실가로 예정신고한 자가 확정신고 기한 경과 후 기준시가로 경정청구가 가능한 지 여부

실가 혹은 기준시가로 양도소득세액을 신고할 것인지는 납세자의 선택에 맡겨져 있다고 할 것이고, 기준시가로 신고 할 수 있다는 사실을 알지 못한 관계로 확정신고를 하지 못하였던 만큼 감액경정청구 기간 내의 경정청구는 가능함

구 소득세법 제96조 양도가액

구 조세특례제한법 제85조 지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례

1.피고가 2006.4.21. 원고에 대하여 한 2004년 귀속 양도소득세에 관한 경정청구거부처분을 취소한다.

2. 소송비용은 원고가 부담으로 한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

1. 처분의 경위

"가. 원고는 1970.3.2. ○○시 ○○동 ○○○-○ 대 327㎡ 외 2필지 토지(이하이 사건 토지'라고 본다)를 취득하여 보유하고 있었는데, 이 사건 토지를 포함한 ○○시 일대는 2003.2.27. 구 소득세법(2005.12.31. 법률 제 7837호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제96조 제1항 제6호의2에 의하여 실지거래가액으로 양도가액 및 취득가액을 산정하는 지역(이하지정지역'이라 한다)으로 지정되었다.",나. 원고는 2004.12.3. 공익사업에 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따라 이 사건 토지를 ○○시에 공용용지로 협의양도하고, 2004.12.21. 실지거래가액으로 양도차익을 산정하여 피고에게 양도소득세 예정신고를 하면서 양도소득세 38,349,970원을 자진 납부하였다.

"다. 그런데, 구 조세특례제한법이 2004.12.31. 법률 제7322호로 개정되면서 같은 법 제85조로 지정지역 내의 공익사업용 부동산에 대하여는 구 소득세법 제96조 제1항 제6호의2 및 제97조 제1항 제1호 가목 단서의 규정에도 불구하고 기준시가에 의하여 양도차익을 산정할 수 있는 양도소득세 과세특례규정(이하이 사건 특례규정'이라 한다)이 신설되었다.", "라. 원고는 구 조세특례제한법(2005.12.31. 법률 제7839호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 상의 이 사건 특례규정이 이 사건 토지의 양도에도 적용될 수 있음을 알게되자, 2006.2.23. 국세기본법 제45조의2 제1항에 의하여 피고에게 양도소득세 예정신고시 신고한 세액 38,349,970원을 기준시가에 의하여 산정된 세액 14,701,030원으로 경정하여 줄 것을 청구하였으나, 피고는 2006.4.21.지정지역 지정일 이후 공익사업용으로 부동산이 수용되어 실지거래가액으로 양도차익을 산정하여 예정신고한 것에 대하여, 확정신고기한 경과 후 기준시가로 경정 등의 청구를 할 수 없다'는 이유로 위 경정청구를 거부하는 이 사건 처분을 하였다.",마. 원고가 이 사건 처분에 불복하여 2006.5.10. 심판청구를 하였으나, 2006.10. 20. 기각결정을 받았다.

[인정 근거] 갑 제1호증 내지 갑 제6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법성

가. 원고의 주장

원고가 실지거가액을 기준으로 양도소득세 예정신고를 한 다음 기준시가로 양도소 득세 신고가 가능하도록 구 조세특례제한법 제85조가 신설됨에 따라, 국세기본법 제45조의2 제1항의 요건을 갖추어 경정청구기한 내에 이 사건 경정청구를 한 이 상 피고는 그에 따라 경정결정을 하여야 할 의무가 있다고 할 것임에도 이를 거부 한 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

나, 피고의 주장

원고가 실지거래가액으로 양도소득세를 예정신고한 다음 양도소득세 확정신고기한까지 다른 신고를 하지 않은 만큼 이 사건 토지의 양도로 인한 양도소득세는 실지거래가액에 의하여 산정할 수 밖에 없고, 그 이후에 기준시가로 다시 계산한 양도소득세의 차액을 환급해 달라는 원고의 경정청구를 피고가 거부한 것은 정당하다.

다. 관계 법령

구 소득세법 (2005.12.31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것)

○ 제 94조 (양도소득의 범위)

① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

1. 토지(「지적법」에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

2. 다음 각목의 1에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 인하여 발생하는 소득

가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 부수되는 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다)

나. 지상권

다. 전세권과 등기된 부동산임차권

○ 제96조 양도가액

① 제94조제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도 당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 "실지거래가액"이라 한다)에 의한다.

6. 양도자가 양도 당시 및 취득 당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 제110조제1항의 규정에 의한 확정신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우

6의2. 당해지역의 부동산가격상승률이 전국소비자물가상승률보다 높은 지역으로서 전국부동산가격상승률 등을 감안하여 당해 지역의 부동산가역이 급등하였거나 급등할 우려가 있어 재정경제부장관이 대통령령이 정하는 기준 및 방법에 따라 지정하는 지역에 소재하는 부동산중 대통령령이 정하는 부동산에 해당하는 경우

○ 제97조 양도소득의 필요경비계산

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

가. 제94조제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가. 다만, 당해 자산이 제96조제1항 각 호 1에 해당하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다.

나. 제94조 제1항 제3 및 제4호의 자산의 경우에는 당해 자산의 취득에 소요된 실지거래가액

다. 가목 단서 또는 나목의 경우에 있어서 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

구 소득세법 시행령 (2005.12.31. 대통령령 제19254호로 개정되기 전의 것)

○ 162조의3지정지역 기준 등

① 법 제96조 제1항 제6호의2에서 "대통령이 정하는 기준 및 방법에 따라 지정하는 지역"이라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 지역 중 건설교통부장관이 전국의 부동산가격동향 및 당해 지역특성 등을 감안하여 해당지역의 부동산가격 상승이 지속될 가능성이 있거나 다른 지역으로 확산될 우려가 있다고 판단되어 지정요청(관계중앙행정기관의 장이 건설교통부장관을 경유하여 요청하는 경우를 포함한다)하는 경우로서 재정경제부장관이 제162조의4의 규정에 의한 부동산가격안정심의위원회의 심의를 거쳐 지정하는 지역(이하 \'지정지역\'이라 한다)을 말한다. 이 경우 건설교통부장관이 다음 각 호의 1에 해당하나 지정요청하지 아니한 지역에 대하여는 재정경제부장관이 건설교통부장관으로부터 그 사유를 받아 이를 부동산가격안정심의위원회에 회부하여 심의를 받아야 한다.

1. 지정하는 날이 속하는 달의 직전월(이하 이 항에서 "직전월"이라 한다)의 주택매매가격상승률이 전국소비자물가상승률의 100분의 130보다 높은 지역으로서 다음 각 목의 1에 해당하는 지역

가. 직전월부터 소급하여 2월간의 월평균 주택매매가격상승률이 전국주택매매가격상승률의 100분의 130보다 높은 지역

나. 직전월부터 소급하여 1년간의 연평균 주택매매가격상승률이 직전월부터 소급하여 3년간의 연평균 전국주택매매가격상승률보다 높은 지역

2. 직전월의 지가상승률이 전국소비자물가상승률의 100분의 130보다 높은 지역으로서 다음 각 목의 1에 해당하는 지역

가. 직전월부터 소급하여 2월간의 월평균 지가상승률이 전국지가상승률의 100분의 130보다 높은 지역

나. 직전월부터 소급하여 1년간의 연평균 지가상승률이 직전월부터 소급하여 3년간의 연평균 전국지가상승률보다 높은 지역

3. 「개발이익환수에 관한 법률」 제2조제2호의 규정에 따른 개발사업(개발부담금을 부과하지 아니하는 개발사업을 포함한다) 및 주택재건축사업(이하 "개발사업등"이라 한다)이 진행중인 지역(중앙행정기관의 장 또는 지방자치단체의 장이 그 개발사업등을 발표한 경우를 포함한다. 이하 제9항에서 같다)으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 지역

가. 직전월의 주택매매가격상승률이 전국소비자물가상승률의 100분의 130보다 높을 것

나. 직전월의 주택매매가격상승률이 전국주택매매가격상승률의 100분의 130보다 높을 것

4. 「택지개발촉진법」에 따른 택지개발예정지구, 「신행정수도 후속대책을 위한 연기·공주지역 행정중심복합도시 건설을 위한 특별법」에 의한 행정중심복합도시건설사업 예정지역·주변지역 또는 그 밖에 재정경제부령이 정하는 대규모개발사업의 추진이 예정되는 지역(이하 이 호에서 "예정지구등"이라 한다)으로서 다음 각 목의 1에 해당하는 지역. 이 경우 예정지구등의 후보지를 행정기관이 발표하는 경우에는 그 후보지를 예정지구등으로 본다.

가. 직전월의 주택매매가격상승률이 전국소비자물가상승률보다 높은 지역

나. 직전월의 지가상승률이 전국소비자물가상승률보다 높은 지역

② 재정경제부장관은 필요하다고 인정되는 경우 제1항의 규정에 불구하고 건설교통부장관의 요청없이 부동산가격안정심의위원회에 지정지역의 지정에 관한 사항을 회부할 수 있다.

③ 법 제96조 제1항 제6호의 2에서 "대통령령이 정하는 부동산"이라 함은 다음 각 호 중 제1호 내지 제3호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 말하되, 제4호에 해당하는 주택을 제외한다. 이 경우 제4호의 규정을 적용함에 있어서 제155조제15항의 규정에 의하여 단독주택으로 보는 다가구주택의 경우에는 한 가구가 독립하여 거주할 수 있도록 구획된 부분을 기준으로 한다.

1. 제1항제1호 및 제3호의 규정에 따른 지정지역의 경우 : 주택(그 부수토지를 포함한다)

2. 제1항제2호의 규정에 따른 지정지역의 경우 : 제1호 외의 부동산

3. 제1항제4호의 규정에 따른 지정지역의 경우 : 제1호 및 제2호의 부동산

4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(「건축법 시행령」 별표 1 제10호 나목의 오피스텔을 제외한다. 이하 이 조에서 같다). 다만, 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비구역(법률 제6916호 주택법 중 개정법률로 개정되기 전의 「주택건설촉진법」에 의하여 설립인가를 받은 재건축조합의 사업부지를 포함한다)으로 지정·고시된 지역에 소재하는 주택을 제외한다.

가. 「건축법 시행령」 별표 1의 규정에 따른 아파트로서 전용면적이 60제곱미터 이하이고, 양도당시 법 제99조의 규정에 의한 기준시가가 4천만원 이하일 것

나. 「건축법 시행령」 별표 1의 규정에 따른 연립주택·다세대주택으로서 전용면적이 85제곱미터 이하이고, 양도당시 법 제99조의 규정에 따른 기준시가가 1억원 이하일 것

다. 「건축법 시행령」 별표 1의 규정에 따른 단독주택으로서 대지면적이 170제곱미터 이하이고, 주택의 연면적(제154조제3항 본문의 규정에 따라 주택으로 보는 부분과 주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)이 85제곱미터 이하이며, 양도당시 법 제99조의 규정에 의한 기준시가가 1억원 이하일 것

④ 재정경제부장관은 제1항의 규정에 따라 지정지역을 지정한 때에는 지체 없이 그 내용을 공고하고, 그 공고내용을 국세청장에게 통지하여야 한다.

⑤ 제4항의 규정에 따라 통지를 받은 때에는 그 내용에 대하여 일반인의 열람이 가능하도록 조치하여야 한다.

⑥ 지정지역의 지정은 제4항의 규정에 따라 지정지역의 지정을 공고한 날부터 효력이 발생한다.

⑦ 제1항의 규정에 따른 지정지역을 지정후 당해 지역의 부동산가격이 안정되는 등 지정사유가 해소된 것으로 인정되어 건설교통부장관의 지정해제요청(관계중앙행정기관의 장이 건설교통부장관을 경유하여 요청하는 경우를 포함한다)이 있는 경우에는 재정경제부장관은 부동산가격안정심의위원회의 심의를 거쳐 지정지역을 해제한다.

⑧ 제2항 및 제4항 내지 제6항의 규정은 제7항의 규정에 따른 지정해제에 관하여 이를 준용한다.

⑨ 제1항의 규정에 따른 지정지역은 특별시·광역시·도 또는 시·군·구의 행정구역을 단위로 지정한다. 다만, 제1항 제3호·제4호의 지역 및 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제117조의 규정에 따른 허가구역에 대하여는 당해 지역만을 지정지역으로 지정할 수 있다.

⑩ 제9항의 규정에 불구하고 지정지역으로 지정되었거나 지정될 예정인 지역에 해당하는 행정구역 중 일부 지역에 대하여는 당해 지역의 부동산가격동향 및 지역특성 등을 감안하여 부동산가격안정심의위원회의 심의를 거쳐 당해 지정지역에서 제외할 수 있다.

⑪ 제1항의 규정에 따른 전국소비자물가상승률·주택매매가격상승률·전국주택매매가격상승률·지가상승률 및 전국지가상승률의 통계는 「통계법」 제8조의 규정에 따라 통계청장이 통계작성에 관하여 승인한 통계에 의한다. 이 경우 「건축법 시행령」 별표 1의 규정에 의한 아파트에 대한 매매가격상승률 통계만 있는 지역의 경우에는 이를 당해 지역의 주택매매가격상승률 통계로 보며, 직전월의 부동산가격상승률 통계가 없는 경우에는 전전월의 통계에 의한다.

⑫ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 동항제1호 내지 제3호에서 규정하는 전국소비자물가상승률의 100분의 130에 해당하는 수, 전국주택매매가격상승률의 100분의 130에 해당하는 수 또는 전국지가상승률의 100분의 130에 해당하는 수가 각각 1,000분의 5미만인 경우에는 1,000분의 5로 하고, 동항제4호에서 규정하는 전국소비자물가상승률에 해당하는 수가 음수인 경우에는 이를 영으로 한다.

구 조세특례제한법 (2005 12. 31. 법률 제7839호로 개정되기 전의 것)

○ 제85조 지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례

거주자가 「소득세법」 제96조의 제1항의 제6호의 2의 규정에 의한 지정지역내의 부동산을 다음 각호의 1에서 규정하고 있는 날(관계 행정기관의 장이 관보 또는 공보에 고시한 날을 말하며, 그 고시한 날이 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이내인 경우에는 사업인정고시일부터 소급하여 2년이 되는 날, 그 고시한 날이 「소득세법」 제96조 제1항 제6호의 2의 규정에 의한 지정지역 지정후 도래하는 경우에는 지정지역을 지정한 날을 말한다)전에 취득하여 2006년 12월 31일 이전에 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 또는 그 밖의 법률에 의하여 당해 사업시행자에게 양도(수용되는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)하는 경우에는 「소득세법」 제96조제1항 제6호의2 및 동법 제97조제1항제1호 가목 단서의 규정에 불구하고 동법의 규정에 의한 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있다. 다만, 「소득세법」 제96조제1항제6호 및 동법 제97조제1항제1호 가목 본문의 규정에 의하여 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 신고하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 택지개발촉진법 제3조의 규정에 의하여 택지개발예정지구를 지정한 날

2. 산업입지및개발에관한법률 제7조의3의 규정에 의하여 산업단지 등을 지정한 날

3. 지역균형개발및지방중소기업육성에관한법률 제4조의 규정에 의하여 광역개발권역을 지정한 날

4. 주한미군(대한민국과미합중국간의상호방위조약에 의하여 대한민국에 주둔하는 미합중국 군대를 말한다)의 기지이전과 관련하여 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률 제15조의 규정에 의하여 보상계획을 공고한 날

5. 제1호 내지 제4호외의 법률에 의하여 양도하는 부동산의 경우에는 당해 법률에 의하여 부동산이 속한 사업지역에 대한 예정지구·지역, 개발권역 지정, 보상계획공고 그 밖에 이와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 날

부칙 〈제7322호, 2004.12.31〉

○ 제12조 (지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특레에 관한 적용례)

제85조의 개정규정은 이 법 시행후 양도소득 과세표준확정신고기한이 도래하는 분부터 적용한다.

국세기본법

○ 제45조의2경정 등의 청구

① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한경과후 3년 이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때

○ 제51조 국세환급금의 충당과 환급

① 세무서장은 납세의무자가 국세·가산금 또는 체납처분비로서 납부한 금액중 과오납부한 금액이 있거나 세법에 의하여 환급하여야 할 환급세액(세법에 의하여 환급세액에서 공제하여야 할 세액이 있는 때에는 공제한 후의 잔여액을 말한다)이 있는 때에는 즉시 그 오납액초과납부액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 한다. 이 경우 착오납부·이중납부로 인한 환급청구는 대통령령이 정하는 바에 의한다.

라. 판단

국세기본법 제45조의 2 제1항 제1호는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때에 경정청구를 할 수 있다고 규정하고 있고, 구 소득세법 제96조 제1항 제6호의2 및 제97조 제1항 제1호는 지정지역에 소재하는 부동산 중 대통령령이 정하는 부동산의 경우 실지거래가액에 의하여 양도가액 및 취득가액을 산정하도록 규정하고 있으며, 구 조세특례제한법 제85조는 이 사건 특례규정을 규정하면서 다만 구 소득세법 제96조 제1항 제6호 및 제97조 제1항 제6호 제1호 가목 단서의 규정에 의하여 실지거래가액으로 양도가액 및 취득가액을 신고하는 경우에는 기준시가에 의하여 양도차익을 산정할 수 없도록 규정하고 있고, 같은 법 부칙〈제7322호, 2004.12.31.〉제12조는 이 사건 특례규정은 시행 후 소득 과세표준 확정신고기한이 도래하는 분부터 적용한다고 규정하고 있다.

이 사건에 관하여 보건대, 앞서 살펴 본 바와 같이 원고가 이 사건 토지에 대하여 기준시가보다 높은 실지거래가액에 의하여 양도가액 및 취득가액을 산정하여 양도소득세 예정신고를 한 것은 이 사건 토지가 지정지역에 해당되어 구 소득세법 제96조 제1항 제6호의 2에 따라 신고한 것이고, 이 사건 특례조항의 시행일인 2005. 1.1. 이후에 이 사건 토지에 대한 양도소득세 과세표준 확정신고기한(2005.5.31.)이 도래하였으므로 이 사건 토지의 양도에 대하여 이 사건 특례규정이 적용될 수 있다. 또한, 원고가 예정신고와는 다르게 양도소득세 과세표준 확정신고기한까지 실지거래가액이 아닌 기준시가에 의하여 양도가액 및 취득가액을 산정하여 양도소득세 확정신고를 할 수 있었음에도 불구하고 기준시가에 의한 확정신로를 하지 않았던 만큼, 원고가 당초 예정신고한 과세표준 및 세액은 세법에 의하여 신고하여야 과세표준 및 세액을 초과하는 것이라 할 것이다.

피고는 이에 대하여 구 조세특례제한법 제85조 단서에 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 신고한 경우에는 그러하지 아니하다라고 규정하고 있고, 원고가 예정신고만 하고 확정신고를 따로 하지 않았던 만큼 이 사건 토지의 양도는 이 사건 특례규정의 적용대상이 아니라고 주장하나, 구 조세특례제한법 제85조 본문에서 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있다라고 규정하고 있는 이상 기준시가를 기준으로 계산한 양도소득세액을 신고할 것인지, 실지거래가액을 기준으로 계산한 양도소득세액을 신고할 것인지는 납세자인 원고의 선택에 맡겨져 있다고 할 것인지 일단 실지거래가액으로 신고한 다음 확정신고기한 이전에 기준시가를 기준으로 산정한 양도소득세액을 주장하여 이미 자진신고한 양도소득세에 대한 감액 주장을 할 수 없는 취지는 아니라 할 것이며, 원고가 확정신고기한까지 이 사건 토지의 양도에 대하여도 기준시가로 양도소득세를 계산하여 신고할 수 있다는 사실을 알지 못한 관계로 따로 확정신고를 하지 못하였던 만큼 감액경정청구 기간 내에라도 감액경정청구를 하는 것은 가능하다고 해석하여야 할 것이므로, 위 주장을 받아들이지 아니한다.

3. 결 론

그렇다면, 국세기본법 제45조의2 제1항 제1호에 의한 경정청구사유가 있음에도 불구하고 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 할 것이므로, 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.