지정지역 내의 부동산을 기준시가에 의하여 과세할 수 있는지

이 사건 토지는 지정지역을 지정한 날 전에만 취득하였을 뿐, 이 사건 토지의 사업인정고시일로 의제되는 날부터 소급하여 2년이 되는 날 이후에 취득하였다는 이유로 과세한 당초 처분은 정당함

소득세법시행령 제162조의 3 지정지역 기준 등

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 2006. 4. 28. 원고에 대하여 한 2005년 귀속 양도소득세에 관한 경정거부처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2003. 10. 8. ○○시 ○○동 376-9 답 2,048㎡ 중 10분의 3 지분인 614.4㎡(이하 '이 사건 토지'라고 한다)를 취득하여 보유하고 있었는데, 경기도지사는 2004. 10. 11. 이 사건 토지를 포함한 ○○시 ○○동 475 일대 125,805㎡에 대한 주택법 제 16조에 의한 대지조성사업계획을 승인하고 같은 날 그 지정의 고시를 하였으며, 원고는 2005. 5. 30. 이사건 토지를 위 대지조성사업계획으로 시행자인 대한주택공사에 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」(이하 '토지보상법'이라 한다)에 의하여 협의 양도 하였다.

나. 한편, 재정경제부장관은 이 사건 토지가 위치하고 있는 오산시를 204. 5. 29. 구 소득세법(205. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제96조 제1항 단서 및 그 제6호의2, 제97조 제1항 제1호 (가)목 단서에 의하여 양도가액 및 취득가액이 실지거래가액에 의하여 계산되는 구 소득세법 제96조 제1항 제6호의2 소정의 지정지역(이하 '지정지역'이라 한다)으로 지정하였다.

다. 원고는 2005. 7. 31. 이 사건 토지의 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 계산하고 이를 기초로 양도차익을 산정하여 양도소득과세표준예정신고를 하고 그 세액 43,787,484원을 납부하였다.

라. 원고는 이 사건 토지를 취득한 날인 2003. 10. 8.이 개정경제부장관이 이 사건 토지 등을 지정지역으로 지정한 날 이전이므로, 이 사건 토지는 구 조세특례제한법(2005. 12. 31. 법률 제7839호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제85조 소정의 지정지역 내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례에 해당하여 이 사건 토지의 양도가액 및 취득가액은 기준시가에 의하여 계산하여야 한다고 주장하면서, 2006. 2. 28. 피고에게 위와 같이 납부한 2005년도 귀속 양도소득세 43,787,484원을 국세기본법 제45조의 2에 따라 기준시가로 계산한 양도소득세를 15,484,511원으로 하는 과세표준 및 세액 경정 청구를 하였으나, 피고는 2006. 4. 28. 경정청구를 거부하는 이 사건 처분을 하였다.

마. 원고가 2006. 7. 28. 이의신청을 거쳐 2006. 12. 4. 심사청구를 제기하였으나, 2007. 2. 13. 국세청장으로부터 기각결정을 받았다.

[인정 근거] 갑 제1호증 내지 갑 제4호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 토지의 취득일은 2003. 10. 8.로서 사업계힉 승인일인 2004. 10. 11. 이전이고, 투기지역으로 지정된 날인 2004. 5. 29. 이전이기도 하므로, 기준시가를 기준으로 이 사건 토지의 양도차익을 산정하여야 함에도 피고가 사업계획 승인일, 사업인정고시일로부터 소급하여 2년이 되는 날과 투기지역 지정일 중 가장 빠른 날 전에 취득하여만 기존시가의 적용이 가능하다고 보고 이 사건 처분을 한 것은 위법하다.

나. 관계 법령

○ 소득세법 제94조(양도소득의 범위) (2005.12.31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것)

① 양도소득은 당해 연도에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지(지적법에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

○ 소득세법 제96조(양도가액)

① 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 "실지거래가액"이라 한다)에 의한다.

6의2. 당해지역의 부동산가격상승률이 전국소비자물가상승률보다 높은 지역으로서 전국부동산가격상승률등을 감안하여 당해 지역의 부동산가격이 급등하였거나 급등할 우려가 있어 재정경제부장관이 대통령령이 정하는 기준 및 방법에 따라 지정하는 지역에 소재하는 부동산중 대통령령이 정하는 부동산에 해당하는 경우

○ 소득세법 제97조(양도소득의 필요경비계산)

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

가. 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가. 다만, 당해 자산이 제96조 제1항 각 호의 1에 해당하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다.

○ 소득세법 시행령 제162조의 3(지정지역 기준 등)(2005. 5. 31. 대통령 령 제18850호로 개정되기 전의 것)

①법 제96조 w1항 제6호의2에서 "대통령령이 정하는 기준 및 방법에 따라 지정하는 지역"이라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 지역 중 건설교통부장관이 전국의 부동산가격동향 및 당해 지역특성 등을 감안하여 해당 지역의 부동산가격 상승이 지속될 가능성이 있거나 다른 지역으로 확산될 우려가 있다고 판단되어 지정요청(관계중앙행정기관의 장이 건설교통부장관을 경유하여 요청하는 경우를 포함한다)하는 경우로서 재정경제부장관이 제162조의4의 규정에 의한 부동산가격안정심의위원회의 심의를 거쳐 지정하는 지역(이하 "지정지역"이라 한다)을 말한다. 이 경우 건설교통부장관이 다음 각 호의 1에 해당하나 지정요청하지 아니한 지역에 대하여는 재정경제부장관이 건설교통부장관으로부터 그 사유를 받아 이를 부동산가격안정심의위원회에 회부하여 심의를 받아야 한다.(이하 생략)

○ 조세특례제한법 제85조(지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례)(2005. 12. 31. 법률 제7839호로 개정되기 전의 것)

거주자가 소득세법 제96조 제1항 제6호의2의 규정에 의한 지정지역 내의 부동산을 다음 각 호의 1에서 규정하고 있는 날(관계 행정기관의 장이 관보 또는 공보에 고시한 날을 말하며, 그 고시한 날이 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이내인 경우에는 사업인정고시일부터 소급하여 2년이 되는 날, 그 고시한 날이 소득세법 제96조 제1항 제6호의2의 규정에 의한 지정지역 지정 후 도래하는 경우에는 지정지역을 지정한 날을 말한다) 전에 취득하여 2006년 12월 31일 이전에 공익사업을 위한 토지등의 취득및 보상에 관한법률 또는 그 밖의 법률에 의하여 당해 사업시행자에게 양도(수용되는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)하는 경우에는 소득세법 제96조 제1항 제6호의2 및 동법 제97조 제1항 제1호 가목 단서의 규정에 불구하고 동법의 규정에 의한 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있다.(단서 생략)

1. 택지개발촉진법 제3조의 규정에 의하여 택지개발예정지구를 지정한 날

2. 산업입지및개발에관한법률 제7조의3의 규정에 의하여 산업단지 등을 지정한 날

3.지역균형개발및지방중소기업육성에관한법률 제4조의 규정에 의하여 광역개발권역을 지정한 날

4. 주한미군(대한민국과미합중국간의상호방위조약에 의하여 대한민국에 주둔하는 미합중국 군대를 말한다)의 기지이전과 관련하여 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률 제15조의 규정에 의하여 보상계획을 공고한 날

5. 제1호 내지 제4호외의 법률에 의하여 양도하는 부동산의 경우에는 당해 법률에 의하여 부동산이 속한 사업지역에 대한 예정지구·지역, 개발권역지정, 보상계획공고 그 밖에 이와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 날

○ 조세특례제한법 시행령 제79조의 2(지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례)(2007. 2. 28. 대통령령 제19888호로 삭제되기 전의 것)

①법 제85조 제5호에서 "그 밖에 이와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 날"이라 함은 별표 7의 기준시가 과세기준일을 말하며, 기준시가 과세기준일이 없는 경우에는 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」의 규정에 의하여 보상계획을 공고한 날을 말한다.

[별표 7] 기준시가 과세기준일(제79조의2 관련)

15. 「주택법」제16조의 규정에 의하여 사업계획을 승인한 날

○ 주택법 제16조(사업계획의 승인)

①대통령령이 정하는 호수 이상의 주택건설사업을 시행하고자 하는 자 또는 대통령령이 정하는 면적 이사의 대지조성사업을 시행하고자 하는 자는 사업게획승인신청서에 주택과 부대시설 및 복리시설의 배치도. 대지조성공사설계도서 등 대통령령이 정하는 서류를 첨부하여 시·도지사(국가·대한주택공사 및 한국토지공사가 시행하는 경우와 대통령령이 정하는 경우에는 건설교통부장관을 말한다. 이하 이 조 및 제17조에서 같다)에게 제출하고 그 사업계획승인을 얻어야 한다. 다만, 주택외의 시설과 주택을 동일건축물로 건축하는 경우 등 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

○ 주택법 제18조(토지에의 출입 등)

①국가·지방자치단체·대한주택공사·한국토지공사 및 지방공사인 사업주체가 사업계획의 작성을 위한 조사 또는 측량을 하고자 하는 경우와 국민주택사업을 시행하기 위하여 필요한 경우에는 타인의 토지에 출입하거나 특별한 용도로 이용되지 아니하고 있는 타인의 토지를 재료적치장 또는 임시도로로서 일시사용 할 수 있으며, 특히 필요한 때에는 죽목·토석 그 밖의 장애물을 변경하거나 제거할 수 있다.

②제1항의 규정에 의한 사업주채가 국민주택을 건설하거나 국민주택을 건설하기 위한 대지를 조성하는 경우에는 토지나 토지에 정착한 물건 및 그 토지나 물건에 관한 소유권외의 권리(이하 "토지등"이라 한다)를 수용 또는 사용할 수 있다.

○ 주택법 제27조(「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」의 준용)

①제18조 제2항의 규정에 의하여 토지 등을 수용 또는 사용하는 경우에는 이 법에 규정한 것을 제외하고는 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」을 준용한다.

②제1항의 규정에 의하여 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」을 준용하는 경우에는 제16조의 규정에 의한 사업계획승인을 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」제20조 제1항의 규정에 의한 사업인정으로 본다. 다만, 재결신청은 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제23조 제1항 및 제28조 제1항의 규정에 불구하고 사업계획승인을 얻은 주택건설사업기간 이내에 할 수 있다.

다. 판단

구 조세특례제한법 제85조는 거주자가 지정지역 내의 부동산을 다음 각 호의 1에서 규정하고 있는 날(관계 행정기관의 장이 관보 또는 공보에 고시한 날을 말하며, 그 고시한 날이 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이내인 경우에는 사업인정고시일부터 소급하여 2년이 되는 날, 그 고시한 날이 소득세법 제96조 제1항 제6호의2의 규정에 의한 지정지역 지정 후 도래하는 경우에는 지정지역을 지정한 날을 말한다)전에 취득하여 2006. 12. 31. 이전에 토지보상법 또는 그 밖의 법률에 의하여 당해 사업시행자에게 양도(수용되는 경우를 포함한다)하는 경우에는 구 소득세법 제96조 제1항 제6호의2 및 제97조 제1항 제1호 (가)목 단서의 규정에 불구하고 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있다고 규정하며, 그 제1 내지 4호에서 택지개발촉진법 제3조의 규정에 의하여 택지개발예정지구를 지정한 날 등을, 그 제5호에서는 제1호 내지 제4호 외의 법률에 의하여 양도하는 부동산의 경우에는 당해 법률에 의하여 부동산이 속한 사업지역에 대한 예정지구·지역, 개발권역 지정, 보상계획공고 그 밖에 이와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 날을 규정하고, 그 위임을 받은 구 조세특례제한법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19888호로 삭제되기 전의 것) 제79조의2 제1항은 구 조세특례제한법 제85조 제5호에서 "그 밖에 이와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 날"이라 함은 [별표 7]의 기준시가 과세기준일을 말한다고 규정하며, 구 조세특례제한법 시행령 제79조의2 관련 [별표 7] 기준시가 과세기준일 제15호는 주택법 제16조의 규정에 의하여 사업계획을 승인한 날을 규정하고, 주택법 제27조 제1항에서는 같은 법 제18조 제2항의 규정에 의하여 토지 등을 수용 또는 사용하는 경우에는 이 법에 규정한 것을 제외하고는 토지보상법을 준용하도록 하고, 같은 조 제2항에서는 제1항의 규정에 의하여 토지보상법을 준용하는 경우에는 같은 법 제16조의 규정에 의한 사업계획승인을 토지보상법 제20조 제1항의 규정에 의한 사업인정으로 본다고 규정한다.

따라서 구 조세특례제한법 제85조가 위와 같이 법문상 '그 고시한 날이 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이내인 경우에는 사업인정고시일부터 소급하여 2년이 되는 날'과 '그 고시한 날이 지정지역 지정 후 도래하는 경우에는 지정지역을 지정한 날'을 병렬적으로 규정하고 있으나 구 조세특례제한법 제85조의 입법취지가 지정지역 내 부동산이라도 공익목적을 위하여 양도하거나 수용되는 경우 부동산 소유자의 의사와 관계없이 소유권이 이전되는 것이라는 점을 고려하여 실지거래가액 대신 기준시가로 과세함으로써 납세자의 세 부담을 완화함과 동시에 공익사업을 원활한 시행을 도모하고, 나아가 통상 사업인정고시일부터 2년 전이라면 현지조사 등을 통하여 사업이 시행될 개연성이 드러나 사업이 시행될 경우의 상당한 개발이익을 노리는 투기수요가 발생할 개연성이 높고, 지정지역 지정 후의 부동산 취득에는 사실상 투기목적이 많다는 점을 고려하여 그와 같은 경우에는 원래의 원칙대로 실지거래가액에 의하여 과세함으로써 그 투기소지를 차단하기 위한 것이라는 점을 고려하면, 구 조세특례제한법 제85조 소정의 양도소득세 과세특례에 해당하기 위하여는 '사업게획을 승인·고시한 날', '사업계획을 승인·고시한 날이 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이내인 경우 사업인정고시일부터 소급하여 2년이 되는 날', '사업계획을 승인·고시한 날이 지정지역 지정 후에 도래한 경우 지정지역을 지정한 날' 등 위 세 개의 날 전에 거주자가 지정지역 내의 부동산을 취득하여야 한다고 해석함이 상당하고, 위 법문의 규정 형식에 의하더라도 구 조세특례제한법 제85조에서 위 세 개의 날을 괄호 안에 모두 포함시키고 괄호 밖에서 그 날 전에 취득한 경우 과세특례에 해당한다고 규정하고 있으므로, 그 입법취지를 고려한 위와 같은 해석이 과세요건 명확주의 원칙이나 조세법의 엄격해석 원칙 등에 반하여 위법하다고 판단되지는 아니한다.

따라서 원고가 이 사건 토지를 지정지역을 지정한 날 전에만 취득하였을 뿐, 이 사건 토지의 사업인정고시일로 의제되는 2004. 10. 11.부터 소급하여 2년이 되는 날인 2002. 10. 11. 이후인 2003. 10. 8. 취득하였다는 이유로, 이 사건 토지의 양도가 구 조세특례제한법 제85조 소정의 양도소득세 과세특례에 해당하지 않는다고 본 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.