주식회사 코미코 외 8인 (소송대리인 법무법인 디카이온 담당변호사 서정호)

성남시 분당구청장

2010. 12. 2.

1. 원고들의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다.

피고가 2009. 6. 16.(원고 무진전자 주식회사), 2009. 6. 17.(원고 주식회사 픽셀플러스), 2009. 6. 24.(원고 피에스케이 주식회사), 2009. 6. 25.(원고 신성반도체 주식회사, 주식회사 성도이엔지), 2009. 6. 26.(나머지 원고들) 원고들에 대하여 한 별지 1. 부과내역 기재 취득세 및 농어촌특별세의 각 부과처분을 취소한다.

1. 처분 경위

가. 원고들은 판교실리콘파크조성사업조합 34개 회원사 중의 일부로서 2006. 9. 20. 경기도로부터 성남시 분당구 판교택지개발지구내 도시지원시설용지 A-1블럭 47,220㎡ 중 15,383.23㎡를 별지 1. 부과내역 기재 각 취득분(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)과 같이 취득하고, 매매대금은 별지 1. 부과내역 기재 매매대금(이하 ‘이 사건 매매대금’이라 한다)과 같이 정하였다.

나. 원고들은 2008. 9. 10.까지 경기도에 이 사건 매매대금을 전부 지급하였다.

다. 원고들은 2008. 10. 9. 피고에게 이 사건 부동산의 취득과 관련하여 취득세, 농어촌특별세(이하 ‘취득세 등’이라 한다)를 신고하면서 이 사건 부동산 중 연구시설부분에 해당하는 토지 13,749.82㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)는 지방세법 제282조 의 규정에 의한 기업부설 연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산이라는 이유로, 이 사건 토지에 해당하는 취득세 등을 감면하여 줄 것을 신청하였다.

라. 피고는 2008. 10. 9. 원고들의 위 신청을 받아들여, 원고들에 대하여 이 사건 토지의 취득과 관련한 별지 1. 부과내역 기재 각 취득세 및 농어촌특별세를 감면하였다.

마. 그 후 원고들은 경영상의 어려움 등을 이유로 경기도에 이 사건 부동산에 대한 위 매매계약의 해제를 요청하였고, 원고들과 경기도는 2009. 5. 27. 이 사건 부동산에 대하여 원고들 앞으로 소유권이전등기가 마쳐지지 아니한 상태에서 위 매매계약을 합의해제하였다.

바. 피고는 원고들에게, 취득세 등이 감면된 이 사건 토지가 위 합의해제로 인하여 과세대상으로 전환되었다는 이유로 면제되었던 취득세 등을 신고·납부하라는 안내문을 발송하였고, 이에 따라 원고들은 청구취지와 같이 면제되었던 취득세 등을 별지 1. 부과내역 기재와 같이 각 신고·납부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

사. 이 사건 처분에 불복하여 원고들은 각 이의신청을 제기하였으나 2009. 11. 25.(원고 주식회사 성도이엔지는 2009. 7. 31.) 기각되었고, 다시 조세심판원에 심판을 청구하였으나 2010. 6. 24.(원고 주식회사 성도이엔지는 2010. 10. 12.) 각 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제1, 2, 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고들 주장

다음과 같은 사유로 이 사건 처분은 위법하다.

1) 납세자가 기업부설 연구소에 직접 사용할 의사를 가지고 부동산을 취득하기만 하면 취득세 등이 면제되는 것인데, 원고들은 그러한 의사로 이 사건 토지를 취득하였으므로 그 후의 사정과는 관계없이 취득세 등이 면제되어야 한다(이하 ‘① 주장’이라 한다).

2) 원고들은 이 사건 토지에 대한 매매계약을 경기도와 합의해제하여 소유권을 상실하였으므로 취득세 등의 과세대상인 사실상의 취득행위가 존재하지 아니한다(이하 ‘② 주장’이라 한다).

3) 지방세법 제282조(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘이 사건 법률조항’이라 한다) 는 ‘대통령령이 정하는 기업부설 연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제’하도록 규정하면서, 그 단서는 ‘다만, 연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다’고 규정하고 있으므로, 이 사건 토지에 대한 위 매매계약이 합의해제된 이상 원고들에게는 더 이상 기업부설 연구소를 설립할 의무가 없게 되었다. 따라서 원고들에게는 기업부설 연구소를 설립하지 못한 ‘정당한 사유’가 있으므로 이 사건 법률조항 단서에 의한 추징사유에 해당하지 아니한다(이하 ‘③ 주장’이라 한다).

나. 쟁점 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

조세의 감면에 관한 규정은 조세의 부과 · 징수의 요건이나 절차와 직접 관련되는 것은 아니지만, 조세란 공공경비를 국민에게 강제적으로 배분하는 것으로서 납세의무자 상호간에는 조세의 전가관계가 있으므로 특정인이나 특정계층에 대하여 정당한 이유 없이 조세감면의 우대조치를 하는 것은 특정한 납세자군이 조세의 부담을 다른 납세자군의 부담으로 떠맡기는 것에 다름 아니므로 조세감면의 근거 역시 법률로 정하여야만 하는 것이 국민주권주의나 법치주의의 원리에 부응하는 것이다. 그런데, 조세감면의 우대조치는 조세평등주의에 반하고 국가나 지방자치단체의 재원의 포기이기도 하여 가급적 억제되어야 하고 그 범위를 확대하는 것은 결코 바람직하지 못하므로 특히 정책목표 달성에 필요한 경우에 그 면제혜택을 받는 자의 요건을 엄격히 하여 극히 한정된 범위 내에서 예외적으로 허용되어야 한다( 헌법재판소 1996. 6. 26. 선고 93헌바2 결정 참조). 또한, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다( 대법원 2004. 5. 28. 선고 2003두7392 판결 참조).

1) ① 주장에 관한 판단

이 사건 법률조항은 ‘대통령령이 정하는 기업부설연구소’용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대한 취득세 등을 면제하고, 연구소 설치 후 4년 내에 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 면제된 취득세 등을 추징하도록 규정하고 있다. 이에 따라 이 사건 시행령 조항은 위 법률조항의 ‘대통령령이 정하는 기업부설연구소’를 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에 기술개발촉진법 제7조 제1항 제2호 의 규정에 의한 기준을 갖춘 연구소로서 교육과학기술부장관의 인정을 받은 것으로 규정하고 있다. 한편, 기술개발촉진법 시행령 제15조 제1항 에 의하면, 기술개발촉진법 제7조 제1항 제2호 에서 정하는 기업부설 연구소는 구체적으로 일정한 인적·물적 시설을 갖춘 기업부설 연구기관으로서 교육과학기술부장관의 인정을 받은 기관을 의미한다.

위 법령 규정들에 의하면, 이 사건 법률조항은 핵심 산업기술을 중점적으로 개발하기 위한 연구개발사업을 지원하기 위한 목적으로 일정한 인적·물적 시설을 갖춘 기업부설 연구소를 설립하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 정책적으로 그 취득세 등을 면제하여 주는 전형적인 조세감면규정의 하나라고 할 것이다. 그 중 이 사건 법률조항의 본문은 일응 ‘기업부설 연구소용으로 사용한다는 목적’을 가지고 부동산을 취득하면 그 당시에 즉시 취득세 등을 면제한다고 규정하고 있고, 그 단서는 연구소 설치 후 4년 내에 연구소의 폐지 또는 용도 전용 등 연구소 설치 후의 사정변경이 있으면 취득세 등을 추징한다고 규정하고 있는바, 위 본문은 ‘취득세 등의 감면요건’을, 그 단서는 ‘취득세 등의 추징요건’을 각 규정하고 있다고 할 수 있다. 그런데, 앞서 본 바와 같이 이 사건 법률조항이 취득세 등을 면제하는 이유는 일정 수준의 기업부설 연구소의 설립을 장려하기 위한 정책적인 목적을 달성하기 위한 것이므로, 위와 같은 취득세 등의 면세 혜택을 향유하기 위하여는 ‘일정 기간 내 기업부설 연구소의 설립’이 전제가 되어야 함은 당연한 논리적 귀결이라고 할 것이다. 왜냐하면, 만일 위와 같은 전제가 인정되지 않는다고 하면, ‘연구소를 설립한다는 목적’만을 신고함으로써 취득세 및 등록세를 면제받은 후 ① 연구소를 설립하지 않은 채 당해 부동산의 소유권을 이전하는 경우 또는 ② 연구소를 무한정 설립하지 않는 경우에도 단지 이 사건 법률조항 단서가 규정하고 있는 추징 요건에 해당하지 않는다는 이유로 취득세 및 등록세의 면제 상태를 그대로 유지하는 것은 조세평등원칙에 비추어 매우 부당하고 이는 입법자가 의도하는 바도 아니기 때문이다.

그렇다면, 입법자는 기업부설 연구소의 설립을 더욱 적극적으로 장려할 목적으로, 부동산을 취득할 당시에 취득세 등을 납부하게 한 다음 과학기술부장관이 인정하는 기업부설 연구소가 설립된 이후 환급하는 방식 등을 취하지 않고, 기업부설 연구소를 설립할 목적을 밝히기만 하면 일단 부동산 취득세 등의 납부를 면제하고 실제 기업부설 연구소의 설립에 필요한 기간을 정한 다음 그 기한까지 연구소가 설치되지 않으면 비로소 취득세 등을 부과하는 방식을 택하고 있다고 보인다. 나아가 입법자는 앞서 본 바와 같이 ‘교육과학기술부장관이 인정하는 기업부설 연구소의 인적·물적 설비 기준’이 시대상황에 맞게 수시로 변경될 수 있고 이에 맞추어 ‘기업부설 연구소의 설립에 실제 필요한 기간’ 역시 변경될 수밖에 없다는 점을 고려하여 ‘기업부설 연구소의 설립에 필요한 기간’을 일률적으로 법률에 규정하는 것은 바람직하지 않다고 판단하고 이에 대해서도 이 사건 법률조항 중 ‘대통령령이 정하는 기업부설 연구소’ 부분에 위임한 것으로 해석하여야 할 것이다.

결국 입법자는, ‘연구소 설치 이후의 연구소 폐쇄 또는 용도 변경 등의 사정 변경’은 수시로 변동하거나 매우 세부적인 사항이 아니라 그 의미가 명확하고 확정적인 점을 고려하여 이 사건 법률조항 단서에서 직접 추징요건으로 규정하고 있으나, 이 사건 법률조항 본문에서는 취득세 등의 감면 요건으로서 ‘일정 기간 내 연구소 설치’를 당연히 전제한 다음 그 설치기한은 대통령령에 위임하는 형식을 취하고 있는 것이다.

따라서, 이 사건 법률조항의 취득세 등 감면 요건은 ‘교육과학기술부장관이 인정하는 기업부설 연구소 설립 목적의 부동산 취득’ 및 ‘위 연구소용 부동산 취득 후 4년 이내의 실제 설립’인바, 기업부설 연구소가 위 기간 내에 설립되지 않으면(해제조건) 종국적으로 감면요건이 이행되지 못하게 되어 취득세 면제의 효과는 위 해제조건의 성취된 시점부터 소멸한다고 할 것이다.

한편 위와 같은 이 사건 법률조항의 해석에 비추어 보면, 기업부설 연구소용 부동산을 취득하여 취득세 등을 면제받은 후 4년의 유예기간 내에 위 연구소를 설치하지 못한 이 사건의 경우는 지방세법 제120조 제3항 에서 정하고 있는 ‘이 법에 의하여 취득세를 과세면제 받은 후 당해 과세물건이 취득세 부과대상이 된 때’에 해당한다고 할 것이다. 그런데 위 지방세법 규정들에 의하면, 위와 같이 다시 취득세의 부과대상이 된 경우에는 그 사유발생일로부터 30일 이내에 취득세를 신고 납부하도록 되어 있다. 또한, 농어촌특별세법 제7조 , 제5조 에 의하면 지방세법에 의한 취득세에 대한 농어촌특별세는 당해 취득세를 신고 납부할 때 함께 신고 납부하여야 한다.

결국 위와 같은 이 사건 법률조항의 입법취지, 이 사건 취득세 등의 감면 방식, 이 사건 법률조항과 관련 기술개발촉진법 규정의 내용 등에 비추어 볼 때, 기업부설 연구소에 직접 사용할 의사를 가지고 부동산을 취득하기만 하면 취득세 등 면제요건을 확정적으로 충족하였음을 전제로 하는 원고들의 위 주장은 이유 없다.

2) ② 주장에 관한 판단

취득세는 그 부동산의 취득행위를 과세객체로 하여 부과하는 행위세이므로 그에 대한 조세채권은 그 취득행위라는 과세요건사실이 존재함으로써 당연히 발생하는 것이고 등기여부와 상관없음은 물론이고, 일단 적법하게 취득한 다음에는 그 후 합의에 의하여 계약을 해제하고 반환하는 경우에도 이미 성립한 조세채권의 행사에 영향을 줄 수 없다( 대법원 1988. 10. 11. 선고 87누377 판결 등 참조).

앞에서 본 바와 같이, 원고들은 2008. 9. 10. 경기도에 이 사건 토지에 대한 매매대금의 잔금지급을 완료하여 이 사건 토지를 취득하였고, 그 후 경기도와 합의에 의해 위 매매계약을 해제한 것이므로, 위 취득시에 원고들에 대하여 이미 성립한 피고의 취득세 등 조세채권은 위 합의해제로 인하여 소멸하지 않는다고 보아야 한다. 따라서 합의해제로 조세채권이 소멸하였음을 전제로 하는 원고들의 위 주장도 이유 없다.

3) ③ 주장에 관한 판단

구 지방세법(2002. 12. 30. 법률 제6838호로 개정되기 전의 것) 제276조 제1항 에서 말하는 '정당한 사유'란 그 취득 토지를 공장용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 못한 사유가 행정관청의 사용 금지·제한 등 외부적인 사유로 인한 것이거나 또는 내부적으로 토지를 공장용 건축물 등의 용도에 사용하기 위하여 정상적인 노력을 하였음에도 불구하고 시간적인 여유가 없거나 기타 객관적인 사유로 인하여 부득이 위 용도에 사용할 수 없는 경우를 말하는 것이고, 토지의 취득자가 그 자체의 자금사정이나 수익상의 문제 등으로 공장용 건축물 등의 용도에 직접 사용하기를 포기한 경우는 이에 포함되지 아니하고( 대법원 2003. 12. 12. 선고 2003두9978 판결 참조), 이 법리는 지방세법 제282조 의 해석에도 동일하게 적용된다고 할 것이다.

앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고들은 2008년 말경 갑작스런 전세계 금융위기의 발생으로 경영상의 어려움을 겪게 되어 경기도에 이 사건 토지에 대한 위 매매계약의 해제를 요청하였고, 이에 따라 경기도는 심의위원회 심의를 거쳐 위 매매계약을 해제하기로 결정하고 이 사건 매매대금에서 계약금을 차감한 후 이자상당액을 가산한 금액에서 원고들이 경기도에 지급할 손해배상금을 차감한 잔액을 원고들에게 지급하여 위 매매계약의 해제와 관련한 정산을 마친 사실을 인정할 수 있다.

위 인정사실에 의하면, 위 매매계약의 해제는 원고들의 경영 및 자금사정에 기인한 것이고, 행정관청의 사용 금지·제한 등 외부적인 사유로 인한 것이거나 또는 원고들이 정상적인 노력을 하였음에도 불구하고 객관적인 사유로 인하여 부득이하게 발생한 것이 아니므로, 원고들이 이 사건 토지를 기업부설 연구소 용도에 사용하지 아니한 것에 대하여는 이 사건 법령 단서에서 규정한 ‘정당한 사유’가 존재한다고 볼 수 없을 뿐만 아니라, 이 사건 처분은 원고들이 이 사건 법령 본문의 취득세 등 면제요건에 해당하지 아니함을 사유로 하는 것이므로, 원고들의 위 주장도 이유 없다.

4) 소결

결국, 감면요건이 불이행되었음을 사유로 한 이 사건 처분은 적법하다

3. 결론

그렇다면, 원고들의 이 사건 청구는 모두 이유 없으므로 이를 각 기각한다.

[별지 생략]