조심2014서0811 (2016.07.19)

법인

기각

신용보증기금약관 제18조에서는 보증기관이 청구법인에게 지급하여야 할 보증채무의 이행범위에 대하여 규정하고 있을 뿐 청구법인이 보증기관으로부터 지급받은 보증채무이행금의 충당순서에 관하여 규정하고 있지 아니하고, 은행여신거래에 대한 대출거래약정 내용이 대출계약의 당사자가 아닌 보증인에 불과한 보증기관에도 적용된다고 보기 어려운 점 등에 비추어 쟁점대위변제금의 충당순서에 관한 특별한 약정이 없다고 보아 「법인세법 시행규칙」제56조에 따라 이자를 면저 변제한 것으로 보아 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단됨

법인세법 제25조 / 법인세법 시행령제24조

조심2008중2293 / 조심2014구4380

조심2015서4527 / 조심2015서4832

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 1961년 8월 OOO OOO 등이 설립한 비영리법인으로서 신용사업 및 공제사업, 농 축산물 유통사업 등 수익사업과 회원들에 대한 교육 지원사업 등 비수익사업을 영위하던 OOO에서 2012년 3월 경제사업부는 OOO로, 신용사업 및 공제사업은 OOO와 자회사 OOO, OOO, OOO으로 물적 분할함에 따라 신설된 법인이다.

나. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2013.5.27.부터 2013.10.23.까지 OOO에 대한 법인제세통합조사를 실시한 결과, 청구법인이 2012사업연도 중에 대출금에 대한 변제가 되지 못하여 신용보증기관으로부터 대출원리금을 대위변제받으면서 대출금과 이자의 변제에 관한 특별한 약정이 없어 이자를 먼저 변제받은 것으로 보아야 함에도 원금을 먼저 변제받은 것으로 처리한 OOO원(이하 “쟁점대위변제금”이라 한다)에 대하여 수익을 과소 계상한 것으로 보아 이를 익금산입하고, 특정 회원조합에게 공과금수납기(이하 “쟁점공과금수납기”라 한다)를 설치하여 주고 이에 대한 금융리스료 OOO원(이하 “쟁점금융리스료”라 한다)을 대신 납부한 것을 접대비로 보아 한도초과액을 손금불산입하며, 신용 OOO 개발 등에 직접 투입된 청구법인의 시스템개발 전담직원의 인건비 OOO원(청구법인은 즉시상각하여 당기비용 처리함, 이하 “쟁점인건비”라 한다)를 개발비로 보아 내용연수기간 동안 비용화하지 않았다 하여 이에 대한 한도초과액을 손금불산입한 과세자료 등을 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2013.11.8. 청구법인에게 2012사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.1.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점①에 대하여

신용보증기관이 발급한 보증서는 청구법인의 대출에 있어 대출조건의 하나로 되는 것으로서 보증약관의 보증채무의 범위에 관한 조항은 보증채무의 범위에 관하여 규정하는 것일 뿐만 아니라 보증채무이행금의 충당방법까지도 정한 것으로 보아야 하므로 신용보증기관과 체결한 신용보증약관의 규정은 「법인세법 시행규칙」제56조에서 정한 ‘차입금과 이자의 변제에 관한 특별한 약정’이 있는 경우에 해당하는 점OOO, 은행이 채무자에게 불리하지 않은 범위 내에서 행한 변제충당순서는 정당한 것이고, 채무자에게 유리하게 결정된 대출약정서나 은행여신거래기본약관 규정은 은행이 신용보증기금 등으로부터 대위변제 받은 경우에도 적용되어야 하며, 심판례OOO는 변제충당에 관한 양 당사자의 변제충당에 관한 합의가 확인되지 아니하여 두 채권 중 지연이자율이 더 높은 보증채무 대위변제 채권을 우선 변제받은 것으로 보는 것이 채무자에게 변제이익이 더 크므로 타당하다고 결정한 점, 신용보증약관, 보증채무이행요령 등에서 보증채무의 범위는 원금, 정상이자 및 비용의 전부 또는 일부일 뿐 지연이자는 보증의 범위에서 제외되어 있고, 또한, 보증기관이 자신의 보증채무를 변제한 것을 두고 주채무자의 지연이자를 변제한 것으로 볼 수 없다. 신용보증기금 등에는 지연이자(손해배상금)에 대한 보증채무 자체가 존재하지 않는 것이므로 신용보증기금 등이 변제한 가액을 지연이자의 변제로 볼 여지가 없으므로 보증기관이 채무자의 지연이자를 먼저 상환한 것이라는 전제에서 행한 본 건 과세는 거래의 경제적 실질을 잘못 파악한 점 등에 비추어 신용보증기금 등의 신용보증기관이 청구법인과 금전소비대차계약을 체결한 채무자의 주채무 중 일부를 대위변제한 경우, 대위변제는 채무자와 청구법인 사이에 체결된 금전소비대차계약과 동일하게 원금, 이자의 순서로 변제된 것으로 보아야 한다.

(2) 쟁점②에 대하여

(가) 쟁점공과금수납기의 리스가 고유목적사업에 속하지 않는다고 하더라도, 쟁점금융리스료는 수익창출에 직결되는 비용이므로 손금산입 대상이다. 공과금수납기 설치는 지방세수납대행계약상 의무이고, 지방자치단체가 금고계약의 상대방을 선정하는 배점기준에서 지방세 수납실적이 5%, 지역사회 기여도가 5%, 점포수가 5%이므로, 청구법인이 지방자치단체의 금고계약 당사자로 선정되기 위해서는 각 지역의 조합에 공과금수납기를 설치하는 것이 불가피하며, 실제로도 공과금수납기 설치에 따라 청구법인이 다수 지방자치단체의 금고계약 당사자로 선정될 수 있었는바, 청구법인이 각종 지방자치단체의 금고은행으로 선정되는데 필수적인 사항으로서 청구법인의 수익창출에 직결되는 비용이므로 쟁점금융리스료를 손금산입한 것은 정당하다. 처분청은 쟁점공과금수납기 설치로 인하여 회원조합들이 경제적, 실질적인 이익을 얻으므로 쟁점금융리스료를 접대비로 보아야 한다는 의견이나, 쟁점공과금수납기로 수납된 지방세 세입금은 실제로 지역조합으로부터 청구법인에 송금되므로 청구법인은 그 예수금으로 상당한 운용수익을 얻을 수 있는바, 구체적으로 예수금에 대하여는 2.14%OOO의 이익이 발생하게 되므로 지방세 세입금 약 OOO원을 기준으로 약 OOO원의 이익이 발생된 것으로 추정되는 반면, 회원조합들은 금고계약의 체결 및 공과금수납기의 설치로 인하여 얻는 이익이 매우 미미한 수준에 불과하므로, 청구법인이 회원조합에 대하여 쟁점공과금수납기를 설치해 준 것을 접대비로 볼 수 없다.

(나) 청구법인이 쟁점금융리스료를 부담한 것은 접대비의 본질적 특징으로서 거래관계를 원활하게 한다는 목적이 없다. 청구법인과 지역조합과의 관계는 일반적인 거래관계가 아니라, 청구법인이 지역조합을 지도하는 관계이므로, 지역조합에 쟁점공과금수납기를 설치하더라도 접대비의 본질적 목적인 상호 거래관계를 원활하게 하는 효과가 있다고 보기 어려운 이상, 청구법인이 쟁점금융리스료를 부담하는 것은 접대비의 본질적 특징인 거래관계를 원활하게 한다는 목적이 아니므로 처분청의 과세처분은 취소되어야 한다.

(3) 쟁점③에 대하여

(가) 신용 OOO 개발팀 임직원들의 인건비는 연구활동을 위해 지출된 당기 비용항목이다. 청구법인의 신용 OOO 및 OOO시스템(이하 “쟁점시스템”이라 한다) 개발과정에 투입된 전산 OOO 개발팀 임직원들의 쟁점인건비는 경상적인 연구활동에 따라 지출된 비용으로서 기업회계기준은 “새로운 지식을 얻고자 하는 활동, 연구결과 또는 기타 지식을 탐색, 평가, 최종 선택 및 응용하는 활동을 위한 비용”은 연구단계의 지출로서 무형자산으로 인식할 수 없고 발생기간의 비용으로 인식하는 것으로 규정하고 있다(기업회계기준서 제3호 문단 37～40). 쟁점인건비는 외부 공급업자가 제공한 장치 및 시스템에 대한 대체안을 제안하고, 평가하는 활동이 대부분의 비중을 차지하고 있으므로, 대부분 기업회계기준상 연구단계에서 발생한 비용으로서 당연히 당기 비용으로 분류될 항목이다.

(나) 개발비의 비용 회계처리 여부는 납세자가 선택에 따라 결정하는 것으로 납세자가 당기비용으로 회계처리한 개발비를 처분청이 자산으로 재인식할 수 없다. 「법인세법 기본통칙」23-26…9(2003. 5.10.)은 “법인이 당해 개발비로 계상하지 아니한 금액은 그 지급이 확정된 사업연도의 손금에 산입한다”고 하여 개발비를 당기비용으로 처리할 것인지 자산으로 처리할 것인지는 납세자가 스스로 판단한다는 점을 분명히 규정하고 있고, 종전 국세청 예규 또한 개발비 자산으로 회계처리한 경우에 한하여 세무상으로도 개발비 자산에 해당한다는 입장OOO이므로, 청구법인이 쟁점인건비를 결산상 무형자산(개발비)으로 처리하지 아니한 이상, 「법인세법」상 개발비 계상 요건 중 같은 법 시행령 제24조 제1항 제2호 바목 후단의 요건을 충족하지 못하였으므로 자산으로 처리할 수 없다. 이와 관련하여, 처분청은 청구법인의 회계처리가 기업회계기준에 반하는 것이므로 「법인세법 시행령」의 요건과 상관없이 개발비가 된다는 취지로 회계처리의 오류를 주장하나, 본 건 지출을 자산으로 계상하지 않고 비용처리한 것은 기업회계기준상으로도 적법한 것이고, 청구법인의 회계 감사인 역시 본 건 지출 전체에 대하여 적법절차에 따라 연구개발비 비용 성격의 지출이라고 결론 내린 것이며, OOO를 도입한 대부분의 법인은 내부직원 인건비를 대부분 당기 비용화하였는바, 과세관청이 아무런 근거 없이 청구법인의 회계처리가 오류라고 주장하고 「법인세법 시행령」제24조 제1항 제2호 바목의 요건을 무시하고 과세하는 것은 근거가 없다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점①에 대하여

차입금과 이자에 대한 변제금액의 충당순서는 당사자 사이에 충당의 순서에 관한 특별한 약정이 없는 경우 이자를 먼저 변제한 것으로 보아야 하는바, 청구법인이 신용보증기관으로부터 지급받은 이 건 대위변제금원의 지급원인은 주채무자와 신용보증기관 사이에 체결한 신용보증계약으로 상기와 같이 대위변제의 근원이 되는 신용보증계약은 차입금과 이자의 충당 순서에 관한 특별한 약정을 규정하고 있지 아니한 점, 청구법인은 보증계약에 따른 이익 수취자에 불과하여 「법인세법」 등에 규정하고 있는 양 당사자에 해당하지 아니하는 점OOO 등에 비추어 청구법인은 당사자 간에 차입금과 이자의 변제에 관한 특별한 약정이 없이 차입금과 이자에 해당하는 금액을 일부만 변제받았으므로 이자를 먼저 변제받은 것으로 보아 이를 익금산입함이 적법·타당하다. 한편, 청구법인은 보증계약의 부종성 등을 이유로 충당 순서 변경에 관한 특별한 약정이 있는 것으로 주장하고 있으나, 보증채무의 부종성이란 “보증채무 이행시점에 보증계약에 따라 정하는 보증채무는 주채무를 한도로 하는 것”으로, 보증계약에 기한 보증채무는 보증채무의 이행일 이전에 발생한 보증채무의 범위에 한정하며 보증채무자가 이행한 시점에 해소되는 것인 바, 보증채무 이행일 이후인 미래시점에 주채무자에게 발생할 이자를 고려하여 보증채무가 과중하다는 것은 부당하게 법리를 해석한 주장인 점, 묵시적인 약정 또는 합의가 있기 위하여는 당사자의 일반적인 지정에 대하여 상대방이 지체 없이 이의를 제기하지 아니하여야 하는 바,OOO 대위변제금원의 수취자인 청구법인은 지급자인 신용보증기관에 대하여 아무런 의사를 표시하지 않은 채 지급받은 급부를 자체 회계상에 원금에 충당한 사실만으로는 원금부터 변제하기로 한 묵시적인 합의가 존재한 것으로 볼 수 없는 점 등에 비추어 처분청의 과세처분은 정당하다.

(2) 쟁점②에 대하여

(가) 쟁점공과금수납기 설치로 금고사업에 약간의 도움을 받았다고 해서 수익창출에 직결되는 비용으로 보기 어렵다. 2008년 9월에 작성된 청구법인의 조합 공과금수납기 무상공급 계획(안)의 목적을 보면 지방자치단체 금고은행 선정과 관련된 내용이 없으므로 회원조합 공과금수납기 무상공급 계획과 지방자치단체 금고사업은 전혀 별개의 사업이고, 지방자치단체 금고지정 평가항목 및 배점기준(100점 기준)상 쟁점공과금수납기 설치와 관련된 항목 및 배점은 지방세입금 수납처리능력 5점, 지방세입금 납부편의 증진방안 5점으로 지방자치단체 금고선정에 결정적인 요인이라고 보기 어렵고, 지방자치단체 금고지정 현황을 제시하지 아니하여 1차～3차에 걸친 쟁점공과금수납기 설치 회원조합·사무소 현황과 비교할 수 없어서 지방자치단체 금고선정에 얼마나 기여했는지 알 수 없으며, 이러한 기여로 얻은 수익에 대한 구체적인 근거자료를 제시하지 아니하였다. 회원조합을 대신하여 청구법인이 쟁점공과금수납기를 설치해 주었고 일정한 리스기간 이후 소유권이 회원조합에 귀속되므로 공과금 수납기 설치비용 절감효과 및 자산(공과금수납기)을 수증받게 되고, 고객에 서비스 및 편리성을 제공하여 회원조합의 이미지 개선효과 등의 간접적 이익을 얻게 된다.

(나) 쟁점공과금수납기 무상지원은 독립된 법인체인 청구법인과 회원조합의 일반적인 거래관계에서 공동의 이익을 위한 것이므로 「법인세법」상 접대비 판단기준에 부합한다. 쟁점금융리스료 대납은 법인격을 가지고 있는 법인들 간의 일반적인 거래관계에서 발생한 거래로서 청구법인과 회원조합 간의 일반적인 거래관계에서 공동의 이익 증진 및 발전을 위하여 지원해 준 것으로 볼 수 있고, 회원조합과 공동의 이익을 위하여 것이므로 사업관련성이 있으며, 모든 회원조합에 쟁점공과금수납기를 무상지원한 것이 아니라 공과금 수납기 미보유 회원조합OOO에만 지원하였으므로 접대비에 부합한다.

(3) 쟁점③에 대하여

(가) 청구법인은 자산인 개발비로 회계처리하여야 할 비용을 당기 비용으로 인식한 것이다. 청구법인이 쟁점인건비를 사용하여 개발한 쟁점시스템은 외부 OOO업체와 청구법인의 전담인력이 공동으로 개발한 것인데, 청구법인이 외부업체에 제공한 외주비용은 자산으로 인식하여 5년 간 감가상각하는 것으로 처리하였음에도 불구하고 전담직원 인건비는 자체 인건비로 다르게 처리하였는바, 이는 같은 것을 다르게 처리한 불합리한 비용인식이므로 쟁점인건비도 자산으로 인식하여 즉시상각의제한 처분청의 이 건 과세처분은 적법하다. 기업회계기준서 제3호 용어의 정의상 쟁점시스템 개발착수는 개발에 해당되는 활동에 해당한다. 기업회계기준서 용어의 정의에서 (다)‘연구’는 새로운 과학적 또는 기술적 지식을 얻기 위해 수행하는 독창적이고 계획적인 탐구활동을 말하고 (라)‘개발’은 상업적인 생산 또는 사용 전에 연구결과나 관련 지식을 새롭거나 현저히 개량된 재료, 장치, 제품, 공정, 시스템 및 용역의 생산을 위한 계획이나 설계에 적용하는 활동이라고 규정하고 있고, 청구법인은 2006년 8월 및 2009년 12월 구체적인 시스템 구축 추진(안)을 만들어 시스템개발을 위한 계획이나 설계에 적용하는 활동을 시작하였으므로 시스템 개발시점은 개발단계에 해당한다. 기업회계기준서 제3호 문단41에서 개발단계에서 발생한 지출은 조건충족시 무형자산으로 인식하도록 규정되어 있으므로 개발단계에서 외부공급업자가 제공한 장치 및 시스템에 대한 대체안을 제안, 평가하는 활동을 하는 내부직원 인건비는 개발비 자산으로 계상해야한다. 쟁점시스템 개발시점은 기업회계기준서 제3호 문단41에서 규정한 조건을 모두 충족하고 있어 개발단계에 해당한다. 청구법인은 시스템을 사용하기 위해 개발하고 있고(기업의 의도), 시스템 개발이 가능한 외주업체를 선정하여 계약을 체결하여 개발에 착수하였으며(기술적 실현가능성), 완성된 무형자산을 사용할 수 있는 능력이 있으며(기업의 능력), 시스템 구축 추진(안)에서 제시한 것과 같이 양질의 종합금융서비스를 고객과 사용자에게 제공하여 사업경쟁력을 강화하기 위해 시스템을 개발하며(미래 경제적 효익 창출), 추진(안)에 보면 개발조직, 구축 소요예산 및 예산조치를 편성(기술적, 금전적 자원 확보가능성)하였고, 개발단계에서 발생한 시스템 개발비용을 신뢰성있게 측정할 수 있으므로 문단41에서 규정한 모든 조건을 충족한다. 문단43 개발단계에 속하는 활동의 일반적인 예를 보면 쟁점시스템은 (라) 새롭거나 개선된 재료, 장치, 제품, 공정, 시스템 및 용역 등에 대하여 최종적으로 선정된 안을 설계, 제작 및 시험하는 활동에 해당하므로 연구단계와 개발단계로 구분할 수 없는 경우에 해당하지 않는다. 문단47을 보면 내부적으로 창출된 무형자산의 취득원가는 그 자산의 창출, 제조, 사용준비에 직접 관련된 지출과 합리적으로 일관성있게 배분된 간접 지출을 포함하도록 규정되었으며, 취득원가에 포함되는 항목의 예를 보면 무형자산의 창출에 직접 종사한 인원에 대한 인건비 및 연구소장 또는 연구지원실 관리직원의 인건비 등 간접비도 포함하고 있으므로 쟁점인건비는 무형자산의 취득원가에 포함되어야 한다.

(나) 청구법인은 쟁점인건비를 결산상 무형자산(개발비)로 처리하지 아니한 이상 「법인세법 시행령」제24조 제1항 제2호 바목 후단에 따라 세무상 감가상각 대상자산으로도 처리할 수 없다고 주장하나, 「법인세법」이 법인이 개발비로 계상하지 아니한 금액은 그 지급이 확정된 사업연도의 손금에 산입한다고 규정한 취지는 법인이 회계기준을 적정하게 반영하여 회계처리한 것을 존중한다는 것이지, 회계기준을 잘못 적용하여 회계처리한 것까지 인정하겠다는 것은 아니므로, 청구법인이 외주비용은 자산으로 인식하여 5년 간 감가상각하는 것으로 처리하였음에도 전담직원의 인건비는 자체인건비로 달리 처리한 것은 비합리적인 비용인식으로 이 건 과세처분은 정당하며, 청구법인의 주장은 이유가 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점대위변제금이 원금이 아닌 이자수익부터 충당된 것으로 볼 수 있는지 여부

② 회원조합에 쟁점공과금수납기를 설치해 주고 쟁점금융리스료를 대납한 것에 대하여 접대비로 보아 과세한 처분의 당부

③ 쟁점시스템 개발시 투입한 청구법인 임직원의 쟁점인건비가 무형자산(개발비)에 해당하는지 여부

나. 관련 법령

(1) 법인세법

제3조(과세소득의 범위) ③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

1. 제조업, 건설업, 도매업·소매업, 소비자용품수리업, 부동산·임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

2. 「소득세법」 제16조 제1항에 따른 이자소득

3. 「소득세법」 제17조 제1항에 따른 배당소득

4. 주식·신주인수권(新株引受權) 또는 출자지분(出資持分)의 양도로 인하여 생기는 수입

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입

6. 「소득세법」 제94조 제1항 제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인하여 생기는 수입

7. 제1호부터 제6호까지의 규정 외에 대가(對價)를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령으로 정하는 것

제19조의2(대손금의 손금불산입) ① 내국법인이 보유하고 있는 채권 중 채무자의 파산 등 대통령령으로 정하는 사유로 회수할 수 없는 채권의 금액(이하 "대손금"이라 한다)은 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다.

제23조(감가상각비의 손금불산입) ① 고정자산에 대한 감가상각비는 내국법인이 각 사업연도에 손금으로 계상한 경우에만 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액(이하 이 조에서 "상각범위액"이라 한다)의 범위에서 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입하고, 그 계상한 금액 중 상각범위액을 초과하는 부분의 금액은 손금에 산입하지 아니한다. 다만, 해당 내국법인이 법인세를 면제·감면받은 경우에는 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 감가상각비를 손금에 산입하여야 한다.

제25조(접대비의 손금불산입) ⑤ 제1항부터 제3항까지의 규정에서 "접대비"란 접대비 및 교제비, 사례금, 그 밖에 어떠한 명목이든 상관없이 이와 유사한 성질의 비용으로서 법인이 업무와 관련하여 지출한 금액을 말한다.

제40조(손익의 귀속사업연도) ① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제73조(원천징수) ① 다음 각 호의 금액(금융보험업을 하는 법인의 수입금액을 포함하되, 대통령령으로 정하는 금융회사 등에 지급되는 소득으로서 대통령령으로 정하는 것과 법인세가 부과되지 아니하거나 면제되는 소득 등 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)을 내국법인에 지급하는 자(이하 이 조에서 “원천징수의무자”라 한다)가 그 금액을 지급하는 경우에는 지급하는 금액에 100분의 14( 「소득세법」제16조 제1항 제11호의 비영업대금의 이익인 경우에는 100분의 25)의 세율을 적용하여 계산한 금액에 상당하는 법인세를 원천징수하여 그 징수일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 납세지 관할 세무서등에 납부하여야 한다.

1. 「소득세법」제127조 제1항 제1호의 이자소득금액

2. 「소득세법」제127조 제1항 제2호의 배당소득금액[같은 법 제17조 제1항 제5호에 따른 집합투자기구로부터의 이익 중「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 투자신탁(이하 제8항에서 “투자신탁”이라 한다)의 이익만 해당한다]

(2) 법인세법 시행령

제2조(수익사업의 범위) ① 「법인세법」(이하 "법"이라 한다) 제3조 제3항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하 "한국표준산업분류"라 한다)에 의한 각 사업중 수익이 발생하는 것을 말한다. 다만, 다음 각 호의 사업을 제외한다.

8. 금융 및 보험 관련서비스업중 다음 각목의 사업

가. 「예금자보호법」에 의한 예금보험기금 및 예금보험기금채권상환기금을 통한 예금보험 및 이와 관련된 자금지원·채무정리 등 예금보험제도를 운영하는 사업

나. 「농업협동조합의 구조개선에 관한 법률」 및 「수산업협동조합법」에 의한 상호금융예금자보호기금을 통한 예금보험 및 자금지원 등 예금보험제도를 운영하는 사업

제19조의2(대손금의 손금불산입) ① 법 제19조의2 제1항에서 "대통령령으로 정하는 사유로 회수할 수 없는 채권"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 「상법」에 따른 소멸시효가 완성된 외상매출금 및 미수금

2. 「어음법」에 따른 소멸시효가 완성된 어음

3. 「수표법」에 따른 소멸시효가 완성된 수표

4. 「민법」에 따른 소멸시효가 완성된 대여금 및 선급금

5. 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따른 회생계획인가의 결정 또는 법원의 면책결정에 따라 회수불능으로 확정된 채권

6. 「민사집행법」 제102조에 따라 채무자의 재산에 대한 경매가 취소된 압류채권

7. 물품의 수출 또는 외국에서의 용역제공으로 발생한 채권으로서 외국환거래에 관한 법령에 따라 한국은행총재 또는 외국환은행의 장으로부터 채권회수의무를 면제받은 것

8. 채무자의 파산, 강제집행, 형의 집행, 사업의 폐지, 사망, 실종 또는 행방불명으로 회수할 수 없는 채권

9. 부도발생일부터 6개월 이상 지난 수표 또는 어음상의 채권 및 외상매출금(중소기업의 외상매출금으로서 부도발생일 이전의 것에 한정한다). 다만, 해당 법인이 채무자의 재산에 대하여 저당권을 설정하고 있는 경우는 제외한다.

10. 「국세징수법」 제86조 제1항에 따라 납세지 관할세무서장으로부터 국세 결손처분을 받은 채무자에 대한 채권(저당권이 설정되어 있는 채권은 제외한다)

11. 회수기일이 6개월 이상 지난 채권 중 채권가액이 20만원 이하(채무자별 채권가액의 합계액을 기준으로 한다)인 채권

12. 제61조 제2항 각 호 외의 부분 단서에 따른 금융회사 등의 채권(같은 항 제13호에 따른 여신전문금융회사인 신기술사업금융업자의 경우에는 신기술사업자에 대한 것에 한정한다) 중 다음 각 목의 채권

가. 금융감독원장이 기획재정부장관과 협의하여 정한 대손처리기준에 따라 금융회사 등이 금융감독원장으로부터 대손금으로 승인받은 것

나. 금융감독원장이 가목의 기준에 해당한다고 인정하여 대손처리를 요구한 채권으로 금융회사 등이 대손금으로 계상한 것

13. 「중소기업창업 지원법」에 따른 중소기업창업투자회사의 창업자에 대한 채권으로서 중소기업청장이 기획재정부장관과 협의하여 정한 기준에 해당한다고 인정한 것

③ 제1항 각 호의 대손금은 다음 각 호의 어느 하나의 날이 속하는 사업연도의 손금으로 한다.

1. 제1항 제1호부터 제7호까지의 규정에 해당하는 경우에는 해당 사유가 발생한 날

2. 제1호 외의 경우에는 해당 사유가 발생하여 손금으로 계상한 날

제24조(감가상각자산의 범위) ① 법 제23조 제2항에서 “건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령이 정하는 자산”이라 함은 다음 각 호의 고정자산(제2항의 자산을 제외하며, 이하 “감가상각자산”이라 한다)을 말한다.

2. 다음 각 목의 1에 해당하는 무형고정자산

바. 개발비 : 상업적인 생산 또는 사용 전에 재료ㆍ장치ㆍ제품ㆍ공정ㆍ시스템 또는 용역을 창출하거나 현저히 개선하기 위한 계획 또는 설계를 위하여 연구결과 또는 관련 지식을 적용하는데 발생하는 비용으로서 당해 법인이 개발비로 계상한 것(산업기술연구조합육성법에 의한 산업기술연구조합의 조합원이 동 조합에 연구개발 및 연구시설 취득 등을 위하여 지출하는 금액을 포함한다)

제31조(즉시상각의 의제) ① 법인이 감가상각자산을 취득하기 위하여 지출한 금액과 감가상각자산에 대한 자본적 지출에 해당하는 금액을 손금으로 계상한 경우에는 이를 감가상각한 것으로 보아 상각범위액을 계산한다.

제72조(자산의 취득가액 등) ② 법 제41조제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산 : 매입가액에 취득세, 등록면허세, 그 밖의 부대비용을 가산한 금액[법인이 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 호에서 "건물등"이라 한다)을 함께 취득하여 토지의 가액과 건물등의 가액의 구분이 불분명한 경우 법 제52조제2항에 따른 시가에 비례하여 안분계산한다]

2. 자기가 제조·생산·건설 기타 이에 준하는 방법에 의하여 취득한 자산：원재료비·노무비·운임·하역비·보험료·수수료·공과금(취득세와 등록세를 포함한다)·설치비 기타 부대비용의 합계액

(3) 법인세법 시행규칙

제56조(원천징수대상 이자소득금액의 계산) 법 제73조의 규정을 적용함에 있어서 차입금과 이자의 변제에 관한 특별한 약정이 없이 차입금과 그 차입금에 대한 이자에 해당하는 금액의 일부만을 변제한 경우에는 이자를 먼저 변제한 것으로 본다. 다만, 비영업대금의 이익의 경우에는 「소득세법 시행령」제51조 제7항의 규정을 준용한다.

(4) 기업회계기준서 제3호[무형자산]

<연구단계>

39. 프로젝트의 연구단계에서는 미래 경제적 효익을 창출할 무형자산이 존재한다는 것을 입증할 수 없기 때문에 연구단계에서 발생한 지출은 무형자산으로 인식할 수 없고 발생한 기간의 비용으로 인식한다.

40. 연구단계에 속하는 활동의 일반적인 예는 다음과 같다.

㈎ 새로운 지식을 얻고자 하는 활동

㈏ 연구결과 또는 기타 지식을 탐색, 평가, 최종 선택 및 응용하는 활동

㈐ 재료, 장치, 제품, 공정, 시스템, 용역 등에 대한 여러 가지 대체안을 탐색하는 활동

㈑ 새롭거나 개선된 재료, 장치, 제품, 공정, 시스템, 용역 등에 대한 여러 가지 대체안을 제안, 설계, 평가 및 최종 선택하는 활동

<개발단계>

41. 개발단계에서 발생한 지출은 다음의 조건을 모두 충족하는 경우에만 무형자산으로 인식하고, 그 외의 경우에는 경상개발비의 과목으로 하여 발생한 기간의 비용으로 인식한다.

㈎ 무형자산을 사용 또는 판매하기 위해 그 자산을 완성시킬 수 있는 기술적 실현가능성을 제시할 수 있다.

㈏ 무형자산을 완성해 그것을 사용하거나 판매하려는 기업의 의도가 있다.

㈐ 완성된 무형자산을 사용하거나 판매할 수 있는 기업의 능력을 제시할 수 있다.

㈑ 무형자산이 어떻게 미래 경제적 효익을 창출할 것인가를 보여줄 수 있다. 예를 들면, 무형자산의 산출물, 그 무형자산에 대한 시장의 존재 또는 무형자산이 내부적으로 사용될 것이라면 그 유용성을 제시하여야 한다.

㈒ 무형자산의 개발을 완료하고 그것을 판매 또는 사용하는 데 필요한 기술적, 금전적 자원을 충분히 확보하고 있다는 사실을 제시할 수 있다.

㈓ 개발단계에서 발생한 무형자산 관련 지출을 신뢰성 있게 구분하여 측정할 수 있다.

42. 개발단계는 연구단계보다 훨씬 더 진전되어 있는 상태이기 때문에 프로젝트의 개발단계에서는 무형자산을 식별할 수 있으며, 그 무형자산이 미래 경제적 효익을 창출할 것임을 입증할 수 있다.

43. 개발단계에 속하는 활동의 일반적인 예는 다음과 같다.

㈎ 생산 전 또는 사용 전의 시작품과 모형을 설계, 제작 및 시험하는 활동

㈏ 새로운 기술과 관련된 공구, 금형, 주형 등을 설계하는 활동

㈐ 상업적 생산목적이 아닌 소규모의 시험공장을 설계, 건설 및 가동하는 활동

㈑ 새롭거나 개선된 재료, 장치, 제품, 공정, 시스템 및 용역 등에 대하여 최종적으로 선정된 안을 설계, 제작 및 시험하는 활동

(5) 민법

제479조(비용, 이자, 원본에 대한 변제충당의 순서) ① 채무자가 1개 또는 수개의 채무의 비용 및 이자를 지급할 경우에 변제자가 그 전부를 소멸하게 하지 못한 급여를 한 때에는 비용, 이자, 원본의 순서로 변제에 충당하여야 한다.

② 전항의 경우에 제477조의 규정을 준용한다.

(6) 금융기관채권대손인정업무세칙

제3조(대손인정기준) ① 감독원장은 금융기관 채권이 은행업감독규정 제27조 제1항, 증권업감독규정 제2-4조제1항, 보험업감독규정 제7-3조제1항, 종합금융업감독규정 제26조 제1항, 상호저축은행업감독규정 제36조 제2항, 여신전문금융업감독규정 제9조 제2항, 신탁업감독규정 제28조 제1항의 규정(이하 "은행업감독규정 등의 규정"이라 한다)에 따라 "추정손실"로 분류된 경우 대손인정할 수 있다.

제6조(대손인정의 신청) ① 금융기관이 이 세칙에서 정하는 바에 따라 대손인정을 받고자 하는 경우에는 <별지 제1호>에서 정하는 서식에 따라 매분기말 1월전까지 감독원장에게 대손인정을 신청하여야 한다. 다만, 금융기관의 국외지점에서 보유하고 있는 채권과 즉시 상각이 불가피한 채권에 대한 대손인정 신청은 수시로 할 수 있다.

다. 사실관계 조사

(1) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다.

(가) 청구법인이 보증기관으로부터 대위변제받은 금액, 쟁점대위변제금의 내역 등은 아래 <표>와 같다.

<표> 쟁점대위변제금 내역 등

(단위 : 원)

◯◯◯

(나) 대출거래 약정서에는 채무자가 청구법인에 대한 채무의 이행을 지체한 경우 아래와 같이 지연배상금을 지급하여야 하는 것으로 나타난다.

◯◯◯

(다) 신용보증기금이 제공하는 대출보증 등에 적용되는 신용보증약관 제18조(보증채무 이행범위) 제1항은 보증채무의 이행범위인 원금과 이자의 대위변제 범위에 대하여 아래와 같이 규정하고 있는바, 보증채무이행금의 충당순서에 대하여는 규정하고 있지 아니한 것으로 나타난다.

◯◯◯

(라) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점대위변제금을 채무자와 청구법인 사이에 체결된 금전소비대차계약과 동일하게 원금, 이자의 순서로 충당하여야 한다고 주장하나, 신용보증기금약관 제18조에서는 보증기관이 청구법인에게 지급하여야 할 보증채무의 이행범위에 대하여 규정하고 있을 뿐 청구법인이 보증기관으로부터 지급받은 보증채무이행금의 충당순서에 관하여 규정하고 있지 아니하고, 은행여신거래에 대한 대출거래약정 내용이 대출계약의 당사자가 아닌 보증인에 불과한 보증기관에도 적용된다고 보기 어려운 점 등에 비추어, 쟁점대위변제금의 충당순서에 관한 특별한 약정이 없다고 보아 「법인세법 시행규칙」제56조를 적용하여 법인세 및 교육세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다OOO.

(2) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다.

(가) 청구법인은 일부 회원조합에 공과금 수납기 설치를 지원하고, 이에 대한 쟁점금융리스료를 대납한 것으로 나타난다.

(나) 조합 공과금수납기 무상공급 계획(안)은 2008년 9월 기업마케팅부에서 작성한 것으로, 그 목적은 조합원에게 공과금 납부 편익을 제공하고 조합과 본회 간 공동이익 증진과 발전을 위하여 본회에서 공과금 수납기를 조합에 무상공급OOO하고, 대상조합은 기기 미보유 본·지소 조합OOO이라는 내용 등이 나타난다.

(다) 쟁점금융리스료 관련 지급회의서OOO는 제목이 조합 공과금수납기 금융리스료 지급으로, 회계는 신용회계로, 관은 판매비와 관리비로, 항은 경비로, 목은 신용기타제비로, 세목은 신용기타세비로 작성되어 있다.

(라) 세무ㆍ회계 사전검토서는 청구법인의 기업마케팅부에서 청구법인의 회계 및 세무팀에 의뢰한 것으로, 제목은 조합 공과금수납기 무상지원 관련 세무회계처리 합의로, 법인세는 원안합의OOO라는 내용 등이 나타난다.

(마) 자치단체 금고지정 평가항목 및 배점기준에는 항목별 배점은 지역주민이용 편의성 15점OOO, 금고업무 관리능력 15점OOO, 지역사회기여 및 자치단체와 혐력사업 추진능력 10점OOO등으로 나타난다.

(바) OOO 정관 제5조 제1항 제1호는 회원과 조합원의 사업 및 생활개선을 위한 정보망의 구축 사업을 청구법인의 고유목적 사업으로 열거하고 있다.

(사) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점금융리스료가 수익창출에 직결되는 비용 등으로 손금산입대상이라고 주장하나, 「법인세법」상 접대비란 법인이 사업을 위하여 지출한 비용 가운데 상대방이 사업에 관련 있는 자들이고 지출의 목적이 접대 등의 행위에 의하여 사업관계자들과의 사이에 친목을 두텁게 하여 거래관계의 원활한 진행을 도모하는 데 있는 것을 말하는 것으로 기부금, 광고선전비, 판매부대비용, 노무관리비, 회의비 등과 그 구분이 명확하지 아니하므로 그 지출목적, 지출상대방 등을 기준으로 실질내용에 따라 판단하여야 하겠다.

이 건의 경우 청구법인이 제시한 증빙만으로는 쟁점금융리스료가 수익창출에 직접 관련된 비용인지 불분명한 점, 쟁점공과금수납기 무상지원은 독립된 법인체인 청구법인과 회원조합의 일반적인 거래관계에서 공동의 이익을 위한 것으로 보이는 점, 공과금 수납기 미보유 회원조합OOO에만 지원한 점 등에 비추어, 쟁점금융리스료 대납을 접대비로 보아 법인세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

(3) 마지막으로, 쟁점③에 대하여 살펴본다.

(가) 청구법인은 2006년 새로운 시스템 구축을 위한 추진팀을 구성하여 신용 OOO개발에 착수하였고, 신용 OOO의 구축은 국내 OOO개발업체를 선정하여 위탁개발용역방식으로 하되, 청구법인의 인력이 프로젝트에 참여하여 공동개발을 수행하는 형태로 한 것으로 나타난다.

(나) 청구법인은 2011년부터 한국채택 국제회계기준(OOO)의 적용이 의무화됨에 따라 신용 OOO의 구축과 별개로, 2009년 OOO의 법무회계부 OOO 추진단 산하 OOO 총괄팀, OOO 금융팀을 구성하고 IT본부 OOO개발팀을 구성하여 2010년부터 2011년까지 회계법인과 공동으로 국제회계기준 도입 프로젝트를 수행한 것으로 나타난다.

(다) 청구법인은 OOO시스템 구축과 관련한 개발전담직원의 2013사업연도 인건비 OOO원(쟁점인건비)을 당기비용으로 계상한 것으로 나타난다.

(라) 신용 OOO 구축 추진(안)은 2006년 8월 OOO가 작성한 것으로, 구축기간은 2006년 11월～2008년 9월 기간 동안 23개월, 소요비용은 OOO원, 2006년 9월～2007년 5월 기간 동안 시스템 분석 및 설계, 2007년 6월～2007년 12월 기간 동안 시스템 개발, 2008년 1월～2009년 1월 기간 동안 종합테스트/본이행업무 수행, 2009.1.28. 시스템 가동계획으로 나타나고, 시스템 구축시 외부 OOO개발인력과 외부 전문인력 및 OOO 전반의 업무 지식이 있는 OOO 직원을 시스템 개발 및 테스트 과정에 단계적으로 투입할 것OOO 등이 나타난다.

(마) 국제회계기준 도입 2단계 프로젝트 추진방안에는 국제회계기준 도입과 관련하여 OOO시스템 구축을 2009년 9월에 시작하여 2011년 9월에 구축하고, 시범가동을 거쳐 2012년 1월에 시스템을 가동할 계획이며, 도입단계에서는 회계법인과 용역계약을 체결하고, 1단계 (2010년 1월～2011년 10월)에서는 시스템을 개발하고 테스트를 수행(22개월)하며, 2단계(2011년 11월～2012년 9월)에서는 시스템 시범가동 및 가동 후 사후검증(12개월)하며, 1단계 및 2단계에서 OOO의 직원과 회계법인, OOO업체로 구성된 프로젝트 조직 구성내역 등이 나타난다.

(바) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점시스템 개발과정에 투입된 쟁점인건비는 무형자산이 아닌 당기 비용항목이라고 주장하나, 쟁점시스템이 외부 OOO업체와 청구법인의 전담인력이 공동으로 개발하였고, 외부업체에 제공한 외주비용을 자산으로 인식하여 감가상각한 점, 쟁점시스템 개발은 연구단계를 거쳐 무형자산으로 인식할 수 있는 개발단계에 속하는 것으로 보이고, 무형자산으로 인식할 수 있는 요건을 갖추고 있어 이에 대한 쟁점인건비도 무형자산의 취득원가에 포함되어야 한다는 처분청 의견이 타당한 것으로 보이는 점 등에 비추어 쟁점인건비를 개발비로 보아 이에 대한 한도초과액을 손금불산입하여 법인세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.