가공매입을 전액 손금부인하는 것이 공평과세원칙에 위배되는지 여부

가공매입금액을 손금부인하는 경우 가공매입액에 대응하는 무엇인가의 다른 실지비용이 전혀 없음을 빠짐 없이 입증할 것을 요구할 수는 없으며, 가공매입액만큼 허위 기장되었다는 사정만으로 추계조사의 요건을 갖추었다고 할 수 없음

법인세법 제66조 결정과 경정

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 2005. 12. 19. 원고에 대하여 한 2001사업연도 법인세 30,243,400원의 부과처분 및 2001사업연도 110,375,100원의 소득금액변동통지처분을 각 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 폐윤활유정제업, 폐유재생처리업 등을 영위하는 법인으로서, 2001사업연도 중 실물거래 없이 자료상인 주식회사 ○○석유로부터 공급가액 합계 100,341,000원인 매입세금계산서를 교부받아, 위 공급가액을 손금에 산입하여 2001사업연도 법인세를 신고ㆍ납부하였다.

"나. 피고는 ○○○세무서장으로부터 위 매입세금계산서가 실물거래 없는 허위매입세금계산서라는 사실을 통보받게 되자 해당 가공매입액 100,341,000원(이하 이 사건 가공매입액' 이라고 한다)을 손금 불산입하여 2005. 12. 19. 원고에 대하여 2001사업연도 법인세 30,243,400원을 부과하는 한편, 가공매입액 및 이에 대한 부가가치세를 합한 110,375,100원을 대표이사 상여로 소득처분한 후 원고에게 같은 내용의 소득금액변동통지를 하였다(이하 위 법인세 부과처분 및 소득금액변동통지를 통틀어' 이 사건 처분' 이라고 한다).",인정근거 다툼 없는 사실, 을 제1 내지 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 원고가 비록 실물거래 없이 허위매입세금계산서를 수취하고 그 가공매입액을 손금에 산입하여 법인세를 신고하였다고 하더라도, 이를 전부 손금 불산입할 수는 없고, 피고로서는 실지조사에 의하여 원고의 실제 소득금액을 결정한 후 이를 기초로 법인세를 부과하여야 할 것임에도 불구하고, 피고는 원고의 소득금액에 대한 실지조사 없이 가공매입액을 모두 손금 불산입하는 바람에 원고의 총수입액에 대한 소득금액 인정비율은 12.6%로서, 오히려 원고처럼 폐유재생처리업을 영위하지만 장부 및 증빙서류를 갖추지 아니하여 추계과세되는 경우에 적용되는 2001년 귀속 표준소득률 8.1%를 초과하게 되어, 기장의무를 성실하게 이행한 원고가 그렇지 아니한 불성실한 납세자에 비하여 더 많은 세금을 부담하는 결과가 되었는바, 이는 공평과세원칙에 반한다.

(2) 원고는 폐유재생처리업을 영위하므로 원재료인 유류의 매입이 필수적인데, 이처럼 경험칙상 필요경비 발생이 명백한 경우에는 납세의무자의 입증이 없거나 불충실하다고 하여 필요경비가 전혀 없다고 보는 것은 경험칙에 반하므로, 비록 원고가 가공매입액에 상응하는 다른 실지비용이 있음을 주장ㆍ입증하지 아니하였다고 하더라도 피고는 실지조사에 의하여, 또는 실지조사가 불가능한 경우에는 추계조사의 방법에 의하여 산정이 가능한 범위 내에서는 그 금액을 입증하여야 하고, 다만 원고가 이보다 많은 필요경비를 주장하는 경우에 한하여 원고에게 그 입증의 필요가 돌아간다고 할 것이다. 그러나 피고는 실지조사나 추계조사를 통하여 원고의 실제 소득금액을 확인하지도 않고 단순히 서면경정의 방법으로 원고의 소득금액을 결정함으로써 결국 근거 없는 부과처분을 하였다.

나. 관계 법령

"별지' 관계 법령' 기재와 같다.",다. 판단

(1) 실지조사 없이 추계소득금액보다 높은 소득금액으로 결정하는 것은 공평과세원칙에 반한다는 주장에 대하여

(가) 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 당해 연도의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 하는바(법인세법 제66조 제3항 본문), 을 제1, 2호증, 을 제4 내지 7호증의 각 기재에 변론 전체를 취지를 종합하면, 피고는 이 사건 처분을 함에 있어 원고의 대차대조표, 손익계산서, 제조원가명세서 등 장부 기타 증빙서류를 근거로 하되, 다만 원고가 자료상으로 판명된 주식회사 ○○석유로부터 허위매입세금계산서를 교부받아 손금 산입한 부분에 한해 이를 손금 불산입하여 원고의 법인세 과세표준 및 세액을 경정한 사실을 인정할 수 있으므로, 이 사건 처분은 실지조사에 의한 과세처분이라고 할 것이다(이러한 경우까지 피고로 하여금 가공매입액에 대응하는 무엇인가의 다른 실지비용이 전혀 없음을 빠짐 없이 입증할 것을 요구할 수는 없다고 할 것이므로, 원고로서는 뒤에서 보는 바와 같이 가공매입액에 해당하는 실지비용이 있음을 스스로 주장ㆍ입증하여야 할 것이다).

(나) 한편, 표준소득률에 의한 추계과세는 과세표준과 세액 결정의 근거가 되는 납세자의 장부와 증빙서류 등이 없거나 그 중요 부분이 미비 또는 허위로 기재되어 신뢰성이 없고 달리 과세관청이 소득의 실액을 밝힐 수 있는 방법이 없을 때에 한하여 예외적으로 허용되므로｛법인세법 제66조 제3항 단서, 구 법인세법 시행령(2001. 12. 31. 대통령령 제17457호로 개정되기 전의 것) 제104조 제1항 각 호 참조｝, 납세자가 비치ㆍ기장한 장부나 증빙서류 중 일부 허위로 기재된 부분이 포함되어 있다고 하더라도 그 부분을 제외한 나머지 부분이 모두 사실에 부합하는 자료임이 분명하여 이를 근거로 과세표준을 계산할 수 있다면 그 과세표준과 세액을 실지조사의 방법에 의하여 결정하여야지 추계조사 방법에 의하여서는 아니되며, 또한 실지조사에 의한 부과처분이 결과적으로 추계과세에 의한 부과처분보다 불리하다거나 납세자 스스로 추계의 방법에 의한 조사결정을 원하고 있다는 사유만으로는 추계과세 요건이 갖추어진 것이라고 볼 수 없다(대법원 1997. 9. 26. 선고 96누8192 판결 참조).

이 사건의 경우 원고가 비치한 장부상 허위매입세금계산서에 의한 가공매입분에 해당하는 금액만이 과다계상되었으므로, 위 가공매입액만을 손금 불산입하여 실지조사의 방법으로 과세표준 및 세액을 산정할 수 있으니, 이 사건 가공매입액만큼 허위 기장되었다는 사정만으로는 추계조사의 요건을 갖추었다고 할 수 없고, 또한 실지조사에 의한 법인세 경정결과 추계과세에 의한 경우보다 세부담이 늘어났다고 하더라도 이는 원고가 자료상으로부터 허위매입세금계산서를 수취하여 이를 손금에 산입하였다가 피고에 의하여 손금 불산입되고 나아가 가공매입액에 대응하는 실지비용에 관한 입증자료를 제시하기에 용이한 지위에 있는 원고 자신이 실지비용을 입증하지 못한 결과라고 할 것이므로, 공평과세의 원칙에 반한다고 할 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(2) 추계소득금액보다 더 적은 소득금액을 주장하는 경우에만 납세의무자에게 입증 책임이 있다는 주장에 대하여

과세관청이 납세의무자의 장부 기타 증빙서류에 의해 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하면서 다만 납세의무자가 신고한 어느 비용 중의 일부금액이 실지비용이냐 아니냐가 다투어지고 과세관청에 의해 납세의무자 측이 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 입증되었고, 납세의무자가 그 신고내역대로의 비용지출은 아님을 시인하면서 같은 금액만큼의 다른 무엇인가의 비용 소요사실이 있었다고 주장하는 이상 그 신고비용과 다른 비용의 존재와 액수에 관하여는 그 구체적 비용지출 사실에 관한 장부기장과 증빙 등 일체의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자측에서 이를 입증할 필요가 있다고 할 것이다(대법원 1995. 7. 14. 선고 94누3407 판결 참조).

원고가 자료상으로 판명된 주식회사 ○○석유로부터 실물거래 없이 허위매입세금계산서를 교부받아 그 가공매입액을 손금 산입하였다가 피고에 의해 손금 부인된 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 위 가공매입액에 상응하는 실제 비용지출이 있다는 점에 관하여는 원고가 이를 주장ㆍ입증하여야 할 것이나, 이에 관하여는 원고의 아무런 주장ㆍ입증이 없고, 나아가 피고는 원고의 당해 사업연도 비용 전부를 손금부인한 것이 아니라 가공매입액에 해당하는 부분에 한하여 손금 불산입한 것이므로, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다. 결국 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 주문과 같이 판결한다.

관계법령

1. 법인세법

제66조 (결정 및 경정)

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

③ 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 추계할 수 있다.

2. 구 법인세법 시행령(2001. 12. 31. 대통령령 제17457호로 개정되기 전의 것)

제103조 (결정 및 경정)

② 법 제66조의 규정에 의한 결정 또는 경정은 법 제60조의 규정에 의한 신고서 및 그 첨부서류에 의하거나 비치기장된 장부 기타 증빙서류에 의한 실지조사에 의함을 원칙으로 한다.

제104조 (추계결정 및 경정)

① 법 제66조 제3항 단서에서 ˝대통령령이 정하는 사유˝라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우

2. 기장의 내용이 시설규모, 종업원수, 원자재ㆍ상품ㆍ제품 또는 각종 요금의 시가 등에 비추어 허위임이 명백한 경우

3. 기장의 내용이 원자재사용량ㆍ전력사용량 기타 조업상황에 비추어 허위임이 명백한 경우

② 법 제66조제3항 단서의 규정에 의한 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각 호의 1의 방법에 의한다.

1. 사업수입금액에 소득세법시행령 제145조의 규정에 의한 표준소득률(이하 ˝표준소득률˝이라 한다)을 곱한 금액에서 그 법인의 대표자에게 지급한 급료를 공제한 금액을 과세표준으로 하여 그 세액을 결정 또는 경정하는 방법. 이 경우 대표자에게 지급한 급료의 액이 그 법인의 사업수입금액에 표준소득률을 곱한 금액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액은 이를 없는 것으로 본다.

2. 표준소득률이 결정되지 아니하였거나 천재ㆍ지변 기타 불가항력으로 장부 기타 증빙서류가 멸실된 때에는 기장이 가장 정확하다고 인정되는 동일업종의 다른 법인의 소득금액을 참작하여 그 과세표준을 결정 또는 경정하는 방법. 다만, 동일업종의 다른 법인이 없는 경우로서 과세표준신고 후에 장부 기타 증빙서류가 멸실된 때에는 법 제60조의 규정에 의한 신고서 및 그 첨부서류에 의하고 과세표준신고 전에 장부기타 증빙서류가 멸실된 때에는 직전사업연도의 소득률에 의하여 과세표준을 결정 또는 경정한다. 끝.