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서울행정법원 2017.01.11 2016구합61969
양도소득세 부과처분 취소
주문

1. 피고가 2015. 11. 4. 원고에게 한 2010년 귀속 양도소득세 803,910,570원(가산세 포함), 2011년 귀속...

이유

1. 처분의 경위

가. 원고는 1986. 11. 22. B 소유이던 하남시 C 공장용지 8,020㎡(이하 ‘이 사건 공장용지’라 한다) 및 D 답 115㎡(이하 ‘이 사건 논’이라 한다)에 관하여 각각 ‘1986. 11. 22. 매매’를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤다.

나. B은 2003. 6. 24. 원고를 상대로 이 사건 공장용지에 관한 소유권이전등기 말소등기절차의 이행을 구하는 소를 제기하였고(수원지방법원 성남지원 2003가합2914), 위 소송의 항소심[서울고등법원 2004나88157(본소)2005나6909(반소)]에서 원고가 B에게 22억 5,000만 원을 지급함과 동시에 B이 원고에게 이 사건 공장용지 및 이 사건 논을 인도하기로 하는 등의 내용으로 조정(이하 ‘이 사건 조정’이라 한다)이 성립하였다.

원고는 2007. 11. 9. B에게 위 조정에 따른 22억 5,000만 원(이하 ‘이 사건 조정금’이라 한다)을 지급하였다.

다. 원고는 2010년부터 2011년까지 3회에 걸쳐 이 사건 공장용지에서 분필된 하남시 C 533㎡, E 1,181㎡, F 840㎡, G 53㎡, H 1,949㎡, I 704㎡, J 999㎡, K 849㎡ 및 이 사건 논(이하 통틀어 ‘이 사건 각 토지’라 한다)을 각각 한국토지주택공사에 ‘공공용지의 협의 취득’을 원인으로 양도하였다. 라.

원고는 이 사건 각 토지의 취득시기를 1986. 11. 22.로 하여 10년 이상 장기보유 특별공제율 30% 및 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 이하 '토지보상법'이라 한다

이 적용되는 공익사업에 필요한 토지를 그 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세액 감면을 적용하여 2010년 귀속 양도소득세 1,445,356,692원, 2011년 귀속 양도소득세 1,463,030,556원을 각각 신고납부하였다.

마. 피고는 원고의 이 사건 각 토지 취득일을 이 사건 조정금 지급일인 2007. 11. 9. 로 보아...

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