1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 1997. 4. 16. 설립되어 농자재시설 및 과수자재시설 판매업 등을 영위해 온 회사이고, B은 원고의 대표이사, C는 원고의 사내이사이자 전 대표이사이며, C의 처 D은 원고의 주주이다.

나. 수원지방법원 평택지청은 보조금 편취 관련 내사사건을 수사하다가, 원고가 그 사업소득의 일부를 원고의 계좌가 아닌 C의 개인 계좌로 입금하여 운용하는 등 매출을 누락한 혐의가 있음을 발견하여 피고에게 이를 통보하였고, 피고는 2013. 10. 9. 이에 대한 조사 결과 원고가 2009. 6. 30.부터 2013. 6. 30.까지 원고 계좌로 입금되어야 할 원고의 매출을 C 명의의 계좌(계좌번호 E, 이하 ‘이 사건 계좌’라 한다)로 입금받는 방식으로 2,500,520,311원 상당의 매출을 누락하였음을 확인하였다.

다. 피고는 2013. 12. 5. 원고에게, 원고의 매출누락액을 익금에 산입하여 2009 사업연도 법인세 12,687,840원, 2010 사업연도 법인세 176,935,210원, 2011 사업연도 법인세 197,277,500원, 2012 사업연도 법인세 207,424,590원을 각 경정고지(이하 ‘이 사건 법인세 부과처분’이라 한다)하였고, 이와 관련하여 귀속이 불분명한 금액에 대하여는 원고 대표이사 B에 대한 상여로 2009년 귀속 72,795,350원, 2010년 귀속 659,324,546원, 2011년 귀속 367,389,960원, 2012년 귀속 604,646,435원을, 원고 사내이사 C의 상여로 2011년 귀속 300,000,000원, 2012년 귀속 240,890,720원을, 원고의 주주 D의 배당으로 2010년 귀속 1,218,350원 및 15,833,970원, 2011년 귀속 17,788,320원, 2012년 귀속 3,535,920원을 각 소득처분하는 내용의 소득금액변동통지(이하 ‘이 사건 소득금액변동통지’라 하고, ‘이 사건 법인세 부과처분’과 합하여 ‘이 사건 각 처분’이라 한다)를 하였다. 라.

원고는 이 사건 각 처분에 불복하여 2014. 2. 26....