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제목
휴게소를 신축, 도로공사에 기부채납시 신축가액상당액이 토지사용에 대한 후불임대료 인지 여부
요지
도로공사의 토지상에 사업시행자에게 휴게소를 신축하여 일정기간 사용하게 하고 기부채납받는 경우 휴게소신축가액상당액을 후불임대료로 봄은 부당하고, 사업기간 만료시점의 감정잔존가액을 후불임대료로 보거나 원고가 제공하고 있는 용역의 가치를 감정하여 과세함이 타당함
관련법령
부가가치세법 제13조과세표준
주문
1. 피고의 항소를 기각한다.
2. 항소비용은 피고가 부담한다.
청구추지 및 항소취지
1. 청구취지
피고가 원고에 대하여 한 2004. 12. 8.자 별지 부과처분 내역 순번 제1 내지 8번 기재 각 부가가치세 합계 2,595,332,440원의 부과처분, 2004. 12. 16. 같은 내역 순번 제9 내지 15번 기재 각 부가가치세 합계 65,721,720원의 부과처분, 2005. 7. 12.자 같은 내역 순번 제16 내지 19번 기재 각 부가가치세 합계 506,799,000원의 부과처분, 2005. 7. 12.자 같은 내역 순번 제20번 기재 법인세 195,055,460원의 부과처분 중 189,728,399원을 초과하는 부분, 같은 내역 순번 제21번 기재 법인세 76,499,920원의 부과처분 중 51,578,421원을 초과하는 부분, 같은 내역 순번 제22번 기재 법인세 65,984,020원의 부과처분 중 46,370,598원을 초과하는 부분, 2006. 2. 9.자 같은 내역 순번 제23번 기재 부가가치세 296,519,540원의 부과처분을 각 취소한다.
2. 항소취지
제1심 판결 중 피고 패소부분을 취소하고, 위 취소부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다.
이유
1. 이 법원의 심판범위
원고는 제1심에서 청구취지 기재와 같이 별지 부과처분 내역 기재 각 부가가치세 부과처분의 취소 및 각 법인세 부과처분 일부의 각 취소를 구하였는데, 제1심 법원은 그 중 2004. 12. 16.자 같은 내역 순번 제9 내지 15번 기재 각 부가가치세 부과처분을 제외한 나머지 각 부가가치세 부과처분 취소 및 각 법인세 부과처분의 일부 취소청구를 인용하고, 2004. 12. 16.자 위 각 부가가치세 부과처분 취소청구를 기가하였다. 이에 대하여 피고만이 불복하여 항소하였으므로, 이 법원의 심판대상은 2004. 12. 16.자 위 각 부가가치세 부과처분을 제외한 같은 내역 제1 내지 8, 16 내지 19, 23번 기재 각 부가가치세 부과처분의 취소청구 및 같은 내역 제20 내지 22번 기재 법인세 부과처분의 일부 취소청구 부분에 한정된다.
2. 처분의 경위, 당사자의 주장 및 그에 관한 판단
이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는, 제1심 판결문 제3면 제6행의 "충청남도 홍보관 미 특산물전시판매장"을 "충청남도 홍보관 및 특산물전시판매장"으로, 제6면 제8행의 "제1협약과 관련하여"를 "제1, 2협약과 관련하여"로 각 고치는 것 외에는 제1심 판결문의 해당부분인 이유란 제1항, 제2의 가. (1) (3), 나, 다, (1) (3). 라.항의 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조에 의하여 이를 그대로 인용한다.
3. 결 론
그렇다면, 제1심 판결은 정당하므로 피고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
[수원지방법원2006구합9956 (2008.01.16)]
주문
1. 피고가 원고에 대하여 한 2004. 12. 8.자 별지 부과처분내역 순번 제1 내지 8번 기재 부가가치세 합계 2,595,332,440원의 부과처분, 2005. 7.12.자 같은 내역 순번 제16 내지 19번 기재 각 부가가치세 합계 506,799,000원의 부과처분, 2005. 7. 12.자 같은 내역 순번 제20번 기재 법인세 195,055,460원의 부과처분 중 189,728,399원을 초과하는 부분, 같은 내역 순번 21번 기재 법인세 76,499,020원의 부과처분 중 51,578,421원을 초과하는 부분, 같은 내역 순번 제22번 기재 법인세 65,984,220원의 부과처분 중 46,370,598원을 초과하는 부분, 2006. 2. 9.자 같은 내역 순번 제23번 기재 부가가치세 296,519,540원의 부과처분을 각 취소한다.
2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
3. 소송비용 중 5분의 1은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.
청구취지
주문 제1항 및 피고가 2004. 12. 16. 원고에 대하여 한 별지 부과처분내역 순번 제9내지 15번 기재 각 부가가치세 합계 65,721,720원의 부과처분을 취소한다.
이유
1. 처분의 경위
가. 원고는 1999.6.28. 주식회사 ○○○○(일명 '○○○개발 주식회사', 이하 '○○○○'라고 한다)를 대리한 ○○○ 및 ○○○설 주식회사와 사이에 아래와 같은 내용의 ○○도 ○○○○관광휴게시설 개발사업에 관한 협약을 체결하였고, 이에 따라 ○○○○는 43,249,000,00원을 들여 ○○○ 휴게소 및 주유소 등의 시설물을 신축하였다.
①원고는 ○○○○를 ○○도 ○○○○관광휴게시설 개발사업의 사업시행자로 지정하고
사업기간 동안 ○○○○에 아래와 같은 권한을 부여한다.
- 본 사업을 위하여 ○○○도 내 기존토지 및 매립부지를 사업기간 동안 배타적으로 사용할 수 있는 권한
- ○○도 ○○○○관광휴게시설을 구성하는 각종 시설물을 건설 · 유지 · 보수 · 관리 · 운영할 수 있는 권한
- 사업기간 동안 위 시설물을 소유 및 임대분양할 수 있는 권한
②○○○○는 1단계로 ○○도 내에 휴게소, 주유소, 주차장, 상점, 식당 및 기타 부대시설, 도로문화관, ○○○ 홍보관 미 특산물전시판매장 등을 설치하고, 2단계로 ○○○ 주변 ○○○○ 매립부지에 각종 시설물을 설치 · 개발한다.
③○○○○는 원고에게 제1단계 개발시설의 운영에 따른 당해연도 매출액의 ○%를 사용료로서 납부하고, 토지사용권 제공에 대한 대가로 ○○○○의 지분 ○○%를 제공한다.
④본 사업기간은 사업시행자 지정일로부터 20○○.12.31.까지로 한다.
⑤○○○○가 설치한 시설물을 대한 소유권은 사업기간 동안 ○○○○가 보유하되, 사업기간의 종료와 동시에 원고에게 기부채납하여야 하고, 사업기간 중 시설물의 증 · 개축 또는 추가 설치되는 시설물의 소유권도 사업기간의 종료와 동시에 기부채납하여야 하며, ○○○○는 본 사업의 시설물에 대하여 원고의 사전승인을 얻은 경우에는 제3자에게 소유권을 이전하거나 담보로 제공할 수 있다.
⑥원고는 ○○도 용지구입비 및 이에 따른 제세공과금과 이주대책비, 영업권 및 어업권 등의 보상비, 진출입도로, 유지관리사무소, 영업소와 도로문화관의 설계비, 건설비 및 인허가비용 등을, ○○○○는 위 사업비를 제외한 일체의 비용을 분담한다.
나. 원고는 아래와 같이 ○○유통 주식회사 등 사업시행자들과 사이에 휴게소 및 주유소의 개발 및 운영에 대하여 협약을 체결하였다(위 가.항 기재 협약까지 포함하여 이하 '제1협약'이라 한다). 이에 따라 사업시행자들은 아래 표 기재 취득가액을 들여 휴게소 및 주유소 등의 시설물을 신축하였다.
시설명
사업시행자
계약기간
취득가액(원)
○○휴게소 · 주유소
○○○○(주)
20년
13,704,000,000
○○휴게소 · 주유소
○○○○
20년
13,877,000,000
○○휴게소 · 주유소
○○○○○○(주)
20년
13,580,000,000
○○휴게소 · 주유소
(주)○○○○○○
20년
9,212,000,000
○○휴게소 · 주유소
○○○○(주)
12년
11,205,000,000
○○○휴게소 · 주유소
○○○○(주)
20년
12,889,000,000
○○휴게소 · 주유소
○○○○(주)
15년
11,639,000,000
○○휴게소
○○○○○(주)
12년
9,309,000,000
○○휴게소 · 주유소
(주)○○○
15년
16,255,000,000
○○휴게소 · 주유소
○○○○(주)
15년
13,366,000,000
○○휴게소·주유소·충전소
○○○○○(주)
15년
10,204,000,000
○○홍성휴게소 · 주유소
○○○○○(주)
15년
11,845,000,000
①원고는 본 계약이 정하는 바에 따라 휴게소 및 주유소(○○휴게소의 경우에는 LPG충전소도 포함, 이하 같다)의 시설의 건설, 소유 및 운영권을 사업시행자에게 부여한다.
②사업시행자는 본 사업기간 중 휴게시설의 부지를 사용 · 수익한 대가로 매월 판매한 매출액에 해당 사용료를 다음의 산정방법에 의거하여 산정하여 소정의 부가가치세를 가산한 금액을 납부하여야 한다(○○휴게소 중 LPG충전소 부분은 LPG충천소가 있는 민용주유소의 임대요율 적용).
㉠휴게소 사용료 : 월 매출액(부가가치세 제외) X 사용료율
㉡주유소 사용료 : 월 매출액(부가가치세 제외) X 사용료율
③사업시행자가 설치한 시설물에 대한 소유권은 사업기간 동안 사업시행자가 보유하되, 사업기간의 종료와 동시에 원고에게 귀속하고, 사업기간 중 시설물의 증 · 개축 또는 추가 설치되는 시설물의 소유권도 사업기간의 종료와 동시에 귀속한다.
④원고는 용지구입비, 가 · 감속도로를 포함한 출입로의 토목공사와 도로포장, 기본주차장 내의 토목공사와 도로포장, 주 주차장 및 출입로 주변의 조명시설, 주 주차장 · 출입로 · 분리녹지대 주변의 조경, 고속도로상 안내표지 및 이에 부대되는 공사에 소요되는 비용을, 사업시행자는 위 사업비를 제외한 나머지 일체의 비용을 분담한다.
⑤사업시행자는 본 휴게소의 건물 및 종물에 대하여 여하한 명목으로도 매도 또는 양도할 수 없으며, 원고의 승인 없이 영업권 전부 또는 일부를 제3자에게 대행시키거나 양도 또는 대여할 수 없다.
다. 원고는 2001.8.1. 위 휴게소 및 주유소 사업자들 중 ○○ 주식회사, ○○○○ 주식회사, ○○○○○ 주식회사, 주식회사 ○○○○ 등과 사이에 아래와 같은 내용으로 기존의 고속도로 주유소 내에 LPG충천시설 설치 · 운용에 따른 협약(이하 '제2협약'이라 한다)을 체결하였다. 이에 따라 위 회사들은 각기 535,000,000원, 500,000,000원, 751,000,000원, 692,000,00원의 비용을 들여 LPG충천소를 설치하였다.
①이 협약에 의한 공사부지는 원고가 제공하며, 제반 공사부담은 사업시행자의 비용과 책임 하에 시행한다.
②LPG충전소 설치 · 운영에 따른 임대료는 고속도로 LPG충천소가 있는 주유소의 전년도 평균임대요율을 적용하고, 운영기간은 당해 민자유치 휴게소 주유소의 운영기간 종료시까지로 한다.
③사업시행자의 부담으로 설치하는 시설물의 소유권은 준공과 동시에 원고에게 무상귀속한다.
라. 원고는 제1, 2협약의 사업시행자들로부터 해당 협약에 정해진 사용료에 대하여 토지임대용역의 수입금액으로 부가가치세 및 법인세 신고를 하였다. 이에 대하여 피고는 원고가 제1, 2협약에 따라 휴게소, 주유소 및 LPG충천소 시설물을 취득하는 것은 토지임대료의 선불(제2협약의 경우) 또는 후불(제1협약의 경우)에 해당하는 것으로 보아 시설물 신축원가 상당액을 약정된 사업기간의 월수로 나눈 금액의 각 과세기간별 합계액을 누락된 과세표준으로 하여 원고에 대하여 제1협약과 관련하여 2004.12. 8. 별지 부과처분내역 순번 제1 내지 8번 기재 부가가치세 합계2,595,332,440원, 2004.12.16.
같은 내역 순번 제9 내지 15번 기재 부가가치세 합계 65,721,720원, 2005.7.12. 같은 내역 순번 제16 내지 19번 기재 부가가치세 합계 506,799,000원, 2002사업년도 법인세 195,055,460원, 2003사업년도 법인세 76,499,920원, 2004사업년도 법인세 65,984,020원 및 2006.2.9. 2005년1기 부가가치세296,519,540원을 부과하는 이 사건 부과처분을 하였다(위 각 부가가치세 부과처분 중 제1협약에 관한 부분은 2004.12.8.자, 2005.7.12.자 및 2006.2.9.자 부과처분이고, 위 각 법인세 부과처분 중 제1협약에 관한 부분은 2002사업년도 부과처분 중 5,327,061원, 2003사업년도 부과처분 중 24,921,499원, 2004사업년도 부과처분 중 19,613,422원이다).
〔인정근거〕갑 제1호증의 1 내지 3, 갑 제3호증의 1 내지 3, 을 제1호증의 1 내지 10, 을 제2호증의 1 내지 7, 을 제3호증, 을 제4호증의 1 내지 4, 을 제5호증의 1 내지 3, 을 제6, 7호증, 을 제10호증의 1, 2, 을 제11호증의 1 내지 8, 을 제12호증의 1 내지 5, 을 제14호증의 1, 2, 을 제15호증의 1 내지 8, 을 제16호증의 1 내지 7, 을 제18호증의 1 내지 12, 을 제19호증의 1 내지 4, 을 제20호증의 1 내지 12, 을 제21호증의 1 내지 4, 을 제22호증의 1, 2, 을 제27호증, 을 제28호증의 2, 을 제29호증의 1 내지 6, 을 제35호증의 1 내지 4, 을 제39호증의 1, 을 제40호증의 1의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 처분의 적법성 판단
가. 원고의 주장
(1) 제1협약 부분
첫째로 수익발생시기에 관한 세법상의 권리확정주의의 원칙상 수익으로 계상하기 위해서는 수익이 발생할 권리가 그 실현의 가능성 면에서 상당히 높은 정도로 성숙 · 확정되어야 하는 점, 둘째로 법인세법 기본통칙상 BTO(소유권 선 이전)방식의 경우 임차인은 건축물의 취득가액을 사용계약기간 동안 안분하여 손금산입하고, 임대인은 그 안분금액을 각 사업연도의 수익으로 인식하도록 되어 있는 반면, BOT(소유권 후 이전)방식의 경우에는 임차인은 건축물의 취득가액을 사용계약기간 동안 안분하여 손금에 산입하되, 사용기간을 연장할 수 있거나 사용기간이 정해지지 아니한 때에는 당해 건축물의 신고내용연수를 사용기간으로 보면서 임대인의 수익인식방법에 관하여는 아무런 규정을 두고 있지 아니한 점, 셋째로 기업회계기준상 제1협약과 같은 경우 사업시행자로서는 휴게소 등 시설물의 취득가액을 사용수익기부자산으로 계상하고, 감가상각비도 사업시행자의 비용일 뿐 임대인에게 귀속되는 것은 아닌 점, 넷째로 일반적으로 기부채납에 의한 재화의 공급시기에 대하여 기부채납절차가 완료되거나 이에 따른 소유권이전등기가 경료된 때로 보고 있는 점 등에 비추어 볼 때, 제1협약의 경우 익금확정시기는 원고가 휴게소 등의 시설물을 취득하는 사업기간 만료시로 보아야 하고, 이 사건 부과처분 시점에서는 장차 사업기간 만료시의 휴게소 등의 시설물의 가액을 산정할 수도 없으므로, 각 과세기간의 종료일에 납세의무가 성립된 것으로 볼 수 없다.
(2) 제2협약 부분
○○○○국세청장이 1998년 원고에 대한 세무조사를 하면서 기부채납하기로 되어 있던 고속도로 광고시설물을 토지임대용역의 대가로 보지 아니하고 자산수증이익으로 보아 과세하였고, 이에 대한 감사원의 심사결정에서도 자산수증이익으로 보아 당해 과세처분이 정당하다는 결정을 하였으며, 원고는 이를 신뢰하여 제2협약에 따라 취득한 LPG충전소시설을 자산수증이익으로 처리하였는바, 고속도로 광고시설물이나 제2협약에 기한 LPG충천소시설물 모두 법인세법 시행령 및 같은 법 시행규칙 소정의 구축물 내지 건축물의 범주에 포함됨에도 전과 달리 과세한 이 부분 과세처분은 신뢰보호의 원칙에 반하여 위법하다.
(3) 공 통
가사 피고의 처분이 적법하다 하더라도, 최근 국고지원이 점차 줄어들고 있는 상황에서 고속도로 유지, 보수 등을 책임지고 있는 원과 공익적인 목적에서 이 사건 각 협약을 체결한 점, 원고에게 예상외의 거액의 과세가 이루어질 경우 고속도로 안전유지를 위한 원고의 활동에 치명적인 결함을 가져다 줄 수 있다는 점 등에 비추어 보면 이사건 처분은 재량권을 일탈 · 남용하여 위법하다.
나. 관계법령
제13조 과세표준
① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 "공급가액"이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.
1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가
2. 금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가
제48조 과세표준의 계산
① 법 제13조제1항에 규정하는 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금·요금·수수료 기타 명목여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치있는 것을 포함한다.
제49조 의2부동산임대용역에 대한 과세표준계산의 특례
④ 사업자가 2과세기간이상에 걸쳐 부동산임대용역을 공급하고 그 대가를 선불 또는 후불로 받는 경우에는 당해 금액을 계약기간의 월수로 나눈 금액의 각 과세대상기간의 합계액을 그 과세표준으로 한다. 이 경우 월수의 계산에 관하여는 「소득세법 시행령」 제51조제2항의 규정을 준용한다.
제40조 손익의 귀속사업년도
① 내국법인의 각 사업년도의 익금과 손금의 귀속사업년도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업년도로 한다.
제71조 임대료 등 기타 손익의 귀속사업연도
① 법 제40조제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 자산의 임대로 인한 익금과 손금의 귀속사업연도는 다음 각호의 날이 속하는 사업연도로 한다. 다만, 결산을 확정함에 있어서 이미 경과한 기간에 대응하는 임대료상당액과 이에 대응하는 비용을 당해 사업연도의 수익과 손비로 계상한 경우 및 임대료 지급기간이 1년을 초과하는 경우 이미 경과한 기간에 대응하는 임대료 상당액과 비용은 이를 각각 당해 사업연도의 익금과 손금으로 한다.
1. 계약 등에 의하여 임대료의 지급일이 정하여진 경우에는 그 지급일
다. 판단
(1) 제1협약에 관한 과세처분의 적법 여부
부가가치세법 제13조 제1항, 같은 법 시행령 제48조 제1항의 규정에 의하면 부가가치세의 과세표준은 명목 여하에 불구하고 거래상대자로부터 받은 대가관계 있는 모든 금전적 가치있는 것을 포함하고, 금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가를 과세표준으로 하도록 되어 있다.
원고가 제1협약과 관련하여 토지의 사용 · 수익에 대한 대가로 사업시행자들로부터 매월 매출액에 소정의 요율을 적용한 사용료를 지급받기로 하였으나, 이와는 별도로 장차 사업기간 만료 후 기부채납받기로 한 휴게소 및 주유소 건물 내지 시설 역시 토지의 사용 · 수익과 대가관계 있는 금전 이외의 대가로서 임대료의 후불에 해당하는 것으로 봄이 상당하다.
나아가 제1협약의 내용이나 그 후의 이행경과, 휴게소 등의 시설물 부지가 원고 소유 토지인 점 등에 비추어 볼 때, 장차 사업기간 만료 후 원고가 휴게소 등의 시설물을 취득할 권리가 그 실현의 가능성 면에서 상당히 높은 정도로 성숙 · 확정되었다 할 것이다.
한편, 휴게소 등 시설물의 신축원가 상당액을 과세표준으로 삼아야 하는지 여부에 대하여 보건대, 부가가치세법 시행령 제49조의2 제4항의 규정에 의하면 2과세기간 이상에 걸쳐 부동산임대용역을 공급하고 그 대가를 선불 또는 후불로 받는 경우에는 당해 금액을 계약기간의 월수로 나눈 금액의 각 과세대상기간의 합계액을 그 과세표준으로 하도록 규정하고 있다. 부동산임대용역에 대한 대가를 금전으로 지급하는 경우 선 불이든 후불이든 매월 소정의 차임을 지급하는 것이 일반적인 예이고, 1회 차임지급기간이 부가가치세의 1과세기간을 초과하더라도 대부분 1, 2년이고, 이를 초과하는 사례는 현실적으로 거의 찾아보기 어렵다. 나아가 1회 차임지급기간이 1년 이상의 장기일때에는 거의 예외 없이 선불 방식을 채택하고 있다. 따라서 위 규정에 따라 2과세기간이상에 걸쳐 부동산임대용역을 공급하고 그 대가를 일시에 지급받는 경우에는 단순히 당해 금액 그대로 이를 차임지급기간의 월수로 나누는 방식으로 과세표준을 산정하더라도 문제가 없다. 그러나 이 사건과 같이 최초 계약일로부터 짧게는 12년에서 길게는 35년 이후에 토지의 사용 · 수익에 대한 대가로 휴게소 등의 시설물이라는 현물을 기부채납받기로 한 경우에는 그 대가의 가액은 원고가 장차 소유권을 취득하는 시점에 있어서의 그 시설물의 가액으로 보아야 한다.
피고는 제2협약의 경우와 같이 시설물의 소유권이 준공과 동시에 원고에게 귀속되어 임대료의 선불로 볼 수 있는 경우와 제1협약의 경우와 같이 시설물의 소유권이 사용기간 만료시에 원고에게 귀속되어 임대료의 후불로 볼 수 있는 경우의 경제적 실질이 동일하므로 시설물의 신축원가 상당액을 과세표준으로 삼아야 한다고 주장한다. 그러나 원고가 시설물의 소유권을 취득하게 되는 시기는 어디까지나 사업기간 만료시이고, 앞서 인정한 바와 같이 사업시행자가 시설물을 타에 처분하거나 담보로 제공하지 못하는 제약을 받는다고 하더라도, 이는 사업기간 만료시에 시설물을 원고에게 기부채납하기로 약정함에 따른 당연한 부담이며, 오히려 사업기간 동안에는 사업시행자가 시설물을 배타적으로 지배하면서 이를 사용·수익한다는 점에서 제1협약과 제2협약이 경제적 실질 측면에서는 유사한 성격을 갖는다 하더라도, 이로써 원고가 준공일에 시설물의 소유권을 사실상 취득한 것으로 볼 수는 없고, 오히려 준공과 동시에 시설물의 소유권이 원고에게 귀속되는 제2협약의 경우에도 실질에 있어서는 제1협약의 경우와 같다고 볼 수 있을 것이다. 법인세법 기본통칙 19-19…12 제1항 본문에 의하면 일정기간 사용 후에 소유권을 무상양도할 것을 조건으로 타인의 토지 위에 건축물을 신축한 경우에는 그 건축물의 취득가액은 사용계약기간에 안분하여 손금에 산입하도록 되어 있으나, 이는 건축물을 양도하는 측의 손금 산정에 관한 규정일 뿐 건축물을 양수받는 측의 익금산정에 관한 규정은 아니다.
결국, 원고가 제1협약에서 휴게소 등 시설물과 관련하여 취득하는 경제적 이득은 그 신축가액 상당액이 아니라 사업기간 만료시점에 있어서의 가액 상당액이 된다. 그렇다면 피고로서는 사업기간 만료시의 휴게소 등 시설물 가액에 대한 감정을 실시하여 이를 사업기간의 월수로 나눈 금액의 각 과세대상기간의 합계액을 과세표준으로 하여 과세하거나, 부가가치세법 제13조 제1항 제2호에 따라 원고가 제공한 부동산임대용역의 가치를 감정을 통하여 산출한 다음 당해 금액을 계약기간의 월수로 나운 금액의 각 과세대상기간의 합계액에서 같은 기간에 사업시행자가 지급한 사용료를 공제한 나머지 금액을 과세표준으로 하여 과세하였어야 함에도, 이와는 달리 단순히 휴게소 등 시설물의 신축원가 상당액을 약정된 사업기간의 월수로 나눈 금액의 각 과세기간별 합계액을 과세표준으로 하여 부가가치세를 부과한 위법이 있다.
한편, 법인세법 제40조 제1항, 같은 법 시행령 제71조 제1항의 규정에 의하면 자산의 임대로 인한 익금의 귀속사업년도는 계약 등에 의하여 정해진 임대료의 지급일이 속하는 사업연도로 하되, 임대료 지급기간이 1년을 초과하는 경우에는 이미 경과한 기간에 대응하는 임대료 상당액을 당해 사업연도의 익금으로 보도록 되어 있다. 이와 같이 법인세의 과세표준을 산정함에 있어서도 앞서 본 부가가치세 과세표준 확정에 있어서와 같은 문제가 발생하는바, 이 경우에도 마찬가지로 피고는 법인세의 과세표준을 잘못 산정한 위법이 있다.
따라서 이 부분 원고의 주장은 위 인정범위 내에서 이유 있고, 나머지 주장은 이유없다.
(2) 제2협약에 관한 과세처분의 적법 여부
갑 제2, 3호증의 각 1 내지 3의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면, 원고는 고속도로 위의 일정한 높이로 도로를 가로질러 설치된 전광판에 고속도로 교통상황에 대한 정보, 홍보안내문과 상업용 광고 등을 자막으로 나타내는 고속도로정보안내판을 사업자로부터 기부채납받은 후, 사업자로부터 광고료 상당액을 징수하였는데, 이에 대하여 ○○○○국세청은 ○○○○년 원고에 대한 법인세 조사를 하면서 위 시설물이 준공된 사업년도의 자산수증익으로 보아 익금산입하여 법인세를 과세하였고, 이에 대하여 원고는 감사원에 불복을 하였으나, 이에 대하여 감사원은 무상으로 받은 자산의 익금확정시기는 그 수증을 받을 권리가 확정된 시기라 할 것이므로 그 등기나 등록을 마치지 아니 하였더라도, 원고는 준공과 동시에 이루어진 광고영업과 관련하여 사업자로부터 광고료를 지급받아 왔으므로 사실상 준공시점에 원고가 당해 시설물을 취득한 것으로 보아 자산수증익으로 익금산입한 과세처분에는 위법이 없다고 결정한 사실을 인정할 수 있다.
일반적으로 행정상의 법률관계에 있어서 행정청의 행위에 대하여 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위해서는, 첫째 행정청이 개인에 대하여 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 둘째 행정청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데에 대하여 그 개인에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째 그 개인이 그 견해표명을 신뢰하고 이에 상응하는 어떠한 행위를 하였어야 하고, 넷째 행정청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 그 견해표명에 따른 행정처분을 할 경우 이로 힌하여 공익 또는 제3자의 정당한 이익을 현저히 해할 우려가 있는 경우가 아니어야 한다(대법원 2006. 6. 9.선고 2004두46판결 등 참조).
조세관계에서 신뢰보호의 원칙이 적용되는 것은 조세법규의 집행과정에서 납세자가 과세관청의 언동에 대한 신뢰를 기초로 새로운 법률관계를 형성한 경우에 그것이 잘못되었다고 하여 뒤늦게 번복하는 것은 기존의 법률관계를 뒤엎는다는 점에서 법적 안정성을 해치는 결과에 이를 수 있기 때문인데, 이러한 점에서 행정청의 견해표명을 신뢰하고 이에 상응하는 어떠한 행위를 한다는 것은 신뢰를 기초로 새로운 법률관계를 형성하는 행위를 의미하고, 단순한 세무신고행위는 위에서 말하는 행위라고 할 수 없다.
그런데 원고가 위와 같은 ○○○○국세청장의 과세처분 및 감사원의 결정을 신뢰하여 제2협약을 체결하였다고 볼 만한 사정에 관한 주장 · 입증이 없는 이상, 원고가 과세관청 등의 견해표명을 신뢰하고 이에 상응하는 어떠한 행위를 하였다고 볼 수 없다.
따라서 이 부분 원고의 주장은 이유 없다.
(3) 재량권
조세부과행위는 재량행위가 아니라 기속행위인 바, 그렇다면 재량행위임을 전제로 한 이 부분 원고의 주장은 이유 없다.
라. 정당한 세액
이 사건의 경우 제1협약에 따른 정당한 세액을 계산할 자료가 없으므로 제1협약을 이유로 한 과세처분, 즉 2004.12.8.자 별지 부과처분내역 순번 제1 내지 8번 기재 각 부가가치세 합계 2,595,332,440원의 부과처분, 2005.7.12.자 같은 내역 순번 제16 내지 19번 기재 각 부가가치세 합계 506,799,000원의 부과처분, 2005.7.12.자 같은 내역 순번 제20번 기재 법인세195,055,460원의 부과처분 중189,728,399원(195,055,460원-5,327,061원)을 초과하는 부분, 같은 내역 순번 21번 기재 법인세 76,499,020원의 부과처분 중 51,578,421원(76,499,920원-24,921,499원)을 초과하는 부분, 같은 내역 순번 제22번 기재 법인세 65,984,220원의 부과처분 중 46,370,598원(65,984,020원-19,613,422원)을 초과하는 부분, 2006.2.9.자 같은 내역 순번 제23번 기재 부가가치세 296,519,540원의 부과처분을 각 취소하기로 한다.
3. 결 론
그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.