주문
1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.
이유
1. 처분의 경위
가. 원고는 2006. 7. 21. 택지개발예정지구로 지정고시(건설교통부 고시 제2006-272호)된 송파거여 택지개발예정지구에서 위례 택지개발사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 하고 그 사업구역을 ‘이 사건 사업구역’이라 한다)을 시행하는 시행자이다.
나. 원고는 국방부로부터 이 사건 사업구역 중 송파구 내에 있는 국가 소유의 토지 및 그 지상 건물을 양여받아 이를 취득한 다음, 2014. 8. 19.부터 2017. 6. 14.까지 피고에게 토지분 17건, 건물분 3건에 대하여 취득세 32,773,807,930원, 지방교육세 3,277,380,720원, 농어촌특별세 1,088,459,750원 등(이하 취득세, 지방교육세 및 농어촌특별세를 통틀어 ‘취득세 등’이라 한다) 합계 37,139,648,400원을 신고, 납부하였다.
다. 원고는 2018. 2. 1. 피고에게, 위 토지 중 209,917㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다) 및 그 지상 건물(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)은 국방부에 기부채납하는 것을 조건으로 취득한 부동산이므로 구 지방세법(2019. 12. 31. 법률 제16855호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제9조 제2항, 구 지방세특례제한법(2018. 12. 24. 법률 제16041호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제73조의2 제1항에 따라 취득세 등이 면제되어야 한다는 취지로 아래 표 기재와 같이 취득세 등에 관한 경정청구(이하 ‘이 사건 경정청구’라 한다)를 하였다.
취득세 등 과세구분 신고납부세액(원) 정당세액(원) 경정청구세액(원) 토지분(17건) 35,504,813,040 30,666,906,400 4,837,906,640 건물분(3건) 1,634,835,360 1,401,171,470 233,663,890
라. 피고는 2018. 3. 23. 이 사건 경정청구 중 이 사건 토지에 대한 주장을 받아들여 토지분 취득세 등 합계 35,504,813,040원을 30,666,906,400원으로 감액경정하였으나, 이 사건 건물에 대하여는 '기부채납용 건축물...