지정지역내 부동산에 대한 양도소득세 과세특례 적용여부

원고는 이 사건 토지를 지정지역 지정한 날 전에만 취득하였고, 사업인정고시일로 의제되는 2004.11.25.부터 소급하여 2년이 되는 날 이후인 2003.4.11.취득하였으므로 양도소득세 과세특례에 해당하지 아니함.

조세특례제한법 제85조 지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 과세특례

1.원고의 청구를 기각한다.

2.소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2006.07.31. 원고에 대하여 한 2005년 귀속 양도소득세에 관한 경정거부처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2003.04.11. ○○ ○○구 ○○동 ○○ 답 1,319㎡(이하 '이 사건 토지'라고 한다)를 취득하여 보유하고 있었는데,○○○○시장은 2004.11.15. 이 사건 토지를 포함한 ○○ ○○구 ○○동 ○○일대 515,116㎡를 유통단지개발촉진법에 의한

○○○○○유통단지로 지정하고, 2004.11.25. 그 지정의 고시를 하였으며, 원고는 2005.05.11. 이 사건 토지를 위 유통단지개발사업의 시행자인 ○○○○○공사에 ⌜공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률⌟ (이하 '토지보상법'이라 한다)에 의하여 협의 양도하였다.

나. 한편, 재정경제부장관은 이 사건 토지가 위치하고 있는 ○○○○시○○구(주택외)를 2004.02.26. 구 소득세법(2005.12.31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제96조 제1항 단서 및 그 제6호의 2, 제97조 제1항 제1호 (가)목 단서에 의하여 양도가액 및 취득가액이 실지거래가액에 의하여 계산되는 구 소득세법 제96조 제1항 제6호의2 소정의 지정지역(이하 '지정지역'이라 한다)으로 지정하였다.

다. 원고는 2005.08.01. 이 사건 토지의 양도가액 및 취득가액을 기준시가로 계산하고 이를 기초로 양도차익을 산정하여 양도소득과세표준예정신고를 하고 그 세액 69,973,020원을 납부하였다.

라. 그런데, 피고가 이 사건 토지가 지정지역에 해당되므로, 그 양도차익은 실지거래가액에 의한 산정방법으로 계산되어야 한다고 하자, 원고는 이를 받아들여 2005.12.20. 양도소득세를 수정신고하고, 양도소득세 23.261.350원을 추가 납부하였다.

마. 원고는 다시, 원고가 이 사건 토지를 취득한 날인 2003.04.11.이 재정경제부장관이 이 사건 토지 등을 지정지역으로 지정한 날 이전이므로, 이 사건 토지는 구 조세특례제한법(2005.12.31. 법률 제7839호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제85조 소정의 지정지역 내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례에 해당하여 이 사건 토지의 양도가액 및 취득가액은 기준시가에 의하여 계산하여야 한다고 주장하면서, 2006.05.30. 피고에게 위와 같이 납부한 2005년도 귀속 양도소득세 93,234,380원 중 23,261,350원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

바. 피고는 이에 대하여 국세기본법 제45조의2 제3항에 규정된 기한인 2월 이내에 경정청구에 대한 결정의 통지를 하지 아니함으로써 사실상 경정을 거부하는 이 사건 처분을 하였다.

사. 원고가 이에 불복하여 2006.10.02. 심판청구를 하였으나,2006.12.13. 기각결정을 받았다.

[인정 근거]갑 제1호증 내지 갑 제6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법성

가. 원고의 주장

이 사건 토지의 취득일은 2003.04.11.로서 유통단지 지정일인 2004.11.25. 이전이고, 투기지역으로 지정된 날 이전이기도 하므로, 기준시가를 기준으로 이 사건 토지의 양도차익을 산정하여야 함에도 피고가 유통단지 지정일, 사업인정고시일로부터 소급하여 2년이 되는 날과 투기지역 지정일 중 가장 빠른날 전에 취득하여야만 기존시가의 적용이 가능하다고 보고 이 사건 처분을 한 것은 위법하다.

나. 관계 법령

소득세법(2005.12.31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것)

○ 소득세법 제94조 양도소득의 범위

①양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

1. 토지(「지적법」에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

○ 소득세법 제96조 양도가액

①제94조제1항 각 호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 "실지거래가액"이라 한다)에 의한다.

6의2. 당해지역의 부동산가격상승류리 전국소비물가상승률보다 높은 지역으로서 전국부동산가격상승률등을 감안하여 당해 지역의 부동산가격이 급등하였거나 급등할 우려가 있어 재정경제부장관이 대통령령이 정하는 기준 및 방법에 따라 지정하는 지역에 소재하는 부동산중 대통령령이 정하는 부동산에 해당하는 경우

○ 소득세법 제97조 양도소득의 필요경비계산

①거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

가. 제94조제1항 제1호및 제2호의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가 다만, 당해 자산이 제96조 제1항 각 호의1에 해당하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다.

소득세법 시행령(2005.05.31. 대통령령 제18850호로 개정되기 전의 것)

○ 소득세법시행령 제162조의3 지정지역 기준 등

①법 제96조 제1항 제6호의2에서 "대통령령이 정하는 기준 및 방법에 따라 지정하는 지역"이라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 지역 중 건설교통부장관이 전국의 부동산가격동향 및 당해 지역특성 등을 감안하여 해당 지역의 부동산가격 상승이 지속될 가능성이 있거나 다른 지역으로 확산될 우려가 있다고 판단되어 지정요청(관계중앙행정기관의 장이 건설교통부장관을 경유하여 요청하는 경우를 포함한다)하는 경우로서 재정경제부장관이 제162조의4의 규정에 의한 부동산가격안정심의위원회의 심의를 거쳐 지정하는 지역(이하 "지정지역"이라 한다)을 말한다. 이 경우 건설교통부장관이 다음 각 호의 1에 해당하나 지정요청하지 아니한 지역에 대하여는 재정경제부장관이 건설교통부장관으로부터 그 사유를 받아 이를 부동산가격안정심의위원회에 회부하여 심의를 받아야 한다.(이하생략)

조세특례제한법(2005.12.31. 법률 제7839호로 개정되기 전의 것)

○ 조세특례제한법 제85조 지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례거주자가 소득세법 제96조 제1항 제6호의2의 규정에 의한 지정지역 내의 부동산을 다음 각 호의 1에서 규정하고 있는 날(관계 행정기관의 장이 관보 또는 공보에 고시한 날을 말하며,그 고시한 날이 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이내인 경우에는 사업인정고시일부터 소급하여 2년이 되는 날, 그 고시한 날이 소득세법 제96조 제1항 제6호의2의 규정에 의한 지정지역 지정 후 도래하는 경우에는 지정지역을 지정한 날을 말한다) 전에 취득하여 2006년 12월 31일 이전에 공익사업을 위한토지등의 취득및 보상에 관한법률 또는 그 밖의 법률에 의하여 당해 사업시행자에게 양도(수용되는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)하는 경우에는 소득세법 제96조 제1항 제6호의2 및 동법 제97조 제1항 제1호 가목 단서의 규정에 불구하고 동법의 규정에 의한 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의 할 수 있다.(단서 생략)

1.택지개발촉진법 제3조의 규정에 의하여 택지개발예정지구를 지정한 날

2.산업입지및개발에 관한법률 제7조의3의 규정에 의하여 산업단지 등을 지정한 날

3.지역균형개발및지방중소기업육성에관한법률 제4조의 규정에 의하여 광역개발권역을 지정한 날

4.주한미군(대한민국과미합중국간의상호방위조약에 의하여 대한민국에 주둔하는 미합중국 군대를 말한다)의 기지이전과 관련하여 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률 제15조의 규정에 의하여 보상계획을 공고한 날

5.제1호 내지 제4호외의 법률에 의하여 양도하는 부동산의 경우에는 당해 법률에 의하여 부동산이 속한 사업지역에 대한 예정지구지역,개발권역 지정, 보상계획공고 그 밖에 이와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 날

조세특례제한법 시행령(2007.02.28.대통령령 제19888호로 삭제되기 전의 것)

○ 조세특례제한법시행령 제79조의2 지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례

①법 제85조 제5호에서 "그 밖에 이와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 날"이라 함은 별표 7의 기준시가 과세기준일을 말하며,기준시가 과세기준일이 없는 경우에는 ⌜공익사업을 위한 토지 등의 취득및 보상에 관한 법률⌟의 규정에 의하여 보상계획을 공고한 날을 말한다.

[별표 7] 기준시가 과세기준일 (제79조의2 관련)

8.⌜유통단지개발촉진법⌟제6조의 규정에 의하여 유통단지를 지정한 날

○ 유통단지개발촉진법 제6조 유통단지지정의 고시 등

①유통단지지정권자는 제5조의 규정에 의하여 유통단지를 지정하거나 지정내용을 변경한 때에는 대통령령이 정하는 사항을 관보 또는 시·도의 공보에 고시하고, 관계서류의 사본을 관할 시장·군수 또는 구청장(자치구의 구청장을 말한다.이하 같다)에게 송부하여야 한다.

○ 유통단지개발촉진법 제15조 토지 등의 수용

②제1항의 규정을 적용함에 있어서 제6조 제1항의 규정에 의한 유통단지의 지정의 고시가 있은 때(제5조제4항 본문 단서의 규정에 의하여 시행자와 수용·사용할 토지 등의 세목을 유통단지의 지정 후에 유통단지개발계획에 포함시키는 경우에는 그 고시가 있은 때를 말한다)에는 공익사업을 위한 토지등의 취득및 보상에 관한 법률 제20조 제1항 및 동법 제22조의 규정에 의한 사업인정 및 그 고시가 있은 것으로 본다.

다. 판단

구 조세특례제한법 제85조는 거주자가 지정지역 내의 부동산을 다음 각 호의 1에서 규정하고 있는 날(관계 행정기관의 장이 관보 또는 공보에 고시한 날을 말하며, 그 고시한 날이 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이내인 경우에는 사업인정고시일부터 소급하여 2년이 되는 날, 그 고시한 날이 소득세법 제96조 제1항 제6호의2의 규정에 의한 지정지역 지정 후 도래하는 경우에는 지정지역을 지정한 날을 말한다)전에 취득하여 2006.12.31. 이전에 토지보상법 또는 그 밖의 법률에 의하여 당해 사업시행자에게 양도(수용되는 경우를 포함한다)하는 경우에는 구 소득세법 제96조 제1항 제6호의2 및 제97조 제1항 제1호 (가)목 단서의 규정에 불구하고 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있다고 규정하며, 그 제1 내지 4호에서 택지개발촉진법 제3조의 규정에 의하여 택지개발예정지구를 지정한 날 등을, 그 제5호에서는 제1호 내지 제4호 외의 법률에 의하여 양도하는 부동산의 경우에는 당해 법률에 의하여 부동산이 속한 사업지역에 대한 예정지구 · 지역, 개발권역 지정, 보상계획공고 그 밖에 이와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 날을 규정하고, 개발권역 지정, 보상계획공고 그 밖에 이와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 날을 규정하고, 그 위임을 받은 구 조세특례제한법 시행령(2007.02.28. 대통령령 제19888호로 삭제되기 전의 것) 제79조의2 제1항은 구 조세특례제한법 제85조 제5호에서 "그 밖에 이와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 날"이라 함은 [별표 7]의 기준시가 과세기준일을 말한다고 규정하며, 구 조세특례제한법 시행령 제79조의2 관련 [별표 7] 기준시가 과세기준일 제8호는 유통단지개발촉진법 제6조의 규정에 의하여 유통단지를 지정한 날을 규정하고, 유통단지개발촉진법 제15조 제2항은 유통단지지정의 고시가 있은 때에는 토지보상법 제20조 제1항 및 제22조의 규정에 의한 사업인정 및 그 고시가 있은 것으로 본다고 규정한다.

따라서 구 조세특례제한법 제85조가 위와 같이 법문상 '그 고시한 날이 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이내인 경우에는 사업인정고시일부터 소급하여 2년이 되는 날' 과 '그 고시한 날이 지정지역 지정 후 도래하는 경우에는 지정지역을 지정한 날'을 병렬적으로 규정하고 있으나 구 조세특례제한법 제85조의 입법취지가 지정지역 내 부동산이라도 공익목적을 위하여 양도하거나 수용되는 경우 부동산 소유자의 의사와 관계없이 소유권이 이전되는 것이라는 점을 고려하여 실지거래가액 대신 기준시가로 과세함으로써 납세자의 세부담을 완화함과 동시에 공익사업의 원활한 시행을 도모함과 동시에, 통상 사업인정고시일부터 2년 전이라면 현지조사 등을 통하여 사업이 시행될 개연성이 드러나 사업이 시행될 경우의 상당한 개발이익을 노리는 투기수요가 발생할 개연성이 높고, 지정지역 지정 후의 부동산 취득에는 사실상 투기목적이 많다는 점을 고려하여 그와 같은 경우에는 원래의 원칙대로 실지거래가액에 의하여 과세함으로써 그 투기소지를 차단하기 위한 것이라는 점을 고려하면, 구 조세특례제한법 제85조 소정의 양도소득세 과세특례에 해당하기 위하여는 '유통단지를 지정 · 고시한 날','유통단지를 지정· 고시한 날이 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이내인 경우 사업인정고시일부터 소급하여 2년이 되는 날','유통단지를 지정 · 고시한 날이 지정지역 지정 후에 도래한 경우 지정지역을 지정한 날'등 위 세 개의 날 전에 거주자가 지정지역 내의 부동산을 취득하여야 한다고 해석함이 상당하고, 위 법문의 규정 형식에 의하더라도 구 조세특례제한법 제85조에서 위 세 개의 날을 괄호 안에 모두 포함시키고 괄호 밖에서 그 날전에 취득한 경우 과세특례에 해당한다고 규정하고 있으므로, 그 입법취지를 고려한 위와 같은 해석이 과세요건 명확주의 원칙이나 조세법의 엄격해석 원칙 등에 반하여 위법하다고 판단되지는 아니한다.

따라서 원고가 이 사건 토지를 지정지역을 지정한 날 전에만 취득하였을 뿐, 이 사건 토지의 사업인정고시일로 의제되는 2004.11.25.부터 소급하여 2년이 되는 날인 2002.11.25. 이후인 2003.04.11. 취득하였다는 이유로, 이 사건 토지의 양도가 구 조세특례제한법 제85조 소정의 양도소득세 과세특례에 해당하지 않는다고 본 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결 론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.