수원지방법원-2014-구합-58540(2015.06.24)

고유목적사업에 사용하고 남은 잔액은 손금으로 계상한 사업연도 종료일 이후 5년이 되는 날까지 익금산입 불가함

사회복지법인이 고유목적사업준비금으로 손금계상한 후 고유목적사업에 사용하고 잔액이 있는 경우 그 잔액은 고유목적에 사용되지 않음이 명백하지 않은 한, 손금으로 계상한 사업연도 종료일 이후 5년이 되는 날까지 익금산입할 수 없음.

법인세법 제29조(고유목적사업준비금의 손금산입)

서울고등법원-2015-누-51813 법인세부과처분취소

사회복지법인 AA복지재단

OO세무서장

수원지방법원 2015. 06. 24. 선고 2014구합58540 판결

2016. 03. 30.

2016. 04. 27.

1. 제1심 판결을 취소한다.

2. 피고가 2013. 4. 1. 원고에게 한 2010년 사업연도 법인세 OOO원 부과처분을 취소한다.

주문과 같다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 OO시 OO동 OO-OO 대 3,664㎡ 및 그 지상 건물, OO시 OO동 OOO-OO 임야 384㎡ 및 OO시 OO동 O-O 임야 89㎡를 기본재산으로 하여 사회복지사업법에 의해 설립된 사회복지법인이다.

나. 원고는 2009. 12. 22. 위 기본재산에 해당하는 각 토지 및 건물이 한국토지공사에 수용되자 그 양도차익 중 O,OOO,OOO,OOO원을 2009 사업연도 고유목적사업준비금으로, O,OOO,OOO,OOO원을 2010 사업연도 고유목적사업준비금으로 각 전입하여 해당사업연도의 손금으로 산입하였다.

다. 원고는 위 고유목적사업준비금 중 O,OOO,OOO,OOO원을 사용하여 각 토지 및 건물(이하 '신 ZZ빌딩 등'이라 한다)을 취득하였다.

라. 피고는, 원고가 신 ZZ빌딩 등을 타인에게 임대하여 임대수익을 얻었으므로, 신OO빌딩 등의 취득에 사용된 비용은 고유목적사업에 사용하지 않은 것이라고 보아 위 취득비용 O,OOO,OOO,OOO원을 익금에 산입하여 2013. 4. 1. 원고에게 2010 사업연도 법인세 O,OOO,OOO,OOO원을 부과하였다.

마. 원고는 위 부과처분에 불복하여 2013. 5. 31. 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2014. 6. 30. 신 ZZ빌딩 등 중 양복점 임대에 제공된 부분(건물 연면적125.92㎡, 이하 '이 사건 부동산'이라 한다)은 원고가 건물 취득 시부터 계속하여 임대하고 있으므로 이는 수익사업을 위해 취득한 것이어서 그 취득비용을 익금산입하여야하나, 그 나머지 부분에 대하여는 원고가 고유목적사업을 위해 취득한 것이므로 그 취득비용을 익금산입할 수 없다는 취지로 원고의 심판청구를 일부 인용하는 결정을 하였다.

바. 피고는 위 조세심판원의 결정에 따라 신 ZZ빌딩 등의 취득비용 중 이 사건 부동산의 취득비용에 해당하는 O,OOO,OOO,OOO원을 익금에 산입하여 2014. 8.경 원고에게 부과된 위 2010 사업연도 법인세를 OOO,OOO,OOO원으로 감액 경정하였다(이하에서는 위 2013. 4. 1.자 2010 사업연도 법인세 부과처분 중 감액되고 남은 부분을 '이 사건 처분'이라 한다).

인정근거다툼 없는 사실, 갑 제1, 3, 6호증, 을 제1, 2호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 원고는 그 고유목적사업에 해당하는 비영리민간단체합동유치센터 설립(최초 사업명 'AA'에서 현재 'BBB'으로 변경됨, 이하 'BBB 사업'이라 지칭한다)을 위하여 이 사건 부동산을 취득하였고, 2014. 11. 말경 이 사건 부동산을 개조하여 그곳에서 BBB 사업을 진행하고 있으므로, 이 사건 부동산의 취득비용 역시 고유목적사업에 사용한 것으로 보아야 한다.

다만 원고가 BBB 사업을 시작하기 전 이 사건 부동산을 임대하여 임대수익이 발생한 사실은 있으나, 그 경위를 보면 원고가 이 사건 부동산을 취득하면서 종전 소유자로부터 임대인 지위를 승계하였고, BBB 사업을 위한 준비 기간 동안 부득이하게 종전 임대차계약을 유지한 것이어서 이는 일시적인 사정으로 인한 것에 불과하므로, 여전히 이 사건 부동산은 고유목적사업을 위하여 취득한 것에 해당한다.

2) 조세심판원이 원고의 고유목적사업에 사용되었다고 본 KKK 등에 대하여도 임대수익이 발생하였으므로, 이 사건 부동산과 KKK 등을 달리 볼 이유가 없음에도, 피고는 신 ZZ빌딩 등 중 이 사건 부동산만을 수익사업에 제공된 것이라고 보고 이 사건 처분을 하였으므로 위법하다.

3) 설령 이 사건 부동산이 수익사업에 사용된 것이라 하더라도, 구 법인세법(2010.12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 법인세법'이라 한다) 제29조 각호 어디에도 '손금에 산입한 고유목적사업준비금을 사용하여 수익사업용 부동산을 취득할 경우, 그 취득비용을 취득일이 속한 사업연도의 익금으로 산입한다'는 취지의 규정이 없으므로, 이 사건 처분은 법령상의 근거가 없는 것으로 위법하다.

나. 관계 법령

별지2 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 구 법인세법 제3조 제1항 제1호, 제3항 제5호에 따르면, 고유목적사업에 직접 사용된 고정자산을 제외한 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입은 비영리내국법인의 각 사업연도 소득이 되어 이에 대하여 법인세가 부과되는데, 같은 법 제29조 제1항은 비영리내국법인이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 등에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어 이를 손금에 산입하도록 규정하고 있고, 같은 법 제29조 제3항 제4호는 제1항의 규정에 의하여 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업 등에 사용하지 아니한 경우, 5년 내 사용하지 아니한 잔액을 당해 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입한다고 규정하고 있다. 그리고 법인세법 시행령 제56조 제5항, 제6항 제1호는, 법 제29조 제1항에서 말하는 '고유목적사업'은 당해 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업 외의 사업을 말하고, 법인세법 제29조 제1항부터 제4항까지의 규정을 적용할 때 '비영리내국법인이 당해 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 고정자산 취득비용 및 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액'은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 본다고 규정하고 있다.

2) 살피건대, 갑 제3, 7, 9, 14호증, 갑 제15호증의 1, 2, 갑 제16호증의 1 내지 3, 갑 제18호증의 1, 2의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, ① 원고 정관 제1조에서 '본 법인은 불우아동 등의 학비지원사업을 전개하여 아동 학업 증진 등을 도모하여 아동의 건전한 육성을 통하여 사회에 기여하는 것을 주목적으로 한다'라고 정하고 있고, 제4조에서 목적사업을 '소년소녀가장・결손가정 자녀의 학비지원 및 생활보조비사업, 불우가정 자녀의 후원사업, 건전 아동 육성을 위한 프로그램 지원 사업' 등으로 정하고 있는 사실, ② 원고는 2013. 4. 22. 수원시에 이 사건 부동산이 위치한 OO시 OOO OOO3가 O-O 토지 및 건물을 OO시에 무상으로 장기 임대하여 아동・청소년지원을 위한 통합적 공간 등으로 사용한다는 내용의 민관합동공공시설 제안을 하였던 사실, ③ 원고는 2014. 4. 25. 이 사건 부동산에서 2011. 4. 26.부터 양복점을 운영하였던 임차인인 GGG에게 이 사건 부동산을 재단 고유목적사업에 사용하기 위하여 임대차계약을 해지하겠다는 내용의 해지 통고서를 보냈던 사실, ④ 법무사인 HHH는 진술서에서 '본인은 원고가 이 사건 부동산을 매입할 때 등기 절차 등을 진행하였는데, 그 당시 원고의 대표자 OOO으로부터 이 사건 부동산을 매입한 후 최대한 빨리 임차인을 내보내고 이를 목적사업에 사용할 계획이라고 들었다.'고 진술하였고, 이 사건 부동산을 2010. O. OO.부터 2011. O. OO.까지 임차하였던 임차인 JJJ는 진술서에서 '원고 재단 이사장이 원고가 이 사건 부동산을 매입할 당시, 1층도 조만간 원고가 사용할 것인데 지금 당장 1층까지 사용할 수는 없으니 일단 나에게 사용하라고 했다.'는 취지로 진술하였으며, 이 사건 부동산을 2011. O. OO.부터 2014. O. OO.까지 임차하였던 임차인 GGG는 진술서에서 '이 사건 부동산을 임차할 당시 JJJ가 위 부동산의 소유자가 비영리 재단사업을 하기 위해 양복점을 비워달라고 할 수 있다고 말하였다.','201O년 말경 이 사건 부동산에 대한 임대차계약을 인수할 사람을 찾았으나, 원고가 그동안 추진했던 사업을 이 사건 부동산이 있는 곳에서 곧 시작할 것이라고 하면서 임대차계약 인수를 거부하였다.'는 취지로 진술한 사실, ⑤ 원고는 이 사건 부동산에 대한 임대차계약을 해지한 후 201O년 11월 말경 이 사건 부동산에서 BBB 사업을 위한 외관 및 내장 공사를 마무리하고 BBB 사업을 시작하여, 마을 주민 등을 대상으로 동아리 활동, 재능기부 프로그램(글쓰기 강좌, 영어 강좌) 등의 교육 프로그램을 운영하여 온 사실, ⑥ 원고가 작성한 201O. O. OO.자 사업 계획서에 따르면, BBB사업의 목적은 '배움의 공간을 제공하고 평생교육 기회의 장을 마련하여 자기개발 및 삶의질을 향상하는 것', '다양한 세대층의 여가 문화에 대한 수요 충족을 위해 공간 나눔을 통해 동아리와 소모임을 활성화하여 문화 인프라를 구축하는 것' 등이고, 위 사업의 내용은 '재학 중이거나 학업을 중단한 청소년 또는 수원지역 아동센터의 아동을 대상으로 ZZ 장학생들이 학습봉사 및 문화체험봉사를 제공하는 ZZ 장학생 연계프로그램(멘토링)', '비영리민간단체와 함께 수원지역 학교폭력 가해자/피해자를 대상으로 연예인 ・스포츠스타 멘토의 특강과 자아진로형성 프로그램 강의를 접목한 활동을 통해 청소년들의 변화를 이끌어내는 프로그램' 등을 진행하는 것인 사실을 인정할 수 있다.

3) 위 인정사실에서 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 이 사건 부동산의 취득에 관여한 자 및 이 사건 부동산에 대한 임차인들이 원고가 고유목적사업을 수행하기 위해 이 사건 부동산을 취득하였다는 취지로 진술하고 있고, 원고는 201O. O. OO. 실제로 GGG와의 임대차계약을 해지한 점, ② 원고는 이 사건 부동산을 취득한 이후로 수원시에 민관합동공공시설 제안서를 보내고 사업 계획을 확정하는 등, BBB 사업을 시행하기 위한 준비를 계속 해왔던 것으로 보이는 점, ③ BBB사업의 목적 및 내용에 비추어, 위 사업은 원고의 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업이라고 보이는 점, ④ 201O년 11월 말경부터 이 사건 부동산에서 실제로 BBB사업이 시행되고 있는 것으로 보이는 점 등을 종합하면, 이 사건 부동산은 원고의 고유목적사업수행에 직접 소요되는 고정자산이므로 이 사건 부동산의 취득비용 O,OOO,OOO,OOO원은 원고의 고유목적사업에 지출된 것이라고 볼 수 있다.

4) 이에 대하여 피고는, 부동산 임대사업은 원고의 고유목적사업에 해당한다고 볼 수 없는데, 이 사건 부동산은 그 취득일로부터 약 4년간 부동산 임대사업에 사용되었으므로 원고의 고유목적사업 수행에 직접 제공된 고정자산이 아니라고 주장한다. 살피건대, 앞서 본 각 증거에 의하면 원고가 이 사건 부동산을 취득한 20OO. O. OO.부터201O. O. OO.까지 이 사건 부동산을 양복점 용도로 임대하여 임대수익이 발생한 사실은 인정되나, 위에서 본 바와 같이 이 사건 부동산에 대한 임차인들이 원고가 고유목적사업을 수행하기 위해 이 사건 부동산을 취득하였다는 취지로 진술하고 있는 점, JJJ는 원고가 이 사건 부동산을 취득하기 이전부터 이 사건 부동산을 임차하여 양복점을 운영하고 있던 자이고, 원고는 이 사건 부동산을 취득함에 따라 그 임대차계약을 승계하였던 것인 점, 원고는 이 사건 부동산을 취득한 이후 BBB 사업을 위한 준비를 계속 해왔던 점, 2014년 11월 말경부터 이 사건 부동산에서 BBB 사업이 실제로 시행되고 있는 점 등을 종합할 때, 원고가 이 사건 부동산을 임대하여 임대수익을 얻은 적이 있다고 하더라도 이는 고유목적사업 시행을 준비하던 과정에서 일시적인 것이었다고 보이고, 달리 원고가 부동산 임대사업에 사용하기 위하여 이 사건 부동산을 취득한 것이라는 점을 인정할 증거가 없으므로, 피고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

5) 따라서 원고가 이 사건 부동산의 취득비용 1,758,401,136원을 고유목적사업준비금에 전입하여 손금으로 계상하였다가 고유목적사업에 지출한 이상, 구 법인세법 제29조 제1항에 따라 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어 이를 손금에 산입하여야 할 것이므로, 위 취득비용 O,OOO,OOO,OOO원을 익금에 산입하여 원고에게 2010 사업연도 법인세를 부과한 이 사건 처분은 원고의 나머지 주장에 관하여 더 나아가 살필 필요 없이위법하다.

2. 결 론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용하여야 할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 원고의 항소를 받아들여 이를 취소하고 원고의 청구를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.