해당하는 것으로 보아 비사업용의 예외로 볼 수 있다고 할 것이다.

③ 과세관청 역시 구 법인세법 시행규칙 제46조의2 제1항 제5호를 적용함에 있어서 그 착공 주체를 소유자로 한정하지 않았다. 즉, 기획재정부는 위 구 법인세법 시행규칙과 동일한 구 소득세법 시행규칙(2008. 4. 29. 부령 제15호로 개정되기 전의 것) 제83조의5 제1항 제5호의 해석과 관련하여 "개인이 2006년에 나대지를 취득한 후 A법인에게 사업용 건물을 신축할 수 있도록 사용승낙하였고 현재 공사 착공 후 건설중에 있는 토지를 A법인에게 양도하는 경우 구 소득세법 시행규칙 제83조의5 제1항 제5호의 규정이 적용되는지에 관하여, 지상 건축물이 없는 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위해 건설에 착공한 토지는 그 착공 주체에 관계없이 비사업용 토지의 예외적인 기간기준을 적용함"이라고 회신을 하였다. 그리고 원고가 당초 피고에게 이 사건 대지를 비사업용 토지로 보아 20XX 사업연도 법인세 ○,○○○,○○○,○○○원을 신고 납부한 이후, 피고에게 "20XX. 3. 13. 도심형 ○○○○신축공사를 착공하였고 20XX. 4. 3.에 이 사건 대지를 양도하였으므로 이 사건 토지는 사업용이다."라는 취지로 법인세 경정청구를 하자, 피고는 원고가 위와 같이 납부하였던 법인세 ○,○○○,○○○,○○○원을 원고에게 환급하여 주었다.

④ 구 법인세법에서 비사업용 토지의 예외를 규정하면서 '해당 토지를 소유하고 있는 자'라는 요건이 필요한 경우에는 이를 명시적으로 규정하고 있다. 즉, 구 법인세법 제55조의2 제2항은 '비사업용 토지'의 범위를 규정하면서 제4호 다목으로 '법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지'의 범위를 시행령에 위임하고 있는데, 이에 따라 구 법인세법 시행령 제92조의8 제1항 제2호 다목에서는 사업용으로 보는 주차용 토지로서 '주차장운영업을 주업으로 하는 법인이 소유하고, 「주차장법」에 따른 노외주차장으로 사용하는 토지로서 토지의 가액에 대한 1년간의 수입금액의 비율이 기획재정부령이 정하는 율 이상인 토지'를 규정함으로써, 사업용의 요건으로서 주차장운영업을 주업으로 하는 법인이 소유하고 있을 것을 명문으로 규정하고 있다. 따라서 위와 같은 명문의 규정이 없는 경우에는 반대해석상 사업용 토지로 인정하기 위한 조건으로 합리적인 이유 없이 '해당 사업자가 그 토지를 소유하고 있을 것'과 같은 주체에 관한 요건을 부가할 수는 없다고 할 것이다.

⑤ 감사원에서 피고에게 원고에 대한 법인세 부과처분을 요구하는 과정에서도 그 사유는 "CC가 이 사건 대지를 신탁등기일에 사용 수익하였고, 원고가 이 사건 토지를 3년 미만 보유하고 양도하였으므로 이 사건 대지가 비사업용 토지에 해당한다."는 것이었을 뿐, 이 사건 대지에 건설공사 착공을 한 주체가 이 사건 대지의 소유자가 아니라는 것은 포함되어 있지 않았다.

(4) 소결론

따라서 원고가 이 사건 대지를 취득한 날은 20XX. 10. 19.이고, 이를 양도한 날은 20XX. 4. 3.이며, 양도 이전에 건설공사 착공이 이루어진 상태에서 처분하였으므로 구 법인세법 시행규칙 제46조의2 제1항 제5호에 의하여 이 사건 토지의 취득일부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간 동안 비사업용 토지에 해당하지 않는다고 할 것이므로, 비사업용 토지임을 전제로 구 법인세법 제55조의2에 의하여 법인세를 부과할 수는 없다고 할 것이다.

3. 결론

그렇다면, 이 사건 법인세 부과처분은 위법하여 취소하여야 할 것인데, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 이를 취소하고, 이 사건 법인세 부과처분을 취소하기로 하여 주문과 같이 판결한다.