국심1998중0986 (1999.02.12)

양도

경정

국세환급가산금에 관하여 국세기본법 제52조 제3호에 규정된 세액 환급금의 결정일은 청구조합의 환급신청이 있은 날로부터 30일이 되는 1996.7.25로 보아야 하므로 처분청이 세액 환급가산금의 기산일을 환급결정일인 1997.11.30 다음날로 본 것은 잘못이 있다고 판단됨

국세기본법 제65조【결정】 / 조세감면규제법 제62조【지방이전기업등의 설비투자에 대한 세액공제】

국심1996서3173 / 국심1995경3588 / 국심1994서0113

중랑세무서장이 1997.11.30 청구조합에게 서울특별시 중랑구 OO동 OOOOO 외 12필지 15,448㎡의 양도소득세(207,760,930원)를 환급한 처분은,

1. 양도소득세 면제세액을 1983.2.23 개정된 조세감면규제법시행규칙 제19조 제1항 및 제2항에 의한 산식에 의거 계산하여 환급하며,

2. 청구조합이 1996.6.25 신청한 국세환급가산금은 1996.7.26부터 1997.11.30까지의 기간에 대하여 계산한 금액을 국세환급금에 가산하고,

3. 나머지 청구는 이를 기각한다.

1. 원처분 개요

청구조합은 서울특별시 중랑구 OO동 OOOOO 외 12필지 15,448㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 1989.12.13 매입하여 그 위에 국민주택규모의 조합아파트를 건축한후 1992.3.13 가사용승인, 1996.3.28 사용검사필증을 교부받고 1996.6.25 쟁점토지의 양도자들이 납부한 양도소득세 299,613,540원(이하 “쟁점세액”이라 한다)의 환급을 처분청에 신청하였다가 환급불가 통보를 받았으나 1997.5.27 국세심판소에 심판청구를 제기하여 1997.9.5 처분청의 거부처분에 대한 취소를 받았다.

처분청은 국세심판소 결정에 따라 쟁점세액의 환급세액을 결정함에 있어 양도소득세 면제세액을 재계산하고 면제에 따른 방위세를 차감한 207,760,930원을 1997.11.30 청구조합에 환급하였다.

청구조합은 이에 불복하여 1998.1.16 심사청구를 거쳐 1998.4.20 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

(1) 국세심판소가 처분청의 이건 환급거부처분에 대한 취소를 결정하면서 “양도소득세(299,613,540원) 환급신청에 대한 거부처분은 이를 취소한다”고 하였으므로 처분청은 국세기본법 제80조 등에 의거 당연히 쟁점세액 전액을 환급하여야 함에도 환급세액을 전액 환급하지 않은 것은 부당하다.

(2) 처분청은 조세감면규제법 제62조 제1항의 본문에 따라 쟁점세액을 전액 환급하여야 함에도 동조 제1항 단서 규정을 적용하여 공공시설용지 비율을 27.97%로 하여 이를 제외한 72.03%만 국민주택용지로 보아 양도소득세 환급세액을 결정하는 것은 부당하다.

(3) 청구조합은 쟁점토지를 1989.12.13 취득하여 그 위에 국민주택을 신축한후 1990.1월 납부한 양도소득세 환급을 1996.6.25 신청하였는 바, 적법하게 납부된 국세를 관련규정에 따라 감면하면서 방위세가 폐지된 이후인 1997년에 양도소득세가 1989년에 감면된 것으로 보고 방위세를 소급과세함은 부당하며, 1989년으로 소급적용한다고 하더라도 국세기본법에서 규정한 국세부과의 제척기간(5년)이 경과하였으므로 할증과세할 수 없다.

(4) 청구조합은 1989.12월에 국민주택 건설용지를 매입하였고 쟁점토지의 양도자는 양도소득세를 1990.1월 납부하였으므로 1989년 양도분 양도소득세의 정기결정일은 1990.7.31이므로 국세기본법 제52조 제2호에 의거 국세환급가산금의 기산일은 1990.8.1이 되어야 한다. 설령 국세환급금의 기산일에 대하여 국세기본법 제52조 제3호를 적용하더라도 그 결정일은 처분청의 환급결정일(1997.11.30)이 아닌 청구조합에 환급불가를 통보한 날(1997.1.30)로 보아 국세환급가산금을 결정하여야 한다.

나. 국세청장 의견

(1) 1989.12.30 법률 제4165호로 개정되기 전의 조세감면규제법 제62조 제1항 본문에서 내국인의 토지를 “주택건설촉진법에 의한 국민주택규모 이하의 주택의 건설용지”로 양도하는 경우 당해 국민주택이 준공된후 소정의 환급신청에 의거 납부한 양도소득세를 사후에 환급하도록 규정하고 있는 바, 국민주택부분외의 상가 등 기타부분에 대하여는 위의 조항이 적용되지 아니함을 알 수 있으므로 상가 등 국민주택이외의 부분에 대하여 양도소득세를 감면배제한 당초 처분은 적법하다.

(2) 소득세액을 과세표준으로 하는 방위세는 1990.12.31까지 효력이 있으나 1985.12.23 법률 제3795호로 개정된 방위세법 부칙 제2조에서 「이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 부과하였거나 부과할 방위세에 관하여는 종전의 예에 의한다」고 규정하고 있고,

국세기본법 제26조의2 제2항에서 「심판청구 결정이 있는 날부터 1년이 경과되기 전까지는 당해 결정에 따라 경정결정 기타 필요한 처분을 할 수 있다」고 규정하고 있으므로 처분청이 1997.9.5 심판결정에 따라 1989년 귀속 양도소득세를 1997.11.30 결정하면서 국민주택건설용지에 대한 감면세액을 재계산하여 감면세액에 대한 방위세율을 50% 할증하여 과세한 처분은 적법하다.

(3) 국세기본법 제52조 제3호에서 「적법하게 납부된 국세에 대한 감면으로 인한 국세환급금에 있어서는 그 결정일」 다음날부터 충당하는 날 또는 지급결정을 하는 날까지의 기간에 대하여 국세환급가산금을 국세환급금에 가산하도록 규정하고 있으므로 처분청이 그 환급가산금의 기산일을 국세기본법 제52조 제3호의 규정에 의거 환급결정일인 1997.11.30로 하여 결정한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 쟁점세액 환급신청의 거부처분에 대한 국세심판소 결정의 효력범위

(2) 국민주택 건설용지로 양도한 쟁점토지의 양도소득세 면제범위

(3) 이건 양도소득세 면제액에 방위세를 할증과세한 처분의 당부

(4) 이건 국세환급가산금의 기산일을 언제로 볼 것인지

나. 관련법령

(1) 청구 ① 관련

국세기본법 제65조 제1항은 『심사청구에 대한 결정은 다음 각호의 규정에 의하여야 한다.

1-2. 생 략

3. 심사청구가 이유있다고 인정되는 때에는 그 청구의 대상이 된 처분의 취소·경정 또는 필요한 처분의 결정을 한다』고 규정하고 있고

같은법 제80조 제1항은 『제81조에서 준용하는 제65조의 규정에 의한 결정은 관계행정청을 기속한다』고 규정하면서 같은조 제2항은 『심판청구에 대한 결정이 있은 때에는 당해 행정청은 결정의 취지에 따라 즉시 필요한 처분을 하여야 한다』고 규정하고 있다.

또한 같은법 제81조는 『제61조 제3항 및 제4항·제63조와 제65조의 규정은 심판청구에 관하여 이를 준용한다. 다만, 제63조 제1항 중 “20일내의 기간”은 이를 “상당한 기간”으로, 제65조 제2항 중 “60일”은 이를 “90일”로 한다』고 규정하고 있다.

(2) 청구 ② 관련

1989.12.30 법률 제4165호로 개정되기 전의 조세감면규제법 제62조 제1항은 『내국인이 토지(대통령령이 정하는 토지를 제외한다)를 주택건설촉진법에 의한 국민주택규모이하의 주택(이하 “국민주택”이라 한다)의 건설용지로 양도하고 이를 취득한 자가 대통령령이 정하는 기한내에 국민주택을 건축한 경우에는 당해토지를 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세 또는 특별부가세를 그 토지를 양도한 내국인에게 환급한다. 다만, 한국토지개발공사법에 의한 한국토지개발공사 기타 대통령령이 정하는 실수요자에게 양도하는 경우에는 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다』고 규정하고 있고

같은법시행령 제50조 제2항은 『법 제62조 제1항에서 “대통령령이 정하는 기한”이라 함은 당해토지를 매입한 날로부터 3년이 되는 날을 말한다』고 규정하고 있으며

같은법시행령 같은조 제3항은 『법 제62조 제1항 단서에서 “대통령령이 정하는 실수요자”라 함은 다음의 자를 말한다.

1. 대한주택공사법에 의하여 설립된 대한주택공사

2. 주택건설촉진법 제6조의 규정에 의하여 등록한 주택건설사업자』라고 규정하고 있고

같은법시행령 같은조 제8항은 『법 제62조 제1항 단서에 규정하는 실수요자가 주택을 건설함에 있어서 국민주택과 그 이외의 주택을 함께 건설하는 경우의 면제세액의 계산에 관하여는 재무부령으로 정한다』고 규정하고 있다.

또한 같은법시행규칙 제19조 제1항은 『영 제50조 제8항에 규정하는 면제세액은 대한주택공사 등에 양도한 토지의 양도차익에 대한 양도소득세 또는 특별부가세의 산출세액에 당해양도토지면적에 대한 국민주택건설용지면적의 비율을 곱하여 계산한 금액으로 한다』고 규정하고 있고

같은법시행규칙 같은조 제2항은 『제1항의 국민주택건설용지의 면적은 다음에 의하여 계산한 면적으로 한다.

1. 아파트인 국민주택을 건설하는 경우에는 다음 각목의 면적을 합산한 면적

가. 당해양도토지면적에 아파트 총대지면적에 대한 공공시설용지면적의 비율을 곱하여 계산한 면적

나. 당해양도토지면적중 “가”목의 면적을 제외한 잔여토지면적에 국민주택과 그 이외의 주택의 건물총면적에 대한 국민주택건물총면적의 비율을 곱하여 계산한 면적』이라고 규정하고 있다.

(3) 청구 ③ 관련

국세기본법 제26조의2는 제1항 제1호에서 “소득세·방위세 등은 이를 부과할 수 있는 날로부터 5년의 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다”고 규정하고, 제2항에서 “제7장의 규정에 의한 이의신청·심사청구·심판청구·감사원법에 의한 심사청구 또는 행정소송법에 의한 소송의 제기가 있는 경우에는 제1항의 규정에 불구하고 그 판결 또는 결정이 확정된 날로부터 1년이 경과하기 전까지는 당해판결 또는 결정에 따라 경정결정 기타 필요한 처분을 할 수 있다”고 규정하고 있다.

1985.12.23 법률 제3795호로 개정된 방위세법 제2조는 제1항 제2호에서 “소득세법의 규정에 의한 소득세의 납세의무자”는 방위세를 납부할 의무가 있다고 규정하고 있으며, 제2항에서 “조세감면규제법의 규정에 의하여 관세·소득세 또는 법인세가 부과되지 아니하거나 그 감면 또는 공제를 받는 자도 제1항 제1호 내지 제3호의 규정에 의한 납세의무자로 본다”고 규정하고 있고

같은 법 제4조 제1항 제2호에서 방위세 세율을 “소득세 과세표준금액이 년 840만원(월 70만원)이하인 경우 100분의 10, 소득세과세표준금액이 년 840만원(월 70만원)을 초과하는 경우 100분의 20. 다만, 조세감면규제법에 의하여 소득세가 감면(조세가 부과되지 아니하거나 공제되는 경우를 포함한다)되는 경우에 그 감면되는 세액에 대하여는 당해 세율에 그 100분의 50을 각각 가산한다”고 규정하고 있다.

한편 1985.12.23 법률 제3795호로 개정된 같은법 1975.7.16 제정(법률 제2768호) 부칙은 제2조는 “이법은 1990년 12월 31까지 효력을 가진다”고 규정하고 있으며, 제4조는 “소득세액을 과세표준으로 하는 방위세에 있어서는 이 법 시행일이 속하는 과세기간 개시일로부터 1990년 12월 31까지 발생하는 소득에 대하여 이 법을 적용한다”고 규정하고 있고

1990.12.31 법률 제4280호로 제정된 방위세법 폐지법률 부칙 제2조는 “이법 시행당시 종전의 방위세법에 의하여 부과하였거나 부과 또는 환급하여야 할 방위세에 관하여는 종전의 규정에 의한다”고 규정하고 있다.

(4) 청구 ④ 관련

국세기본법 제52조 제3호에서 “적법하게 납부된 국세에 대한 감면으로 인한 국세환급금을 다른 국세 등에 충당하거나 환급하는 때에는 위 국세환급금의 결정일의 다음날로 부터 충당하는 날 또는 지급결정을 하는 날까지의 기간에 대한 국세환급가산금을 국세환급금에 가산하여야 한다”고 규정하고 있으며

조세감면규제법 제62조 제1항, 같은법시행령 제50조 제9항 및 제11항에서 “국민주택건설용지에 대한 양도소득세의 환급신청을 받은 세무서장은 지체없이 국민주택건설용 토지세액환급금을 결정하고, 그 결정일로부터 30일 이내에 이를 환급하여야 한다”고 규정하고 있다.

다. 심리 및 판단

(1) 청구 ①인 국세심판소가 결정한 처분청의 쟁점세액 거부처분에 대한 취소의 효력에 대하여 살펴본다.

① 먼저 이건 사실관계를 보면 청구조합은 1989.12.13 쟁점토지를 매입하여 그 위에 국민주택규모의 조합아파트를 건축한후 1996.6.25 쟁점토지의 양도자들이 납부한 쟁점세액의 환급을 신청하였다가 거부처분을 받고 국세심판소에 1997.5.27 심판청구를 제기하여 1997.9.5 처분청의 거부처분에 대한 취소를 받은 것으로 확인되고 있다.

② 당시 국세심판소 결정문 중 주문을 보면 “처분청이 청구조합에게 한 쟁점토지의 쟁점세액 환급신청에 대한 거부처분은 이를 취소한다”고 되어 있는 바, 동 내용은 청구인이 신청한 쟁점세액의 환급을 처분청이 거부한 것에 대한 취소이지 청구 주장과 같이 쟁점세액 전체를 환급하라는 결정은 아닌 것으로 보아야 한다.

③ 이에 따라 청구조합이 환급신청한 쟁점세액에 대하여 처분청이 면제세액을 재계산하고 이에 따라 면제된 양도소득세를 환급한 처분은 적법하다고 판단된다.

(2) 청구 ②인 쟁점토지 양도소득세 면제범위에 대하여 살펴본다.

① 처분청은 청구조합에게 쟁점세액을 면제하면서 면제세율을 아파트 총대지면적인 27,959.7㎡에서 국민주택건설용지에 사용한 면적인 20,138.432㎡가 차지하는 비율인 72.02%를 적용하여 면제한 것으로 양도소득세 결정결의서에 의하여 확인되고 있다.

② 이에 대하여 청구조합은 상가 및 유치원 면적만 양도소득세 감면에서 제외되는 공공시설용지로 보아야 하므로 건물연면적인 79,624㎡ 중 상가 및 유치원연면적인 3,156.7㎡가 차지하는 3.96%를 제외한 96.04%를 면제하여야 한다고 주장하고 있다.

③ 이 건의 경우는 청구조합이 대단위 아파트를 건설한 경우에 해당되므로 쟁점세액 면제범위도 쟁점토지 양도당시의 조세감면규제법시행규칙 제19조 제1항 및 제2항의 주택건설등록업자에게 적용된 사전 감면산식을 준용하여 환급세액을 계산하는 것이 합리적이라고 여겨지므로 쟁점토지 면적인 15,448㎡에 아파트 총대지면적에 대한 공공시설용지의 비율(상가 및 유치원용지면적 제외)을 곱하여 계산한 면적과 쟁점토지중 공공시설용지비율을 제외한 잔여토지면적에 국민주택과 그 이외의 주택(상가 및 유치원)의 건물총면적에 대한 국민주택건물총면적의 비율을 곱하여 계산한 면적을 합산한 면적의 비율을 면제하는 것이 타당하다고 판단되며(일반주택의 경우는 공공시설용지가 없으므로 처분청이 계산한 것처럼 국민주택건설용지만 양도소득세를 면제하면 된다) 더구나 주택조합의 경우 1989.12.13 청구조합이 쟁점토지를 매입할 때는 주택건설촉진법에 의하여 등록한 주택건설사업자와 동일한 지위를 가지고 있지 않다고 보아 당시 조세감면규제법 제62조 제1항에서 규정한 바와 같이 환급대상이었으나 이후 동 내용이 변경되어 주택건설업자와 동일한 지위를 가지고 있다고 해석하고 있으므로(국심 96서3173, 1997.6.27 합동회의 같은 뜻임) 위 감면산식을 원용하여 면제세액을 계산함이 위 선결정의 취지에 부합된다 하겠다.

(3) 다음으로 청구 ③인 국세를 부과할 수 있는 기간이 만료된 후에 심판청구결정에 따라 방위세를 할증과세한 처분이 부당하다는 주장에 대하여 살펴본다.

① 청구조합은 방위세가 폐지된 이후인 1997년에 1989년에 양도소득세가 면제된 것으로 보고 방위세를 소급과세함은 부당하다고 주장하고 있으나 위 관련 법령인 방위세법 부칙 제4조에서 “소득세액을 과세표준으로 하는 방위세에 있어서는 이 법 시행일이 속하는 과세개시일부터 1990.12.31까지 발생하는 소득에 대하여 이법을 적용한다”고 규정하고 있고 방위세법 폐지법률(법률 제4280호, 1990.12.31) 부칙 제2조에서 “이 법 시행당시 종전의 방위세법에 의하여 부과하였거나 부과 또는 환급하여야 할 방위세에 관하여는 종전의 규정에 의한다”고 규정하고 있는 바 이건 쟁점토지 양도소득은 방위세법 폐지이전인 1989.12.13 양도소득이 발생한 것으로 확인되고 있으므로 방위세를 소급과세함은 부당하다는 청구조합의 주장은 받아들이기 어렵다.

② 한편 청구조합은 이건 방위세가 국세부과의 제척기간을 경과하여 부과되었다고 주장하고 있으나 처분청이 우리 심판소가 1997.9.5 심판한 결정에 따라 1989년 귀속 양도소득세를 1997.11.30 재계산하여 결정하면서 이에 따른 양도소득세 면제분에 대하여 방위세를 과세하였으므로 이건 방위세는 위 국세기본법 제26조의2 제2항에 의하여 국세부과제척기간이 경과하지 아니한 것으로 보아야 한다.

③ 또한 양도소득세의 면제와 방위세의 할증은 별개의 사안이 아니라 서로 연계하여 이루어지는 하나의 처분이라 할 것이므로(국심 95경3588, 1996.4.25 같은 뜻임) 처분청이 쟁점토지 양도에 따른 양도소득세 면제액에 이건 방위세를 할증과세한 처분은 적법하다고 판단된다.

(4) 청구 ④인 쟁점세액 환급가산금의 기산일이 언제인지를 살펴본다.

① 처분청이 쟁점세액 환급가산금의 기산일을 환급결정일인 1997.11.30로 결정한 처분에 대하여 청구조합은 환급가산금 기산일은 쟁점세액의 정기결정일이 1990.7.31이므로 그 다음날인 1990.8.1이나 청구조합에 환급불가를 통보한 1997.1.30이 되어야 한다고 주장하고 있다.

② 그러나 위 조세감면규제법시행령 제50조 제9항 및 제11항에서 “국민주택건설용지에 대한 양도소득세의 환급신청을 받은 세무서장은 지체없이 국민주택건설용 토지세액환급금을 결정하고, 그 결정일로부터 30일이내에 이를 환급하여야 한다”고 규정하고 있는바, 이의 취지는 국세환급금의 결정 및 그 지급이 30일이내에 완료되도록 하고자 함에 있는 것으로 보이고 또한 30일 정도의 기간이라면 위 환급신청의 심사에 충분한 기간이라고 판단된다.

③ 한편 국세심판소장이 심판청구에 따라 환급거부처분을 취소하는 결정을 한 경우, 그 취소의 효과는 당초의 환급신청거부처분이 있은 날로 소급하여 발생하는 것으로서 위 결정에 따라 당초의 환급신청거부 처분이 없는 것으로 보아야 하고 따라서 국세환급가산금에 관하여 국세기본법 제52조 제3호에 규정된 쟁점세액 환급금의 결정일은 청구조합의 환급신청이 있은 날로부터 30일이 되는 1996.7.25로 보아야 하므로 처분청이 이건 쟁점세액 환급가산금의 기산일을 환급결정일인 1997.11.30 다음날로 본 것은 잘못이 있다고 판단된다(국심 94서113, 1994.4.9 같은 뜻임).

따라서 이건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 같은법 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다