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주문
1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.
이유
1. 처분의 경위
가. 원고는 본점을 서울 강남구 B빌딩 4층으로 하고, 사업목적을 인테리어 및 건축 설계업 등으로 하여 2011. 4. 20. 설립된 회사이다.
나. 원고의 이 사건 토지 취득 및 취득세 등 신고납부 1) 원고는 2014. 6. 7. C으로부터 수원시 영통구 D 대 251.4㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다
)를 매매대금 5억 2,500만 원에 매수하였고, 2014. 6. 20. 이 사건 토지에 관해 원고 명의의 소유권이전등기를 마쳤다. 2) 원고는 2014. 6. 20. 피고에게 이 사건 토지의 취득에 관해 과세표준을 5억 2,535만 원(= 매매대금 5억 2,500만 원 법무사 수수료 35만 원)으로 하여 산정한 ① 취득세 42,028,000원(= 525,350,000원 × 0.08), ② 지방교육세 6,304,200원(= 525,350,000원 × 0.02 × 0.2 × 3), ③ 농어촌특별세 1,050,700원(= 525,350,000원 × 0.02 × 0.1), 합계 49,382,900원을 신고(이하 ‘제1 취득세 등 신고’라 한다)하였고, 그 무렵 위 세금을 납부하였다.
다. 원고의 이 사건 건물 취득 및 취득세 등 신고납부 1) 원고는 2014. 10. 24. 이 사건 토지상의 건물 신축에 관한 건축허가를 받았고, 2014. 11. 6. E 주식회사에 위 건물 신축공사를 공사대금 6억 3,000만 원(부가가치세 별도)에 도급하였다. 2) 원고는 이 사건 토지상의 철근콘크리트구조 경사지붕 4층 단독주택(다가구주택) 및 제2종근린생활시설 지1층 97.39㎡, 1층 101.11㎡, 2층 114.26㎡, 3층 114.26㎡, 4층 104.46㎡(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)가 완공된 후 2015. 6. 4. 사용승인을 받았고, 2015. 6. 19. 이 사건 건물에 관해 원고 명의의 소유권보존등기를 마쳤다.
3) 원고는 2015. 6. 18. 피고에게 이 사건 건물의 원시취득에 관해 과세표준을 645,747,094원으로 하여 산정한 ① 취득세 18,080,910원(= 645,747,094원 × 0.028, 십 원 미만 버림, 이하 같다
, ② 지방교육세 1,033...