1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고와 주식회사 완도문화사랑의 지위 원고는 2003. 5. 20. 설립되어 매년 12. 31. 결산하는 건설업체로서, 2011. 12. 31. 및 2012. 12. 31. 기준으로 주식회사 완도문화사랑(이하 ‘완도문화사랑’이라 한다)의 주식 40%를 보유하고 있고, 2010사업연도 내지 2012사업연도의 원고 및 완도문화사랑의 각 매출액은 아래 표 기재와 같으며, 원고는 2012사업연도를 기준으로 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제2조에 따라 외부감사의 대상이다.

<매출액> 법인명 2010사업연도 2011사업연도 2012사업연도 원고 1,028억 원 881억 원 1,036억 원 완도문화사랑 5억 원 12억 원 11억 원

나. 원고의 2012사업연도 법인세 신고 한편, 원고는 2010사업연도 매출액이 처음으로 1,000억 원을 초과하여 구 조세특례제한법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22583호로 개정된 것으로서 2012. 2. 2. 대통령령 제23590호로 개정되기 전의 것) 제2조 제1항 단서에 따라 중소기업에 해당하지 않게 되었다.

그런데, 원고는 2012사업연도 법인세 신고를 하면서, 위 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 본문에 따라 중소기업 유예기간 중에 있음을 이유로 구 조세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법’이라 한다) 제7조, 제7조의2, 제10조에 따라 특별세액감면, 기업의 어음제도개선을 위한 세액공제, 연구인력개발비 세액공제를 적용한 세액을 신고하였다.

다. 피고의 법인세 부과처분 피고는 2013. 11. 15. 원고에 대하여 "원고는 2012사업연도 말 현재 외부감사 대상으로, 완도문화사랑 주식 30% 이상을 소유하면서 구 중소기업기본법 시행령(2013. 6. 28. 대통령령 제24638호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 중소기업기본법 시행령’이라 한다) 제2조...