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기각
① 이 건 건축물을 「지방세특례제한법」 제45조에 따른 감면대상으로 볼 수 있는지 여부 ② 이 건 재산세 등의 부과처분은 비과세 관행 내지 신의칙에 어긋난다는 청구주장의 당부
조세심판원 조세심판 | 조심2019지2320 | 지방 | 2020-03-12
[청구번호]

조심 2019지2320 (2020.03.12)

[세 목]

재산

[결정유형]

기각

[결정요지]

① 이 건 건축물의 1층은 가상현실을 통한 항만터미널 체험 교육, 천장크레인 운전실습·시험, 3D 용접 시뮬레이터를 이용한 교육·실습 및 회의실 등으로 사용되고 있고, 2층은 물류운영 과정을 가상체험 방식으로 교육하는 SCM훈련관, 대회의실 및 임대 공간으로 사용되고 있으며, 3층은 임대 공간으로 사용되고 있고 이 중 임대 공간의 경우에는 그 목적이 벤처기업의 창업보육에 있다하더라도 임대료를 받고 이를 제3자에게 임대하고 있는 이상, 과학기술진흥을 직접적인 목적으로 하는 공간으로 인정하기는 어렵다 할 것이므로 재산세 면제대상에 해당하지 않는다고 판단됨.② 처분청이 이 건 재산세 등을 부과하기 전까지 이 건 건축물에 대하여 재산세를 면제하였다 하더라도 단지 재산세가 부과되지 아니하였다는 사정만으로 비과세 관행을 인정하기는 어렵다. 또한, 처분청이 청구법인을 과학기술진흥단체로 인정하거나 이 건 건축물을 재산세 면제대상으로 인정한다는 등의 의사를 대외적으로 표명하였다고 볼만한 사정이 나타나지 아니하므로 이 건 재산세 등이 신의성실의 원칙에 위배된다고 보기도 어렵다고 판단됨.

[주 문]

심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 처분청은 청구법인이 소유하고 있는 OOO 소재 건축물 4,106.18㎡(이하 “이 건 건축물”이라 한다)을 OOO가 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산으로 보아 「지방세특례제한법」 제45조(이하 “이 건 감면규정”이라 한다)에 따라 2014년∼2018년도분 재산세를 면제하였다가 청구법인이 OOO에 해당하지 않는다고 보아 2019.4.3. 재산세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 재산세 등”이라 한다)을 부과·고지하였다.

<표1> 이 건 재산세 등의 부과내역

나. 청구법인은 이에 불복하여 2019.6.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 처분청은 청구법인을 이 건 감면규정에서 정한 OOO로 볼 수 없다는 의견이다. 그러나 지방세관계법령에서 OOO에 대하여 명확히 정의하고 있지는 않지만 그 사전적 의미나 관련 조례 등에 따르면 과학기술진흥사업은 단순한 연구개발뿐만 아니라 개발기술의 사업화, 인력양성, 기업체 연구소의 연구개발지원 등을 포괄하는 개념으로 보아야 할 것이다. 먼저, 표준국어대사전에서는 과학기술이란 자연과학, 응용과학, 공학 따위를 실제로 적용하여 인간 생활에 유용하도록 가공하는 수단을 통틀어 이르는 말이라고 정의함으로써 그 범위가 학문 분야에 그치는 것이 아니라 실제 인간 생활에 영향을 미치는 부분까지 폭넓게 보고 있다. 또한, 「OOO 조례」에서는 과학기술진흥을 위한 사업을 열거하고 있는데, 여기에는 개발기술의 사업화 촉진, 과학기술 분야의 인력 양성 및 국내외 교류협력 증진, 기업체 연구소의 연구개발지원과 사업화 지원 등이 포함되어 있다. 이러한 내용을 종합하여 보면 과학기술진흥사업은 순수과학에 대한 연구를 지원하는 것에 국한되는 것이 아니라 사업성 있는 과학기술에 대한 연구개발을 지원하고 그렇게 개발된 기술을 실제로 사업화하는 데에 필요한 지원을 제공하는 부분까지도 포함된다 할 것이다.

(2) 아울러, 이 건 감면규정 및 관련 규정의 개정연혁을 보더라도 OOO가 순수과학 분야에 대한 진흥단체보다 그 범주가 넓다는 것을 알 수 있다. 「지방세특례제한법」 제정 전에는 「지방세법」(2010.3.31. 법률 제10220호로 전부개정되기 전의 것) 제288조 제2항에서 OOO에 대하여 재산세를 면제한다고 규정하고 있었는데, 「지방세특례제한법」 제정 당시 OOO를 OOO로 변경한 사유가 어디에도 나와 있지 않아서 그 둘의 범위가 서로 다른 것이라고 단정하기는 어렵다(처분청도 청구법인이 OOO에 포함된다는 점은 인정하는 것으로 보인다). 더욱이, 2017.12.26. 「지방세특례제한법」을 개정하면서 제45조의2에 OOO 등에 대한 감면규정을 신설하였고, 이 건 감면규정에는 제45조의2에 따른 단체는 제외한다는 단서 규정을 추가하였는바, 이 건 감면규정에서 기초과학 연구기관에 대한 감면을 다른 규정으로 이관하면서도 그 문언을 바꾸지 않았다는 점에서 이 건 감면규정은 기초 과학이나 관련 학문을 연구하는 단체보다 그 범주가 넓다는 것을 알 수 있다.

(3) 그렇다면 청구법인이 이러한 OOO에 포함되는 단체인지 살펴보아야 할 것인데, 청구법인의 정관·조직도 및 주요 실적에 비추어 청구법인은 첨단과학기술을 필수로 하는 산업을 지원하고 육성하는 업무를 수행하고 있는 OOO임을 확인할 수 있다. 먼저, 청구법인의 정관에 따르면, 청구법인은 OOO지역 산·학·연·관의 유기적인 협력체제를 구축하여 지역혁신사업간 연계 조성 등 지역혁신거점기관으로서 지역전략산업의 기술고도화와 기술집약적 기업의 창업을 촉진하고 지역경제활성화와 국가경제 발전에 기여함을 목적으로 설립되었고, 그 목적 사업으로 지역산업 혁신주체 간 연계 등 지역혁신거점 기능 수행, 지역 기술정책·산업정책 등 지역산업 기획업무 총괄, 지역산업 중장기 발전전략 수립, 지역 내 기술혁신역량 조사, 산업기술단지 조성·운영 및 관리·지원, 산·학·연 연계를 통한 공동기술개발 등을 수행한다고 되어있다. 아울러, 청구법인 내에 첨단부품소재 기술단, 스마트혁신 기술단, 헬스케어 기술단, 스마트혁신 기술단을 두어 첨단과학기술의 사업화를 추진하고 있으며, 2014년부터 2018년 사이에 진행된 사업내역을 보더라도 과학기술의 사업화를 촉진하기 위한 사업을 진행한 것으로 나타난다. 한편, 「과학기술인공제회법」 제1조는 이 법은 OOO를 설립하여 과학기술인에 대한 효율적인 공제제도를 확립함으로써 과학기술인의 생활안정과 복지증진을 도모하고 아울러 과학기술활동을 활성화하며 과학기술분야의 국가경쟁력 제고에 이바지함을 목적으로 한다고 규정하고 있고, 같은 법 제6조 제2항 제8호는 「민법」 또는 다른 법률에 따라 설립된 과학기술 분야 비영리법인의 임직원을 일반회원 중 하나로 규정하고 있으며, 청구법인의 임직원은 누구나 OOO에 가입할 수 있으므로 「OOO」상 청구법인은 과학기술활동을 수행하는 법인으로 인정된다 할 것이다.

(4) 따라서, 이 건 감면규정의 OOO는 기초과학이나 관련 학문의 연구를 진흥하는 단체로 국한되는 것이 아니라 과학기술의 사업화를 촉진하는 단체도 포함되는 것으로 보이고, 청구법인의 정관 및 사업내역 등을 보면 청구법인도 OOO에 해당한다 할 것이므로 처분청에서 이 건 재산세 등을 부과한 처분은 부당하다.

(5) 설령, 청구법인이 OOO에 해당하지 않는다 하더라도 이 건 재산세 등은 비과세 관행 존중의 원칙 또는 신뢰보호의 원칙에 위배된다. 처분청은 청구법인이 소유하고 있는 동삼단지에 대하여 준공 이후부터 약 10년간 이 건 감면규정을 적용해 오다가 이 건 재산세 등을 부과하였다. 이러한 처분 경위를 보면 처분청은 청구법인을 이 건 감면규정의 적용대상으로 보겠다는 묵시적인 의사를 표시한 것으로 볼 수 있다. 따라서, OOO의 범위에 대한 처분청의 의견이 타당하다 하더라도 이 건 재산세 등은 취소되는 것이 타당하다.

나. 처분청 의견

OOO는 과학기술, 산업기술, 건설기술, 건축기술, 농업기술, 환경기술 등도 포함되는 포괄적인 개념이고, OOO는 과학기술의 진흥과 관련된 단체로 한정되어 해석하여야 할 것이다. 청구법인의 정관 제2조 및 제4조를 살펴보면 과학기술진흥과 관련된 사업을 찾아볼 수 없고, 1999.12.18. 재단법인 설립 당시 과학기술부 장관으로부터 허가를 받아야 하는데 청구법인은 산업자원부 장관으로부터 법인 설립 허가를 받았다. 그리고 이 건 건축물은 OOO로 지칭되며, 그 1층에는 자동화터미널교육관·물류기술운영교육관·전산실·전산실습실로 사용되고 있고, 2층은 SCM(공급망관리)훈련관·천정크레인 강의실·입주기업공간으로 사용되며, 3층은 입주기업공간 용도로 사용되고 있다. 따라서, 이 건 건축물은 해양물류산업관련 용도의 건축물이지 과학기술진흥관련 용도라고 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 이 건 건축물을 「지방세특례제한법」 제45조에 따른 감면대상으로 볼 수 있는지 여부

② 이 건 재산세 등의 부과처분은 비과세 관행 내지 신의칙에 어긋난다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 자료에 따르면 아래와 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구법인은 1999.12.18. 「민법」 제32조에 의하여 산업자원부장관으로부터 설립허가를 받았고, 2000.12.15. 「산업기술단지지원에 관한 특례법」 제5조에 의하여 산업자원부장관으로부터 산업기술단지 사업시행자로 지정받았으며, 2001.5.4. 임대업, 연구개발용역 및 교육용역을 목적사업에 추가하여 수익사업을 시작하였고, 2018.12.31. 현재 정부, 지방자치단체 및 대학 등으로부터 약 OOO원을 출연받았다.

(나) 청구법인의 정관 제2조에는 청구법인은 OOO지역 산·학·연·관의 유기적인 협력체제를 구축하여 지역혁신사업간 연계 조정 등 지역혁신거점기관으로서 지역산업의 기술고도화와 기술집약적 기업의 창업을 촉진하고 지역경제 활성화와 국가경제발전에 기여함을 목적으로 한다고 되어 있고, 그 밖에 정관의 주요내용은 아래 <표1>과 같다.

<표1> 청구법인 정관의 주요내용

(다) 청구법인의 정관 및 홈페이지에 기재되어 있는 조직도 및 각 부서의 주요업무는 아래 <표2>와 같다.

<표2> 청구법인의 부서 구분 및 부서별 주요업무

(라) 청구법인이 제출한 이 건 건축물의 현황은 아래 <표3>와 같다.

<표3> 이 건 건축물의 층별 현황

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴보면, 이 건 감면규정은 OOO가 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를 면제한다고 규정하고 있는바, 이 건 건축물을 과학기술진흥업무에 직접 사용하는 것은 재산세 면제를 위한 필요조건이라 할 것이므로 청구법인이 OOO에 해당하는지 여부를 살펴보기에 앞서 이 건 건축물의 사용현황을 따져보아야 할 것이다. 청구법인 등에서 제출한 이 건 건축물의 사용현황을 종합해 보면, 이 건 건축물의 1층은 가상현실을 통한 항만터미널 체험 교육, 천장크레인 운전실습·시험, 3D 용접 시뮬레이터를 이용한 교육·실습 및 회의실 등으로 사용되고 있고, 2층은 물류운영 과정을 가상체험 방식으로 교육하는 SCM훈련관, 대회의실 및 임대 공간으로 사용되고 있으며, 3층은 임대 공간으로 사용되고 있다. 이 중 임대 공간의 경우에는 그 목적이 벤처기업의 창업보육에 있다하더라도 임대료를 받고 이를 제3자에게 임대하고 있는 이상, 과학기술진흥을 직접적인 목적으로 하는 공간으로 인정하기는 어렵다. 또한, 가상현실을 이용하여 천장크레인 조정법이나 용접기술을 교육하는 것은 특수장비에 대한 기능교육에 해당하므로 이러한 교육장도 과학기술진흥과 관련된 부동산으로 보기 어렵다. 아울러, 회의장이나 행정실은 임대 공간 및 교육장의 부수되는 시설로서 임대 공간 등과 그 성격을 달리 보기 어렵다 할 것이다. 따라서, 이 건 건축물은 과학기술진흥업무에 직접 사용되고 있다고 볼 수 없으므로 청구법인이 OOO인지 여부에 관계없이 이 건 감면규정에 따른 재산세 면제대상에 해당하지 않는다고 판단된다.

(나) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴보면, 청구법인은 이 건 재산세 등을 부과한 것은 비과세 관행이나 신의성실의 원칙에 위배된다고 주장하나, 처분청이 이 건 재산세 등을 부과하기 전까지 이 건 건축물에 대하여 재산세를 면제하였다 하더라도 단지 재산세가 부과되지 아니하였다는 사정만으로 비과세 관행을 인정하기는 어렵다. 또한, 처분청이 청구법인을 OOO로 인정하거나 이 건 건축물을 재산세 면제대상으로 인정한다는 등의 의사를 대외적으로 표명하였다고 볼만한 사정이 나타나지 아니하므로 이 건 재산세 등이 신의성실의 원칙에 위배된다고 보기도 어렵다. 따라서, 이 건 재산세 등을 부과한 처분이 비과세관행 등에 위배된다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제96조 제6항「국세기본법」 제81조제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령 등

제45조(학술연구단체 및 장학단체에 대한 감면) ① 대통령령으로 정하는 학술연구단체·장학단체·과학기술진흥단체가 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세( 「지방세법」 제112조에 따른 부과액을 포함한다) 및 「지방세법」 제146조 제2항에 따른 지역자원시설세(학술연구단체·장학단체의 경우에만 해당한다)를 각각 2019년 12월 31일까지 면제한다.

제45조(학술연구단체 및 장학단체에 대한 감면) ① 대통령령으로 정하는 학술연구단체ㆍ장학단체ㆍ과학기술진흥단체가 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세( 「지방세법」 제112조에 따른 부과액을 포함한다) 및 「지방세법」 제146조 제2항에 따른 지역자원시설세(학술연구단체ㆍ장학단체의 경우에만 해당한다)를 각각 2019년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 제45조의2에 따른 단체는 제외한다.

제45조의2(기초과학연구 지원을 위한 연구기관 등에 대한 면제) 「국제과학비즈니스벨트 조성 및 지원에 관한 특별법」에 따른 기초과학연구원과 「과학기술분야 정부출연연구기관 등의 설립ㆍ운영 및 육성에 관한 법률」에 따른 연구기관이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세( 「지방세법」 제112조에 따른 부과액을 포함한다)를 각각 2020년 12월 31일까지 면제한다.

제45조(학술단체 및 장학법인에 대한 감면) ① 대통령령으로 정하는 학술단체가 학술연구사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 학술연구사업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를 각각 2021년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 제45조의2에 따른 단체는 제외한다.

제22조(학술연구단체 등의 범위) 법 제45조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 학술연구단체ㆍ장학단체ㆍ과학기술진흥단체"란 정부로부터 허가 또는 인가를 받거나 「민법」 외의 법률에 따라 설립되거나 그 적용을 받는 학술연구단체ㆍ장학단체ㆍ과학기술진흥단체를 말한다. 다만, 「공공기관의 운영에 관한 법률」 제4조에 따른 공공기관은 행정안전부장관이 정하여 고시하는 경우로 한정한다.

제22조(학술단체의 정의 등) ① 법 제45조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 학술단체"란 「학술진흥법」 제2조 제1호에 따른 학술의 연구ㆍ발표활동 등을 목적으로 하는 법인 또는 단체로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인 또는 단체를 말한다. 다만, 해당 법인 또는 단체가 「공공기관의 운영에 관한 법률」 제4조에 따른 공공기관인 경우에는 행정안전부장관이 정하여 고시하는 법인 또는 단체로 한정한다.

2. 「민법」 제32조에 따라 설립된 비영리법인

3. 「민법」「상법」 외의 법령에 따라 설립된 법인

4. 「비영리민간단체 지원법」 제4조에 따라 등록된 비영리민간단체

(6) 부산광역시 과학기술진흥 조례

제1조(목적) 이 조례는 「과학기술기본법」 제4조 제2항에 따라 부산광역시 과학기술진흥 정책의 수립과 시행에 필요한 사항을 규정함으로써 과학기술혁신을 통하여 지역경제 활성화와 시민의 삶의 질 향상을 도모함을 목적으로 한다.

제2조(시의 책무) ② 시는 민간 주도의 과학기술진흥을 도모함으로써 민간의 창의와 참여를 촉진시켜 지역경제 활성화에 적극 노력하여야 한다.

제15조 ① 시장은 과학기술진흥을 위한 연구개발사업을 산학연 등과 협력하여 다음 각 호의 사업을 추진할 수 있다.

1. 과학기술기반 구축 및 기술개발, 개발기술의 사업화 촉진

2. 과학기술 분야의 인력 양성 및 국내외 교류협력 증진

3. 정부출연 연구기관과 해외 연구기관의 유치 및 지원

4. 기업체 연구소의 연구개발지원과 사업화 지원

5. 과학기술 정보 교류를 위한 학술행사 지원 및 연계 촉진

6. 과학기술을 기반으로 하는 사회문제 해결형 연구개발

7. 자연과학과 인문사회과학의 균형적 지원 및 발전

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