1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2012. 5. 14. 설립되어 사업시설물 유지 및 관리업을 주된 사업으로 영위하는 법인으로서 2012년 제1기 및 제2기 각 부가가치세 과세기간 동안에, 주식회사 B(이하 ‘B’라 한다)에 대하여 2012. 6. 4.자 공급가액 3억 8,000만 원인 매출세금계산서 및 2012. 6. 30.자 공급가액 2억 3,000만 원인 매출세금계산서(이하 위 매출세금계산서 2매를 합하여 ‘이 사건 매출세금계산서’라 한다)를 교부하고, 주식회사 C(이하 ‘C'라고 한다)로부터 2012. 6. 5.자 공급가격 2억 4,000만 원인 매입세금계산서와 사단법인 한국장애인장학회(이하 ’장애인장학회‘라 한다)로부터 2012. 7. 3.자 공급가격 2억 1,000만 원인 매입세금계산서(이하 위 매입세금계산서 2매를 합하여 ’이 사건 매입세금계산서‘라 하고, 이 사건 매출세금계산서와 합하여 ’이 사건 세금계산서‘라고 한다. 이 사건 세금계산서와 관련된 용역계약을 ’이 사건 용역계약‘이라 한다)를 수취하여, 2012년 제1기 부가가치세 36,983,800원, 2012년 제2기 부가가치세 -16,121,445원, 2012 사업연도 법인세 15,628,523원을 각 신고납부하였다.

나. 피고는 2014. 3. 31.부터 2014. 4. 19.까지 원고에 대한 법인세 조사를 실시하였고, 이 사건 세금계산서를 실물거래 없이 수수한 가공의 세금계산서로 보아 이 사건 세금계산서상의 매출세액, 매입세액을 각 부인하고 가산세를 가산하여 2012년 제1기 부가가치세 16,983,800원, 2012년 제2기 부가가치세 20,578,155원, 2012 사업연도 법인세 15,364,032원을 산정한 뒤, 초과납부한 2012년 제1기 부가가치세 20,000,000원(36,983,800원 - 16,983,800원)과 2012 사업연도 법인세 264,491원(15,628,523원 - 15,364,032원)을 각 경정환급하고, 2012년 제2기 부가가치세 36,699,600원(16,121,445원 20,578,155원)을...