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주문
1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.
이유
처분의 경위
원고는 양계농장에서 사용하는 양계케이지의 제작 및 판매업 등을 영위하는 회사이고, B는 원고의 대표이사이다.
중부지방국세청은 2015. 6. 9.부터 2016. 2. 23.까지 원고에 대한 통합조사를 실시한 결과 원고가 2009 사업연도 내지 2013 사업연도의 법인세를 신고하면서, 거래처로부터 거래대금을 받고서 그 거래처에 세금계산서를 발급하지 않는 방법으로 매출을 누락하였다는 등의 사실을 확인하고, 이를 피고에게 통보하였다.
그에 따라 피고는 2016. 4. 1. 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법’이라 한다), 구 법인세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24357호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법 시행령’이라 한다) 제106조 제1항 제1호 단서규정에 따라 위와 같은 원고의 매출누락액이 사외로 유출되었으나 그 귀속이 불분명한 것으로 보아, 2009년 귀속 245,800,000원, 2010년 귀속 1,876,432,027원, 2011년 귀속 202,038,827원, 2012년 귀속 523,672,836원, 2013년 귀속 49,399,999원을 대표이사 B에게 상여로 소득처분하고 원고에게 소득금액변동통지를 하였다.
원고는 이에 불복하여 이의신청을 거쳐 2017. 3. 27. 조세심판원에 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 2017. 11. 2. ‘피고의 2009년 귀속 소득금액변동통지 중 C에 대한 매출누락액 115,000,000원, 2011년 귀속 소득금액변동통지 중 D에 대한 매출누락액 53,780,000원 및 E에 대한 매출누락액 65,000,000원, 2012년 귀속 소득금액변동통지 중 F에 대한 매출누락액 89,430,000원 및 G에 대한 매출누락액 206,000,000원이 사외유출 되었는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 소득금액변동통지금액을 경정하라’는 등의 결정을 하였다.
이에 따라 피고는 2018. 3. 재조사 결과 F에...