1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2006. 11. 20. 해양플랜트 제조, 선박 시운전 및 관련 장비 제조업을 영위할 목적으로 설립된 내국법인이다.

원고는 B 주식회사, C 주식회사, D 주식회사(이하 통틀어 ‘관계기업’이라 한다)의 지분을 보유함으로써, 구 중소기업기본법 시행령(2014. 4. 14. 대통령령 제25302호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조 및 제3조의2에 따른 관계기업의 지위에 있다.

사업연도 구분 2012사업연도 2013사업연도 2014사업연도 원고 38,056,848,008 54,753,462,660 106,972,956,706 B(주) 835,136,322 4,786,585,928 4,543,205,069 C(주) 1,403,630,891 7,925,547,275 9,281,418,113 D(주) 1,355,386,000 2,217,286,000 2,543,602,000 계 41,651,001,221 69,682,881,863 123,341,181,888

나. 원고와 관계기업의 2012사업연도부터 2014사업연도의 매출액은 아래와 같다.

다. 원고는 2014사업연도 및 2015사업연도 법인세 신고시 “원고의 당해 사업연도 매출액이 구 조세특례제한법 시행령(2015. 2. 3. 대통령령 제26070호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조 제1항 단서에 규정된 중소기업 제외사유인 매출액 1천억 원을 초과하고 있기는 하나, 제2조 제2항에 따라 원고는 중소기업으로 보는 유예기간의 적용을 받게 되므로, 여전히 조세특례제한법에 따른 중소기업 세액공제 혜택을 받을 수 있다.”고 주장하면서, ① 조세특례제한법상 중소기업에 대한 특례규정에 따라 중소기업에 대한 특별세액감면 적용, ② 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제 적용, ③ 법인세법상 중소기업을 기준으로 한 접대비 한도금액 적용하여 법인세를 신고ㆍ납부하였다. 라.

피고는 2017. 7. 3. 원고에게 "중소기업기본법 시행령 제7조의4에 따라 산정한 원고와 관계기업 전체 매출액이 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 제3호에 따른...