매출세액은 사업장별 부가가치세 과세의 원칙이 철저하게 준수되어져야 하나 매입세액은 부가가치세법 제17조 제1항 제1호 의 해석에 의해 일정한 경우, 즉 사업장을 신설하는 경우로서 사업자가 사업장을 이전하거나 규모를 확장하기 위하여 기존의 사업장 이외에 새로운 사업장을 건설하거나 취득하는 과정에서 새로운 사업장에 관련된 재화 또는 용역을 기존의 사업장 명의로 공급받거나 수입한 경우에 사업장별 부가가치세 과세의 원칙이 완화되어 적용되어져야 하고, 실제로 세무서에서도 국세청 예규에 따라 부동산임대업을 영위하는 사업자가 사업규모를 확장할 목적으로 기존사업장 이외 다른 장소에 있는 부동산을 매입하면서 기존사업장 명의로 세금계산서를 교부받은 경우 당해 세금계산서상의 매입세액을 부가가치세법 제17조 제1항 제1호 의 규정에 의하여 기존사업장에서 공제해 주고 있으므로, 과세관청은 기존사업장 매출세액에서 매입세액에서 매입세액에서 매입세액 118,800,000원을 공제하고 매출세액을 초과하는 부분은 원고에게 환급해 주어야 함에도 이를 부인하고 부가가치세 환급신청을 거부하고 부가가치세 환급신고를 한 사안에서, 원고는 매출세액은 사업장별 부가가치세 과세의 원칙이 철저하게 준수되어져야 하나 매입세액은 부가가치세법 제17조 제1항 제1호 의 해석에 의해 일정한 경우, 즉 사업장을 신설하는 경우로서 사업자가 사업장을 이전하거나 규모를 확장하기 위하여 기존의 사업장 이외에 새로운 사업장을 건설하거나 취득하는 과정에서 새로운 사업장에 관련된 재화 또는 용역을 기존의 사업장 명의로 공급받거나 수입한 경우에 사업장별 부가가치세 과세의 원칙이 완화되어 적용되어져야 하고, 실제로 세무서에서도 국세청 예규에 따라 부동산임대업을 영위하는 사업자가 사업규모를 확장할 목적으로 기존사업장 이외 다른 장소에 있는 부동산을 매입하면서 기존사업장 명의로 세금계산서를 교부받은 경우 당해 세금계산서상의 매입세액을 부가가치세법 제17조 제1항 제1호 의 규정에 의하여 기존사업장에서 공제해 주고 있으므로, 과세관청은 원고의 기존사업장 매출세액에서 매입세액에서 매입세액 118,800,000원을 공제하고 매출세액을 초과하는 부분은 원고에게 환급해 주어야 함에도 이를 부인하고 부가가치세 환급신청이 위법하다고 한 사례.

김석규(소송대리인 변호사 안병민외 1인)

영등포세무서장

2005.3.3.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고의 부담으로 한다.

피고가 2003. 12. 11.(이는 “2003. 12. 10.”의 오기임이 명백하다.) 원고에 대하여 한 2003년도 2기분 부가가치세 229,130원의 부과처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 서울 (상세주소 생략)에서 부동산임대업(사업자등록번호 : (생략), 이하 “원고의 기존사업장”이라 한다)을 영위하던 중, 소외 김도순, 김정예와 함께 동업으로 부동산임대업을 하기 위하여 2003. 8. 28. 소외 주식회사 소프트랜드(이하 “소외 회사”라 한다)로부터 서울 (상세지번 생략) 대 1,096㎡ 및 위 지상 5층 건물(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)을 공동으로 매수하면서 위 부동산 중 원고의 90/100 지분에 상당하는 매매대금을 소외 회사에 지급하고, 소외 회사로부터 위 부동산 중 건물(이하 “이 사건 건물”이라 한다)에 관한 원고의 90/100 지분에 상당하는 매매대금 1,188,000,000원을 공급가액으로 한 2003. 8. 28.자 매입세금계산서(이하 “이 사건 세금계산서”라 한다)를 교부받아, 2003. 10. 25. 원고의 기존사업장에 대한 2003년도 2기분 부가가치세를 신고함에 있어 위 세금계산서의 공급가액 1,188,000,000원의 10% 상당인 118,800,000원을 매입세액에 포함하여 위 2기분 부가가치세 118,573,244원의 환급 신고를 하였다.

나. 이에 피고는 새롭게 3인 동업으로 이 사건 부동산 소재지에서 부동산임대업을 영위하려고 하는 신규사업장이 원고의 기존사업장과는 서로 다른 별개의 사업장이므로 사업장별로 과세하도록 되어 있는 부가가치세법 제4조 , 같은 법 시행령 제4조 의 규정에 따라 부가가치세액의 산정에 있어 위 118,800,000원을 매입세액에서 제외하여 2003. 12. 10. 원고의 위 2기분 부가가치세 환급신청을 거부하고, 오히려 원고에 대하여 위 2기분 부가가치세 229,130원(매출세액 226,756원 + 가산세 2,380원, 원 미만은 버림)을 납부할 것을 고지하는 부과처분을 하였다.

【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 1, 2, 3, 5호증, 을 1호증의 각 기재, 변론의 전취지

2. 이 사건 처분의 적법성

가. 원고의 주장

원고는 매출세액은 사업장별 부가가치세 과세의 원칙이 철저하게 준수되어져야 하나 매입세액은 부가가치세법 제17조 제1항 제1호 의 해석에 의해 일정한 경우, 즉 사업장을 신설하는 경우로서 사업자가 사업장을 이전하거나 규모를 확장하기 위하여 기존의 사업장 이외에 새로운 사업장을 건설하거나 취득하는 과정에서 새로운 사업장에 관련된 재화 또는 용역을 기존의 사업장 명의로 공급받거나 수입한 경우에 사업장별 부가가치세 과세의 원칙이 완화되어 적용되어져야 하고, 실제로 세무서에서도 국세청 예규(부가 46015-1722, 1995. 9. 20. 이하 “이 사건 예규”라 한다)에 따라 부동산임대업을 영위하는 사업자가 사업규모를 확장할 목적으로 기존사업장 이외 다른 장소에 있는 부동산을 매입하면서 기존사업장 명의로 세금계산서를 교부받은 경우 당해 세금계산서상의 매입세액을 부가가치세법 제17조 제1항 제1호 의 규정에 의하여 기존사업장에서 공제해 주고 있으므로, 피고는 원고의 기존사업장 매출세액에서 매입세액 118,800,000원을 공제하고 매출세액을 초과하는 부분은 원고에게 환급해 주어야 함에도 이를 부인하고 이 사건 처분에 이르렀으므로, 위 처분은 위법하여 마땅히 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

제4조 (신고·납세지)

① 부가가치세는 사업장마다 신고·납부하여야 한다.

④ 제1항 의 사업장의 범위는 대통령령으로 정한다.

제5조 (등록)

① 신규로 사업을 개시하는 자는 사업장마다 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업개시일부터 20일이내에 사업장 관할세무서장에게 등록하여야 한다. 단서 생략.

제16조 (세금계산서)

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조 에 규정하는 시기에 다음 각 호의 사항을 기재한 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다.

2. 공급받는 자의 등록번호

제17조 (납부세액)

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1의2. 제16조 제1항 및 제3항 의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호 의 규정에 의한 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다

제4조 (사업장의 범위)

① 법 제4조 제1항 에 규정하는 사업장은 사업자 또는 그 사용인이 상시 주재하여 거래의 전부 또는 일부를 행하는 장소로 한다. 다만, 다음 각 호의 사업에 있어서는 당해 각 호에 규정하는 장소를 사업장으로 한다.

4. 부동산임대업에 있어서는 그 부동산의 등기부상의 소재지. 단서 생략.

다. 인정사실

(1) 원고는 원고의 기존사업장에서 단독 사업자로 부동산임대업을 영위하다가 새로운 사업장에서 부동산임대업을 공동으로 영위하기 위하여 소외 김도순, 김정예와 공동으로 이 사건 부동산을 그 중 원고가 90/100 지분을, 김도순, 김정예가 각 5/100 지분을 매입하기로 하고 2003. 8. 28. 소외 회사로부터 위 부동산을 합계 70억 원(토지대금 5,680,000,000원 + 건물대금 1,320,000,000원)에 매입하여 위 지분별로 소유권이전등기를 경료받았다.

(2) 원고는 2003. 8. 28. 소외 회사에 이 사건 건물의 매매대금 중 그 부담부분 90/100에 해당하는 1,188,000,000원과 그 부가가치세 118,800,000원을, 김도순과 김정예는 각 그 부담부분 5/100에 해당하는 66,000,000원과 그 부가가치세 6,600,000원을 각 지급하고, 소외 회사로부터 원고, 김도순, 김예순(이하 “원고 등”이라 한다)의 각 주민등록번호를 공급받는 자로 기재한 세금계산서를 각 교부받았다.

(3) 그런데, 원고는 2003. 9.경 소외 회사에 자신의 주민등록번호를 공급받는 자로 기재한 위 세금계산서를 반환하고 대신 원고의 또다른 공동사업장인 영화산업의 사업자등록번호 (생략)를 공급받는 자로 기재한 세금계산서를 교부받았고, 위 2기분 부가가치세 신고기한 직전에 다시 위 세금계산서를 반환하고 원고의 기존사업장을 공급받는 자로, 작성일을 2003. 8. 28.자로, 공급가액을 1,188,000,000원으로 각 기재한 이 사건 세금계산서를 교부받았다.

(4) 또한, 원고는 2003. 10. 1.경 이 사건 부동산의 소재지에 원고 등의 공동 사업자등록신청을 하였으나 이 사건 세금계산서에 기재된 작성일로부터 20일이 경과한 후에 사업자등록신청을 함으로써 신규사업장 명의로 위 공급가액 1,188,000,000원의 10%인 118,800,000원의 매입세액을 공제받을 수 없게 되자, 원고의 기존사업장 명의로 위 금원을 매입세액으로 공제받기 위하여 법정의 매출세액에 이르지 못하여 2003. 7. 1.자로 일반과세자에서 간이과세자로 과세유형이 전환된 원고의 기존사업장을 같은 해 10. 8.경 영등포세무서장에게 간이과세자에서 일반과세자로 환원하여 달라고 고충심사청구를 하여 같은 달 23.경 영등포세무서장으로부터 원고의 위와 같은 요청이 받아들여져 원고의 기존사업장이 간이과세자에서 일반과세자로 환원되었다.

(5) 이에 원고는 같은 달 25.경 기존사업장에 대한 2003년도 2기분 부가가치세를 신고하면서 위 118,800,000원을 매입세액에 포함하여 위 2기분 부가가치세 118,573,244원의 환급 신고를 하였다.

【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 1, 2, 3호증, 을 1호증, 을 2호증의 1 내지 13, 을 3호증의 1, 2, 3, 4의 각 기재, 변론의 전취지

라. 판단

부가가치세란 각 기업을 단위로 하여 이해관계자들이 나누어 가지는 부가가치를 과세하는 세금이므로 부가가치세의 납세의무자의 단위는 사실은 생산요소의 결합단위이고, 이른바 “회사”와 같은 인적 개념이라기보다는 특정한 장소로 결정되는 사업장 개념이다. 그러나 실정법을 운용함에 있어서 장소적 단위로서의 사업장을 납세의무자로 삼기는 곤란하여 부가가치세법은 사업자를 납세의무자로 삼되, 사업장마다 따로 사업자등록을 하도록 정하여 사업장을 실질적인 납세단위로 삼아 사업장마다 부가가치세를 신고·납부하도록 하여 세금을 따로 걷으므로( 부가가치세법 제4조 제1항 , 제5조 제1항 ), 원칙적으로 사업장 소재지가 납세지가 되나, 부동산임대업에 있어서는 그 부동산의 등기부상의 소재지가 사업장으로 간주되므로( 부가가치세법 시행령 제4조 제1항 제4호 ) 부동산 소재지가 사업장이 된다. 따라서 부가가치세법 제17조 제1항 제1호 에서 공제 가능한 매입세액으로 규정하고 있는 “자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액”은 동일한 사업장 내에서 그 사업장의 사업상 필요에 의하여 사용되었거나 사용될 재화 등의 공급에 대한 세액을 뜻하는 것으로 새기는 것이 타당하다.

살피건대, 원고의 기존사업장과 이 사건 건물의 소재지인 신규사업장은 별개의 사업장이므로 각 사업장 별로 따로 세금계산서를 교부하고 교부받아야 하는바, 이 사건 세금계산서는 신규사업장과 관련하여 공급받은 재화에 대하여 기존사업장의 등록번호를 기재하였으므로, 그 기재내용이 사실과 다른 경우에 해당하여 부가가치세법 제17조 제1항 1의2 에 의하여 매입세액 공제를 받을 수 없다.

이에 대하여 원고는 신규사업장은 기존사업장의 사업을 확장한 것이므로 이 사건 예규에 따라 이 사건 세금계산서로 매입세액을 공제받을 수 있다고 주장하나, 이 사건 예규는 사업장별 과세의 범위를 확대하여 사업자가 사업규모의 확장 또는 이전을 목적으로 신규사업장 소재 부동산을 구입하거나 신축하는 경우 예외적으로 기존사업장의 사업과 관련된 매출세액에서 공제가 가능하도록 하는 규정으로서 사업장을 이전하거나 확장하기 이전과 이후의 사업자가 동일할 경우에 한하여 부가가치세법의 규정에도 불구하고 그 매입세액을 공제하여 주겠다는 취지이므로 사업자가 변경될 경우에는 그 적용이 없다고 할 것인데, 원고가 단독으로 영위하는 기존사업장과 원고 등이 공동으로 영위하는 신규사업장은 그 사업자가 상이하여 위 예규를 적용할 수 없으므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

결국, 피고가 원고의 기존사업장의 매출세액에서 이 사건 세금계산서상의 매입세액을 공제하지 아니하여 원고에 대하여 2003년도 2기분 부가가치세를 부과한 이 사건 처분은 적법하다고 할 것이다.

3. 결 론

그렇다면, 이 사건 처분이 위법함을 전제로 한 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

판사 신동승(재판장) 김정중 마옥현